FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1942, 496 aa 1>>>pF1KE1942 496 - 496 aa - 496 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3293+/-0.000541; mu= 12.3807+/- 0.033 mean_var=124.7106+/-25.311, 0's: 0 Z-trim(110.9): 281 B-trim: 248 in 1/50 Lambda= 0.114848 statistics sampled from 18931 (19340) to 18931 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.582), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16 Scan time: 7.730 The best scores are: opt bits E(85289) NP_002370 (OMIM: 115437) cartilage matrix protein ( 496) 3190 540.9 3.2e-153 NP_085095 (OMIM: 603897) matrilin-4 isoform 3 prec ( 499) 1571 272.6 1.8e-72 XP_016883604 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 ( 493) 1544 268.1 4e-71 NP_002372 (OMIM: 140600,602109,607078,608728) matr ( 486) 931 166.6 1.5e-40 XP_016883602 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 ( 575) 859 154.7 6.5e-37 XP_005260654 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 ( 581) 859 154.7 6.6e-37 NP_003824 (OMIM: 603897) matrilin-4 isoform 1 prec ( 581) 859 154.7 6.6e-37 XP_016883603 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 ( 534) 823 148.7 3.9e-35 NP_085080 (OMIM: 603897) matrilin-4 isoform 2 prec ( 540) 823 148.7 3.9e-35 XP_016868907 (OMIM: 602108) PREDICTED: matrilin-2 ( 799) 805 145.9 4.1e-34 XP_005250977 (OMIM: 602108) PREDICTED: matrilin-2 ( 818) 805 145.9 4.2e-34 XP_016868906 (OMIM: 602108) PREDICTED: matrilin-2 ( 896) 805 145.9 4.4e-34 NP_001304677 (OMIM: 602108) matrilin-2 isoform c p ( 915) 805 145.9 4.5e-34 NP_085072 (OMIM: 602108) matrilin-2 isoform b prec ( 937) 805 146.0 4.6e-34 NP_002371 (OMIM: 602108) matrilin-2 isoform a prec ( 956) 805 146.0 4.7e-34 XP_006715286 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 945) 506 96.4 3.8e-19 NP_001305681 (OMIM: 610002) collagen alpha-1(XXI) ( 954) 506 96.4 3.8e-19 XP_011513227 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 957) 506 96.4 3.8e-19 XP_011513228 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 957) 506 96.4 3.8e-19 NP_110447 (OMIM: 610002) collagen alpha-1(XXI) cha ( 957) 506 96.4 3.8e-19 NP_001305680 (OMIM: 610002) collagen alpha-1(XXI) ( 957) 506 96.4 3.8e-19 XP_011513226 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 957) 506 96.4 3.8e-19 XP_011513229 (OMIM: 610002) PREDICTED: collagen al ( 957) 506 96.4 3.8e-19 XP_011533737 (OMIM: 120320,616470,616471) PREDICTE (3027) 490 94.2 5.5e-18 NP_004361 (OMIM: 120320,616470,616471) collagen al (3063) 490 94.2 5.6e-18 XP_016865741 (OMIM: 120320,616470,616471) PREDICTE (3106) 490 94.2 5.6e-18 XP_011533736 (OMIM: 120320,616470,616471) PREDICTE (3118) 490 94.2 5.7e-18 XP_005251116 (OMIM: 120324) PREDICTED: collagen al (1780) 481 92.5 1.1e-17 NP_066933 (OMIM: 120324) collagen alpha-1(XIV) cha (1796) 481 92.5 1.1e-17 XP_006716714 (OMIM: 120324) PREDICTED: collagen al (1796) 481 92.5 1.1e-17 XP_016869298 (OMIM: 120324) PREDICTED: collagen al (1796) 481 92.5 1.1e-17 NP_542376 (OMIM: 120320,616470,616471) collagen al (1899) 472 91.1 3.1e-17 XP_011533738 (OMIM: 120320,616470,616471) PREDICTE (1954) 472 91.1 3.2e-17 XP_011515190 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1195) 447 86.7 3.9e-16 XP_016868640 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1552) 447 86.8 4.8e-16 XP_011515187 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1588) 447 86.8 4.8e-16 XP_011515186 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1593) 