Result of FASTA (ccds) for pFN21AE5694
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE5694, 540 aa
  1>>>pF1KE5694 540 - 540 aa - 540 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1883+/-0.000888; mu= 14.7214+/- 0.053
 mean_var=93.8006+/-18.558, 0's: 0 Z-trim(108.3): 68  B-trim: 52 in 1/51
 Lambda= 0.132425
 statistics sampled from 10045 (10113) to 10045 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.677), E-opt: 0.2 (0.311), width:  16
 Scan time:  3.650

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS10858.1 DDX28 gene_id:55794|Hs108|chr16        ( 540) 3518 682.5 3.3e-196
CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12          ( 820)  580 121.3 4.3e-27
CCDS9918.1 DDX24 gene_id:57062|Hs108|chr14         ( 859)  365 80.3   1e-14
CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17        ( 938)  354 78.2 4.8e-14
CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5          (1031)  347 76.9 1.3e-13
CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5          (1032)  347 76.9 1.3e-13
CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12         ( 455)  332 73.8 4.8e-13
CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9          ( 585)  327 72.9 1.2e-12
CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12        ( 881)  328 73.2 1.4e-12
CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12        ( 882)  328 73.2 1.4e-12
CCDS59053.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7         ( 507)  310 69.6 9.7e-12
CCDS5492.1 DDX56 gene_id:54606|Hs108|chr7          ( 547)  310 69.7   1e-11
CCDS11767.1 EIF4A3 gene_id:9775|Hs108|chr17        ( 411)  304 68.4 1.8e-11


>>CCDS10858.1 DDX28 gene_id:55794|Hs108|chr16             (540 aa)
 initn: 3518 init1: 3518 opt: 3518  Z-score: 3636.1  bits: 682.5 E(32554): 3.3e-196
Smith-Waterman score: 3518; 100.0% identity (100.0% similar) in 540 aa overlap (1-540:1-540)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE5 MALTRPVRLFSLVTRLLLAPRRGLTVRSPDEPLPVVRIPVALQRQLEQRQSRRRNLPRPV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 MALTRPVRLFSLVTRLLLAPRRGLTVRSPDEPLPVVRIPVALQRQLEQRQSRRRNLPRPV
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE5 LVRPGPLLVSARRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRRARRDHFSIERAQQEAPAVR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 LVRPGPLLVSARRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRRARRDHFSIERAQQEAPAVR
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE5 KLSSKGSFADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQSSTIPSLLRGRHVVCAAETGSGKTL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KLSSKGSFADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQSSTIPSLLRGRHVVCAAETGSGKTL
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE5 SYLLPLLQRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 SYLLPLLQRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGG
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE5 HGMRRIRLQLSRQPSADVLVATPGALWKALKSRLISLEQLSFLVLDEADTLLDESFLELV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 HGMRRIRLQLSRQPSADVLVATPGALWKALKSRLISLEQLSFLVLDEADTLLDESFLELV
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE5 DYILEKSHIAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNKVASPDAVTTITSSKLHC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 DYILEKSHIAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNKVASPDAVTTITSSKLHC
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE5 IMPHVKQTFLRLKGADKVAELVHILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 IMPHVKQTFLRLKGADKVAELVHILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDH
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE5 KIQHLRLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 KIQHLRLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQD
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE5 YIHRAGRVGRVGSEVPGTVISFVTHPWDVSLVQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS10 YIHRAGRVGRVGSEVPGTVISFVTHPWDVSLVQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT
              490       500       510       520       530       540

>>CCDS8770.1 DDX23 gene_id:9416|Hs108|chr12               (820 aa)
 initn: 424 init1: 253 opt: 580  Z-score: 599.9  bits: 121.3 E(32554): 4.3e-27
Smith-Waterman score: 592; 29.0% identity (58.5% similar) in 451 aa overlap (72-504:344-769)

              50        60        70        80        90       100 
pF1KE5 LQRQLEQRQSRRRNLPRPVLVRPGPLLVSARRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRR
                                     :. : .:  :    .: .  :  .  .. :
CCDS87 REQSRFYGDLMEKRRTLEEKEQEEARLRKLRKKEAKQ--RWDDRHWSQKKLDEMTDRDWR
           320       330       340       350         360       370 

             110        120       130       140       150       160
pF1KE5 ARRDHFSIERAQQEAPA-VRKLSSKGSFADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQSSTIP
         :. .::     . :  .:      :. : .: :..:..... . .  .:: .: ..::
CCDS87 IFREDYSITTKGGKIPNPIR------SWKDSSLPPHILEVIDKCGYK--EPTPIQRQAIP
             380       390             400       410         420   

