FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3329, 937 aa 1>>>pF1KE3329 937 - 937 aa - 937 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.3147+/-0.000559; mu= -21.3242+/- 0.035 mean_var=784.0629+/-172.102, 0's: 0 Z-trim(119.2): 683 B-trim: 1987 in 1/60 Lambda= 0.045804 statistics sampled from 32288 (32982) to 32288 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.706), E-opt: 0.2 (0.387), width: 16 Scan time: 13.330 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005003 (OMIM: 602336) inactive tyrosine-protein ( 937) 6461 443.8 1.9e-123 XP_016856865 (OMIM: 602336) PREDICTED: inactive ty ( 917) 6133 422.1 6.1e-117 XP_011539828 (OMIM: 602336) PREDICTED: inactive ty ( 874) 6065 417.6 1.3e-115 XP_016856866 (OMIM: 602336) PREDICTED: inactive ty ( 874) 6065 417.6 1.3e-115 NP_004551 (OMIM: 113000,268310,602337) tyrosine-pr ( 943) 3656 258.5 1.2e-67 XP_016870251 (OMIM: 113000,268310,602337) PREDICTE ( 940) 3630 256.8 3.8e-67 XP_016870252 (OMIM: 113000,268310,602337) PREDICTE ( 803) 3210 228.9 7.8e-59 XP_005252065 (OMIM: 113000,268310,602337) PREDICTE ( 803) 3210 228.9 7.8e-59 XP_006717184 (OMIM: 113000,268310,602337) PREDICTE ( 803) 3210 228.9 7.8e-59 NP_001077061 (OMIM: 602336) inactive tyrosine-prot ( 393) 2724 196.5 2.3e-49 XP_005252066 (OMIM: 113000,268310,602337) PREDICTE ( 542) 1882 141.0 1.6e-32 NP_001305133 (OMIM: 113000,268310,602337) tyrosine ( 432) 1712 129.6 3.3e-29 XP_011517010 (OMIM: 208150,601296,616325) PREDICTE ( 457) 930 78.0 1.2e-13 NP_001159753 (OMIM: 208150,601296,616325) muscle, ( 773) 930 78.2 1.7e-13 NP_001159752 (OMIM: 208150,601296,616325) muscle, ( 783) 930 78.2 1.7e-13 XP_016870223 (OMIM: 208150,601296,616325) PREDICTE ( 791) 930 78.3 1.8e-13 XP_005252053 (OMIM: 208150,601296,616325) PREDICTE ( 861) 930 78.3 1.9e-13 NP_005583 (OMIM: 208150,601296,616325) muscle, ske ( 869) 930 78.3 1.9e-13 XP_005252052 (OMIM: 208150,601296,616325) PREDICTE ( 871) 930 78.3 1.9e-13 XP_005252051 (OMIM: 208150,601296,616325) PREDICTE ( 879) 930 78.3 1.9e-13 NP_001007793 (OMIM: 155240,191315,256800) high aff ( 760) 861 73.7 4e-12 NP_001012331 (OMIM: 155240,191315,256800) high aff ( 790) 861 73.7 4.1e-12 NP_002520 (OMIM: 155240,191315,256800) high affini ( 796) 861 73.7 4.2e-12 XP_016870242 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 860 73.6 4.4e-12 XP_016870243 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 860 73.6 4.4e-12 XP_011517020 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 860 73.6 4.4e-12 NP_001018074 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growt ( 822) 860 73.6 4.4e-12 XP_016870241 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 822) 860 73.6 4.4e-12 NP_006171 (OMIM: 600456,613886) BDNF/NT-3 growth f ( 838) 860 73.7 4.5e-12 XP_005252061 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 860 73.7 4.5e-12 XP_016870240 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 860 73.7 4.5e-12 XP_005252060 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 860 73.7 4.5e-12 XP_005252058 (OMIM: 600456,613886) PREDICTED: BDNF ( 838) 860 73.7 4.5e-12 XP_016877741 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 448) 841 72.1 7.1e-12 XP_016877740 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 456) 841 72.1 7.2e-12 XP_016877734 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 841 72.3 