FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3976, 273 aa 1>>>pF1KE3976 273 - 273 aa - 273 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.9109+/-0.000355; mu= 17.0228+/- 0.022 mean_var=61.7042+/-12.429, 0's: 0 Z-trim(113.4): 68 B-trim: 8 in 2/53 Lambda= 0.163274 statistics sampled from 22723 (22788) to 22723 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.267), width: 16 Scan time: 5.970 The best scores are: opt bits E(85289) NP_079382 (OMIM: 611657) SPRY domain-containing SO ( 273) 1887 452.9 2.9e-127 NP_543138 (OMIM: 611660) SPRY domain-containing SO ( 273) 1458 351.9 7.6e-97 XP_016862998 (OMIM: 611660) PREDICTED: SPRY domain ( 233) 1237 299.8 3.1e-81 NP_001306599 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing ( 263) 884 216.6 3.7e-56 NP_116030 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing SO ( 263) 884 216.6 3.7e-56 NP_001139788 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing ( 263) 884 216.6 3.7e-56 NP_001099043 (OMIM: 609112) F-box/SPRY domain-cont ( 286) 490 123.9 3.5e-28 NP_543137 (OMIM: 611659) SPRY domain-containing SO ( 355) 206 57.0 5.6e-08 NP_001311010 (OMIM: 611659) SPRY domain-containing ( 355) 206 57.0 5.6e-08 XP_005255730 (OMIM: 611659) PREDICTED: SPRY domain ( 410) 206 57.1 6.3e-08 >>NP_079382 (OMIM: 611657) SPRY domain-containing SOCS b (273 aa) initn: 1887 init1: 1887 opt: 1887 Z-score: 2405.8 bits: 452.9 E(85289): 2.9e-127 Smith-Waterman score: 1887; 100.0% identity (100.0% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-273) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ ::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_079 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ 250 260 270 >>NP_543138 (OMIM: 611660) SPRY domain-containing SOCS b (273 aa) initn: 1458 init1: 1458 opt: 1458 Z-score: 1859.6 bits: 351.9 E(85289): 7.6e-97 Smith-Waterman score: 1458; 74.7% identity (90.5% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-273) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND ::::..:..:.:..:.:. :: :.::.: . .:.::: ::::: .. ::: :.:: .: NP_543 MGQKLSGSLKSVEVREPALRPAKRELRGAEPGRPARLDQLLDMPAAGLAVQLRHAWNPED 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA ::::::::.::.: :::::::::::.::::::..::::.:::.: :::::::::::::: NP_543 RSLNVFVKDDDRLTFHRHPVAQSTDGIRGKVGHARGLHAWQINWPARQRGTHAVVGVATA 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA :::::::::.:::.. :::::::::.::::::::::. .::::: :::.: .:::.::. 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XP_016 RAPLHSVGYTALVGSDAESWGWDLGRSRLYHDGKNQPGVAYPAFLGPDEAFALPDSLLVV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL ::::.:::::::::::.::::::::::::::::::::::::. :::.:::: XP_016 LDMDEGTLSFIVDGQYLGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEVTMRYINGLDQN 190 200 210 220 230 250 260 270 pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ >>NP_001306599 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing SOC (263 aa) initn: 879 init1: 417 opt: 884 Z-score: 1129.2 bits: 216.6 E(85289): 3.7e-56 Smith-Waterman score: 889; 50.9% identity (72.9% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-263) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND ::: . .: .. :: . : .:. : : :. ::. :: . .: :.:: .: NP_001 MGQTALAGGSS---STPTPQALYPDLS----C-PEGLEELLSAPPPDLGAQRRHGWNPKD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA : :. ::: : :.:.:::::::. ::: ::.::::.:.:.: ..::::::::::::: NP_001 CSENIEVKEGG-LYFERRPVAQSTDGARGKRGYSRGLHAWEISWPLEQRGTHAVVGVATA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA :::.. :..:.:.: ::::::.::..:::..:. . ::: . : . ::. .::. NP_001 LAPLQTDHYAALLGSNSESWGWDIGRGKLYHQSKGPGAPQYPAGTQ-GEQLEVPERLLVV 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL :::..:::.. . : :.: :::::::. :::.::::::.:..:.:::. :: :. : NP_001 LDMEEGTLGYAIGGTYLGPAFRGLKGRTLYPAVSAVWGQCQVRIRYLGERRAEPHSLLHL 180 190 200 210 220 230 250 260 270 pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ : :: :: :::.. .:::: ..: ::::: NP_001 SRLCVRHNLGDTRLGQVSALPLPPAMKRYLLYQ 240 250 260 >>NP_116030 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing SOCS b (263 aa) initn: 879 init1: 417 opt: 