              170       180       190       200         210        
pF1KE5 SLLRGRHVVCAAETGSGKTLSYLLPLLQRLLGQPSLDSLPIP--APRGLVLVPSRELAQQ
         :..: .. .:::::::: ..:.:::  .   :..: .     .: ...:.:.::::::
CCDS87 IGLQNRDIIGVAETGSGKTAAFLIPLLVWITTLPKIDRIEESDQGPYAIILAPTRELAQQ
           430       440       450       460       470       480   

      220       230       240       250       260       270        
pF1KE5 VRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGGHGMRRIRLQLSRQPSADVLVATPGALWKALKSRLISLE
       ..  .  .:. ::  .: .    :. :    .  . . ....:::: :  .:..: . : 
CCDS87 IEEETIKFGKPLG--IRTVAVIGGISREDQGFRLRMGCEIVIATPGRLIDVLENRYLVLS
           490         500       510       520       530       540 

      280       290       300       310       320                  
pF1KE5 QLSFLVLDEADTLLDESFLELVDYILEKSHIAEGPADLEDPFNPKA-------------Q
       . ...:::::: ..: .:   :. :::.  ...   : ..  .:.              :
CCDS87 RCTYVVLDEADRMIDMGFEPDVQKILEHMPVSNQKPDTDEAEDPEKMLANFESGKHKYRQ
             550       560       570       580       590       600 

         330       340       350       360         370       380   
pF1KE5 LVLVGATFPEGVGQLLNKVASPDAVTTITSSKLHCIMPH--VKQTFLRLKGADKVAELVH
        :.  ::.: .: .:  .     ::. : :.      ::  :.:  . .. ..:  .:. 
CCDS87 TVMFTATMPPAVERLARSYLRRPAVVYIGSAG----KPHERVEQKVFLMSESEKRKKLLA
             610       620       630           640       650       

           390       400       410       420       430       440   
pF1KE5 ILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDHKIQHLRLQGQMPALMRVGIFQSF
       ::..       : .  ...: :...  . :.  :.    .   :.:     .:   ....
CCDS87 ILEQ-------GFDPPIIIFVNQKKGCDVLAKSLEKMGYNACTLHGGKGQEQREFALSNL
       660              670       680       690       700       710

           450       460       470       480       490       500   
pF1KE5 QKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQDYIHRAGRVGRVGSEVPGTVISFV
       . ...:::. ::.:.::.:   : .:::::.  ...::::: ::.::.:.   :..:.:.
CCDS87 KAGAKDILVATDVAGRGIDIQDVSMVVNYDMAKNIEDYIHRIGRTGRAGK--SGVAITFL
              720       730       740       750       760          

           510       520       530       540               
pF1KE5 THPWDVSLVQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT               
       :                                                   
CCDS87 TKEDSAVFYELKQAILESPVSSCPPELANHPDAQHKPGTILTKKRREETIFA
      770       780       790       800       810       820

>>CCDS9918.1 DDX24 gene_id:57062|Hs108|chr14              (859 aa)
 initn: 450 init1: 190 opt: 365  Z-score: 377.6  bits: 80.3 E(32554): 1e-14
Smith-Waterman score: 395; 29.3% identity (57.1% similar) in 338 aa overlap (206-526:390-713)

         180       190       200       210       220       230     
pF1KE5 SGKTLSYLLPLLQRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVAQPLGRSLGLLVR
                                     ::::.:.:::: ::.   . ..:  :. . 
CCDS99 NLDKEQTGNLKQELDDKSATCKAYPKRPLLGLVLTPTRELAVQVKQHIDAVARFTGIKTA
     360       370       380       390       400       410         

         240       250       260       270          280       290  
pF1KE5 DLEGGHGMRRIRLQLSRQPSADVLVATPGALWKALKSR---LISLEQLSFLVLDEADTLL
        : :: . .. . .:.:.:  ...::::: ::. .: .   : .:.::  ::.:::: ..
CCDS99 ILVGGMSTQKQQRMLNRRP--EIVVATPGRLWELIKEKHYHLRNLRQLRCLVVDEADRMV
     420       430         440       450       460       470       

            300       310       320       330       340       350  
pF1KE5 DESFLELVDYILEKSHIAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNKVASPDAVTT
       ... .  .. .::  .        .. .::: : .. .::.   : :   ..     .  
CCDS99 EKGHFAELSQLLEMLN--------DSQYNPKRQTLVFSATLTL-VHQAPARILHKKHTKK
       480       490               500       510        520        

             360           370       380        390                
pF1KE5 IT-SSKLHCIMPHV----KQTFLRLKGADKVAELVHILK-HRDRAERT--------GPSG
       .  ..::  .: ..    :   . :   . ..: .   : : .  :.            :
CCDS99 MDKTAKLDLLMQKIGMRGKPKVIDLTRNEATVETLTETKIHCETDEKDFYLYYFLMQYPG
      530       540       550       560       570       580        

