FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1961, 524 aa 1>>>pF1KE1961 524 - 524 aa - 524 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8687+/-0.000419; mu= 15.8788+/- 0.026 mean_var=84.6634+/-16.807, 0's: 0 Z-trim(111.5): 15 B-trim: 24 in 1/50 Lambda= 0.139388 statistics sampled from 20165 (20175) to 20165 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.591), E-opt: 0.2 (0.237), width: 16 Scan time: 9.210 The best scores are: opt bits E(85289) NP_620409 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like p ( 524) 3413 696.7 4.3e-200 NP_001165883 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-lik ( 524) 3413 696.7 4.3e-200 NP_001165882 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-lik ( 522) 3387 691.5 1.6e-198 NP_065068 (OMIM: 182940,600533) vang-like protein ( 521) 2544 522.0 1.7e-147 XP_011508106 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 521) 2544 522.0 1.7e-147 XP_005245414 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 521) 2544 522.0 1.7e-147 XP_011508107 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang ( 282) 1324 276.5 7.4e-74 >>NP_620409 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like prote (524 aa) initn: 3413 init1: 3413 opt: 3413 Z-score: 3713.3 bits: 696.7 E(85289): 4.3e-200 Smith-Waterman score: 3413; 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100.0% identity (100.0% similar) in 524 aa overlap (1-524:1-524) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV 490 500 510 520 >>NP_001165882 (OMIM: 182940,600145,610132) vang-like pr (522 aa) initn: 2964 init1: 2964 opt: 3387 Z-score: 3685.1 bits: 691.5 E(85289): 1.6e-198 Smith-Waterman score: 3387; 99.6% identity (99.6% similar) in 524 aa overlap (1-524:1-522) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG :::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 STRTEE--DDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR 300 310 320 330 340 350 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM 360 370 380 390 400 410 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV 420 430 440 450 460 470 490 500 510 520 pF1KE1 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV 480 490 500 510 520 >>NP_065068 (OMIM: 182940,600533) vang-like protein 2 [H (521 aa) initn: 1741 init1: 1271 opt: 2544 Z-score: 2768.9 bits: 522.0 E(85289): 1.7e-147 Smith-Waterman score: 2544; 72.8% identity (90.7% similar) in 526 aa overlap (1-524:1-521) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND ::::: :::::: :.::..:... .: :.::.: ::: .:::::: : ::::: :. NP_065 MDTESQYSGYSYKSGHSRSSRKHRDR-RDRHRSKSRDGGRG-DKSVTIQAP-GEPLLDNE 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG ::: .: .:::::::::..:::::::::..:..::.::::::: :::.:.::..... :. NP_065 STRGDE-RDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP :: ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..: NP_065 LLSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLP 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL ::::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.:: NP_065 RVFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVL 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF ::::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::. : NP_065 LELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKS 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 pF1KE1 RAAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRK ::...:.:::.. .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::. 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XP_011 STRGDE-RDDNWGETTTVVTGTSEHSISHDDLTRIAKDMEDSVPLDCSRHLGVAAGATLA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP :: ::::.::.::::.:::.::::::: :::::::.::::::::.:.::::::. .:..: XP_011 LLSFLTPLAFLLLPPLLWREELEPCGTACEGLFISVAFKLLILLLGSWALFFRRPKASLP 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL ::::.::::.::.::.::::::::::::::.:.:.:::.::.::::::::::.::::.:: XP_011 RVFVLRALLMVLVFLLVVSYWLFYGVRILDARERSYQGVVQFAVSLVDALLFVHYLAVVL 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF ::::::::.:::.::::::: ::::..:::::::.:. .::.::.:: .::: ::. : XP_011 LELRQLQPQFTLKVVRSTDGASRFYNVGHLSIQRVAVWILEKYYHDFPVYNPALLNLPKS 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 pF1KE1 RAAKHMAGLKVYNV--DGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRK ::...:.:::.. .. .::.::::::.:::::::::.:::: :::::::::::.::. XP_011 VLAKKVSGFKVYSLGEENSTNNSTGQSRAVIAAAARRRDNSHNEYYYEEAEHERRVRKRR 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 ARLVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYH ::::::::::: ::.::: ::.:: : ::::::::::::: :::::.::::: :.:: :: XP_011 ARLVVAVEEAFTHIKRLQ-EEEQKNPREVMDPREAAQAIFASMARAMQKYLRTTKQQPYH 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE1 SMESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDG .:::::::: ::::. :::::::::::.::::.:: :.:::. :: :::.: :::::.:: XP_011 TMESILQHLEFCITHDMTPKAFLERYLAAGPTIQYHKERWLAKQWTLVSEEPVTNGLKDG 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 IVFVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV :::.:: ::::::..::.::. :::::.::::::::.:::::::: XP_011 IVFLLKRQDFSLVVSTKKVPFFKLSEEFVDPKSHKFVMRLQSETSV 480 490 500 510 520 >>XP_005245414 (OMIM: 182940,600533) PREDICTED: vang-lik (521 aa) initn: 1741 init1: 1271 opt: 2544 Z-score: 2768.9 bits: 522.0 E(85289): 1.7e-147 Smith-Waterman score: 2544; 72.8% identity (90.7% similar) in 526 aa overlap (1-524:1-521) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND ::::: :::::: :.::..:... .: :.::.: ::: .:::::: : ::::: :. 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