9.8e-12 XP_016877735 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 841 72.3 9.8e-12 XP_016877733 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 841 72.3 9.8e-12 XP_016877732 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 727) 841 72.3 9.8e-12 XP_016877730 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 763) 841 72.4 1e-11 NP_001230030 (OMIM: 191316) NT-3 growth factor rec ( 817) 841 72.4 1.1e-11 XP_006720607 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 817) 841 72.4 1.1e-11 NP_002521 (OMIM: 191316) NT-3 growth factor recept ( 825) 841 72.4 1.1e-11 XP_016877729 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 825) 841 72.4 1.1e-11 XP_006720606 (OMIM: 191316) PREDICTED: NT-3 growth ( 825) 841 72.4 1.1e-11 XP_011507889 (OMIM: 191311,271665) PREDICTED: disc ( 855) 727 64.9 2e-09 XP_006711407 (OMIM: 191311,271665) PREDICTED: disc ( 855) 727 64.9 2e-09 NP_006173 (OMIM: 191311,271665) discoidin domain-c ( 855) 727 64.9 2e-09 NP_001014796 (OMIM: 191311,271665) discoidin domai ( 855) 727 64.9 2e-09 XP_011507888 (OMIM: 191311,271665) PREDICTED: disc ( 855) 727 64.9 2e-09 >>NP_005003 (OMIM: 602336) inactive tyrosine-protein kin (937 aa) initn: 6461 init1: 6461 opt: 6461 Z-score: 2337.4 bits: 443.8 E(85289): 1.9e-123 Smith-Waterman score: 6461; 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NP_004 MRIGIP-AERLGRYHQCYNGSGMDYRGTASTTKSGHQCQPWALQHPHSHHLSSTDFPELG 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 GGHSYCRNPGNQKEAPWCFTLDENFKSDLCDIPACDSKDSKEKNKMEILYILVPSVAIPL :::.::::::.: :.::::: ..: . .:::.:.:. .:: .:: ::::::::.:::: NP_004 GGHAYCRNPGGQMEGPWCFTQNKNVRMELCDVPSCSPRDS---SKMGILYILVPSIAIPL 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 AIALLFFFICVCRNNQKSS-SAPVQRQPKHVRGQNVEMSMLNAYKPKSKAKELPLSAVRF .:: :::..:.:::.::.: :.: .:: .:..:: ..: .: ..: ::. :::::: NP_004 VIACLFFLVCMCRNKQKASASTPQRRQLMASPSQDMEMPLINQHK-QAKLKEISLSAVRF 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE3 MEELGECAFGKIYKGHLYLPGM-DHAQLVAIKTLKDYNNPQQWTEFQQEASLMAELHHPN :::::: :::.:::::. :. ...: :::::::: . ::..:: : :.:.::: NP_004 MEELGEDRFGKVYKGHLFGPAPGEQTQAVAIKTLKDKAEGPLREEFRHEAMLRARLQHPN 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE3 IVCLLGAVTQEQPVCMLFEYINQGDLHEFLIMRSPHSDVGCSSDEDGTVKSSLDHGDFLH .:::::.::..::. :.: : ..:::::::.::::::::: :.:.: ::::.:. ::.: NP_004 VVCLLGVVTKDQPLSMIFSYCSHGDLHEFLVMRSPHSDVG-STDDDRTVKSALEPPDFVH 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE3 IAIQIAAGMEYLSSHFFVHKDLAARNILIGEQLHVKISDLGLSREIYSADYYRVQSKSLL .. :::::::::::: ::::::.::.:. ..:.:::::::: ::.:.::::.. ..::: NP_004 LVAQIAAGMEYLSSHHVVHKDLATRNVLVYDKLNVKISDLGLFREVYAADYYKLLGNSLL 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE3 PIRWMPPEAIMYGKFSSDSDIWSFGVVLWEIFSFGLQPYYGFSNQEVIEMVRKRQLLPCS ::::: :::::::::: ::::::.::::::.::.::::: :.:::.:.::.:.::.::: NP_004 PIRWMAPEAIMYGKFSIDSDIWSYGVVLWEVFSYGLQPYCGYSNQDVVEMIRNRQVLPCP 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KE3 EDCPPRMYSLMTECWNEIPSRRPRFKDIHVRLRSWEGLSSHTSSTTPSGGNATTQTTSLS .::: .:.:: :::::.::::::::::: :::.: .::...::. ::.. ::::.::: NP_004 DDCPAWVYALMIECWNEFPSRRPRFKDIHSRLRAWGNLSNYNSSAQTSGASNTTQTSSLS 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 pF1KE3 ASPVSNLSNPRY--PNYMFPSQGITPQGQ---IAGFIGPPIPQNQRFIPINGYPIPPGYA .:::::.:: :: :. : :: : . : : : .: : ..:.::: :.:. NP_004 TSPVSNVSNARYVGPKQKAPP---FPQPQFIPMKGQIRPMVPPPQLYVPVNGYQPVPAYG 