      400       410       420       430       440       450        
pF1KE5 TVLVFCNSSSTVNWLGYILDDHKIQHLRLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIAS
         ::: :: : .. :. .:    :. : :.. :   .:.  ...: .    .:: ::.:.
CCDS99 RSLVFANSISCIKRLSGLLKVLDIMPLTLHACMHQKQRLRNLEQFARLEDCVLLATDVAA
      590       600       610       620       630       640        

      460       470       480       490       500       510        
pF1KE5 RGLDSTGVELVVNYDFPPTLQDYIHRAGRVGRVGSEVPGTVISFVTHPWDVSLVQKIELA
       ::::   :. :..:. : : . :.::.::..:. .:  :  . ..  : ::   .::  .
CCDS99 RGLDIPKVQHVIHYQVPRTSEIYVHRSGRTARATNE--GLSLMLIG-PEDVINFKKIYKT
      650       660       670       680         690        700     

      520       530       540                                      
pF1KE5 ARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT                                      
        .. ...:                                                    
CCDS99 LKKDEDIPLFPVQTKYMDVVKERIRLARQIEKSEYRNFQACLHNSWIEQAAAALEIELEE
         710       720       730       740       750       760     

>>CCDS32704.1 DDX42 gene_id:11325|Hs108|chr17             (938 aa)
 initn: 416 init1: 140 opt: 354  Z-score: 365.7  bits: 78.2 E(32554): 4.8e-14
Smith-Waterman score: 519; 30.0% identity (60.2% similar) in 397 aa overlap (127-518:254-620)

        100       110       120       130       140       150      
pF1KE5 WKSRRARRDHFSIERAQQEAPAVRKLSSKGSFADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQS
                                     ::: .:.. ...: ....  : .::: .: 
CCDS32 ITNLTPQQLIDLRHKLNLRVSGAAPPRPGSSFAHFGFDEQLMHQIRKS--EYTQPTPIQC
           230       240       250       260       270         280 

        160       170       180       190       200       210      
pF1KE5 STIPSLLRGRHVVCAAETGSGKTLSYLLPLLQRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELA
       . .:  : :: ..  :.:::::: ... :.: ... :  :.  :  .: .... :.::: 
CCDS32 QGVPVALSGRDMIGIAKTGSGKTAAFIWPMLIHIMDQKELE--PGDGPIAVIVCPTRELC
             290       300       310       320         330         

        220       230       240       250       260       270      
pF1KE5 QQVRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGGHGMRRIRLQLSRQPSADVLVATPGALWKALKSRLIS
       ::..:  . .:.. .:    . :: .: .    :  : .:...: ::: :   .:..  .
CCDS32 QQIHAECKRFGKAYNLRSVAVYGGGSMWEQAKAL--QEGAEIVVCTPGRLIDHVKKKATN
     340       350       360       370         380       390       

        280       290       300       310       320       330      
pF1KE5 LEQLSFLVLDEADTLLDESFLELVDYILEKSHIAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEG
       :...:.::.:::: ..: .:   :  :   ::.            :  : .: .::: . 
CCDS32 LQRVSYLVFDEADRMFDMGFEYQVRSI--ASHV-----------RPDRQTLLFSATFRKK
       400       410       420                    430       440    

        340       350       360       370        380       390     
pF1KE5 VGQLLNKVASPDAVTTITSSKLHCIMPHVKQTFLRLK-GADKVAELVHILKHRDRAERTG
       . .:   .   : .  .... .      : :    :. : .:   :.     :  .: :.
CCDS32 IEKLARDILI-DPIR-VVQGDIGEANEDVTQIVEILHSGPSKWNWLT-----RRLVEFTS
          450         460       470       480            490       

         400       410       420       430       440       450     
pF1KE5 PSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDHKIQHLRLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTD
        ::.::.: ....... :.  : ..  .   :.:.:    :  ....:.:..  .:. ::
CCDS32 -SGSVLLFVTKKANAEELANNLKQEGHNLGLLHGDMDQSERNKVISDFKKKDIPVLVATD
        500       510       520       530       540       550      

         460       470       480       490       500       510     
pF1KE5 IASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQDYIHRAGRVGRVGSEVPGTVISFVTHPWDVS----L
       .:.::::  ... :.:::    .. . :: ::.::.: .  :.. ...: : : .    :
CCDS32 VAARGLDIPSIKTVINYDVARDIDTHTHRIGRTGRAGEK--GVAYTLLT-PKDSNFAGDL
        560       570       580       590         600        610   

             520       530       540                               
pF1KE5 VQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT                               
       :...: :                                                     
CCDS32 VRNLEGANQHVSKELLDLAMQNAWFRKSRFKGGKGKKLNIGGGGLGYRERPGLGSENMDR
           620       630       640       650       660       670   

