FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5745, 640 aa 1>>>pF1KE5745 640 - 640 aa - 640 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.6187+/-0.000388; mu= 9.1065+/- 0.024 mean_var=164.4726+/-34.491, 0's: 0 Z-trim(117.4): 139 B-trim: 727 in 2/52 Lambda= 0.100006 statistics sampled from 29260 (29411) to 29260 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.702), E-opt: 0.2 (0.345), width: 16 Scan time: 10.550 The best scores are: opt bits E(85289) XP_016875499 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 1796 271.8 6.1e-72 NP_001265322 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-ter ( 712) 1796 271.8 6.1e-72 XP_016875500 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 1796 271.8 6.1e-72 NP_115523 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-termin ( 712) 1796 271.8 6.1e-72 NP_001035862 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-ter ( 712) 1796 271.8 6.1e-72 XP_016875498 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 712) 1796 271.8 6.1e-72 XP_011537104 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_011537106 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_011537107 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_011537105 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_005269229 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_011537102 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_005269230 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_005269231 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_011537103 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 743) 1381 211.9 6.6e-54 XP_016875501 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 561) 1210 187.1 1.4e-46 XP_011537108 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin c ( 505) 852 135.4 4.7e-31 XP_016878257 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 351) 535 89.6 2.1e-17 XP_016878256 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435) 535 89.7 2.4e-17 XP_016878255 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 435) 535 89.7 2.4e-17 NP_001243631 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-ter ( 476) 535 89.7 2.6e-17 XP_016878253 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 535 89.7 2.7e-17 XP_016878252 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 535 89.7 2.7e-17 XP_016878254 (OMIM: 604728) PREDICTED: ubiquitin c ( 498) 535 89.7 2.7e-17 XP_005256632 (OMIM: 612116) PREDICTED: ubiquitin c ( 420) 335 60.8 1.2e-08 NP_056091 (OMIM: 612116) ubiquitin carboxyl-termin ( 525) 335 60.9 1.4e-08 NP_001138545 (OMIM: 300975,300984) ubiquitin carbo ( 438) 326 59.5 2.9e-08 XP_016883749 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 513) 268 51.2 1.1e-05 XP_016883750 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 513) 268 51.2 1.1e-05 NP_001001992 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-ter ( 822) 268 51.3 1.6e-05 XP_016883748 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 822) 268 51.3 1.6e-05 XP_016883747 