FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5669, 534 aa 1>>>pF1KE5669 534 - 534 aa - 534 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.2258+/-0.000356; mu= 19.6742+/- 0.022 mean_var=81.5816+/-16.323, 0's: 0 Z-trim(115.4): 15 B-trim: 73 in 2/52 Lambda= 0.141997 statistics sampled from 25828 (25840) to 25828 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.67), E-opt: 0.2 (0.303), width: 16 Scan time: 7.580 The best scores are: opt bits E(85289) NP_116035 (OMIM: 608855) protein tweety homolog 2 ( 534) 3592 745.8 7.7e-215 NP_001317382 (OMIM: 608855) protein tweety homolog ( 513) 3280 681.8 1.3e-195 NP_443101 (OMIM: 608855) protein tweety homolog 2 ( 213) 1445 305.6 9.8e-83 NP_079526 (OMIM: 608919) protein tweety homolog 3 ( 523) 1379 292.4 2.2e-78 XP_011513837 (OMIM: 608919) PREDICTED: protein twe ( 526) 1332 282.8 1.8e-75 NP_065710 (OMIM: 605784) protein tweety homolog 1 ( 450) 1227 261.2 4.7e-69 NP_001188390 (OMIM: 605784) protein tweety homolog ( 451) 1227 261.2 4.8e-69 NP_001005367 (OMIM: 605784) protein tweety homolog ( 460) 1147 244.8 4.1e-64 XP_016882515 (OMIM: 605784) PREDICTED: protein twe ( 365) 1005 215.7 2e-55 XP_016882514 (OMIM: 605784) PREDICTED: protein twe ( 375) 925 199.3 1.7e-50 XP_016868145 (OMIM: 608919) PREDICTED: protein twe ( 491) 777 169.1 2.9e-41 XP_016868144 (OMIM: 608919) PREDICTED: protein twe ( 494) 730 159.4 2.3e-38 >>NP_116035 (OMIM: 608855) protein tweety homolog 2 isof (534 aa) initn: 3592 init1: 3592 opt: 3592 Z-score: 3978.1 bits: 745.8 E(85289): 7.7e-215 Smith-Waterman score: 3592; 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NP_079 LFLLFYSFWLC-CRRRKSEEHLDADCCCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIHR 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 LMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGS ::: ::.: .:.. : :. .. : : : . .:.: . :.... .: . . NP_079 ATYSLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLET 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 VVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKC .. ...: ::.... : :..:. ..::::.:: :..::..:::.. .:: . :: NP_079 LLGYTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSKG 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KE5 LLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTE--GQISTEVTRYYL .:... :.:.:..::..:. . ...:..::::: ::... ...: . .: .. .::: NP_079 ILVGVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYYL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 YCSQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEED-LLAIQLLLNSSESS :: ...:::: :. ..::. :: :: ::. .:: . : .: :: .: .::..: . 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NP_079 VTEYMSQNANF-QNPRCENTPLIGRESPPPSYTSSMRAKYLATSQPRPDSSGSH 480 490 500 510 520 >>XP_011513837 (OMIM: 608919) PREDICTED: protein tweety (526 aa) initn: 1097 init1: 519 opt: 1332 Z-score: 1476.0 bits: 282.8 E(85289): 1.8e-75 Smith-Waterman score: 1338; 40.8% identity (70.7% similar) in 532 aa overlap (4-532:2-516) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL : :.: ::::: :: .:: : . ..: : : : .::..::.:: .: .::.:.: XP_011 MAGVSYAAPWWVSLLHRLPHFDLSWEATSSQFRPEDTDYQQALLLLGAAALACLALDL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTKQHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGAYQ .::. : : ::: . . . :: .: ...: :.: :...::::::.::.:: .. XP_011 LFLLFYSFWLC-CRRRKSEEHLDADCCCTAWCVIIATLVCSAGIAVGFYGNGETSDGIHR 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 LMYSLDDANHTFSGIDALVSGTTQKMKVDLEQHLARLSEIFAARGDYLQTLKFIQQMAGS ::: ::.: .:.. : :. .. : : : . .:.: . :.... .: . . XP_011 ATYSLRHANRTVAGVQDRVWDTAVGLNHTAEPSLQTLERQLAGRPEPLRAVQRLQGLLET 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 VVVQLSGLPVWREVTMELTKLSDQTGYVEYYRWLSYLLLFILDLVICLIACLGLAKRSKC .. ...: ::.... : :..:. ..::::.:: :..::..:::.. .:: . :: XP_011 LLGYTAAIPFWRNTAVSLEVLAEQVDLYDWYRWLGYLGLLLLDVIICLLVLVGLIRSSKG 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KE5 LLASMLCCGALSLLLSWASLAADGSAAVATSDFCVAPDTFILNVTE--GQISTEVTRYYL .:... :.:.:..::..:. . ...:..::::: ::... ...: . .: .. .::: XP_011 ILVGVCLLGVLALVISWGALGLELAVSVGSSDFCVDPDAYVTKMVEEYSVLSGDILQYYL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 YCSQSGSSPFQQTLTTFQRALTTMQIQVAGLLQFAVPLFSTAEED-LLAIQLLLNSSESS :: ...:::: :. ..::. :: :: ::. .:: . : .: :: .: .::..: . XP_011 ACSPRAANPFQQKLSGSHKALVEMQDVVAELLR-TVPWEQPATKDPLLRVQEVLNGTEVN 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 LHQLTAMVDCRGLHKDYLDALAGICYDGLQGLLYLGLFSFLAALAFSTMICAGPRAWKHF :..:::.::::.:: ::..::.:.::::..::.::.::::..:: ::...:. :..:.. XP_011 LQHLTALVDCRSLHLDYVQALTGFCYDGVEGLIYLALFSFVTALMFSSIVCSVPHTWQQ- 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 TTRNRDYDDIDDDDPFNPQAWCMAAHSPPRGQLHSFCSYSSGLGSQTSLQPPAQTISNAP :. : : .. : .:. .: : : .. :. : .:. ::.::. :.:.:::: XP_011 -KRGPDEDGEEEAAP-GPR---QAHDSLYRVHMPSLYSCGSSYGSETSIPAAAHTVSNAP 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 VSEYMNQAMLFGRNPRYENVPLIGRASPPPTYSPSMRATYLSVADEHLRHYGNQFPA :.:::.: : .::: ::.::::: ::::. ::.. : : : :: XP_011 VTEYMSQNANF-QNPRCENTPLIGRESPPPS-------RYLAALDSG-SHAGWQFKPMDS 480 490 500 510 520 XP_011 ARTLW >>NP_065710 (OMIM: 605784) protein tweety homolog 1 isof (450 aa) initn: 818 init1: 545 opt: 1227 Z-score: 1360.6 bits: 261.2 E(85289): 4.7e-69 Smith-Waterman score: 1227; 43.5% identity (74.5% similar) in 428 aa overlap (13-436:12-438) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MQAARVDYIAPWWVVWLHSVPHVGLRLQPVNSTFSPGDESYQESLLFLGLVAAVCLGLNL :: ::..:.. ..:.:: :.:.: .. ::..::... .:.. :::.: NP_065 MGAPPGYRPSAWVHLLHQLPRADFQLRPVPSVFAPQEQEYQQALLLVAALAGLGLGLSL 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 pF1KE5 IFLVAYLVCACHCRRDDAVQTK--QHHSCCITWTAVVAGLICCAAVGVGFYGNSETNDGA ::...::. : :: . .: . . :.::. .:: : :...:.::::::::.::. 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