>>CCDS34240.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5               (1031 aa)
 initn: 375 init1: 157 opt: 347  Z-score: 357.9  bits: 76.9 E(32554): 1.3e-13
Smith-Waterman score: 580; 28.6% identity (62.6% similar) in 412 aa overlap (101-504:344-724)

               80        90       100       110       120          
pF1KE5 ARRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRRARRDHFSIERAQQEAPAVR-KLSSKG--S
                                     .  ... .. : ..:. .:. :   :   :
CCDS34 QRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNFYVEVPELAKMSQEEVNVFRLEMEGITVKGKGCPKPIKS
           320       330       340       350       360       370   

       130       140       150       160       170       180       
pF1KE5 FADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQSSTIPSLLRGRHVVCAAETGSGKTLSYLLPLL
       ... :.  ..:..:.. . :  .:: .:...::... :: ..  :.::::::...:::..
CCDS34 WVQCGISMKILNSLKKHGYE--KPTPIQTQAIPAIMSGRDLIGIAKTGSGKTIAFLLPMF
           380       390         400       410       420       430 

       190       200       210       220       230       240       
pF1KE5 QRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGGHGMRRIR
       .... : ::.     .: .....:.:::: :.    . ....::: :  . :: :. .  
CCDS34 RHIMDQRSLEEG--EGPIAVIMTPTRELALQITKECKKFSKTLGLRVVCVYGGTGISEQI
             440         450       460       470       480         

       250       260       270          280       290       300    
pF1KE5 LQLSRQPSADVLVATPGALWKALKS---RLISLEQLSFLVLDEADTLLDESFLELVDYIL
        .:.:  .:...: ::: .   : .   :. .:......:::::: ..: .:   :  :.
CCDS34 AELKR--GAEIIVCTPGRMIDMLAANSGRVTNLRRVTYVVLDEADRMFDMGFEPQVMRIV
     490         500       510       520       530       540       

          310       320       330       340       350       360    
pF1KE5 EKSHIAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNKVASPDAVTTITSSKLHCIMPH
                    :   :  : :. .::::...  :  .. :    . . . .. :    
CCDS34 -------------DNVRPDRQTVMFSATFPRAMEALARRILSKPIEVQVGGRSVVC--SD
                    550       560       570       580       590    

          370       380       390       400       410       420    
pF1KE5 VKQTFLRLKGADKVAELVHILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDHKIQH
       :.:  . ..   :  .:...: : ..      ::.:..: ...  ..  : . :  . ..
CCDS34 VEQQVIVIEEEKKFLKLLELLGHYQE------SGSVIIFVDKQEHAD--GLLKDLMRASY
            600       610             620       630         640    

            430       440       450       460       470       480  
pF1KE5 --LRLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQDYI
         . :.: .    : .:...:....  .:. :..:.::::   . :::::. :   .::.
CCDS34 PCMSLHGGIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLDVKHLILVVNYSCPNHYEDYV
          650       660       670       680       690       700    

            490       500       510       520       530       540  
pF1KE5 HRAGRVGRVGSEVPGTVISFVTHPWDVSLVQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT  
       :::::.::.:..  : . .:.:                                      
CCDS34 HRAGRTGRAGNK--GYAYTFITEDQARYAGDIIKALELSGTAVPPDLEKLWSDFKDQQKA
          710         720       730       740       750       760  

>>CCDS75306.1 DDX46 gene_id:9879|Hs108|chr5               (1032 aa)
 initn: 375 init1: 157 opt: 347  Z-score: 357.9  bits: 76.9 E(32554): 1.3e-13
Smith-Waterman score: 580; 28.6% identity (62.6% similar) in 412 aa overlap (101-504:344-724)

               80        90       100       110       120          
pF1KE5 ARRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRRARRDHFSIERAQQEAPAVR-KLSSKG--S
                                     .  ... .. : ..:. .:. :   :   :
CCDS75 QRKLLEPVDHGKIEYEPFRKNFYVEVPELAKMSQEEVNVFRLEMEGITVKGKGCPKPIKS
           320       330       340       350       360       370   

       130       140       150       160       170       180       
pF1KE5 FADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQSSTIPSLLRGRHVVCAAETGSGKTLSYLLPLL
       ... :.  ..:..:.. . :  .:: .:...::... :: ..  :.::::::...:::..
CCDS75 WVQCGISMKILNSLKKHGYE--KPTPIQTQAIPAIMSGRDLIGIAKTGSGKTIAFLLPMF
           380       390         400       410       420       430 