447 86.8 4.8e-16 XP_011515185 (OMIM: 610026) PREDICTED: collagen al (1606) 447 86.8 4.9e-16 NP_690848 (OMIM: 610026) collagen alpha-1(XXII) ch (1626) 447 86.9 4.9e-16 XP_016861181 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2452) 421 82.7 1.3e-14 XP_016861180 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2466) 421 82.7 1.3e-14 XP_016861179 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2470) 421 82.7 1.3e-14 XP_016861178 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2609) 421 82.7 1.4e-14 XP_016861177 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2924) 421 82.8 1.5e-14 NP_000085 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13200 (2944) 421 82.8 1.5e-14 XP_011531639 (OMIM: 120120,131705,131750,131850,13 (2944) 421 82.8 1.5e-14 XP_016876562 (OMIM: 601369,603196) PREDICTED: coch ( 340) 395 77.6 6.2e-14 XP_011513664 (OMIM: 609996) PREDICTED: collagen al ( 742) 374 74.4 1.2e-12 XP_016867620 (OMIM: 609996) PREDICTED: collagen al (1125) 374 74.6 1.6e-12 XP_011513660 (OMIM: 609996) PREDICTED: collagen al (1125) 374 74.6 1.6e-12 >>NP_002370 (OMIM: 115437) cartilage matrix protein prec (496 aa) initn: 3190 init1: 3190 opt: 3190 Z-score: 2871.8 bits: 540.9 E(85289): 3.2e-153 Smith-Waterman score: 3190; 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51.2% identity (73.3% similar) in 498 aa overlap (10-493:4-493) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE .:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: ::: NP_085 MRGLLCWPVLLLLLQPWETQ---LQLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT .. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. :: NP_085 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI :::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:. NP_085 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC :: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:: ::: :: :: : NP_085 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCV-RDLCNGVDHGCEFQC 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFI .: :: : : :: :..:::.:: : : .:::.:.::::::::.::::::.:. NP_085 VSEGLSYRCLCPEGRQLQADGKSCNRCREGH----VDLVLLVDGSKSVRPQNFELVKRFV 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 SQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAAL .:::: :::: . ..:::::.:: :: ::::::. : ..: :: . :::.::::: :: NP_085 NQIVDFLDVSPEGTRVGLVQFSSRVRTEFPLGRYGTAAEVKQAVLAVEYMERGTMTGLAL 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 KYLIDNSFTVSSGARPGA---QKVGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAV ......::. ..:::: : .::.::::::::: :. : .::. :. :.:::::.:: NP_085 RHMVEHSFSEAQGARPRALNVPRVGLVFTDGRSQDDISVWAARAKEEGIVMYAVGVGKAV 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 pF1KE1 EDELREIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEE---------DPCACESLVKF : :::::::::. : :. :: :.... ..:. .:: :: .:: :::::.: NP_085 EAELREIASEPAELHVSYAPDFGTMTHLLENLRGSICPEEGISAGTELRSPCECESLVEF 410 420 430 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 QAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLAILENTVV :... : :..:: .: .. :: ::: NP_085 QGRTLGALESLTLNLAQLTARLEDLENQLANQK 470 480 490 >>XP_016883604 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 isof (493 aa) initn: 1394 init1: 643 opt: 1544 Z-score: 1397.9 bits: 268.1 E(85289): 4e-71 Smith-Waterman score: 1544; 51.6% identity (73.7% similar) in 483 aa overlap (10-478:4-478) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE .:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: ::: XP_016 MRGLLCWPVLLLLLQPWET---QLQLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT .. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. :: XP_016 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI :::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:. XP_016 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC :: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:: ::: :: :: : XP_016 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCV-RDLCNGVDHGCEFQC 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNVCSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRPENFELVKKFI .: :: : : :: :..:::.:: : : .:::.:.::::::::.::::::.:. XP_016 VSEGLSYRCLCPEGRQLQADGKSCNRCREG----HVDLVLLVDGSKSVRPQNFELVKRFV 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE1 SQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYMEKGTMTGAAL .:::: :::: . ..:::::.:: :: ::::::. : ..: :: . :::.::::: :: XP_016 NQIVDFLDVSPEGTRVGLVQFSSRVRTEFPLGRYGTAAEVKQAVLAVEYMERGTMTGLAL 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE1 KYLIDNSFTVSSGARPGA---QKVGIVFTDGRSQDYINDAAKKAKDLGFKMFAVGVGNAV ......::. ..:::: : .::.::::::::: :. : .::. :. :.:::::.:: XP_016 RHMVEHSFSEAQGARPRALNVPRVGLVFTDGRSQDDISVWAARAKEEGIVMYAVGVGKAV 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 pF1KE1 EDELREIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEE---------DPCACESLVKF : :::::::::. : :. :: :.... ..:. .:: :: .:: :::::.: XP_016 EAELREIASEPAELHVSYAPDFGTMTHLLENLRGSICPEEGISAGTELRSPCECESLVEF 410 420 430 440 450 460 470 480 490 pF1KE1 QAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLAILENTVV :... : :..:: XP_016 QGRTLGALESLTLNHILWGWWRGLEGK 470 480 490 >>NP_002372 (OMIM: 140600,602109,607078,608728) matrilin (486 aa) initn: 1200 init1: 827 opt: 931 Z-score: 849.1 bits: 166.6 E(85289): 1.5e-40 Smith-Waterman score: 931; 54.0% identity (79.2% similar) in 274 aa overlap (24-292:68-335) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRVLSGTSLMLCSLLLLLQALCSPGLAPQSRGH-LCRTRPTDLVFVVDSSRSV :: : :: .:..:: ::::..:::::: NP_002 RLETRGPGGSPGRRPSPAAPDGAPASGTSEPGRA---RGAGVCKSRPLDLVFIIDSSRSV 40 50 60 70 80 90 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 RPVEFEKVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQ ::.:: :::.:.:..:..::.:: :::..:::::::: ::.:.:...: .: ::: :: NP_002 RPLEFTKVKTFVSRIIDTLDIGPADTRVAVVNYASTVKIEFQLQAYTDKQSLKQAVGRIT 100 110 120 130 140 150 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 PLSTGTMTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASG :::::::.::::: :. .:: :.: : .: ::.:.::::::::.:..:.:::.::: NP_002 PLSTGTMSGLAIQTAMDEAFTVEAGAREPSSNIPKVAIIVTDGRPQDQVNEVAARAQASG 160 170 180 190 200 210 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 VELFAIGVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDH .::.:.:: .: :.:...:::: .::: :::.:.:::::: .:::.::.. : :. : : NP_002 IELYAVGVDRADMASLKMMASEPLEEHVFYVETYGVIEKLSSRFQETFCAL-DPCVLGTH 220 230 240 250 260 270 240 250 260 270 280 pF1KE1 DCEQVCISS-PGSYTCACHEGFTLNSDGKTCNV---CSGGGGSSATDLVFLIDGSKSVRP .:..::::. :.. : : .:.:::.: :::.. :. . . . . . . : : : . NP_002 QCQHVCISDGEGKHHCECSQGYTLNADKKTCSALDRCALN--THGCEHICVNDRSGSYHC 280 290 300 310 320 330 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 ENFELVKKFISQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKAAVRNMSYM : .: NP_002 ECYEGYTLNEDRKTCSAQDKCALGTHGCQHICVNDRTGSHHCECYEGYTLNADKKTCSVR 340 350 360 370 380 390 >>XP_016883602 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 isof (575 aa) initn: 1540 init1: 618 opt: 859 Z-score: 783.7 bits: 154.7 E(85289): 6.5e-37 Smith-Waterman score: 1333; 45.0% identity (66.1% similar) in 522 aa overlap (10-448:4-521) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE .:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: ::: XP_016 MRGLLCWPVLLLLLQPWETQL---QLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT .. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. :: XP_016 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI :::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:. XP_016 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC :: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:.. :::: : : ::. : XP_016 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCAI-DLCAEGTHGCEHHC 180 190 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSD---------------------------------------- ..::::: : :. ::.:..: XP_016 VNSPGSYFCHCQVGFVLQQDQRSCRAIDYCSFGNHSCQHECVSTPGGPRCHCREGHDLQP 240 250 260 270 280 290 260 270 280 pF1KE1 -GKTCNV---CSG---------------------------GGGSSAT-------DLVFLI :..:.: :.: . :.: . :::.:. 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XP_016 RAKEEGIVMYAVGVGKAVEAELREIASEPAELHVSYAPDFGTMTHLLENLRGSICPEEGI 480 490 500 510 520 530 460 470 480 490 pF1KE1 CACESLVKFQAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLAILENTVV XP_016 SAGTELRSPCECESLVEFQGRTLGALESLTLNHILWGWWRGLEGK 540 550 560 570 >>XP_005260654 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 isof (581 aa) initn: 1567 init1: 618 opt: 859 Z-score: 783.6 bits: 154.7 E(85289): 6.6e-37 Smith-Waterman score: 1333; 45.0% identity (66.1% similar) in 522 aa overlap (10-448:4-521) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE .:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: ::: XP_005 MRGLLCWPVLLLLLQPWETQL---QLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT .. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. :: XP_005 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI :::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:. XP_005 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC :: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:.. :::: : : ::. : XP_005 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCAI-DLCAEGTHGCEHHC 180 190 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSD---------------------------------------- ..::::: : :. ::.:..: XP_005 VNSPGSYFCHCQVGFVLQQDQRSCRAIDYCSFGNHSCQHECVSTPGGPRCHCREGHDLQP 240 250 260 270 280 290 260 270 280 pF1KE1 -GKTCNV---CSG---------------------------GGGSSAT-------DLVFLI :..:.: :.: . :.: . :::.:. XP_005 DGRSCQVRDLCNGVDHGCEFQCVSEGLSYRCLCPEGRQLQADGKSCNRCREGHVDLVLLV 300 310 320 330 340 350 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 DGSKSVRPENFELVKKFISQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKA ::::::::.::::::.:..:::: :::: . ..:::::.:: :: ::::::. : ..: XP_005 DGSKSVRPQNFELVKRFVNQIVDFLDVSPEGTRVGLVQFSSRVRTEFPLGRYGTAAEVKQ 360 370 380 390 400 410 350 360 370 380 390 pF1KE1 AVRNMSYMEKGTMTGAALKYLIDNSFTVSSGARPGA---QKVGIVFTDGRSQDYINDAAK :: . :::.::::: ::......::. ..:::: : .::.::::::::: :. : XP_005 AVLAVEYMERGTMTGLALRHMVEHSFSEAQGARPRALNVPRVGLVFTDGRSQDDISVWAA 420 430 440 450 460 470 400 410 420 430 440 450 pF1KE1 KAKDLGFKMFAVGVGNAVEDELREIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEEDP .::. :. :.:::::.::: :::::::::. : :. :: :.... ..:. XP_005 RAKEEGIVMYAVGVGKAVEAELREIASEPAELHVSYAPDFGTMTHLLENLRGSICPEEGI 480 490 500 510 520 530 460 470 480 490 pF1KE1 CACESLVKFQAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLAILENTVV XP_005 SAGTELRSPCECESLVEFQGRTLGALESLTLNLAQLTARLEDLENQLANQK 540 550 560 570 580 >>NP_003824 (OMIM: 603897) matrilin-4 isoform 1 precurso (581 aa) initn: 1567 init1: 618 opt: 859 Z-score: 783.6 bits: 154.7 E(85289): 6.6e-37 Smith-Waterman score: 1333; 45.0% identity (66.1% similar) in 522 aa overlap (10-448:4-521) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE .:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: ::: NP_003 MRGLLCWPVLLLLLQPWETQL---QLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT .. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. :: NP_003 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI :::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:. NP_003 MTGLAIQYAMNVAFSVAEGARPPEERVPRVAVIVTDGRPQDRVAEVAAQARARGIEIYAV 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE1 GVGSVDKATLRQIASEPQDEHVDYVESYSVIEKLSRKFQEAFCVVSDLCATGDHDCEQVC :: .: ..:: .:: : :::: :::...:.... .:: .:.. :::: : : ::. : NP_003 GVQRADVGSLRAMASPPLDEHVFLVESFDLIQEFGLQFQSRLCAI-DLCAEGTHGCEHHC 180 190 200 210 220 230 240 250 pF1KE1 ISSPGSYTCACHEGFTLNSD---------------------------------------- ..::::: : :. ::.:..: NP_003 VNSPGSYFCHCQVGFVLQQDQRSCRAIDYCSFGNHSCQHECVSTPGGPRCHCREGHDLQP 240 250 260 270 280 290 260 270 280 pF1KE1 -GKTCNV---CSG---------------------------GGGSSAT-------DLVFLI :..:.: :.: . :.: . :::.:. NP_003 DGRSCQVRDLCNGVDHGCEFQCVSEGLSYRCLCPEGRQLQADGKSCNRCREGHVDLVLLV 300 310 320 330 340 350 290 300 310 320 330 340 pF1KE1 DGSKSVRPENFELVKKFISQIVDTLDVSDKLAQVGLVQYSSSVRQEFPLGRFHTKKDIKA ::::::::.::::::.:..:::: :::: . ..:::::.:: :: ::::::. : ..: NP_003 DGSKSVRPQNFELVKRFVNQIVDFLDVSPEGTRVGLVQFSSRVRTEFPLGRYGTAAEVKQ 360 370 380 390 400 410 350 360 370 380 390 pF1KE1 AVRNMSYMEKGTMTGAALKYLIDNSFTVSSGARPGA---QKVGIVFTDGRSQDYINDAAK :: . :::.::::: ::......::. ..:::: : .::.::::::::: :. : NP_003 AVLAVEYMERGTMTGLALRHMVEHSFSEAQGARPRALNVPRVGLVFTDGRSQDDISVWAA 420 430 440 450 460 470 400 410 420 430 440 450 pF1KE1 KAKDLGFKMFAVGVGNAVEDELREIASEPVAEHYFYTADFKTINQIGKKLQKKICVEEDP .::. :. :.:::::.::: :::::::::. : :. :: :.... ..:. NP_003 RAKEEGIVMYAVGVGKAVEAELREIASEPAELHVSYAPDFGTMTHLLENLRGSICPEEGI 480 490 500 510 520 530 460 470 480 490 pF1KE1 CACESLVKFQAKVEGLLQALTRKLEAVSKRLAILENTVV NP_003 SAGTELRSPCECESLVEFQGRTLGALESLTLNLAQLTARLEDLENQLANQK 540 550 560 570 580 >>XP_016883603 (OMIM: 603897) PREDICTED: matrilin-4 isof (534 aa) initn: 1540 init1: 618 opt: 823 Z-score: 751.9 bits: 148.7 E(85289): 3.9e-35 Smith-Waterman score: 1491; 47.5% identity (70.8% similar) in 520 aa overlap (10-478:4-519) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MRVLSGTSLMLC--SLLLLLQALCSPGLAPQSRGHLCRTRPTDLVFVVDSSRSVRPVEFE .:: :::::: . : : :.: : :::::.:::::::: ::: XP_016 MRGLLCWPVLLLLLQPWET---QLQLTGPRCHTGPLDLVFVIDSSRSVRPFEFE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE1 KVKVFLSQVIESLDVGPNATRVGMVNYASTVKQEFSLRAHVSKAALLQAVRRIQPLSTGT .. :: ....:.:::::::::...:.: :.. : ::: . . .:.: . ::. :: XP_016 TMRQFLMGLLRGLNVGPNATRVGVIQYSSQVQSVFPLRAFSRREDMERAIRDLVPLAQGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE1 MTGLAIQFAITKAFGDAEGGRSRSPDISKVVIVVTDGRPQDSVQDVSARARASGVELFAI :::::::.:.. ::. :::.: . .:...:::::::: : .:.:.::: :.:..:. 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