Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE6695
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE6695, 335 aa
1>>>pF1KE6695 335 - 335 aa - 335 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.1849+/-0.000852; mu= 16.5960+/- 0.052
mean_var=65.8902+/-13.395, 0's: 0 Z-trim(106.1): 21 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.158002
statistics sampled from 8757 (8775) to 8757 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.27), width: 16
Scan time: 1.770
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS10308.1 CTSH gene_id:1512|Hs108|chr15 ( 335) 2349 544.3 5.2e-155
CCDS969.1 CTSK gene_id:1513|Hs108|chr1 ( 329) 804 192.1 5.3e-49
CCDS6675.1 CTSL gene_id:1514|Hs108|chr9 ( 333) 799 191.0 1.2e-48
CCDS6723.1 CTSV gene_id:1515|Hs108|chr9 ( 334) 792 189.4 3.6e-48
CCDS968.1 CTSS gene_id:1520|Hs108|chr1 ( 331) 725 174.1 1.4e-43
CCDS8144.1 CTSF gene_id:8722|Hs108|chr11 ( 484) 669 161.4 1.3e-39
CCDS55634.1 CTSS gene_id:1520|Hs108|chr1 ( 281) 584 141.9 5.8e-34
CCDS3794.1 CTSO gene_id:1519|Hs108|chr4 ( 321) 535 130.8 1.5e-30
CCDS8282.1 CTSC gene_id:1075|Hs108|chr11 ( 463) 382 96.0 6.3e-20
CCDS5986.1 CTSB gene_id:1508|Hs108|chr8 ( 339) 277 72.0 7.9e-13
>>CCDS10308.1 CTSH gene_id:1512|Hs108|chr15 (335 aa)
initn: 2349 init1: 2349 opt: 2349 Z-score: 2896.5 bits: 544.3 E(32554): 5.2e-155
Smith-Waterman score: 2349; 99.7% identity (99.7% similar) in 335 aa overlap (1-335:1-335)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MWATLPLLCAGAWLLGVPVCGAAELSVNSLEKFHFKSWMSKHRKTYSTEEYHHRLQTFAS
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CCDS10 MWATLPLLCAGAWLLGVPVCGAAELCVNSLEKFHFKSWMSKHRKTYSTEEYHHRLQTFAS
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE6 NWRKINAHNNGNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSNYLRGTGPYPPSV
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CCDS10 NWRKINAHNNGNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSNYLRGTGPYPPSV
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
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CCDS10 DWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLSLAEQQLVDCAQDFNNHG
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
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CCDS10 CQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDTYPYQGKDGYCKFQPGKAIGFVKDVANITIYDEEAMV
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE6 EAVALYNPVSFAFEVTQDFMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNHAVLAVGYGEKNGIPYWIVK
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CCDS10 EAVALYNPVSFAFEVTQDFMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNHAVLAVGYGEKNGIPYWIVK
250 260 270 280 290 300
310 320 330
pF1KE6 NSWGPQWGMNGYFLIERGKNMCGLAACASYPIPLV
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CCDS10 NSWGPQWGMNGYFLIERGKNMCGLAACASYPIPLV
310 320 330
>>CCDS969.1 CTSK gene_id:1513|Hs108|chr1 (329 aa)
initn: 422 init1: 225 opt: 804 Z-score: 993.2 bits: 192.1 E(32554): 5.3e-49
Smith-Waterman score: 804; 41.9% identity (68.6% similar) in 334 aa overlap (11-331:3-327)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MWATLPLLCAGAWLLGVPVCGAAELSVNSLEKFHFKSWMSKHRKTYST--EEYHHRLQTF
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CCDS96 MWGLKVLLLPVVSFA-LYPEEILDTHWELWKKTHRKQYNNKVDEISRRL-IW
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 ASNWRKINAHNN----GNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSN---YL-
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CCDS96 EKNLKYISIHNLEASLGVHTYELAMNHLGDMTSEEVVQK-MTGLKVPLSHSRSNDTLYIP
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 RGTGPYPPSVDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLSLAEQQLV
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CCDS96 EWEGRAPDSVDYRKKG-YVTPVKNQGQCGSCWAFSSVGALEGQLKKKTGKLLNLSPQNLV
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220
pF1KE6 DCAQDFNNHGCQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDTYPYQGKDGYCKFQP-GKAIGFVKDVA
::... : :: :: ..::.:. :.:: .::.::: :.. : ..: ::: .