       190       200       210       220       230       240       
pF1KE5 QRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGGHGMRRIR
       .... : ::.     .: .....:.:::: :.    . ....::: :  . :: :. .  
CCDS75 RHIMDQRSLEEG--EGPIAVIMTPTRELALQITKECKKFSKTLGLRVVCVYGGTGISEQI
             440         450       460       470       480         

       250       260       270          280       290       300    
pF1KE5 LQLSRQPSADVLVATPGALWKALKS---RLISLEQLSFLVLDEADTLLDESFLELVDYIL
        .:.:  .:...: ::: .   : .   :. .:......:::::: ..: .:   :  :.
CCDS75 AELKR--GAEIIVCTPGRMIDMLAANSGRVTNLRRVTYVVLDEADRMFDMGFEPQVMRIV
     490         500       510       520       530       540       

          310       320       330       340       350       360    
pF1KE5 EKSHIAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNKVASPDAVTTITSSKLHCIMPH
                    :   :  : :. .::::...  :  .. :    . . . .. :    
CCDS75 -------------DNVRPDRQTVMFSATFPRAMEALARRILSKPIEVQVGGRSVVC--SD
                    550       560       570       580       590    

          370       380       390       400       410       420    
pF1KE5 VKQTFLRLKGADKVAELVHILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDHKIQH
       :.:  . ..   :  .:...: : ..      ::.:..: ...  ..  : . :  . ..
CCDS75 VEQQVIVIEEEKKFLKLLELLGHYQE------SGSVIIFVDKQEHAD--GLLKDLMRASY
            600       610             620       630         640    

            430       440       450       460       470       480  
pF1KE5 --LRLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQDYI
         . :.: .    : .:...:....  .:. :..:.::::   . :::::. :   .::.
CCDS75 PCMSLHGGIDQYDRDSIINDFKNGTCKLLVATSVAARGLDVKHLILVVNYSCPNHYEDYV
          650       660       670       680       690       700    

            490       500       510       520       530       540  
pF1KE5 HRAGRVGRVGSEVPGTVISFVTHPWDVSLVQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT  
       :::::.::.:..  : . .:.:                                      
CCDS75 HRAGRTGRAGNK--GYAYTFITEDQARYAGDIIKALELSGTAVPPDLEKLWSDFKDQQKA
          710         720       730       740       750       760  

>>CCDS8655.1 DDX47 gene_id:51202|Hs108|chr12              (455 aa)
 initn: 490 init1: 243 opt: 332  Z-score: 347.6  bits: 73.8 E(32554): 4.8e-13
Smith-Waterman score: 627; 34.6% identity (60.8% similar) in 436 aa overlap (102-534:3-395)

              80        90       100       110       120       130 
pF1KE5 RRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRRARRDHFSIERAQQEAPAVRKLSSKGSFADL
                                     : ..: :  .:.:  : :..  .: .: ::
CCDS86                             MAAPEEHDSPTEASQ--PIVEEEETK-TFKDL
                                           10          20          

             140         150       160       170       180         
pF1KE5 GLEPRVLHALQEAAPEV--VQPTTVQSSTIPSLLRGRHVVCAAETGSGKTLSYLLPLLQR
       :    :  .: ::  ..  ..:: .:  .::  :.:: ..  :::::::: .. ::.:. 
CCDS86 G----VTDVLCEACDQLGWTKPTKIQIEAIPLALQGRDIIGLAETGSGKTGAFALPILNA
      30            40        50        60        70        80     

     190       200       210       220       230       240         
pF1KE5 LLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGGHGMRRIRLQ
       ::  :.   :      .:::.:.:::: :.    . :: :.:.    . ::       : 
CCDS86 LLETPQ--RL-----FALVLTPTRELAFQISEQFEALGSSIGVQSAVIVGGIDSMSQSLA
          90              100       110       120       130        

     250       260       270        280       290       300        
pF1KE5 LSRQPSADVLVATPGALWKALK-SRLISLEQLSFLVLDEADTLLDESFLELVDYILEKSH
       :...:   ...:::: :   :. .. ..:. :..::.:::: .:. .:   :: ::.   
CCDS86 LAKKPH--IIIATPGRLIDHLENTKGFNLRALKYLVMDEADRILNMDFETEVDKILKVI-
      140         150       160       170       180       190      

      310       320       330       340       350       360        
pF1KE5 IAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNKVASPDAVTTITSSKLHCIMPHVKQT
           : :         .  : .::. . : : :...:  . :   .::: . .  ...: 
CCDS86 ----PRD--------RKTFLFSATMTKKV-QKLQRAALKNPVKCAVSSKYQTV-EKLQQY
                     200       210        220       230        240 

      370       380       390       400       410       420        
pF1KE5 FLRLKGADKVAELVHILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDHKIQHLRLQ
       .. . .  : . ::.::.     : .: :   ..::.. ....  . .: .  .  . :.
CCDS86 YIFIPSKFKDTYLVYILN-----ELAGNS--FMIFCSTCNNTQRTALLLRNLGFTAIPLH
             250            260         270       280       290    

