FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2023, 599 aa 1>>>pF1KE2023 599 - 599 aa - 599 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.9434+/-0.000888; mu= 5.5774+/- 0.054 mean_var=274.0185+/-56.613, 0's: 0 Z-trim(116.0): 13 B-trim: 429 in 1/53 Lambda= 0.077479 statistics sampled from 16547 (16558) to 16547 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.808), E-opt: 0.2 (0.509), width: 16 Scan time: 4.450 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS417.1 ZC3H12A gene_id:80149|Hs108|chr1 ( 599) 4173 479.7 4.6e-135 CCDS44727.1 ZC3H12C gene_id:85463|Hs108|chr11 ( 883) 1395 169.3 1.8e-41 CCDS48131.2 ZC3H12B gene_id:340554|Hs108|chrX ( 836) 1384 168.1 4.1e-41 CCDS47500.2 ZC3H12D gene_id:340152|Hs108|chr6 ( 527) 1263 154.4 3.5e-37 CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 ( 678) 625 83.2 1.2e-15 CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 ( 896) 577 77.9 6.1e-14 CCDS45090.1 NYNRIN gene_id:57523|Hs108|chr14 (1898) 521 72.0 7.9e-12 >>CCDS417.1 ZC3H12A gene_id:80149|Hs108|chr1 (599 aa) initn: 4173 init1: 4173 opt: 4173 Z-score: 2538.3 bits: 479.7 E(32554): 4.6e-135 Smith-Waterman score: 4173; 100.0% identity (100.0% similar) in 599 aa overlap (1-599:1-599) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MSGPCGEKPVLEASPTMSLWEFEDSHSRQGTPRPGQELAAEEASALELQMKVDFFRKLGY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 MSGPCGEKPVLEASPTMSLWEFEDSHSRQGTPRPGQELAAEEASALELQMKVDFFRKLGY 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 SSTEIHSVLQKLGVQADTNTVLGELVKHGTATERERQTSPDPCPQLPLVPRGGGTPKAPN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SSTEIHSVLQKLGVQADTNTVLGELVKHGTATERERQTSPDPCPQLPLVPRGGGTPKAPN 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 LEPPLPEEEKEGSDLRPVVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGILLAVNWFLERGHTDITVFVP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LEPPLPEEEKEGSDLRPVVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGILLAVNWFLERGHTDITVFVP 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 SWRKEQPRPDVPITDQHILRELEKKKILVFTPSRRVGGKRVVCYDDRFIVKLAYESDGIV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SWRKEQPRPDVPITDQHILRELEKKKILVFTPSRRVGGKRVVCYDDRFIVKLAYESDGIV 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 VSNDTYRDLQGERQEWKRFIEERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPLTLE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 VSNDTYRDLQGERQEWKRFIEERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPLTLE 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 HRKQPCPYGRKCTYGIKCRFFHPERPSCPQRSVADELRANALLSPPRAPSKDKNGRRPSP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 HRKQPCPYGRKCTYGIKCRFFHPERPSCPQRSVADELRANALLSPPRAPSKDKNGRRPSP 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE2 SSQSSSLLTESEQCSLDGKKLGAQASPGSRQEGLTQTYAPSGRSLAPSGGSGSSFGPTDW :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SSQSSSLLTESEQCSLDGKKLGAQASPGSRQEGLTQTYAPSGRSLAPSGGSGSSFGPTDW 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 LPQTLDSLPYVSQDCLDSGIGSLESQMSELWGVRGGGPGEPGPPRAPYTGYSPYGSELPA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 