780 790 800 810 820 830 830 840 850 860 870 880 pF1KE3 AFPAAHYQPTGPPRVI-QHCPP---PKSRSPSSASGSTSTGHVTSLPSSGSNQEANIPLL :. : : .. :. :: :: : :.:::::::.::. ::. : . :: NP_004 AYLPNFYPVQIPMQMAPQQVPPQMVPKPSSHHSGSGSTSTGYVTTAPSNTSMAD-RAALL 840 850 860 870 880 890 890 900 910 920 930 pF1KE3 PHMS--IPNHP-GGMGITVFGNKSQKPYKIDSKQASLLGDANIHGHTESMISAEL . . : : : :: ..... . . .. :::: . :.... : NP_004 SEGADDTQNAPEDGAQSTV--QEAEEEEEGSVPETELLGDCDTLQVDEAQVQLEA 900 910 920 930 940 >>XP_016870251 (OMIM: 113000,268310,602337) PREDICTED: t (940 aa) initn: 2722 init1: 1315 opt: 3630 Z-score: 1326.4 bits: 256.8 E(85289): 3.8e-67 Smith-Waterman score: 3630; 59.4% identity (80.9% similar) in 897 aa overlap (54-936:55-939) 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 ARGAAAQETELSVSAELVPTSSWNISSELNKDSYLTLDEPMNNITTSLGQTAELHCKVSG : .:.. ::.:::: :::: :::::.: XP_016 SYYIFGEVEVLDPNDPLGPLDGQDGPIPTLKGYFLNFLEPVNNITIVQGQTAILHCKVAG 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 NPPPTIRWFKNDAPVVQEPRRLSFRSTIYGSRLRIRNLDTTDTGYFQCVATNGKEVVSST ::::..::.::::::::::::. .:.: :::::::..::::::::.::::::: .....: XP_016 NPPPNVRWLKNDAPVVQEPRRIIIRKTEYGSRLRIQDLDTTDTGYYQCVATNGMKTITAT 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 GVLFVKFGPPPTASPGYSDEYEEDGFCQPYRGIACARFIGNRTVYMESLHMQGEIENQIT :::::..:: . . ...:.:.:::::::::::::::::::::.:..::.:::::::.:: XP_016 GVLFVRLGPTHSPNHNFQDDYHEDGFCQPYRGIACARFIGNRTIYVDSLQMQGEIENRIT 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 AAFTMIGTSSHLSDKCSQFAIPSLCHYAFPYCDETSSVPKPRDLCRDECEILENVLCQTE :::::::::.::::.::::::::.::..:: :: : .::::.:::::::.::. ::. : XP_016 AAFTMIGTSTHLSDQCSQFAIPSFCHFVFPLCDARSRTPKPRELCRDECEVLESDLCRQE 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 YIFARSNPMILMRLKLPNCEDLPQPESPEAANCIRIGIPMADPINKNHKCYNSTGVDYRG : .:::::.:::::.::.:: ::.::::.::::.::::: :. ... :.:::..:.:::: XP_016 YTIARSNPLILMRLQLPKCEALPMPESPDAANCMRIGIP-AERLGRYHQCYNGSGMDYRG 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 TVSVTKSGRQCQPWNSQYPHTHTFTALRFPELNGGHSYCRNPGNQKEAPWCFTLDENFKS :.:.::::.::::: :.::.: ... ::::.:::.::::::.: :.::::: ..: . XP_016 TASTTKSGHQCQPWALQHPHSHHLSSTDFPELGGGHAYCRNPGGQMEGPWCFTQNKNVRM 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 pF1KE3 DLCDIPACDSKDSKEKNKMEILYILVPSVAIPLAIALLFFFICVCRNNQKSS-SAPVQRQ .:::.:.:. .:: .:: ::::::::.::::.:: :::..:.:::.::.: :.: .:: XP_016 ELCDVPSCSPRDS---SKMGILYILVPSIAIPLVIACLFFLVCMCRNKQKASASTPQRRQ 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 pF1KE3 PKHVRGQNVEMSMLNAYKPKSKAKELPLSAVRFMEELGECAFGKIYKGHLYLPGM-DHAQ .:..:: ..: .: ..: ::. :::::::::::: :::.:::::. :. ...: XP_016 LMASPSQDMEMPLINQHK-QAKLKEISLSAVRFMEELGEDRFGKVYKGHLFGPAPGEQTQ 450 460 470 480 490 510 520 530 540 550 560 pF1KE3 LVAIKTLKDYNNPQQWTEFQQEASLMAELHHPNIVCLLGAVTQEQPVCMLFEYINQGDLH :::::::: . ::..:: : :.:.:::.:::::.::..::. :.: : ..:::: XP_016 AVAIKTLKDKAEGPLREEFRHEAMLRARLQHPNVVCLLGVVTKDQPLSMIFSYCSHGDLH 500 510 520 530 540 550 570 580 590 600 610 620 pF1KE3 EFLIMRSPHSDVGCSSDEDGTVKSSLDHGDFLHIAIQIAAGMEYLSSHFFVHKDLAARNI :::.::::::::: :.:.: ::::.:. ::.:.. :::::::::::: ::::::.::. 