FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1961, 524 aa 1>>>pF1KE1961 524 - 524 aa - 524 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5436+/-0.00105; mu= 11.9116+/- 0.063 mean_var=82.3049+/-16.412, 0's: 0 Z-trim(105.0): 22 B-trim: 163 in 1/49 Lambda= 0.141371 statistics sampled from 8190 (8194) to 8190 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.613), E-opt: 0.2 (0.252), width: 16 Scan time: 3.320 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS883.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1 ( 524) 3413 706.2 2.3e-203 CCDS53350.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1 ( 522) 3387 700.9 9.1e-202 CCDS30915.1 VANGL2 gene_id:57216|Hs108|chr1 ( 521) 2544 529.0 5.2e-150 >>CCDS883.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1 (524 aa) initn: 3413 init1: 3413 opt: 3413 Z-score: 3764.5 bits: 706.2 E(32554): 2.3e-203 Smith-Waterman score: 3413; 100.0% identity (100.0% similar) in 524 aa overlap (1-524:1-524) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 MDTESTYSGYSYYSSHSKKSHRQGERTRERHKSPRNKDGRGSEKSVTIQPPTGEPLLGND 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 STRTEEVQDDNWGETTTAITGTSEHSISQEDIARISKDMEDSVGLDCKRYLGLTVASFLG 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 LLVFLTPIAFILLPPILWRDELEPCGTICEGLFISMAFKLLILLIGTWALFFRKRRADMP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 RVFVFRALLLVLIFLFVVSYWLFYGVRILDSRDRNYQGIVQYAVSLVDALLFIHYLAIVL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 LELRQLQPMFTLQVVRSTDGESRFYSLGHLSIQRAALVVLENYYKDFTIYNPNLLTASKF 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 RAAKHMAGLKVYNVDGPSNNATGQSRAMIAAAARRRDSSHNELYYEEAEHERRVKKRKAR 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 LVVAVEEAFIHIQRLQAEEQQKAPGEVMDPREAAQAIFPSMARALQKYLRITRQQNYHSM 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 ESILQHLAFCITNGMTPKAFLERYLSAGPTLQYDKDRWLSTQWRLVSDEAVTNGLRDGIV 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE1 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS88 FVLKCLDFSLVVNVKKIPFIILSEEFIDPKSHKFVLRLQSETSV 490 500 510 520 >>CCDS53350.1 VANGL1 gene_id:81839|Hs108|chr1 (522 aa) initn: 2964 init1: 2964 opt: 3387 Z-score: 3735.9 bits: 700.9 E(32554): 9.1e-202 Smith-Waterman score: 3387; 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