      430       440       450       460       470       480        
pF1KE5 GQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQDYIHRAGRV
       :::    :.: ...:. ..:.::: ::.::::::   :..:::.:.:   .:::::.::.
CCDS86 GQMSQSKRLGSLNKFKAKARSILLATDVASRGLDIPHVDVVVNFDIPTHSKDYIHRVGRT
          300       310       320       330       340       350    

      490       500       510       520       530       540        
pF1KE5 GRVGSEVPGTVISFVTHPWDVSLVQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT        
       .:.:    : .:.:::. .:: : :.::    ..  :::. ..  :              
CCDS86 ARAGRS--GKAITFVTQ-YDVELFQRIEHLIGKK--LPGFPTQDDEVMMLTERVAEAQRF
          360          370       380         390       400         

CCDS86 ARMELREHGEKKKRSREDAGDNDDTEGAIGVRNKVAGGKMKKRKGR
     410       420       430       440       450     

>>CCDS6952.1 DDX31 gene_id:64794|Hs108|chr9               (585 aa)
 initn: 390 init1: 135 opt: 327  Z-score: 340.8  bits: 72.9 E(32554): 1.2e-12
Smith-Waterman score: 383; 26.9% identity (55.1% similar) in 479 aa overlap (27-454:122-585)

                   10        20        30        40            50  
pF1KE5     MALTRPVRLFSLVTRLLLAPRRGLTVRSPDEPLPVVRIPVALQRQL----EQRQSR
                                     : :  :  . :   : .:.     :   ..
CCDS69 APGSLLHHASPTQTMAAADGSLFDNPRTFSRRP--PAQASRQAKATKRKYQASSEAPPAK
             100       110       120         130       140         

                  60        70        80        90       100       
pF1KE5 RRN----LP-RPVLVRPGPLLVSARRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRRARRDHF
       :::    :: . . :.      ..   .. .: . ...  .:     :  :.    ... 
CCDS69 RRNETSFLPAKKTSVKETQRTFKGNAQKMFSPKKHSVSTSDRNQEERQCIKTSSLFKNNP
     150       160       170       180       190       200         

       110       120           130       140       150       160   
pF1KE5 SIERAQQEAPAVRKLSSK----GSFADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQSSTIPSLL
       .: . ..  :.:.... :    ..: .:::.:... ... .  .. . :.::...:: ::
CCDS69 DIPELHR--PVVKQVQEKVFTSAAFHELGLHPHLISTINTVL-KMSSMTSVQKQSIPVLL
     210         220       230       240        250       260      

           170       180       190       200       210       220   
pF1KE5 RGRHVVCAAETGSGKTLSYLLPLLQRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVA
       .:: ..  ..:::::::.: .:..: : .. :  .    .: .:::::.:::: :   ..
CCDS69 EGRDALVRSQTGSGKTLAYCIPVVQSLQAMESKIQRS-DGPYALVLVPTRELALQSFDTV
        270       280       290       300        310       320     

           230       240       250       260       270        280  
pF1KE5 QPLGRSLGLLVRDLEGGHGMRRIRLQLSRQPSADVLVATPGALWKALKS-RLISLEQLSF
       : : . .  .:  .  : : .:   .   . . ..:..::: :   .:: . : . .: .
CCDS69 QKLLKPFTWIVPGVLMG-GEKRKSEKARLRKGINILISTPGRLVDHIKSTKNIHFSRLRW
         330       340        350       360       370       380    

            290       300                     310                  
pF1KE5 LVLDEADTLLDESFLELVDYILE--------------KSHIAEGP---AD--LEDP----
       ::.:::: .:: .: . .  ::.              .. ..::    ::  :.::    
CCDS69 LVFDEADRILDLGFEKDITVILNAVNAECQKRQNVLLSATLTEGVTRLADISLHDPVSIS
          390       400       410       420       430       440    

             320       330       340       350            360      
pF1KE5 --------FNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNKVASPDAV---TTITSSKLH--CIMPHVK
               .::: . :    . :  .:. :.. : :...   .:.. :::.  :.   . 
CCDS69 VLDKSHDQLNPKDKAV--QEVCPPPAGDKLDSFAIPESLKQHVTVVPSKLRLVCLAAFIL
          450       460         470       480       490       500  

        370       380       390       400       410        420     
pF1KE5 QTFLRLKGADKVAELVHILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILD-DHKIQHL
       :   . :  ..  ..: ...  . .:     .  :    ::: .   : . . . ... :
CCDS69 Q---KCK-FEEDQKMVVFFSSCELVEFH--YSLFLQTLLSSSGAPASGQLPSASMRLKFL
                510       520         530       540       550      