CCDS96 DCVSE--NDGCGGGYMTNAFQYVQKNRGIDSEDAYPYVGQEESCMYNPTGKAAK-CRGYR
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 NITIYDEEAMVEAVALYNPVSFAFEVT-QDFMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNHAVLAVGY
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CCDS96 EIPEGNEKALKRAVARVGPVSVAIDASLTSFQFYSKGVYYDESCNS--DNLNHAVLAVGY
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KE6 GEKNGIPYWIVKNSWGPQWGMNGYFLIERGKN-MCGLAACASYPIPLV
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CCDS96 GIQKGNKHWIIKNSWGENWGNKGYILMARNKNNACGIANLASFPKM
290 300 310 320
>>CCDS6675.1 CTSL gene_id:1514|Hs108|chr9 (333 aa)
initn: 576 init1: 379 opt: 799 Z-score: 987.0 bits: 191.0 E(32554): 1.2e-48
Smith-Waterman score: 799; 38.3% identity (69.0% similar) in 339 aa overlap (6-331:3-331)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MWATLPLLCAGAWLLGVPVCGAAELSVNSLEKFHFKSWMSKHRKTYSTEEYHHRLQTFAS
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CCDS66 MNPTLILAAFCLGI---ASATLTFDHSLEAQWTKWKAMHNRLYGMNEEGWRRAVWEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE6 NWRKINAHNN----GNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSNYLRGTGPY
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CCDS66 NMKMIELHNQEYREGKHSFTMAMNAFGDMTSEEFRQ--VMNGFQNRKPRKGKVFQEPLFY
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 --PPSVDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLSLAEQQLVDCAQ
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CCDS66 EAPRSVDWREKG-YVTPVKNQGQCGSCWAFSATGALEGQMFRKTGRLISLSEQNLVDCSG
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 DFNNHGCQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDTYPYQGKDGYCKFQPGKAIGFVKDVANITI-
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CCDS66 PQGNEGCNGGLMDYAFQYVQDNGGLDSEESYPYEATEESCKYNPKYSVA--NDTGFVDIP
180 190 200 210 220
240 250 260 270 280
pF1KE6 YDEEAMVEAVALYNPVSFAFEVTQD-FMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNHAVLAVGYG---
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CCDS66 KQEKALMKAVATVGPISVAIDAGHESFLFYKEGIYFEPDC--SSEDMDHGVLVVGYGFES
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KE6 -EKNGIPYWIVKNSWGPQWGMNGYFLIERGK-NMCGLAACASYPIPLV
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CCDS66 TESDNNKYWLVKNSWGEEWGMGGYVKMAKDRRNHCGIASAASYPTV
290 300 310 320 330
>>CCDS6723.1 CTSV gene_id:1515|Hs108|chr9 (334 aa)
initn: 675 init1: 382 opt: 792 Z-score: 978.4 bits: 189.4 E(32554): 3.6e-48
Smith-Waterman score: 792; 39.0% identity (69.0% similar) in 336 aa overlap (8-331:5-332)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 MWATLPLLCAGAWLLGVPVCGAAELSVNSLEKFHFKSWMSKHRKTYSTEEYHHRLQTFAS
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CCDS67 MNLSLVLAAFCLGI-ASAVPKFDQNLDTKWY--QWKATHRRLYGANEEGWRRAVWEK
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110
pF1KE6 NWRKINAHNN----GNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSNYLRGTG--
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CCDS67 NMKMIELHNGEYSQGKHGFTMAMNAFGDMTNEEFRQ--MMGCFRNQKFRKGKVFREPLFL
60 70 80 90 100 110
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 PYPPSVDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLSLAEQQLVDCAQ
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CCDS67 DLPKSVDWRKKG-YVTPVKNQKQCGSCWAFSATGALEGQMFRKTGKLVSLSEQNLVDCSR
120 130 140 150 160 170
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 DFNNHGCQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDTYPYQGKDGYCKFQPGKAIGFVKDVANITIY
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CCDS67 PQGNQGCNGGFMARAFQYVKENGGLDSEESYPYVAVDEICKYRPENSVANDTGFTVVAPG
180 190 200 210 220 230
240 250 260 270 280
pF1KE6 DEEAMVEAVALYNPVSFAFEVTQD-FMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNHAVLAVGYG----
