FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4175, 635 aa 1>>>pF1KE4175 635 - 635 aa - 635 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3016+/-0.000831; mu= 15.8466+/- 0.050 mean_var=119.0312+/-23.648, 0's: 0 Z-trim(111.2): 92 B-trim: 66 in 1/49 Lambda= 0.117556 statistics sampled from 12107 (12220) to 12107 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.721), E-opt: 0.2 (0.375), width: 16 Scan time: 4.050 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 635) 4316 743.3 2.4e-214 CCDS44193.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 ( 626) 4110 708.3 7.7e-204 CCDS44547.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 585) 2648 460.3 3.2e-129 CCDS7827.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 ( 511) 2503 435.7 7.3e-122 CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 583) 2359 411.3 1.8e-114 CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 558) 2346 409.1 8.1e-114 CCDS9005.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 613) 2340 408.1 1.8e-113 CCDS58257.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 618) 2340 408.1 1.8e-113 CCDS58256.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 629) 2340 408.1 1.8e-113 CCDS9007.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 ( 638) 2340 408.1 1.8e-113 CCDS12793.1 KCNC3 gene_id:3748|Hs108|chr19 ( 757) 1732 305.1 2.3e-82 CCDS8535.1 KCNA1 gene_id:3736|Hs108|chr12 ( 495) 650 121.4 2.9e-27 CCDS41629.1 KCNA4 gene_id:3739|Hs108|chr11 ( 653) 642 120.2 9e-27 CCDS826.1 KCNA10 gene_id:3744|Hs108|chr1 ( 511) 640 119.7 9.5e-27 CCDS827.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 499) 620 116.3 9.8e-26 CCDS12755.1 KCNA7 gene_id:3743|Hs108|chr19 ( 456) 611 114.8 2.6e-25 CCDS828.2 KCNA3 gene_id:3738|Hs108|chr1 ( 575) 606 114.0 5.6e-25 CCDS1809.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 436) 583 110.0 6.9e-24 CCDS13418.1 KCNB1 gene_id:3745|Hs108|chr20 ( 858) 537 102.5 2.5e-21 CCDS6209.1 KCNB2 gene_id:9312|Hs108|chr8 ( 911) 530 101.3 6e-21 CCDS12019.1 KCNG2 gene_id:26251|Hs108|chr18 ( 466) 506 97.0 6.2e-20 CCDS8534.1 KCNA6 gene_id:3742|Hs108|chr12 ( 529) 502 96.4 1.1e-19 CCDS42674.1 KCNG3 gene_id:170850|Hs108|chr2 ( 425) 491 94.4 3.4e-19 CCDS8536.1 KCNA5 gene_id:3741|Hs108|chr12 ( 613) 492 94.7 3.9e-19 CCDS1676.1 KCNF1 gene_id:3754|Hs108|chr2 ( 494) 469 90.7 5e-18 CCDS10945.1 KCNG4 gene_id:93107|Hs108|chr16 ( 519) 422 82.8 1.3e-15 CCDS1692.1 KCNS3 gene_id:3790|Hs108|chr2 ( 491) 418 82.1 2e-15 CCDS6447.1 KCNV2 gene_id:169522|Hs108|chr9 ( 545) 417 81.9 2.4e-15 CCDS13342.1 KCNS1 gene_id:3787|Hs108|chr20 ( 526) 398 78.7 2.2e-14 CCDS55625.1 KCNA2 gene_id:3737|Hs108|chr1 ( 356) 324 66.0 9.9e-11 >>CCDS821.1 KCNC4 gene_id:3749|Hs108|chr1 (635 aa) initn: 4316 init1: 4316 opt: 4316 Z-score: 3961.8 bits: 743.3 E(32554): 2.4e-214 Smith-Waterman score: 4316; 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CCDS44 LRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGAQPNDPSA 320 330 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 NDHTDFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPKTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNN ..:: :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::: CCDS44 SEHTHFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNN 380 390 400 410 420 430 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 FGMYYSLAMAKQKLPKKRKKHVPRPAQLESPMYCKSEETSPRDSTYSDTSPPAREEGMIE :::::::::::::::::.:::.::: :: :: :::: .::. :: ::: : :.:: ..: CCDS44 FGMYYSLAMAKQKLPKKKKKHIPRPPQLGSPNYCKSVVNSPHHSTQSDTCPLAQEE-ILE 440 450 460 470 480 490 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 RKRADSKQNGD-ANAVLSDEEGAGLTQPLASSPTPEERRALRRSTTRDRNKKAAACFLLS .::::: ::. :.:.:..:. . : : ::.: . :: ::.: . ::::: CCDS44 INRADSKLNGEVAKAALANEDCPHIDQAL----TPDEGLPFTRSGTRERY---GPCFLLS 500 510 520 530 540 550 600 610 620 630 pF1KE4 TGDYACADGS-VRKGTFVLRDLPLQHSPEAACPPTAGTLFLPH ::.::: :. .:: CCDS44 TGEYACPPGGGMRKDLCKESPVIAKYMPTEAVRVT 560 570 580 >>CCDS7827.1 KCNC1 gene_id:3746|Hs108|chr11 (511 aa) initn: 2490 init1: 1787 opt: 2503 Z-score: 2301.3 bits: 435.7 E(32554): 7.3e-122 Smith-Waterman score: 2503; 74.6% identity (86.1% similar) in 519 aa overlap (29-541:1-504) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MISSVCVSSYRGRKSGNKPPSKTCLKEEMAKGEASEKIIINVGGTRHETYRSTLRTLPGT :..:. ::.:.::::::::.:::::::::::: CCDS78 MGQGDESERIVINVGGTRHQTYRSTLRTLPGT 10 20 30 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 RLAWLADPDGGGRPETDGGGVGSSGSSGGGGCEFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPAD ::::::.::. .. . : . ::::::::::::..:::::::::::::: CCDS78 RLAWLAEPDAHSHFDYDPRAD-----------EFFFDRHPGVFAHILNYYRTGKLHCPAD 40 50 60 70 80 130 140 150 160 170 pF1KE4 VCGPLFEEELTFWGIDETDVEPCCWMTYRQHRDAEEALDIFE-SP-DGGGSGA---GPSD :::::.::::.:::::::::::::::::::::::::::: : .: :.... : ::.: CCDS78 VCGPLYEEELAFWGIDETDVEPCCWMTYRQHRDAEEALDSFGGAPLDNSADDADADGPGD 90 100 110 120 130 140 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 EAGDDERELAL-QRLGPHEGGAGHGAGSGGCRGWQPRMWALFEDPYSSRAARVVAFASLF .:: : :: . .::. .. :. .: : ::::.::::::::::: :: ::::::: CCDS78 -SGDGEDELEMTKRLALSDSPDGRPGGFW--RRWQPRIWALFEDPYSSRYARYVAFASLF 150 160 170 180 190 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 FILVSITTFCLETHEAFNIDRNVTEILRVGNITSVHFRREVETEPILTYIEGVCVLWFTL ::::::::::::::: :: : ::: : : :.:.. ::.::: .:::::::::.:::. CCDS78 FILVSITTFCLETHERFNPIVNKTEIENVRNGTQVRYYREAETEAFLTYIEGVCVVWFTF 200 210 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 EFLVRIVCCPDTLDFVKNLLNIIDFVAILPFYLEVGLSGLSSKAARDVLGFLRVVRFVRI :::.:.. ::. ..:.:: ::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::: CCDS78 EFLMRVIFCPNKVEFIKNSLNIIDFVAILPFYLEVGLSGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRI 260 270 280 290 300 310 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 LRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGARPSDPRG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:.:: . CCDS78 LRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEFLLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGAQPNDPSA 320 330 340 350 360 370 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 NDHTDFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPKTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNN ..:: :::::::::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::: CCDS78 SEHTHFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGDMYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNN 380 390 400 410 420 430 480 490 500 510 520 530 pF1KE4 FGMYYSLAMAKQKLPKKRKKHVPRPAQLESPMYCKSEETSPRDSTYSDTSPPAREEGMIE :::::::::::::::::.:::.::: :: :: :::: .::. :: ::: : :.:: ..: CCDS78 FGMYYSLAMAKQKLPKKKKKHIPRPPQLGSPNYCKSVVNSPHHSTQSDTCPLAQEE-ILE 440 450 460 470 480 490 540 550 560 570 580 590 pF1KE4 RKRADSKQNGDANAVLSDEEGAGLTQPLASSPTPEERRALRRSTTRDRNKKAAACFLLST .:: : CCDS78 INRAGRKPLRGMSI 500 510 >>CCDS58255.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 (583 aa) initn: 2175 init1: 1435 opt: 2359 Z-score: 2168.5 bits: 411.3 E(32554): 1.8e-114 Smith-Waterman score: 2486; 68.1% identity (79.6% similar) in 593 aa overlap (29-579:1-577) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MISSVCVSSYRGRKSGNKPPSKTCLKEEMAKGEASEKIIINVGGTRHETYRSTLRTLPGT :.: : .:..:.::::::::::::::.::::: CCDS58 MGKIENNERVILNVGGTRHETYRSTLKTLPGT 10 20 30 70 80 pF1KE4 RLAWLA--DPDG------GGR---------------PETDG------GGVGSSGSSGG-- ::: :: .: : : . : . : ::.:. .: :: CCDS58 RLALLASSEPPGDCLTTAGDKLQPSPPPLSPPPRAPPLSPGPGGCFEGGAGNCSSRGGRA 40 50 60 70 80 90 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 -----GGCEFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELTFWGIDETDVEPCC :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::: CCDS58 SDHPGGGREFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELAFWGIDETDVEPCC 100 110 120 130 140 150 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 WMTYRQHRDAEEALDIFESPDGGGSGAGPSDEAGDDERELALQRLGPHEGGAGHGAGSGG ::::::::::::::::::.:: :. . :::: .:: .::: : .:: :. .: CCDS58 WMTYRQHRDAEEALDIFETPDLIGG------DPGDDE-DLAAKRLGI-EDAAGLGGPDGK 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE4 CRGW---QPRMWALFEDPYSSRAARVVAFASLFFILVSITTFCLETHEAFNIDRNVTEIL : :::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::: .: :: CCDS58 SGRWRRLQPRMWALFEDPYSSRAARFIAFASLFFILVSITTFCLETHEAFNIVKNKTE-- 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 pF1KE4 RVGNITSVHFRREVETEPILTYIEGVCVLWFTLEFLVRIVCCPDTLDFVKNLLNIIDFVA : : ::: .. :.::.: :::.:::::.:::.::::::: :. :.:.::::::::::: CCDS58 PVINGTSVVLQYEIETDPALTYVEGVCVVWFTFEFLVRIVFSPNKLEFIKNLLNIIDFVA 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 pF1KE4 ILPFYLEVGLSGLSSKAARDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEF ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS58 ILPFYLEVGLSGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEF 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 LLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGARPSDPRGNDHTDFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGD :::::::::::::::::::::::.::.:.:: ...::.:::::::::::::::::::::: CCDS58 LLLIIFLALGVLIFATMIYYAERVGAQPNDPSASEHTQFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGD 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 pF1KE4 MYPKTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMAKQKLPKKRKKHVPRPAQ :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.: : CCDS58 MYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMAKQKLPRKRKKHIPPAPQ 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 LESPMYCKSEETSPRDSTYSDTSPPAREEGMIERKRADSKQNGDANAVLSDEEGAGLTQP :: .::.: . .:: ::: .... ..:..:. ... . : . . .: .: CCDS58 ASSPTFCKTELNMACNSTQSDTCL-GKDNRLLEHNRSGYEKSRSLNNIAGLAGNALRLSP 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 pF1KE4 LAS---SPTPEERRALRRSTTRDRNKKAAACFLLSTGDYACADGSVRKGTFVLRDLPLQH ..: :: : :::: . CCDS58 VTSPYNSPCP-----LRRSRSPIPSIL 570 580 >>CCDS9006.1 KCNC2 gene_id:3747|Hs108|chr12 (558 aa) initn: 2175 init1: 1435 opt: 2346 Z-score: 2156.9 bits: 409.1 E(32554): 8.1e-114 Smith-Waterman score: 2473; 71.5% identity (82.0% similar) in 551 aa overlap (29-540:1-540) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MISSVCVSSYRGRKSGNKPPSKTCLKEEMAKGEASEKIIINVGGTRHETYRSTLRTLPGT :.: : .:..:.::::::::::::::.::::: CCDS90 MGKIENNERVILNVGGTRHETYRSTLKTLPGT 10 20 30 70 80 pF1KE4 RLAWLA--DPDG------GGR---------------PETDG------GGVGSSGSSGG-- ::: :: .: : : . : . : ::.:. .: :: CCDS90 RLALLASSEPPGDCLTTAGDKLQPSPPPLSPPPRAPPLSPGPGGCFEGGAGNCSSRGGRA 40 50 60 70 80 90 90 100 110 120 130 140 pF1KE4 -----GGCEFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELTFWGIDETDVEPCC :: ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::::::::::: CCDS90 SDHPGGGREFFFDRHPGVFAYVLNYYRTGKLHCPADVCGPLFEEELAFWGIDETDVEPCC 100 110 120 130 140 150 150 160 170 180 190 200 pF1KE4 WMTYRQHRDAEEALDIFESPDGGGSGAGPSDEAGDDERELALQRLGPHEGGAGHGAGSGG ::::::::::::::::::.:: :. . :::: .:: .::: : .:: :. .: CCDS90 WMTYRQHRDAEEALDIFETPDLIGG------DPGDDE-DLAAKRLGI-EDAAGLGGPDGK 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE4 CRGW---QPRMWALFEDPYSSRAARVVAFASLFFILVSITTFCLETHEAFNIDRNVTEIL : :::::::::::::::::: .::::::::::::::::::::::::: .: :: CCDS90 SGRWRRLQPRMWALFEDPYSSRAARFIAFASLFFILVSITTFCLETHEAFNIVKNKTEP- 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 pF1KE4 RVGNITSVHFRREVETEPILTYIEGVCVLWFTLEFLVRIVCCPDTLDFVKNLLNIIDFVA : : ::: .. :.::.: :::.:::::.:::.::::::: :. :.:.::::::::::: CCDS90 -VINGTSVVLQYEIETDPALTYVEGVCVVWFTFEFLVRIVFSPNKLEFIKNLLNIIDFVA 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 pF1KE4 ILPFYLEVGLSGLSSKAARDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEF ::::::::::::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS90 ILPFYLEVGLSGLSSKAAKDVLGFLRVVRFVRILRIFKLTRHFVGLRVLGHTLRASTNEF 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 LLLIIFLALGVLIFATMIYYAERIGARPSDPRGNDHTDFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGD :::::::::::::::::::::::.::.:.:: ...::.:::::::::::::::::::::: CCDS90 LLLIIFLALGVLIFATMIYYAERVGAQPNDPSASEHTQFKNIPIGFWWAVVTMTTLGYGD 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 pF1KE4 MYPKTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMAKQKLPKKRKKHVPRPAQ :::.::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.: : CCDS90 MYPQTWSGMLVGALCALAGVLTIAMPVPVIVNNFGMYYSLAMAKQKLPRKRKKHIPPAPQ 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 LESPMYCKSEETSPRDSTYSDTSPPAREEGMIERKRADSKQNGDANAVLSDEEGAGLTQP :: .::.: . .:: ::: .... ..:..:.:. 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