         430       440       450       460       470       480     
pF1KE5 RLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQDYIHRA
       ::.: :    :...:: :..: : .::::                               
CCDS69 RLHGGMEQEERTAVFQEFSHSRRGVLLCT                               
        560       570       580                                    

>>CCDS31907.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12             (881 aa)
 initn: 381 init1: 146 opt: 328  Z-score: 339.3  bits: 73.2 E(32554): 1.4e-12
Smith-Waterman score: 518; 28.3% identity (57.0% similar) in 505 aa overlap (34-535:11-470)

            10        20        30        40        50          60 
pF1KE5 TRPVRLFSLVTRLLLAPRRGLTVRSPDEPLPVVRIPVALQRQLEQRQSRR--RNLPRPVL
                                     :  :  .:  :. .  ..::   .  :   
CCDS31                     MAADKGPAAGPRSRAAMAQWRKKKGLRKRRGAASQARGSD
                                   10        20        30        40

              70        80        90       100       110       120 
pF1KE5 VRPGPLLVSARRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRRARRDHFSIERAQQEAPAVRK
        . : . ..:   : .  ::  ::  .  :    .  .  .. :   . :::.     .:
CCDS31 SEDGEFEIQA---EDDARAR-KLGPGRPLPTFPTSECTSDVEPDTREMVRAQN-----KK
               50            60        70        80             90 

             130       140       150       160       170       180 
pF1KE5 LSSKGSFADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQSSTIPSLLRGRHVVCAAETGSGKTLS
        ...:.: ..::   :...... . .:  :: .: .::: .: :. ::  :.::::::  
CCDS31 KKKSGGFQSMGLSYPVFKGIMKKGYKV--PTPIQRKTIPVILDGKDVVAMARTGSGKTAC
             100       110         120       130       140         

             190       200       210       220       230       240 
pF1KE5 YLLPLLQRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGGH
       .:::...::  . .  .      :.:.: :.:::: :.   .. ::.  :: .  . :: 
CCDS31 FLLPMFERLKTHSAQTG-----ARALILSPTRELALQTLKFTKELGKFTGLKTALILGGD
     150       160            170       180       190       200    

             250       260       270       280       290       300 
pF1KE5 GMRRIRLQLSRQPSADVLVATPGALWKALKSRLISLEQLSFLVLDEADTLLDESFLELVD
        :.     : ..:  :...:::: : ..     ..:... ..:.:::: :.. .: : ..
CCDS31 RMEDQFAALHENP--DIIIATPGRLVHVAVEMSLKLQSVEYVVFDEADRLFEMGFAEQLQ
          210         220       230       240       250       260  

             310       320       330       340        350       360
pF1KE5 YILEKSHIAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNK-VASPDAVTTITSSKLHC
        :     ::. :.          : :: .::.:. . ..    .. :  .   ...::. 
CCDS31 EI-----IARLPGG--------HQTVLFSATLPKLLVEFARAGLTEPVLIRLDVDTKLN-
                 270               280       290       300         

              370       380       390       400       410       420
pF1KE5 IMPHVKQTFLRLKGADKVAELVHILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDH
          ..: .:. ..   :.: :.:.:..  :     :.  ..::  ..  ...:  .:  .
CCDS31 --EQLKTSFFLVREDTKAAVLLHLLHNVVR-----PQDQTVVFVATKHHAEYLTELLTTQ
        310       320       330            340       350       360 

              430       440       450       460       470       480
pF1KE5 KIQHLRLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQD
       ...  .. . .    :   . .:  .. . :. ::.:.::::   .. :.::.::   . 
CCDS31 RVSCAHIYSALDPTARKINLAKFTLGKCSTLIVTDLAARGLDIPLLDNVINYSFPAKGKL
             370       380       390       400       410       420 

              490       500       510       520       530       540
pF1KE5 YIHRAGRVGRVGSEVPGTVISFVTHPWDVSLVQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT
       ..::.:::.:.:    ::. :.:. : ..  .  ..:   :  ::  ::  .:::     
CCDS31 FLHRVGRVARAGR--SGTAYSLVA-PDEIPYLLDLHLFLGR--SLT-LARPLKEPSGVAG
             430         440        450         460        470     

CCDS31 VDGMLGRVPQSVVDEEDSGLQSTLEASLELRGLARVADNAQQQYVRSRPAPSPESIKRAK
         480       490       500       510       520       530     

>>CCDS44984.1 DDX54 gene_id:79039|Hs108|chr12             (882 aa)
 initn: 381 init1: 146 opt: 328  Z-score: 339.2  bits: 73.2 E(32554): 1.4e-12
Smith-Waterman score: 518; 28.3% identity (57.0% similar) in 505 aa overlap (34-535:11-470)