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CCDS67 KEKALMKAVATVGPISVAMDAGHSSFQFYKSGIYFEPDC--SSKNLDHGVLVVGYGFEGA
240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KE6 EKNGIPYWIVKNSWGPQWGMNGYFLIERGKN-MCGLAACASYPIPLV
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CCDS67 NSNNSKYWLVKNSWGPEWGSNGYVKIAKDKNNHCGIATAASYPNV
290 300 310 320 330
>>CCDS968.1 CTSS gene_id:1520|Hs108|chr1 (331 aa)
initn: 401 init1: 193 opt: 725 Z-score: 895.9 bits: 174.1 E(32554): 1.4e-43
Smith-Waterman score: 725; 37.6% identity (66.1% similar) in 327 aa overlap (19-331:10-329)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MWATLPLLCAGAWLLGVPVCGAA--ELSVNSLEKFHFKSWMSKHRKTYS--TEEYHHRLQ
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CCDS96 MKRLVCVLLVCSSAVAQLHKDPTLDHHWHLWKKTYGKQYKEKNEEAVRRL-
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 TFASNWRKINAHN----NGNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSNYLRG
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CCDS96 IWEKNLKFVMLHNLEHSMGMHSYDLGMNHLGDMTSEEVMS--LMSSLRVPSQWQRNITYK
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160
pF1KE6 TGP---YPPSVDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLSLAEQQL
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CCDS96 SNPNRILPDSVDWREKGC-VTEVKYQGSCGACWAFSAVGALEAQLKLKTGKLVSLSAQNL
110 120 130 140 150 160
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 VDCAQD-FNNHGCQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDTYPYQGKDGYCKFQPGKAIGFVKDV
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CCDS96 VDCSTEKYGNKGCNGGFMTTAFQYIIDNKGIDSDASYPYKAMDQKCQYDSKYRAATCSKY
170 180 190 200 210 220
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 ANITIYDEEAMVEAVALYNPVSFAFEVTQ-DFMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNHAVLAVG
... :... :::: .::: . .. . .:..::.:.: :: .. :::.::.::
CCDS96 TELPYGREDVLKEAVANKGPVSVGVDARHPSFFLYRSGVYYEPSCTQN---VNHGVLVVG
230 240 250 260 270 280
290 300 310 320 330
pF1KE6 YGEKNGIPYWIVKNSWGPQWGMNGYFLIERGK-NMCGLAACASYPIPLV
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CCDS96 YGDLNGKEYWLVKNSWGHNFGEEGYIRMARNKGNHCGIASFPSYPEI
290 300 310 320 330
>>CCDS8144.1 CTSF gene_id:8722|Hs108|chr11 (484 aa)
initn: 543 init1: 237 opt: 669 Z-score: 824.5 bits: 161.4 E(32554): 1.3e-39
Smith-Waterman score: 669; 36.6% identity (67.3% similar) in 303 aa overlap (35-332:187-482)
10 20 30 40 50 60
pF1KE6 LPLLCAGAWLLGVPVCGAAELSVNSLEKFHFKSWMSKHRKTY-STEEYHHRLQTFASNW-
::... . .:: : :: . ::..:..:
CCDS81 DNRNETFSSVISLLNEDPLSQDLPVKMASIFKNFVITYNRTYESKEEARWRLSVFVNNMV
160 170 180 190 200 210
70 80 90 100 110
pF1KE6 --RKINAHNNGNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSNYLRGTGPY-PPS
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CCDS81 RAQKIQALDRG--TAQYGVTKFSDLTEEEFRTIYLNTLLRKEPGNKMKQAKSVGDLAPPE
220 230 240 250 260 270
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 VDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLSLAEQQLVDCAQDFNNH
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CCDS81 WDWRSKGA-VTKVKDQGMCGSCWAFSVTGNVEGQWFLNQGTLLSLSEQELLDC--DKMDK
280 290 300 310 320 330
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 GCQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDTYPYQGKDGYCKFQPGKAIGFVKDVANITIYDEEAM
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CCDS81 ACMGGLPSNAYSAIKNLGGLETEDDYSYQGHMQSCNFSAEKAKVYINDSVELS-QNEQKL
340 350 360 370 380 390
240 250 260 270 280 290
pF1KE6 VEAVALYNPVSFAFEVTQDFMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNHAVLAVGYGEKNGIPYWIV
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CCDS81 AAWLAKRGPISVAINAF-GMQFYRHGISRPLRPLCSPWLIDHAVLLVGYGNRSDVPFWAI
400 410 420 430 440
300 310 320 330
pF1KE6 KNSWGPQWGMNGYFLIERGKNMCGLAACASYPIPLV
::::: .:: .::. ..::.. ::. . :: .
