FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3143, 353 aa 1>>>pF1KE3143 353 - 353 aa - 353 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9111+/-0.00101; mu= 5.8389+/- 0.061 mean_var=178.1219+/-37.181, 0's: 0 Z-trim(110.0): 67 B-trim: 84 in 1/50 Lambda= 0.096098 statistics sampled from 11219 (11282) to 11219 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.347), width: 16 Scan time: 2.840 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS273.1 TRIM63 gene_id:84676|Hs108|chr1 ( 353) 2363 339.7 2.3e-93 CCDS6185.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 ( 452) 1449 213.0 3.9e-55 CCDS6187.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 ( 540) 1449 213.1 4.5e-55 CCDS6184.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 ( 548) 1449 213.1 4.5e-55 CCDS1746.2 TRIM54 gene_id:57159|Hs108|chr2 ( 358) 1437 211.3 1e-54 CCDS6186.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 ( 241) 1020 153.3 1.9e-37 CCDS1745.2 TRIM54 gene_id:57159|Hs108|chr2 ( 400) 937 142.0 8.3e-34 >>CCDS273.1 TRIM63 gene_id:84676|Hs108|chr1 (353 aa) initn: 2363 init1: 2363 opt: 2363 Z-score: 1789.7 bits: 339.7 E(32554): 2.3e-93 Smith-Waterman score: 2363; 100.0% identity (100.0% similar) in 353 aa overlap (1-353:1-353) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAANPYWT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAANPYWT 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 SRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQKGSHP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 SRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQKGSHP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 MCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISMLVAG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 MCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISMLVAG 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 NDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQEKKLS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 NDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQEKKLS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 FIEALIQQYQEQLDKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQLGKTEQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 FIEALIQQYQEQLDKSTKLVETAIQSLDEPGGATFLLTAKQLIKSIVEASKGCQLGKTEQ 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 GFENMDFFTLDLEHIADALRAIDFGTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS27 GFENMDFFTLDLEHIADALRAIDFGTDEEEEEFIEEEDQEEEESTEGKEEGHQ 310 320 330 340 350 >>CCDS6185.1 TRIM55 gene_id:84675|Hs108|chr8 (452 aa) initn: 864 init1: 820 opt: 1449 Z-score: 1103.3 bits: 213.0 E(32554): 3.9e-55 Smith-Waterman score: 1449; 60.4% identity (84.3% similar) in 351 aa overlap (1-351:5-345) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAAN ..::: . .. . :.:::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::.: CCDS61 MSASLNYKS-FSKEQQTMDNLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCASDIFQASN 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 PYWTSRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQK :: .::... ::::::::.:::::..:::::::::::::::::::::::: :.:: .: CCDS61 PYLPTRGGTTMASGGRFRCPSCRHEVVLDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQE-STRPEKK 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 GSHPMCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQKTELNNCISM ...:::.:::.:.::::::.:::::::.::::: :: :.:::: ::: ::.::.. :.. 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CCDS61 SDQPMCEEHEEERINIYCLNCEVPTCSLCKVFGAHKDCQVAPLTHVFQRQKSELSDGIAI 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 LVAGNDRVQTIITQLEDSRRVTKENSHQVKEELSQKFDTLYAILDEKKSELLQRITQEQE ::..::::: .:.::::. CCDS61 LVGSNDRVQGVISQLEDTCKTIEIGFEAPPLQGQAAAPASGSGADSEPARHIFSFSWLNS 180 190 200 210 220 230 >>CCDS1745.2 TRIM54 gene_id:57159|Hs108|chr2 (400 aa) initn: 1391 init1: 641 opt: 937 Z-score: 720.4 bits: 142.0 E(32554): 8.3e-34 Smith-Waterman score: 1333; 54.9% identity (75.3% similar) in 381 aa overlap (7-341:10-387) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MDYKSSLIQDGNPMENLEKQLICPICLEMFTKPVVILPCQHNLCRKCANDIFQAANP :. :.. :.:::::::::::::::.:::::::::::::::::::.:::.:: CCDS17 MNFTVGFKPLLGDAHSMDNLEKQLICPICLEMFSKPVVILPCQHNLCRKCANDVFQASNP 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 YWTSRGSSVSMSGGRFRCPTCRHEVIMDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQECSSRPLQKG : ::::.. ::::::::.:::::..:::::::::::::::::::::::: :::::.. CCDS17 LWQSRGSTTVSSGGRFRCPSCRHEVVLDRHGVYGLQRNLLVENIIDIYKQE-SSRPLHSK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 S--HPMCKEHEDEKINIYCLTCEVPTCSMCKVFGIHKACEVAPLQSVFQGQK-------- . : ::.:::.::::::::.:::::::.::::: :: :::::: .... :: CCDS17 AEQHLMCEEHEEEKINIYCLSCEVPTCSLCKVFGAHKDCEVAPLPTIYKRQKKQDLTLLP 120 130 140 150 160 170 170 180 190 pF1KE3 ----------------------------------TELNNCISMLVAGNDRVQTIITQLED .::.. :.::::::::::..:::.:. 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