LPQTLDSLPYVSQDCLDSGIGSLESQMSELWGVRGGGPGEPGPPRAPYTGYSPYGSELPA 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 TAAFSAFGRAMGAGHFSVPADYPPAPPAFPPREYWSEPYPLPPPTSVLQEPPVQSPGAGR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 TAAFSAFGRAMGAGHFSVPADYPPAPPAFPPREYWSEPYPLPPPTSVLQEPPVQSPGAGR 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 SPWGRAGSLAKEQASVYTKLCGVFPPHLVEAVMGRFPQLLDPQQLAAEILSYKSQHPSE ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS41 SPWGRAGSLAKEQASVYTKLCGVFPPHLVEAVMGRFPQLLDPQQLAAEILSYKSQHPSE 550 560 570 580 590 >>CCDS44727.1 ZC3H12C gene_id:85463|Hs108|chr11 (883 aa) initn: 1534 init1: 1247 opt: 1395 Z-score: 858.0 bits: 169.3 E(32554): 1.8e-41 Smith-Waterman score: 1423; 53.0% identity (71.5% similar) in 445 aa overlap (4-423:124-556) 10 20 30 pF1KE2 MSGPCGEKPVLEASPTMSLWEFEDSHSRQGTPR :: : .:. . .. .. :.:.. . . CCDS44 TNSDHESEQLGSISVEPGLITKTHRQLCRSPCLEPHILKRNEILQDFKPEESQTTSKEAK 100 110 120 130 140 150 40 50 60 70 80 90 pF1KE2 PGQELAAEEASALELQMKVDFFRKLGYSSTEIHSVLQKLGVQADTNTVLGELVKHGTATE ... : : :..: ::::: ... ::.:::..: : .:::::: :. .: CCDS44 KPPDVVRE------YQTKLEFALKLGYSEEQVQLVLNKLGTDALINDILGELVKLGNKSE 160 170 180 190 200 100 110 120 130 140 150 pF1KE2 RERQTSPDPCPQLPLVPRGGGTPKAPNLEPPLPE-EEKEGSDLRPVVIDGSNVAMSHGNK .. .: . . : .. .. : :. : .: .:::.:::::::::::::: CCDS44 ADQTVST-----INTITRETSSLESQRSESPMQEIVTDDGENLRPIVIDGSNVAMSHGNK 210 220 230 240 250 260 160 170 180 190 200 210 pF1KE2 EVFSCRGILLAVNWFLERGHTDITVFVPSWRKEQPRPDVPITDQHILRELEKKKILVFTP :::::::: :::.::::::: :::::::.::::: :::. ::::.:::.:::.::::::: CCDS44 EVFSCRGIKLAVDWFLERGHKDITVFVPAWRKEQSRPDALITDQEILRKLEKEKILVFTP 270 280 290 300 310 320 220 230 240 250 260 270 pF1KE2 SRRVGGKRVVCYDDRFIVKLAYESDGIVVSNDTYRDLQGERQEWKRFIEERLLMYSFVND :::: :.::::::::::::::.:::::.::::.:::: .:. :::.::.::::::::::: CCDS44 SRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFESDGIIVSNDNYRDLANEKPEWKKFIDERLLMYSFVND 330 340 350 360 370 380 280 290 300 310 320 330 pF1KE2 KFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPLTLEHRKQPCPYGRKCTYGIKCRFFHPERPSCPQRS ::::::::::::::::::::::::.. ::.:::::::.::::: ::...:::: : :::: CCDS44 KFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGHKCKYYHPERGSQPQRS 390 400 410 420 430 440 340 350 360 370 pF1KE2 VADELRA------------NALLSPPRAPSKDKNG-----RRPSPSSQSS-SLLTESEQC ::::::: ..:.. .: . : .: .:. ::. :. :. : CCDS44 VADELRAMSRNTAAKTANEGGLVKSNSVPCSTKADSTSDVKRGAPKRQSDPSIRTQVYQ- 450 460 470 480 490 500 380 390 400 410 420 pF1KE2 SLDGK-----KLGAQASPGSRQEGLTQTYAP-SGRSLAPSGGSGSSFGPTDWLPQTLDSL .:. : :: ... :. . :.: : : ::. . :: : : : :: CCDS44 DLEEKLPTKNKLETRSVPSLVSIPATSTAKPQSTTSLSNGLPSGVHFPPQDQRPQGQYPS 510 520 530 540 550 560 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 PYVSQDCLDSGIGSLESQMSELWGVRGGGPGEPGPPRAPYTGYSPYGSELPATAAFSAFG CCDS44 MMMATKNHGTPMPYEQYPKCDSPVDIGYYSMLNAYSNLSLSGPRSPERRFSLDTDYRISS 570 580 590 600 610 620 >>CCDS48131.2 ZC3H12B gene_id:340554|Hs108|chrX (836 aa) initn: 1501 init1: 1274 opt: 1384 Z-score: 851.6 bits: 168.1 E(32554): 4.1e-41 Smith-Waterman score: 1384; 59.2% identity (78.0% similar) in 368 aa overlap (47-408:107-464) 20 30 40 50 60 70 pF1KE2 