            10        20        30        40        50          60 
pF1KE5 TRPVRLFSLVTRLLLAPRRGLTVRSPDEPLPVVRIPVALQRQLEQRQSRR--RNLPRPVL
                                     :  :  .:  :. .  ..::   .  :   
CCDS44                     MAADKGPAAGPRSRAAMAQWRKKKGLRKRRGAASQARGSD
                                   10        20        30        40

              70        80        90       100       110       120 
pF1KE5 VRPGPLLVSARRPELNQPARLTLGRWERAPLASQGWKSRRARRDHFSIERAQQEAPAVRK
        . : . ..:   : .  ::  ::  .  :    .  .  .. :   . :::.     .:
CCDS44 SEDGEFEIQA---EDDARAR-KLGPGRPLPTFPTSECTSDVEPDTREMVRAQN-----KK
               50            60        70        80             90 

             130       140       150       160       170       180 
pF1KE5 LSSKGSFADLGLEPRVLHALQEAAPEVVQPTTVQSSTIPSLLRGRHVVCAAETGSGKTLS
        ...:.: ..::   :...... . .:  :: .: .::: .: :. ::  :.::::::  
CCDS44 KKKSGGFQSMGLSYPVFKGIMKKGYKV--PTPIQRKTIPVILDGKDVVAMARTGSGKTAC
             100       110         120       130       140         

             190       200       210       220       230       240 
pF1KE5 YLLPLLQRLLGQPSLDSLPIPAPRGLVLVPSRELAQQVRAVAQPLGRSLGLLVRDLEGGH
       .:::...::  . .  .      :.:.: :.:::: :.   .. ::.  :: .  . :: 
CCDS44 FLLPMFERLKTHSAQTG-----ARALILSPTRELALQTLKFTKELGKFTGLKTALILGGD
     150       160            170       180       190       200    

             250       260       270       280       290       300 
pF1KE5 GMRRIRLQLSRQPSADVLVATPGALWKALKSRLISLEQLSFLVLDEADTLLDESFLELVD
        :.     : ..:  :...:::: : ..     ..:... ..:.:::: :.. .: : ..
CCDS44 RMEDQFAALHENP--DIIIATPGRLVHVAVEMSLKLQSVEYVVFDEADRLFEMGFAEQLQ
          210         220       230       240       250       260  

             310       320       330       340        350       360
pF1KE5 YILEKSHIAEGPADLEDPFNPKAQLVLVGATFPEGVGQLLNK-VASPDAVTTITSSKLHC
        :     ::. :.          : :: .::.:. . ..    .. :  .   ...::. 
CCDS44 EI-----IARLPGG--------HQTVLFSATLPKLLVEFARAGLTEPVLIRLDVDTKLN-
                 270               280       290       300         

              370       380       390       400       410       420
pF1KE5 IMPHVKQTFLRLKGADKVAELVHILKHRDRAERTGPSGTVLVFCNSSSTVNWLGYILDDH
          ..: .:. ..   :.: :.:.:..  :     :.  ..::  ..  ...:  .:  .
CCDS44 --EQLKTSFFLVREDTKAAVLLHLLHNVVR-----PQDQTVVFVATKHHAEYLTELLTTQ
        310       320       330            340       350       360 

              430       440       450       460       470       480
pF1KE5 KIQHLRLQGQMPALMRVGIFQSFQKSSRDILLCTDIASRGLDSTGVELVVNYDFPPTLQD
       ...  .. . .    :   . .:  .. . :. ::.:.::::   .. :.::.::   . 
CCDS44 RVSCAHIYSALDPTARKINLAKFTLGKCSTLIVTDLAARGLDIPLLDNVINYSFPAKGKL
             370       380       390       400       410       420 

              490       500       510       520       530       540
pF1KE5 YIHRAGRVGRVGSEVPGTVISFVTHPWDVSLVQKIELAARRRRSLPGLASSVKEPLPQAT
       ..::.:::.:.:    ::. :.:. : ..  .  ..:   :  ::  ::  .:::     
CCDS44 FLHRVGRVARAGR--SGTAYSLVA-PDEIPYLLDLHLFLGR--SLT-LARPLKEPSGVAG
             430         440        450         460        470     

CCDS44 VDGMLGRVPQSVVDEEDSGLQSTLEASLELRGLARVADNAQQQYVRSRPAPSPESIKRAK
         480       490       500       510       520       530     




540 residues in 1 query   sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
 Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
 start: Tue Nov  8 04:17:01 2016 done: Tue Nov  8 04:17:02 2016
 Total Scan time:  3.650 Total Display time:  0.100

Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
Inquiries or Suggestions ?
Send a message to flexiclone AT kazusagt.com