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 822) 268 51.3 1.6e-05 NP_001027582 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-ter ( 823) 268 51.3 1.6e-05 XP_016883746 (OMIM: 604735) PREDICTED: ubiquitin c ( 823) 268 51.3 1.6e-05 NP_006438 (OMIM: 604735) ubiquitin carboxyl-termin ( 823) 268 51.3 1.6e-05 XP_011537091 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 305) 225 44.8 0.00054 XP_016875484 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 443) 225 44.9 0.00072 XP_016875482 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 443) 225 44.9 0.00072 XP_016875483 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 443) 225 44.9 0.00072 XP_016875481 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 538) 225 45.0 0.00084 NP_006759 (OMIM: 604986) BRCA1-associated protein ( 592) 225 45.0 0.0009 XP_005254001 (OMIM: 604986) PREDICTED: BRCA1-assoc ( 633) 225 45.1 0.00095 NP_001308157 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1215) 226 45.4 0.0014 NP_006035 (OMIM: 300272,300863) histone deacetylas (1215) 226 45.4 0.0014 NP_001308156 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1215) 226 45.4 0.0014 NP_001308158 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1215) 226 45.4 0.0014 NP_001308155 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1215) 226 45.4 0.0014 NP_001308154 (OMIM: 300272,300863) histone deacety (1229) 226 45.4 0.0014 NP_006528 (OMIM: 604728) ubiquitin carboxyl-termin ( 520) 212 43.1 0.003 XP_011539358 (OMIM: 615146) PREDICTED: ubiquitin c ( 600) 203 41.9 0.0082 >>XP_016875499 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin carbo (712 aa) initn: 2554 init1: 803 opt: 1796 Z-score: 1412.6 bits: 271.8 E(85289): 6.1e-72 Smith-Waterman score: 2582; 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XP_016 FRQCFLKLD---LNQWLAMTASEKTRSCKHPPVTDTVVYQMNECQEKDTGFVCSRQSSLS 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 pF1KE5 --WNGRASISRSLELIQNKEPSSKHISLCRELHTLFRVMWSGKWALVSPFAMLHSVWSLI .: :: .:..:::: :::.:..::::.::::::.:::::::::::::::::::: :: XP_016 SGLSGGASKGRKMELIQPKEPTSQYISLCHELHTLFQVMWSGKWALVSPFAMLHSVWRLI 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 PAFRGYDQQDAQEFLCELLHKVQQELESEGTTRRILIPFSQRKLTKQVLKVVNTIFHGQL :::::: :::::::::::: :.:.:::. ::. ::: ::::: ::::.:::.:::::: XP_016 PAFRGYAQQDAQEFLCELLDKIQRELETTGTSLPALIPTSQRKLIKQVLNVVNNIFHGQL 420 430 440 450 460 470 450 460 470 480 490 500 pF1KE5 LSQVTCISCNYKSNTIEPFWDLSLEFPERYHCIEKGFVPLNQTECLLTEMLAKFTETEAL ::::::..:. :::::::::::::::::::.: : . . ::.::::::::::::: XP_016 LSQVTCLACDNKSNTIEPFWDLSLEFPERYQCSGKD---IASQPCLVTEMLAKFTETEAL 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 pF1KE5 EGRIYACDQCNSKRRKSNPKPLVLSEARKQLMIYRLPQVLRLHLKRFRWSGRNHREKIGV ::.::.:::::::::. . ::.::.::.::::: .::::::::::::::::::.:::::: XP_016 EGKIYVCDQCNSKRRRFSSKPVVLTEAQKQLMICHLPQVLRLHLKRFRWSGRNNREKIGV 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 620 pF1KE5 HVVFDQVLTMEPYCCRDMLSSLDKETFAYDLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNTEGGACA :: :...:.:::::::. :.:: : : :::::::::::::::::::::::::.::: XP_016 