CCDS81 KNSWGTDWGEKGYYYLHRGSGACGVNTMASSAVVD
450 460 470 480
>>CCDS55634.1 CTSS gene_id:1520|Hs108|chr1 (281 aa)
initn: 381 init1: 174 opt: 584 Z-score: 723.2 bits: 141.9 E(32554): 5.8e-34
Smith-Waterman score: 584; 42.3% identity (74.1% similar) in 201 aa overlap (134-331:82-279)
110 120 130 140 150 160
pF1KE6 ATKSNYLRGTGPYPPSVDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLS
..:.::.::.::..::::. . . :::..:
CCDS55 WEKNLKFVMLHNLEHSMGMHSYDLGMNHLGDMGSCGACWAFSAVGALEAQLKLKTGKLVS
60 70 80 90 100 110
170 180 190 200 210 220
pF1KE6 LAEQQLVDCAQD-FNNHGCQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDTYPYQGKDGYCKFQPGKAI
:. :.::::. . ..:.::.::. . ::.::. :::: .. .:::.. : :...
CCDS55 LSAQNLVDCSTEKYGNKGCNGGFMTTAFQYIIDNKGIDSDASYPYKAMDQKCQYDSKYRA
120 130 140 150 160 170
230 240 250 260 270 280
pF1KE6 GFVKDVANITIYDEEAMVEAVALYNPVSFAFEVTQ-DFMMYRTGIYSSTSCHKTPDKVNH
. . ... :... :::: .::: . .. . .:..::.:.: :: . .:::
CCDS55 ATCSKYTELPYGREDVLKEAVANKGPVSVGVDARHPSFFLYRSGVYYEPSCTQ---NVNH
180 190 200 210 220
290 300 310 320 330
pF1KE6 AVLAVGYGEKNGIPYWIVKNSWGPQWGMNGYFLIERGK-NMCGLAACASYPIPLV
.::.::::. :: ::.:::::: ..: .::. . :.: : ::.:. :::
CCDS55 GVLVVGYGDLNGKEYWLVKNSWGHNFGEEGYIRMARNKGNHCGIASFPSYPEI
230 240 250 260 270 280
>>CCDS3794.1 CTSO gene_id:1519|Hs108|chr4 (321 aa)
initn: 418 init1: 206 opt: 535 Z-score: 662.0 bits: 130.8 E(32554): 1.5e-30
Smith-Waterman score: 538; 32.0% identity (61.1% similar) in 334 aa overlap (5-329:6-317)
10 20 30 40 50
pF1KE6 MWATLPLLCAGAWLLGVPVCGAAELSVNSLEKFHFKSW-MSKHRKTYSTEEYHHRLQTF
:: : ::: . :... ..: : .: :..:.. . .: .: . .
CCDS37 MDVRALPWL---PWLLWLLCRGGGD--ADSRAPFT-PTWPRSREREAAAFRESLNRHRYL
10 20 30 40 50
60 70 80 90 100 110
pF1KE6 ASNWRKINAHNNGNHTFKMALNQFSDMSFAEIKHKYLWSEPQNCSATKSNYLRGTGP---
: . . : : ...:::: . :.: :: :.:.. : .. . :
CCDS37 NSLF------PSENSTAFYGINQFSYLFPEEFKAIYLRSKPSKFP-RYSAEVHMSIPNVS
60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE6 YPPSVDWRKKGNFVSPVKNQGACGSCWTFSTTGALESAIAIATGKMLSLAEQQLVDCAQD
: ::: : . :. :.:: ::.::.::..::.::: :: . .:. ::..::.
CCDS37 LPLRFDWRDK-QVVTQVRNQQMCGGCWAFSVVGAVESAYAIKGKPLEDLSVQQVIDCS--
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE6 FNNHGCQGGLPSQAFEYILYNKGIMGEDT-YPYQGKDGYCKFQPGKAIGF-VKDVANITI
.::.::.:: .:.... . . .:. ::.....: :.. :. :: .: . .
CCDS37 YNNYGCNGGSTLNALNWLNKMQVKLVKDSEYPFKAQNGLCHYFSGSHSGFSIKGYSAYDF
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]