MSLWEFEDSHSRQGTPRPGQELAAEEASALELQMKVDFFRKLGYSSTEIHSVLQKLGVQA : : :..: ::::. .:.:::.::: .. CCDS48 HRQLCRSPCLDRPSFSQSSILQDGKLDLEKEYQAKMEFALKLGYAEEQIQSVLNKLGPES 80 90 100 110 120 130 80 90 100 110 120 130 pF1KE2 DTNTVLGELVKHGTATERERQTSPDPCPQLPLVPRGGGTPKAPNLEPPLPEEEKEGSDLR : ::.:::. :. . : : . . ::::: .. . . : : .: ....:: CCDS48 LINDVLAELVRLGNKGDSEGQINLSL-----LVPRGPSSREIASPELSLEDEIDNSDNLR 140 150 160 170 180 190 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 PVVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGILLAVNWFLERGHTDITVFVPSWRKEQPRPDVPITDQ ::::::::::::::::: :::::: :::.:::..:: :::::::.::::: :::.::::: CCDS48 PVVIDGSNVAMSHGNKEEFSCRGIQLAVDWFLDKGHKDITVFVPAWRKEQSRPDAPITDQ 200 210 220 230 240 250 200 210 220 230 240 250 pF1KE2 HILRELEKKKILVFTPSRRVGGKRVVCYDDRFIVKLAYESDGIVVSNDTYRDLQGERQEW :::.:::.::::::::::: :.::::::::::::::..::::.::::.::::: :. :: CCDS48 DILRKLEKEKILVFTPSRRVQGRRVVCYDDRFIVKLAFDSDGIIVSNDNYRDLQVEKPEW 260 270 280 290 300 310 260 270 280 290 300 310 pF1KE2 KRFIEERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPLTLEHRKQPCPYGRKCTYGI :.::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.:.. ::.:::::::.::::: CCDS48 KKFIEERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLENFLRKRPIVPEHKKQPCPYGKKCTYGH 320 330 340 350 360 370 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 KCRFFHPERPSCPQRSVADELRANALLSPPRAPSKDKNGRRPSPSSQSSSLLTESEQCSL ::...:::: . :::::::::: .: :: .. :. .. . :.... .: :: . CCDS48 KCKYYHPERANQPQRSVADELRISAKLSTVKTMSEGTLAKCGTGMSSAKGEIT-SEVKRV 380 390 400 410 420 430 380 390 400 410 420 430 pF1KE2 DGKKLGAQASPGSR------QEGLTQTYAPSGRSLAPSGGSGSSFGPTDWLPQTLDSLPY :. :..:. : .: :. . : . :. :: CCDS48 APKR---QSDPSIRSVAMEPEEWLSIARKPEASSV-PSLVTALSVPTIPPPKSHAVGALN 440 450 460 470 480 440 450 460 470 480 490 pF1KE2 VSQDCLDSGIGSLESQMSELWGVRGGGPGEPGPPRAPYTGYSPYGSELPATAAFSAFGRA CCDS48 TRSASSPVPGSSHFPHQKASLEHMASMQYPPILVTNSHGTPISYAEQYPKFESMGDHGYY 490 500 510 520 530 540 >>CCDS47500.2 ZC3H12D gene_id:340152|Hs108|chr6 (527 aa) initn: 1321 init1: 1122 opt: 1263 Z-score: 781.0 bits: 154.4 E(32554): 3.5e-37 Smith-Waterman score: 1346; 45.4% identity (62.9% similar) in 555 aa overlap (46-585:1-510) 20 30 40 50 60 70 pF1KE2 TMSLWEFEDSHSRQGTPRPGQELAAEEASALELQMKVDFFRKLGYSSTEIHSVLQKLGVQ .: :..::.::::. .. :: ::: CCDS47 MEHPSKMEFFQKLGYDREDVLRVLGKLGEG 10 20 30 80 90 100 110 120 130 pF1KE2 ADTNTVLGELVKHGTATERERQTSPDPCPQLPLVPRGG-GTPKAPNLEPPLPEEEKE--- : .: :: ::.. :. : :. :::::. :.: . . : :: CCDS47 ALVNDVLQELIRTGS---RPGALEHPAAPR--LVPRGSCGVPDSAQRGPGTALEEDFRTL 40 50 60 70 80 140 150 160 170 180 190 pF1KE2 GSDLRPVVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGILLAVNWFLERGHTDITVFVPSWRKEQPRPDV .:.:::.:::::::::::::::.:::::: :::.:: .:::: : ::::::::. :: :. CCDS47 ASSLRPIVIDGSNVAMSHGNKETFSCRGIKLAVDWFRDRGHTYIKVFVPSWRKDPPRADT 90 100 110 120 130 140 200 210 220 230 240 250 pF1KE2 PITDQHILRELEKKKILVFTPSRRVGGKRVVCYDDRFIVKLAYESDGIVVSNDTYRDLQG :: .::.: :::.. .::.::::.: :::.::::::.:::.:::.::..::::.:::::. CCDS47 PIREQHVLAELERQAVLVYTPSRKVHGKRLVCYDDRYIVKVAYEQDGVIVSNDNYRDLQS 150 160 170 180 190 200 260 270 280 290 300 310 pF1KE2 ERQEWKRFIEERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPLTLEHRKQPCPYGRK : ::: :::.::::.:::::.:::::::::::::::.::: .:: : : ::::.: CCDS47 ENPEWKWFIEQRLLMFSFVNDRFMPPDDPLGRHGPSLSNFLSRKPKPPEPSWQHCPYGKK 210 220 230 240 250 260 320 330 340 350 360 370 pF1KE2 CTYGIKCRFFHPERPSCPQRSVADELRANALLSPPRAPSKDKNGRRPSPSSQSSSLLTES :::::::.:.::::: : .::::::: :.: ::. ... :. CCDS47 CTYGIKCKFYHPERPHHAQLAVADELRA-------------KTGARPGAGAE------EQ 270 280 290 300 380 390 400 410 420 pF1KE2 EQCSLDGKKLGAQASPGSRQEGLTQTYAPSGRS--LAPSGGSGSSFGPTDWLPQTLDSLP . : . ::.:.: .: .... :. : :: :: : .. .: : :: CCDS47 RPPRAPGGSAGARAAP---REPFAHSLPPARGSPDLAALRGSFSRLAFSDDLGPLGPPLP 310 320 330 340 350 360 430 440 450 460 470 480 pF1KE2 YVSQDCLDSGIGSLESQMSELWGVRGGG--PGEPGPPRAPYTGYSPYGSELPATAAFSAF : : .:. . : : .:: :: . : .: . .:: ..:: ... CCDS47 -VPACSLTPRLGGPD------W-VSAGGRVPGPLSLP-SPESQFSP--GDLPPPPGLQLQ 370 380 390 400 410 490 500 510 520 530 540 pF1KE2 GRAMGA-----GHFSVPADYPPAPPAFPPREYWSEPYPLPPPTSVLQEPPVQSPGA--GR :. : . : : : : ::: :. .: :: :: . . :: : CCDS47 PRGEHRPRDLHGDLLSPRRPPDDPWARPPR---SDRFP---GRSVWAEP-AWGDGATGGL 420 430 440 450 460 550 560 570 580 590 pF1KE2 SPWGRAGSLAKEQASVYTKLCGVFPPHLVEAVMGRFPQLLDPQQLAAEILSYKSQHPSE : .. . . .: . : .::: :. ::. ::.: : .: CCDS47 SVYATEDDEGDARARARIALYSVFPRDQVDRVMAAFPELSDLARLILLVQRCQSAGAPLG 470 480 490 500 510 520 CCDS47 KP >>CCDS32058.1 KHNYN gene_id:23351|Hs108|chr14 (678 aa) initn: 599 init1: 379 opt: 625 Z-score: 394.2 bits: 83.2 E(32554): 1.2e-15 Smith-Waterman score: 625; 49.5% identity (69.3% similar) in 212 aa overlap (104-307:398-606) 80 90 100 110 120 pF1KE2 VQADTNTVLGELVKHGTATERERQTSPDPCPQLPLVPRGG----GTPK-APNLEPP--LP :: ::: :: . :. : : CCDS32 WHCGDRGDCGDRGDVGDRGDKQQGMARGRGPQWKRGARGGNLVTGTQRFKEALQDPFTLC 370 380 390 400 410 420 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 EEEKEGS-DLRPVVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGILLAVNWFLERGHTDITVFVPSWRKE . :. ::: .::::::::: :: .. :: ::: .::..: .::: :::::::.:: CCDS32 LANVPGQPDLRHIVIDGSNVAMVHGLQHYFSSRGIAIAVQYFWDRGHRDITVFVPQWRFS 430 440 450 460 470 480 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 QPRPDVPITDQHILRELEKKKILVFTPSRRVGGKRVVCYDDRFIVKLAYESDGIVVSNDT . :. . ..:.:..: . ..: .:::: . :::. :::::.:::: :.:::.:::: CCDS32 K---DAKVRESHFLQKLYSLSLLSLTPSRVMDGKRISSYDDRFMVKLAEETDGIIVSNDQ 490 500 510 520 530 540 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 YRDLQGERQEWKRFIEERLLMYSFVNDKFMPPDDPLGRHGPSLDNFLRKKPLTLEHRKQP .::: : ..: .:.:::: ..::.. :: :::::::.::.::.::.: : : CCDS32 FRDLAEESEKWMAIIRERLLPFTFVGNLFMVPDDPLGRNGPTLDEFLKKPARTQGSSKAQ 550 560 570 580 590 600 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 CPYGRKCTYGIKCRFFHPERPSCPQRSVADELRANALLSPPRAPSKDKNGRRPSPSSQSS : CCDS32 HPSRGFAEHGKQQQGREEEKGSGGIRKTRETERLRRQLLEVFWGQDHKVDFILQREPYCR 610 620 630 640 650 660 >>CCDS45479.1 N4BP1 gene_id:9683|Hs108|chr16 (896 aa) initn: 618 init1: 363 opt: 577 Z-score: 363.7 bits: 77.9 E(32554): 6.1e-14 Smith-Waterman score: 577; 50.9% identity (80.4% similar) in 163 aa overlap (133-295:615-774) 110 120 130 140 150 160 pF1KE2 CPQLPLVPRGGGTPKAPNLEPPLPEEEKEGSDLRPVVIDGSNVAMSHGNKEVFSCRGILL .::. .::::::::..:: :. :::::: . 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