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XP_005 MAD-RAALLSEGADDTQNAPEDGAQSTV--QEAEEEEEGSVPETELLGDCDTLQVDEAQV 750 760 770 780 790 pF1KE3 SAEL . : XP_005 QLEA 800 >>XP_006717184 (OMIM: 113000,268310,602337) PREDICTED: t (803 aa) initn: 2330 init1: 1315 opt: 3210 Z-score: 1177.2 bits: 228.9 E(85289): 7.8e-59 Smith-Waterman score: 3210; 58.2% identity (80.2% similar) in 813 aa overlap (138-936:2-802) 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 RSTIYGSRLRIRNLDTTDTGYFQCVATNGKEVVSSTGVLFVKFGPPPTASPGYSDEYEED .....::::::..:: . . ...:.:.:: XP_006 MKTITATGVLFVRLGPTHSPNHNFQDDYHED 10 20 30 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 GFCQPYRGIACARFIGNRTVYMESLHMQGEIENQITAAFTMIGTSSHLSDKCSQFAIPSL :::::::::::::::::::.:..::.:::::::.:::::::::::.::::.::::::::. XP_006 GFCQPYRGIACARFIGNRTIYVDSLQMQGEIENRITAAFTMIGTSTHLSDQCSQFAIPSF 40 50 60 70 80 90 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 CHYAFPYCDETSSVPKPRDLCRDECEILENVLCQTEYIFARSNPMILMRLKLPNCEDLPQ ::..:: :: : .::::.:::::::.::. ::. :: .:::::.:::::.::.:: ::. XP_006 CHFVFPLCDARSRTPKPRELCRDECEVLESDLCRQEYTIARSNPLILMRLQLPKCEALPM 100 110 120 130 140 150 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 PESPEAANCIRIGIPMADPINKNHKCYNSTGVDYRGTVSVTKSGRQCQPWNSQYPHTHTF ::::.::::.::::: :. ... :.:::..:.:::::.:.::::.::::: :.::.: . 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XP_006 MAD-RAALLSEGADDTQNAPEDGAQSTV--QEAEEEEEGSVPETELLGDCDTLQVDEAQV 750 760 770 780 790 pF1KE3 SAEL . : XP_006 QLEA 800 >>NP_001077061 (OMIM: 602336) inactive tyrosine-protein (393 aa) initn: 2724 init1: 2724 opt: 2724 Z-score: 1007.3 bits: 196.5 E(85289): 2.3e-49 Smith-Waterman score: 2724; 100.0% identity (100.0% similar) in 391 aa overlap (1-391:1-391) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MHRPRRRGTRPPLLALLAALLLAARGAAAQETELSVSAELVPTSSWNISSELNKDSYLTL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MHRPRRRGTRPPLLALLAALLLAARGAAAQETELSVSAELVPTSSWNISSELNKDSYLTL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 DEPMNNITTSLGQTAELHCKVSGNPPPTIRWFKNDAPVVQEPRRLSFRSTIYGSRLRIRN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DEPMNNITTSLGQTAELHCKVSGNPPPTIRWFKNDAPVVQEPRRLSFRSTIYGSRLRIRN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 LDTTDTGYFQCVATNGKEVVSSTGVLFVKFGPPPTASPGYSDEYEEDGFCQPYRGIACAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LDTTDTGYFQCVATNGKEVVSSTGVLFVKFGPPPTASPGYSDEYEEDGFCQPYRGIACAR 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 FIGNRTVYMESLHMQGEIENQITAAFTMIGTSSHLSDKCSQFAIPSLCHYAFPYCDETSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 FIGNRTVYMESLHMQGEIENQITAAFTMIGTSSHLSDKCSQFAIPSLCHYAFPYCDETSS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 VPKPRDLCRDECEILENVLCQTEYIFARSNPMILMRLKLPNCEDLPQPESPEAANCIRIG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 VPKPRDLCRDECEILENVLCQTEYIFARSNPMILMRLKLPNCEDLPQPESPEAANCIRIG 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 IPMADPINKNHKCYNSTGVDYRGTVSVTKSGRQCQPWNSQYPHTHTFTALRFPELNGGHS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 IPMADPINKNHKCYNSTGVDYRGTVSVTKSGRQCQPWNSQYPHTHTFTALRFPELNGGHS 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 YCRNPGNQKEAPWCFTLDENFKSDLCDIPACDSKDSKEKNKMEILYILVPSVAIPLAIAL ::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 YCRNPGNQKEAPWCFTLDENFKSDLCDIPACGK 370 380 390 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 LFFFICVCRNNQKSSSAPVQRQPKHVRGQNVEMSMLNAYKPKSKAKELPLSAVRFMEELG 937 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 04:44:40 2016 done: Sun Nov 6 04:44:42 2016 Total Scan time: 13.330 Total Display time: 0.260 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]