884 Z-score: 1129.2 bits: 216.6 E(85289): 3.7e-56 Smith-Waterman score: 889; 50.9% identity (72.9% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-263) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND ::: . .: .. :: . : .:. : : :. ::. :: . .: :.:: .: NP_116 MGQTALAGGSS---STPTPQALYPDLS----C-PEGLEELLSAPPPDLGAQRRHGWNPKD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA : :. ::: : :.:.:::::::. ::: ::.::::.:.:.: ..::::::::::::: NP_116 CSENIEVKEGG-LYFERRPVAQSTDGARGKRGYSRGLHAWEISWPLEQRGTHAVVGVATA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA :::.. :..:.:.: ::::::.::..:::..:. . ::: . : . ::. .::. NP_116 LAPLQTDHYAALLGSNSESWGWDIGRGKLYHQSKGPGAPQYPAGTQ-GEQLEVPERLLVV 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL :::..:::.. . : :.: :::::::. :::.::::::.:..:.:::. :: :. : NP_116 LDMEEGTLGYAIGGTYLGPAFRGLKGRTLYPAVSAVWGQCQVRIRYLGERRAEPHSLLHL 180 190 200 210 220 230 250 260 270 pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ : :: :: :::.. .:::: ..: ::::: NP_116 SRLCVRHNLGDTRLGQVSALPLPPAMKRYLLYQ 240 250 260 >>NP_001139788 (OMIM: 611658) SPRY domain-containing SOC (263 aa) initn: 879 init1: 417 opt: 884 Z-score: 1129.2 bits: 216.6 E(85289): 3.7e-56 Smith-Waterman score: 889; 50.9% identity (72.9% similar) in 273 aa overlap (1-273:1-263) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MGQKVTGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNND ::: . .: .. :: . : .:. : : :. ::. :: . .: :.:: .: NP_001 MGQTALAGGSS---STPTPQALYPDLS----C-PEGLEELLSAPPPDLGAQRRHGWNPKD 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 RSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATA : :. ::: : :.:.:::::::. ::: ::.::::.:.:.: ..::::::::::::: NP_001 CSENIEVKEGG-LYFERRPVAQSTDGARGKRGYSRGLHAWEISWPLEQRGTHAVVGVATA 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 DAPLHSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVA :::.. :..:.:.: ::::::.::..:::..:. . ::: . : . ::. .::. NP_001 LAPLQTDHYAALLGSNSESWGWDIGRGKLYHQSKGPGAPQYPAGTQ-GEQLEVPERLLVV 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 LDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDL :::..:::.. . : :.: :::::::. :::.::::::.:..:.:::. :: :. : NP_001 LDMEEGTLGYAIGGTYLGPAFRGLKGRTLYPAVSAVWGQCQVRIRYLGERRAEPHSLLHL 180 190 200 210 220 230 250 260 270 pF1KE3 CRRSVRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ : :: :: :::.. .:::: ..: ::::: NP_001 SRLCVRHNLGDTRLGQVSALPLPPAMKRYLLYQ 240 250 260 >>NP_001099043 (OMIM: 609112) F-box/SPRY domain-containi (286 aa) initn: 441 init1: 162 opt: 490 Z-score: 627.1 bits: 123.9 E(85289): 3.5e-28 Smith-Waterman score: 490; 39.4% identity (69.4% similar) in 193 aa overlap (36-227:93-280) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 TGGIKTVDMRDPTYRPLKQELQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLL-HSWNNNDRSLN : :.: ..: . .. . :....:: : : NP_001 CKHWYRCLHGDENSEVWRSLCARSLAEEALRTDILCNLPSYKAKIRAFQHAFSTNDCSRN 70 80 90 100 110 120 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VFVKEDDKLIFHRHPVAQSTDAIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATADAPL :..:.. . .::.:.:::::. : :.:...: :.:.. : :: ::.:.:: ::. NP_001 VYIKKNG-FTLHRNPIAQSTDGARTKIGFSEGRHAWEVWWEG-PLGTVAVIGIATKRAPM 130 140 150 160 170 180 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HSVGYTTLVGNNHESWGWDLGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVALDMD . ::..:.:.. .::::.: : : :.:. . : .: . . . . . . : :::. NP_001 QCQGYVALLGSDDQSWGWNLVDNNLLHNGEVNGS--FPQCNNAPK-YQIGERIRVILDME 190 200 210 220 230 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 DGTLSFIVDGQYMGVAFRGLKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDLCRRS : ::.: ...::::::: :::.::::.:. :. . :: NP_001 DKTLAFERGYEFLGVAFRGLPKVCLYPAVSAVYGNTEVTLVYLGKPLDG 240 250 260 270 280 250 260 270 pF1KE3 VRLALGRERLGEIHTLPLPASLKAYLLYQ >>NP_543137 (OMIM: 611659) SPRY domain-containing SOCS b (355 aa) initn: 223 init1: 88 opt: 206 Z-score: 264.2 bits: 57.0 E(85289): 5.6e-08 Smith-Waterman score: 227; 28.0% identity (56.0% similar) in 218 aa overlap (56-270:107-309) 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 LQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNNDRSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTD :.. ..: .... :.. . . . .: NP_543 SEASFCSSLHSAHRGRDCRCGEEDEYFDWVWDDLNKSSATLLSCDNRKVSFHMEYSCGTA 80 90 100 110 120 130 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 AIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATADAPLHSVGYT--TLVGNNHESWGWD :::: .: : :.: . :: .::..:.:. : . .: .:.: ...::: . NP_543 AIRGTKELGEGQHFWEIKMTSPVYGTDMMVGIGTSDVDLDKYRHTFCSLLGRDEDSWGLS 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 LGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVALDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRG . :.: : .:: .: . : . . : :: :::.:. . . .::: NP_543 Y-TGLLHHKG----DKT--SF---SSRFGQGSIIGVHLDTWHGTLTFFKNRKCIGVAATK 200 210 220 230 240 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 LKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDLCRRSVRLALGRERLGE-IHTLPL :..:..::.: .. .. ... . :. :: . :: : :. .. ::: NP_543 LQNKRFYPMVCSTAARSSMKVTRSCA---SATSLQYLCCH--RLRQLRPDSGDTLEGLPL 250 260 270 280 290 300 270 pF1KE3 PASLKAYLLYQ : .:: : NP_543 PPGLKQVLHNKLGWVLSMSCSRRKAPVSDPQAATSAHPSSREPRPCQRKRCRRT 310 320 330 340 350 >>NP_001311010 (OMIM: 611659) SPRY domain-containing SOC (355 aa) initn: 223 init1: 88 opt: 206 Z-score: 264.2 bits: 57.0 E(85289): 5.6e-08 Smith-Waterman score: 227; 28.0% identity (56.0% similar) in 218 aa overlap (56-270:107-309) 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 LQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNNDRSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTD :.. ..: .... :.. . . . .: NP_001 SEASFCSSLHSAHRGRDCRCGEEDEYFDWVWDDLNKSSATLLSCDNRKVSFHMEYSCGTA 80 90 100 110 120 130 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 AIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATADAPLHSVGYT--TLVGNNHESWGWD :::: .: : :.: . :: .::..:.:. : . .: .:.: ...::: . NP_001 AIRGTKELGEGQHFWEIKMTSPVYGTDMMVGIGTSDVDLDKYRHTFCSLLGRDEDSWGLS 140 150 160 170 180 190 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 LGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVALDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRG . :.: : .:: .: . : . . : :: :::.:. . . .::: NP_001 Y-TGLLHHKG----DKT--SF---SSRFGQGSIIGVHLDTWHGTLTFFKNRKCIGVAATK 200 210 220 230 240 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 LKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDLCRRSVRLALGRERLGE-IHTLPL :..:..::.: .. .. ... . :. :: . :: : :. .. ::: NP_001 LQNKRFYPMVCSTAARSSMKVTRSCA---SATSLQYLCCH--RLRQLRPDSGDTLEGLPL 250 260 270 280 290 300 270 pF1KE3 PASLKAYLLYQ : .:: : NP_001 PPGLKQVLHNKLGWVLSMSCSRRKAPVSDPQAATSAHPSSREPRPCQRKRCRRT 310 320 330 340 350 >>XP_005255730 (OMIM: 611659) PREDICTED: SPRY domain-con (410 aa) initn: 223 init1: 88 opt: 206 Z-score: 263.3 bits: 57.1 E(85289): 6.3e-08 Smith-Waterman score: 227; 28.0% identity (56.0% similar) in 218 aa overlap (56-270:162-364) 30 40 50 60 70 80 pF1KE3 LQGLDYCKPTRLDLLLDMPPVSYDVQLLHSWNNNDRSLNVFVKEDDKLIFHRHPVAQSTD :.. ..: .... :.. . . . .: XP_005 SEASFCSSLHSAHRGRDCRCGEEDEYFDWVWDDLNKSSATLLSCDNRKVSFHMEYSCGTA 140 150 160 170 180 190 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 AIRGKVGYTRGLHVWQITWAMRQRGTHAVVGVATADAPLHSVGYT--TLVGNNHESWGWD :::: .: : :.: . :: .::..:.:. : . .: .:.: ...::: . XP_005 AIRGTKELGEGQHFWEIKMTSPVYGTDMMVGIGTSDVDLDKYRHTFCSLLGRDEDSWGLS 200 210 220 230 240 250 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 LGRNRLYHDGKNQPSKTYPAFLEPDETFIVPDSFLVALDMDDGTLSFIVDGQYMGVAFRG . :.: : .:: .: . : . . : :: :::.:. . . .::: XP_005 Y-TGLLHHKG----DKT--SF---SSRFGQGSIIGVHLDTWHGTLTFFKNRKCIGVAATK 260 270 280 290 300 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 LKGKKLYPVVSAVWGHCEIRMRYLNGLDPEPLPLMDLCRRSVRLALGRERLGE-IHTLPL :..:..::.: .. .. ... . :. :: . :: : :. .. ::: XP_005 LQNKRFYPMVCSTAARSSMKVTRSCA---SATSLQYLCCH--RLRQLRPDSGDTLEGLPL 310 320 330 340 350 270 pF1KE3 PASLKAYLLYQ : .:: : XP_005 PPGLKQVLHNKLGWVLSMSCSRRKAPVSDPQAATSAHPSSREPRPCQRKRCRRT 360 370 380 390 400 410 273 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 08:25:28 2016 done: Sun Nov 6 08:25:29 2016 Total Scan time: 5.970 Total Display time: 0.020 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]