HVGFEEILNMEPYCCRETLKSLRPECFIYDLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNSEGGFWV 600 610 620 630 640 650 630 640 pF1KE5 LLCGVGDTERG XP_016 HCNDSKLSMCTMDEVCKAQAYILFYTQRVTENGHSKLLPPELLLGSQHPNEDADTSSNEI 660 670 680 690 700 710 >>NP_115523 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-terminal h (712 aa) initn: 2554 init1: 803 opt: 1796 Z-score: 1412.6 bits: 271.8 E(85289): 6.1e-72 Smith-Waterman score: 2582; 59.9% identity (79.1% similar) in 654 aa overlap (1-626:4-647) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MDRCKHVGRLRLAQDHSILNPQKWCCLECATTESVWACLKCSHVACGRYIEDHALKH :: :::::.:.:::::: :::::: :..: ::::.::::.:::::::::::.::::: NP_115 MLAMDTCKHVGQLQLAQDHSSLNPQKWHCVDCNTTESIWACLSCSHVACGRYIEEHALKH 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 FEETGHPLAMEVRDLYVFCYLCKDYVLNDNPEGDLKLLRSSLLAVRGQKQDTPVRRGRTL :.:..::.:.:: ..::::::: ::::::: ::::::: .: :...:. .: :: : NP_115 FQESSHPVALEVNEMYVFCYLCDDYVLNDNTTGDLKLLRRTLSAIKSQNYHCTTRSGRFL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 RSMASGEDVVL----PQRAPQGQPQMLTALWYRRQRLLARTLRLWFEKSSRGQAKLEQRR :::..:.: . : :.. :. ::::.::. :... .: :::.: :. : :. 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NP_115 FRQCFLKLD---LNQWLAMTASEKTRSCKHPPVTDTVVYQMNECQEKDTGFVCSRQSSLS 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 pF1KE5 --WNGRASISRSLELIQNKEPSSKHISLCRELHTLFRVMWSGKWALVSPFAMLHSVWSLI .: :: .:..:::: :::.:..::::.::::::.:::::::::::::::::::: :: NP_115 SGLSGGASKGRKMELIQPKEPTSQYISLCHELHTLFQVMWSGKWALVSPFAMLHSVWRLI 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 PAFRGYDQQDAQEFLCELLHKVQQELESEGTTRRILIPFSQRKLTKQVLKVVNTIFHGQL :::::: :::::::::::: :.:.:::. ::. ::: ::::: ::::.:::.:::::: NP_115 PAFRGYAQQDAQEFLCELLDKIQRELETTGTSLPALIPTSQRKLIKQVLNVVNNIFHGQL 420 430 440 450 460 470 450 460 470 480 490 500 pF1KE5 LSQVTCISCNYKSNTIEPFWDLSLEFPERYHCIEKGFVPLNQTECLLTEMLAKFTETEAL ::::::..:. :::::::::::::::::::.: : . . ::.::::::::::::: NP_115 LSQVTCLACDNKSNTIEPFWDLSLEFPERYQCSGKD---IASQPCLVTEMLAKFTETEAL 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 pF1KE5 EGRIYACDQCNSKRRKSNPKPLVLSEARKQLMIYRLPQVLRLHLKRFRWSGRNHREKIGV ::.::.:::::::::. . ::.::.::.::::: .::::::::::::::::::.:::::: NP_115 EGKIYVCDQCNSKRRRFSSKPVVLTEAQKQLMICHLPQVLRLHLKRFRWSGRNNREKIGV 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 620 pF1KE5 HVVFDQVLTMEPYCCRDMLSSLDKETFAYDLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNTEGGACA :: :...:.:::::::. :.:: : : :::::::::::::::::::::::::.::: NP_115 HVGFEEILNMEPYCCRETLKSLRPECFIYDLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNSEGGFWV 600 610 620 630 640 650 630 640 pF1KE5 LLCGVGDTERG NP_115 HCNDSKLSMCTMDEVCKAQAYILFYTQRVTENGHSKLLPPELLLGSQHPNEDADTSSNEI 660 670 680 690 700 710 >>NP_001035862 (OMIM: 610993) ubiquitin carboxyl-termina (712 aa) initn: 2554 init1: 803 opt: 1796 Z-score: 1412.6 bits: 271.8 E(85289): 6.1e-72 Smith-Waterman score: 2582; 59.9% identity (79.1% similar) in 654 aa overlap (1-626:4-647) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MDRCKHVGRLRLAQDHSILNPQKWCCLECATTESVWACLKCSHVACGRYIEDHALKH :: :::::.:.:::::: :::::: :..: ::::.::::.:::::::::::.::::: NP_001 MLAMDTCKHVGQLQLAQDHSSLNPQKWHCVDCNTTESIWACLSCSHVACGRYIEEHALKH 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 FEETGHPLAMEVRDLYVFCYLCKDYVLNDNPEGDLKLLRSSLLAVRGQKQDTPVRRGRTL :.:..::.:.:: ..::::::: ::::::: ::::::: .: :...:. .: :: : NP_001 FQESSHPVALEVNEMYVFCYLCDDYVLNDNTTGDLKLLRRTLSAIKSQNYHCTTRSGRFL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 RSMASGEDVVL----PQRAPQGQPQMLTALWYRRQRLLARTLRLWFEKSSRGQAKLEQRR :::..:.: . : :.. :. ::::.::. :... .: :::.: :. : :. 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NP_001 FRQCFLKLD---LNQWLAMTASEKTRSCKHPPVTDTVVYQMNECQEKDTGFVCSRQSSLS 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 pF1KE5 --WNGRASISRSLELIQNKEPSSKHISLCRELHTLFRVMWSGKWALVSPFAMLHSVWSLI .: :: .:..:::: :::.:..::::.::::::.:::::::::::::::::::: :: NP_001 SGLSGGASKGRKMELIQPKEPTSQYISLCHELHTLFQVMWSGKWALVSPFAMLHSVWRLI 360 370 380 390 400 410 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 PAFRGYDQQDAQEFLCELLHKVQQELESEGTTRRILIPFSQRKLTKQVLKVVNTIFHGQL :::::: :::::::::::: :.:.:::. ::. ::: ::::: ::::.:::.:::::: NP_001 PAFRGYAQQDAQEFLCELLDKIQRELETTGTSLPALIPTSQRKLIKQVLNVVNNIFHGQL 420 430 440 450 460 470 450 460 470 480 490 500 pF1KE5 LSQVTCISCNYKSNTIEPFWDLSLEFPERYHCIEKGFVPLNQTECLLTEMLAKFTETEAL ::::::..:. :::::::::::::::::::.: : . . ::.::::::::::::: NP_001 LSQVTCLACDNKSNTIEPFWDLSLEFPERYQCSGKD---IASQPCLVTEMLAKFTETEAL 480 490 500 510 520 530 510 520 530 540 550 560 pF1KE5 EGRIYACDQCNSKRRKSNPKPLVLSEARKQLMIYRLPQVLRLHLKRFRWSGRNHREKIGV ::.::.:::::::::. . ::.::.::.::::: .::::::::::::::::::.:::::: NP_001 EGKIYVCDQCNSKRRRFSSKPVVLTEAQKQLMICHLPQVLRLHLKRFRWSGRNNREKIGV 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 620 pF1KE5 HVVFDQVLTMEPYCCRDMLSSLDKETFAYDLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNTEGGACA :: :...:.:::::::. :.:: : : :::::::::::::::::::::::::.::: NP_001 HVGFEEILNMEPYCCRETLKSLRPECFIYDLSAVVMHHGKGFGSGHYTAYCYNSEGGFWV 600 610 620 630 640 650 630 640 pF1KE5 LLCGVGDTERG NP_001 HCNDSKLSMCTMDEVCKAQAYILFYTQRVTENGHSKLLPPELLLGSQHPNEDADTSSNEI 660 670 680 690 700 710 >>XP_016875498 (OMIM: 610993) PREDICTED: ubiquitin carbo (712 aa) initn: 2554 init1: 803 opt: 1796 Z-score: 1412.6 bits: 271.8 E(85289): 6.1e-72 Smith-Waterman score: 2582; 59.9% identity (79.1% similar) in 654 aa overlap (1-626:4-647) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MDRCKHVGRLRLAQDHSILNPQKWCCLECATTESVWACLKCSHVACGRYIEDHALKH :: :::::.:.:::::: :::::: :..: ::::.::::.:::::::::::.::::: XP_016 MLAMDTCKHVGQLQLAQDHSSLNPQKWHCVDCNTTESIWACLSCSHVACGRYIEEHALKH 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 FEETGHPLAMEVRDLYVFCYLCKDYVLNDNPEGDLKLLRSSLLAVRGQKQDTPVRRGRTL :.:..::.:.:: ..::::::: ::::::: ::::::: .: :...:. .: :: : XP_016 FQESSHPVALEVNEMYVFCYLCDDYVLNDNTTGDLKLLRRTLSAIKSQNYHCTTRSGRFL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 RSMASGEDVVL----PQRAPQGQPQMLTALWYRRQRLLARTLRLWFEKSSRGQAKLEQRR :::..:.: . : :.. :. ::::.::. :... .: :::.: :. : :. 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