FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4127, 520 aa 1>>>pF1KE4127 520 - 520 aa - 520 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8749+/-0.000417; mu= -7.9569+/- 0.026 mean_var=465.6436+/-94.116, 0's: 0 Z-trim(124.7): 7 B-trim: 0 in 0/59 Lambda= 0.059436 statistics sampled from 46814 (46821) to 46814 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.8), E-opt: 0.2 (0.549), width: 16 Scan time: 11.020 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein ME ( 520) 3566 319.8 1.2e-86 NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin- ( 659) 1057 104.8 8.3e-22 XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 598) 1028 102.3 4.4e-21 NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D ( 651) 1028 102.3 4.6e-21 NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein ME ( 666) 1028 102.3 4.7e-21 NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B ( 569) 1008 100.5 1.4e-20 XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding ( 417) 597 65.2 4.5e-10 >>NP_001087194 (OMIM: 611007) RNA-binding protein MEX3A (520 aa) initn: 3566 init1: 3566 opt: 3566 Z-score: 1676.5 bits: 319.8 E(85289): 1.2e-86 Smith-Waterman score: 3566; 100.0% identity (100.0% similar) in 520 aa overlap (1-520:1-520) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MPSLVVSGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLGEPPAPTAGE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 MPSLVVSGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLGEPPAPTAGE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 DGGGGGGGAPAQPAAPPQPAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 DGGGGGGGAPAQPAAPPQPAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 EAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 EAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVT 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE4 GRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVAPALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVAPALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVG 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE4 PKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 PKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILEYNN 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE4 ENDFLAGSPDAAIDSRYSDAWRVHQPGCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGFEAPRLGEQG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 ENDFLAGSPDAAIDSRYSDAWRVHQPGCKPLSTFRQNSLGCIGECGVDSGFEAPRLGEQG 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE4 GDFGYGGYLFPGYGVGKQDVYYGVAETSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GDFGYGGYLFPGYGVGKQDVYYGVAETSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARA 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 GPPGAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 GPPGAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE4 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: NP_001 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS 490 500 510 520 >>NP_057710 (OMIM: 611005) RNA-binding E3 ubiquitin-prot (659 aa) initn: 1346 init1: 507 opt: 1057 Z-score: 512.5 bits: 104.8 E(85289): 8.3e-22 Smith-Waterman score: 1336; 46.3% identity (67.2% similar) in 533 aa overlap (28-513:121-652) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MPSLVVSGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLGEPPAPT : :::.:. . .. : : ::: : NP_057 ERAPPGRPGAPEAAELELEEDEEEGEEAELDGDLLEEEELEEAEEEDRSSLLLLSPPAAT 100 110 120 130 140 150 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 AGEDGG--GGGGGAPAQPAAPPQPAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPT-----APKGA :.. ::. :. ::: . :: .. .. :: . .: : NP_057 ASQTQQIPGGSLGSVLLPAARFDAREAAAAAAAAGVLYGGDDAQGMMAAMLSHAYGPGGC 160 170 180 190 200 210 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 SDAKLCALYKEAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPV . : ..: : . : :::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::: NP_057 GAAAAALNGEQAALLRRKSVNTTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPV 220 230 240 250 260 270 180 190 200 210 220 pF1KE4 RGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFG---VAPALPGQVTIR :::::.:.::::.:::: :.:::.:::::::::::::::.: :.: .: ::::.:.. NP_057 RGEEPIFVVTGRKEDVAMAKREILSAAEHFSMIRASRNKNGPALGGLSCSPNLPGQTTVQ 280 290 300 310 320 330 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 VRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETH ::::::::::::::::::::::::::.:::.:::::..::::.:: : ::.::::::: : NP_057 VRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEMH 340 350 360 370 380 390 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 IAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDS-RYSDAWRVHQP----GCKPLSTFRQNSLGCI ::.:::. .: :.:::: .. :..... ..:: .: . .:..:..: . . NP_057 IAMRTGNYIELNEENDFHYNGTDVSFEGGTLGSAWLSSNPVPPSRARMISNYRNDSSSSL 400 410 420 430 440 450 350 360 370 380 390 pF1KE4 GECGVDSGFEAPRLGE--QGGDFGYGGYLFPGY--GVGKQDV------YYGVAETSPPLW : ..:: : . ::.. . :. :.. : .::..:. . .. .. .: NP_057 GSGSTDSYFGSNRLADFSPTSPFSTGNFWFGDTLPSVGSEDLAVDSPAFDSLPTSAQTIW 460 470 480 490 500 510 400 410 420 430 pF1KE4 AGQENATPTSVLFSSASSS------SSSSAKARAGP--------PGAHR--SPATSAGPE . : ..: : . :. :.. .:. . : .: : :.: : :.: . NP_057 TPFEPVNPLSGFGSDPSGNMKTQRRGSQPSTPRLSPTFPESIEHPLARRVRSDPPSTGNH 520 530 540 550 560 570 440 450 460 470 480 490 pF1KE4 LAGLPRRPPG--EPLQGFSKLGGGGLRS-PGGGR---DCMVCFESEVTAALVPCGHNLFC . ::: :. . ...:. .::. : : .: ::..:::.:: :::::::::::: NP_057 V-GLPIYIPAFSNGTNSYSSSNGGSTSSSPPESRRKHDCVICFENEVIAALVPCGHNLFC 580 590 600 610 620 500 510 520 pF1KE4 MECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS :::: .:::. : ::::. ..: NP_057 MECANKICEKRTPSCPVCQTAVTQAIQIHS 630 640 650 >>XP_016855266 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro (598 aa) initn: 846 init1: 501 opt: 1028 Z-score: 499.6 bits: 102.3 E(85289): 4.4e-21 Smith-Waterman score: 1097; 46.0% identity (62.1% similar) in 485 aa overlap (37-455:5-472) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 SGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLG---EPPAPTAGEDG- ::.:::::: :::: . :. :: XP_016 DAAAALRLALDQLSALGLGGAGDTDEEGAAGDGA 10 20 30 70 80 90 100 pF1KE4 ---GGGGGGAPAQPAAPPQP---APPP--PPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPT--------- ::. ::: .:. : : ::: : .:: . : : :. : :: XP_016 AAAGGADGGAAPEPVPPDGPEAGAPPTLAPAVAPGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVF 40 50 60 70 80 90 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 ---APKGASDAKLCALYKEAEL--RLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRA ::. :. . : . . : : : :::::::.:::::::::::::::::::: XP_016 AGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRA 100 110 120 130 140 150 170 180 190 200 210 pF1KE4 KTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVA--- :::::::::::::::::.::::.::: :.:::.:::::::.:::.:.:.:. :.: XP_016 KTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGP 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 pF1KE4 PALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNV : ::::.::.::::::::::::::::::::::::.:.:::.::.::..::: .:: : :: XP_016 PNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENV 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE4 ERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA--W-RVHQPGCKPLSTF .:::::::.::..::: . . . ..:: :.. :. .: . : : .. . : .: .. XP_016 DRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLWAKTPNQGRRPPTA- 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 pF1KE4 RQNSLGCIGEC--GVDSGFEAPRLGEQGGDF-------------GYGGYLF----PGYGV . : :. :. :. :: : .:: : ::. : :: : XP_016 ---TAGLRGDTALGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPDPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPV 340 350 360 370 380 390 380 390 400 410 420 pF1KE4 GK---QDVYYG------VAETSPP----LWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARAGP : .: .: . . . : .:: : :.: .. :. :.... :: XP_016 GTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERAAPLPAF------SGCSTVNGAPGP 400 410 420 430 440 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 P--GAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA : ::.:: .: :: ::. : : : .: XP_016 PAAGARRS----SG---AGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPV 450 460 470 480 490 490 500 510 520 pF1KE4 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS XP_016 SFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSASSAPALARECVVCAEGEVMA 500 510 520 530 540 550 >>NP_976049 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D iso (651 aa) initn: 1006 init1: 501 opt: 1028 Z-score: 499.1 bits: 102.3 E(85289): 4.6e-21 Smith-Waterman score: 1097; 46.0% identity (62.1% similar) in 485 aa overlap (37-455:58-525) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 SGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLG---EPPAPTAGEDG- ::.:::::: :::: . :. :: NP_976 PGPGPAPPPEGAQEAAPAPRPPPEPDDAAAALRLALDQLSALGLGGAGDTDEEGAAGDGA 30 40 50 60 70 80 70 80 90 100 pF1KE4 ---GGGGGGAPAQPAAPPQP---APPP--PPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPT--------- ::. ::: .:. : : ::: : .:: . : : :. : :: NP_976 AAAGGADGGAAPEPVPPDGPEAGAPPTLAPAVAPGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVF 90 100 110 120 130 140 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 ---APKGASDAKLCALYKEAEL--RLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRA ::. :. . : . . : : : :::::::.:::::::::::::::::::: NP_976 AGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRA 150 160 170 180 190 200 170 180 190 200 210 pF1KE4 KTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVA--- :::::::::::::::::.::::.::: :.:::.:::::::.:::.:.:.:. :.: NP_976 KTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGP 210 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 pF1KE4 PALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNV : ::::.::.::::::::::::::::::::::::.:.:::.::.::..::: .:: : :: NP_976 PNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENV 270 280 290 300 310 320 280 290 300 310 320 330 pF1KE4 ERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA--W-RVHQPGCKPLSTF .:::::::.::..::: . . . ..:: :.. :. .: . : : .. . : .: .. NP_976 DRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLWAKTPNQGRRPPTA- 330 340 350 360 370 380 340 350 360 370 pF1KE4 RQNSLGCIGEC--GVDSGFEAPRLGEQGGDF-------------GYGGYLF----PGYGV . : :. :. :. :: : .:: : ::. : :: : NP_976 ---TAGLRGDTALGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPDPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPV 390 400 410 420 430 440 380 390 400 410 420 pF1KE4 GK---QDVYYG------VAETSPP----LWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARAGP : .: .: . . . : .:: : :.: .. :. :.... :: NP_976 GTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERAAPLPAF------SGCSTVNGAPGP 450 460 470 480 490 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 P--GAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA : ::.:: .: :: ::. : : : .: NP_976 PAAGARRS----SG---AGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPV 500 510 520 530 540 550 490 500 510 520 pF1KE4 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS NP_976 SFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSASSAPALARECVVCAEGEVMA 560 570 580 590 600 610 >>NP_001167589 (OMIM: 611009) RNA-binding protein MEX3D (666 aa) initn: 991 init1: 501 opt: 1028 Z-score: 499.0 bits: 102.3 E(85289): 4.7e-21 Smith-Waterman score: 1097; 46.0% identity (62.1% similar) in 485 aa overlap (37-455:58-525) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 SGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLG---EPPAPTAGEDG- ::.:::::: :::: . :. :: NP_001 PGPGPAPPPEGAQEAAPAPRPPPEPDDAAAALRLALDQLSALGLGGAGDTDEEGAAGDGA 30 40 50 60 70 80 70 80 90 100 pF1KE4 ---GGGGGGAPAQPAAPPQP---APPP--PPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPT--------- ::. ::: .:. : : ::: : .:: . : : :. : :: NP_001 AAAGGADGGAAPEPVPPDGPEAGAPPTLAPAVAPGSLPLLDPNASPPPPPPPRPSPPDVF 90 100 110 120 130 140 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 ---APKGASDAKLCALYKEAEL--RLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRA ::. :. . : . . : : : :::::::.:::::::::::::::::::: NP_001 AGFAPHPAALGPPTLLADQMSVIGSRKKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRA 150 160 170 180 190 200 170 180 190 200 210 pF1KE4 KTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVA--- :::::::::::::::::.::::.::: :.:::.:::::::.:::.:.:.:. :.: NP_001 KTNTYIKTPVRGEEPVFIVTGRKEDVEMAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQGP 210 220 230 240 250 260 220 230 240 250 260 270 pF1KE4 PALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNV : ::::.::.::::::::::::::::::::::::.:.:::.::.::..::: .:: : :: NP_001 PNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPENV 270 280 290 300 310 320 280 290 300 310 320 330 pF1KE4 ERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA--W-RVHQPGCKPLSTF .:::::::.::..::: . . . ..:: :.. :. .: . : : .. . : .: .. NP_001 DRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLWAKTPNQGRRPPTA- 330 340 350 360 370 380 340 350 360 370 pF1KE4 RQNSLGCIGEC--GVDSGFEAPRLGEQGGDF-------------GYGGYLF----PGYGV . : :. :. :. :: : .:: : ::. : :: : NP_001 ---TAGLRGDTALGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPDPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGAPV 390 400 410 420 430 440 380 390 400 410 420 pF1KE4 GK---QDVYYG------VAETSPP----LWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARAGP : .: .: . . . : .:: : :.: .. :. :.... :: NP_001 GTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERAAPLPAF------SGCSTVNGAPGP 450 460 470 480 490 430 440 450 460 470 480 pF1KE4 P--GAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVTAA : ::.:: .: :: ::. : : : .: NP_001 PAAGARRS----SG---AGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQGPV 500 510 520 530 540 550 490 500 510 520 pF1KE4 LVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS NP_001 SFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSASSAPALARECVVCAEGEVMA 560 570 580 590 600 610 >>NP_115622 (OMIM: 611008) RNA-binding protein MEX3B [Ho (569 aa) initn: 975 init1: 512 opt: 1008 Z-score: 490.6 bits: 100.5 E(85289): 1.4e-20 Smith-Waterman score: 1044; 45.8% identity (60.8% similar) in 485 aa overlap (1-463:1-391) 10 20 30 40 50 60 pF1KE4 MPSLVVSGIMERNGGFGELGCFGGSAKDRGLLEDERALQLALDQLCLLGLGEPPAPTAGE ::: . . .::::. : : :::. :.:.:::::::::: :::: NP_115 MPSSLFAD-LERNGSGG--GG-GGSSGGGETLDDQRALQLALDQLSLLGLD--------- 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 DGGGGGGGAPAQPAAPPQPAPPPPPAAPPAAPTAAPAAQTPQPPTAPKGASDAKLCALYK . .::: :: NP_115 ---------------------------------------------SDEGAS------LY- 50 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 EAELRLKGSSNTTECVPVPTSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVT ..: : : : : :::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: NP_115 DSEPR-KKSVNMTECVPVPSSEHVAEIVGRQGCKIKALRAKTNTYIKTPVRGEEPVFVVT 60 70 80 90 100 110 190 200 210 220 230 pF1KE4 GRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVAPA---LPGQVTIRVRVPYRVVGL ::.:::: :::::::::::::::::::::. : :..:. ::::.::.:::::::::: NP_115 GRKEDVAMARREIISAAEHFSMIRASRNKNTALNGAVPGPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGL 120 130 140 150 160 170 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 VVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPGNVERAREEIETHIAVRTGKILE ::::::::::::::::.:::.:::::..::::.:: : ::.:::::::.:::.::: :.: NP_115 VVGPKGATIKRIQQQTHTYIVTPSRDKEPVFEVTGMPENVDRAREEIEAHIALRTGGIIE 180 190 200 210 220 230 300 310 320 330 340 pF1KE4 YNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA-------WR------VHQPGCKPLSTFRQNSLGCIGE ..:::: :.. :...: ..... : . :: ::.:..:..: . .: NP_115 LTDENDFHANGTDVGFDLHHGSGGSGPGSLWSKPTPSITPTPGRKPFSSYRNDSSSSLGS 240 250 260 270 280 290 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 CGVDSGFEAPRLGEQGGDFGYGGYLFPGYGVGKQDVYYGVAETSPPLWAGQENATPTSVL ..:: : :: . .. .. .:. ::: . : NP_115 ASTDSYF--------------GGGTSSSAAATQR-----LADYSPP-------SPALSFA 300 310 320 410 420 430 440 450 pF1KE4 FSSASSSSSSSAKARAGPPGAHRSPATSAGPELAGL----PRRPPGEPL--QGFSKLGGG .. ....... :: : :. .. ::: : ::: :: : . :: NP_115 HNGNNNNNGNGYTYTAG--GEASVPSPDGCPELQPTFDPAPAPPPGAPLIWAQFERSPGG 330 340 350 360 370 380 460 470 480 490 500 510 pF1KE4 GLRSPGGGRDCMVCFESEVTAALVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRI : .: NP_115 GPAAPVSSSCSSSASSSASSSSVVFPGGGASAPSNANLGLLVHRRLHPGTSCPRLSPPLH 390 400 410 420 430 440 >-- initn: 564 init1: 354 opt: 379 Z-score: 199.1 bits: 46.6 E(85289): 0.00024 Smith-Waterman score: 379; 54.5% identity (72.3% similar) in 112 aa overlap (417-520:459-569) 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 TSPPLWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARAGPPG---AHRSPATSAGPELAGL-PR ..:. : : :. . :.. : .: :: : NP_115 HRRLHPGTSCPRLSPPLHMAPGAGEHHLARRVRSDPGGGGLAYAAYANGLGAQLPGLQPS 430 440 450 460 470 480 450 460 470 480 490 pF1KE4 RPPGEPLQGFSKLGGG----GLRSPGGGRDCMVCFESEVTAALVPCGHNLFCMECAVRIC : .. :. ... ::: :. ::: ::::::: :::::::::::::::: ::: NP_115 DTSGSSSSSSSSSSSSSSSSGLRRKGS-RDCSVCFESEVIAALVPCGHNLFCMECANRIC 490 500 510 520 530 540 500 510 520 pF1KE4 ERTDPECPVCHITATQAIRIFS :...::::::: ..:::::::: NP_115 EKSEPECPVCHTAVTQAIRIFS 550 560 >>XP_016882300 (OMIM: 611009) PREDICTED: RNA-binding pro (417 aa) initn: 840 init1: 438 opt: 597 Z-score: 301.8 bits: 65.2 E(85289): 4.5e-10 Smith-Waterman score: 610; 42.0% identity (61.9% similar) in 307 aa overlap (189-455:2-291) 160 170 180 190 200 210 pF1KE4 RAKTNTYIKTPVRGEEPVFMVTGRREDVATARREIISAAEHFSMIRASRNKSGAAFGVA- :.:::.:::::::.:::.:.:.:. :.: XP_016 MAKREILSAAEHFSIIRATRSKAGGLPGAAQ 10 20 30 220 230 240 250 260 270 pF1KE4 --PALPGQVTIRVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQQTNTYIITPSRDRDPVFEITGAPG : ::::.::.::::::::::::::::::::::::.:.:::.::.::..::: .:: : XP_016 GPPNLPGQTTIQVRVPYRVVGLVVGPKGATIKRIQQRTHTYIVTPGRDKEPVFAVTGMPE 40 50 60 70 80 90 280 290 300 310 320 330 pF1KE4 NVERAREEIETHIAVRTGKILEYNNENDFLAGSPDAAIDSRYSDA--W-RVHQPGCKPLS ::.:::::::.::..::: . . . ..:: :.. :. .: . : : .. . : .: . XP_016 NVDRAREEIEAHITLRTGAFTDAGPDSDFHANGTDVCLDLLGAAASLWAKTPNQGRRPPT 100 110 120 130 140 150 340 350 360 370 pF1KE4 TFRQNSLGCIGEC--GVDSGFEAPRLGEQGGDF-------------GYGGYLF----PGY . . : :. :. :. :: : .:: : ::. : :: XP_016 A----TAGLRGDTALGAPSAPEAFYAGSRGGPSVPDPGPASPYSGSGNGGFAFGAEGPGA 160 170 180 190 200 380 390 400 410 420 pF1KE4 GVGK---QDVYYG------VAETSPP----LWAGQENATPTSVLFSSASSSSSSSAKARA :: .: .: . . . : .:: : :.: .. :. :.... XP_016 PVGTAAPDDCDFGFDFDFLALDLTVPAAATIWAPFERAAPLPAF------SGCSTVNGAP 210 220 230 240 250 260 430 440 450 460 470 pF1KE4 GPP--GAHRSPATSAGPELAGLPRRPPGEPLQGFSKLGGGGLRSPGGGRDCMVCFESEVT ::: ::.:: . :: ::. : : : .: XP_016 GPPAAGARRSSG-------AGTPRHSPTLPEPGGLRLELPLSRRGAPDPVGALSWRPPQG 270 280 290 300 310 480 490 500 510 520 pF1KE4 AALVPCGHNLFCMECAVRICERTDPECPVCHITATQAIRIFS XP_016 PVSFPGGAAFSTATSLPSSPAAAACAPLDSGASENSRKPPSASSAPALARECVVCAEGEV 320 330 340 350 360 370 520 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 04:33:48 2016 done: Tue Nov 8 04:33:50 2016 Total Scan time: 11.020 Total Display time: 0.040 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]