FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3492, 1843 aa 1>>>pF1KE3492 1843 - 1843 aa - 1843 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.1547+/-0.00214; mu= -14.9833+/- 0.126 mean_var=613.1507+/-129.750, 0's: 0 Z-trim(106.9): 293 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.051795 statistics sampled from 8992 (9230) to 8992 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.284), width: 16 Scan time: 4.450 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33203.1 CCDC88A gene_id:55704|Hs108|chr2 (1843) 11529 879.0 0 CCDS58710.1 CCDC88A gene_id:55704|Hs108|chr2 (1796) 9097 697.3 1.4e-199 CCDS46288.1 CCDC88A gene_id:55704|Hs108|chr2 (1870) 9094 697.1 1.6e-199 CCDS45151.1 CCDC88C gene_id:440193|Hs108|chr14 (2028) 5148 402.2 1e-110 CCDS8072.2 CCDC88B gene_id:283234|Hs108|chr11 (1476) 866 82.1 1.7e-14 >>CCDS33203.1 CCDC88A gene_id:55704|Hs108|chr2 (1843 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CCDS45 MDVTVSELLELFLQSPLVTWVKTFGPFGSGSQDNLTMYMDLVDGIFLNQIMLQIDPRPT 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 SQRVNKKVNNDASLRMHNLSILVRQIKFYYQETLQQLIMMSLPNVLIIGKNPFSEQGTEE .::.::.::::..::..::.::::.:: ::::.:::::.:.:::::.::..:.: .. :: CCDS45 NQRINKHVNNDVNLRIQNLTILVRNIKTYYQEVLQQLIVMNLPNVLMIGRDPLSGKSMEE 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VKKLLLLLLGCAVQCQKKEEFIERIQGLDFDTKAAVAAHIQEVTHNQENVFDLQWMEVTD .::.:::.:::::::..::::::::. ::..:.:...::::::::::::::::::.:. : CCDS45 IKKVLLLVLGCAVQCERKEEFIERIKQLDIETQAGIVAHIQEVTHNQENVFDLQWLELPD 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KE3 MSQEDIEPLLKNMALHLKRLIDERDEHSETIIELSEERDGLHFL----PHASSSAQSPCG .. :..: : ..:.:::.::::.::: .: :..:..::: :. : ::::.: . CCDS45 VAPEELEALSRSMVLHLRRLIDQRDECTELIVDLTQERDYLQAQHPPSPIKSSSADSTPS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 SPGMKRTESRQHLSVELADAKAKIRRLRQELEEKTEQLLDCKQELEQMEIELKRLQQENM . .:..:::.:::::.::..::.:::::.:::::.: ..:..:. .::....:::. CCDS45 PTSSLSSEDKQHLAVELADTKARLRRVRQELEDKTEQLVDTRHEVDQLVLELQKVKQENI 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 NLLSDARSARMYRDELDALREKAVRVDKLESEVSRYKERLHDIEFYKARVEELKEDNQVL .: .:::::: ::::::.::::: ::..:: :..: ::.:::..:::::.:::.::: .: CCDS45 QLAADARSARAYRDELDSLREKANRVERLELELTRCKEKLHDVDFYKARMEELREDNIIL 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 LETKTMLEDQLEGTRARSDKLHELEKENLQLKAKLHDMEMERDMDRKKIEELMEENMTLE .:::.:::.:: ..:::.::.:::::::::::.::::.:..:: :.:.::::.::::.:: CCDS45 IETKAMLEEQLTAARARGDKVHELEKENLQLKSKLHDLELDRDTDKKRIEELLEENMVLE 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 MAQKQSMDESLHLGWELEQISRTSELSEAPQKSLGHEVNELTSSRLLKLEMENQSLTKTV .::::::.:: ::::::::.:....::.: .::. :.:: .:::.:::: ::::: .:. 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CCDS45 LEGRNESALKTTLAMKEEKIVLLEAQMEEKASLNRQLESELQMLKKECETLRQNQGEGQH 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE3 VQSS---PP---ISGEDNK--WERESQETTRELLKVKDRLIEVERNNATLQAEKQALKTQ .:.: : .....: : .:.: :::.:::: ::.:::::.:::::: :: : CCDS45 LQNSFKHPAGKTAASHQGKEAWGPGHKEATMELLRVKDRAIELERNNAALQAEKQLLKEQ 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE3 LKQLETQNNNLQAQILALQRQTVSLQEQNTTLQTQNAKLQVENSTLNSQSTSLMNQNAQL :..::::: ....:::.::.:.. :::.:::::::.::::::::::.:::..: : . : CCDS45 LQHLETQNVTFSSQILTLQKQSAFLQEHNTTLQTQTAKLQVENSTLSSQSAALTAQYTLL 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1130 1140 1150 1160 1170 1180 pF1KE3 LIQQSSLENENESVIKEREDLKSLYDSLIKDHEKLELLHERQASEYESLISKHGTLKSAH .... :.::::. ...:.: . :..:..:::.: :::::..:::.:: .:. ::. : CCDS45 QNHHTAKETENESLQRQQEQLTAAYEALLQDHEHLGTLHERQSAEYEALIRQHSCLKTLH 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1190 1200 1210 1220 1230 1240 pF1KE3 KNLEVEHRDLEDRYNQLLKQKGQLEDLEKMLKVEQEKMLLENKNHETVAAEYKKLCGEND .:::.::..: .:....::.:..::. ::.: .:.: . :.... . .: ..: :: : CCDS45 RNLELEHKELGERHGDMLKRKAELEEREKVLTTEREALQQEQRTNALAMGENQRLRGELD 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1250 1260 1270 1280 1290 1300 pF1KE3 RLNHTYSQLLKETEVLQTDHKNLKSLLNNSKLEQTRLEAEFSKLKEQYQQLDITSTKLNN :.: . :: : : :.. :.::. :::..:: .: .:.:..::::.: .::. :::.: CCDS45 RVNFLHHQLKGEYEELHAHTKELKTSLNNAQLELNRWQARFDELKEQHQTMDISLTKLDN 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1310 1320 1330 1340 1350 1360 pF1KE3 QCELLSQLKGNLEEENRHLLDQIQTLMLQNRTLLEQNMESKDLFHVEQRQYIDKLNELRR .:::::.:::::::::.:::.::: : ::. :::::::.:. .: ::.::::::: ::: CCDS45 HCELLSRLKGNLEEENHHLLSQIQLLSQQNQMLLEQNMENKEQYHEEQKQYIDKLNALRR 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1370 1380 1390 1400 1410 1420 pF1KE3 QKEKLEEKIMDQYKFYDPSPPRRRGNWITLK-MRKLIKSKKDINRERQKSLTLTPT---- .::::::::::::::::: ::.....:: : . :::: ::. .::: :: . .: CCDS45 HKEKLEEKIMDQYKFYDP-PPKKKNHWIGAKALVKLIKPKKEGSRERLKSTVDSPPWQLE 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1430 1440 1450 1460 1470 1480 pF1KE3 RSDSSEGFLQLP---HQDSQDSSSVGSNSLEDGQTLGTKKSSTMNDLVQSMVLAGQWTGS :: . . : . .. :. ..::: :. .. . . .. .:: . .. :: CCDS45 SSDPASPAASQPLRSQAENPDTPALGSNCAEERDAHNGSVGKGPGDLKPKR--GSPHRGS 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1490 1500 1510 1520 1530 1540 pF1KE3 TENLEVPDDISTGKRRKELGAMAFSTTAINFSTVNSSAGFRSKQLVNNKDTTSFEDISPQ . .. :.. . .:::. . ::.: . . ::. : .: .: ... CCDS45 LDRTDASTDLAMRSWPSELGSRTCSTSATTTAPSNSTPIARHPG--RTKGYNSDDNLCEP 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1550 1560 1570 1580 1590 1600 pF1KE3 GVSDDSSTGSRVHASRPASLDSGRTSTSNSNNNASLHEVKAGAVNNQSRPQSHSSGEFSL .. . . : ..:::.::.:.:...::: : ..:... . ..: .: :: .. CCDS45 SL-EFEVPNHRQYVSRPSSLESSRNTSSNS----SPLNLKGSSEQLHGRSESFSSEDLIP 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 pF1KE3 LHDHEAWSSSGSSPIQY-LKRQT----RSSPVLQHKISETLESRHH---KIKTGSPGSEV .: . .:.: . : :. :..:. :. .. . . . ..::.::. CCDS45 SRDLATLPREASTPGRNALGRHEYPLPRNGPLPQEGAQKRGTAPPYVGVRPCSASPSSEM 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1660 1670 1680 1690 1700 1710 pF1KE3 VTLQQFLEESNKLTSVQIKSSSQENLLDEVMKSLSVSSDFLGKDKPVSCGLARSVSGKTP :::..::::::. . .. : ...::.. ... : . :. : :.. ..: : CCDS45 VTLEEFLEESNRSSPTHDTPSCRDDLLSDYFRKASDPPAIGGQPGPP----AKKEGAKMP 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1720 1730 1740 1750 1760 pF1KE3 GDFYDRR------TTKPEFLRPGPRKTEDTYFISSAGKPTPGTQGKIKLVKESSLSRQSK .: :.. . :.:: . .. .. .. : : . . . . ::.: . CCDS45 TNFVAPTVKMAAPTSEGRPLKPG-QYVKPNFRLTEAEAPPSVAPRQAQPPQSLSLGRPRQ 1730 1740 1750 1760 1770 1780 1770 1780 1790 1800 1810 1820 pF1KE3 DSNP---YATLPRASSV---ISTAEGTTRRTSIHDFLTKDSRLPISVDSPPAAADSNTTA : .: :..:. .: : . :.: . ..: : .. .: : . .: . 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CCDS80 QKPQ-QKSEGALEVQ--VWEGPIPGESLASGVAEQEALREEVAQLRRKAEALGDELEAQA 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 pF1KE3 RLEVSYQGLDIENQRLQKTLENSNKKIQQLESELQDLEMENQTLQKNLEELKISSKRLEQ : . .. . : ::.: : .. . . . : . :. :.. .: ....::. CCDS80 R---KLEAQNTEAARLSKELAQARRAEAEAHREAEAQAWEQARLREAVE---AAGQELES 760 770 780 790 800 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 LEKENKSLEQETSQLEKDKKQLEKENKRLRQQAEIKDTTLEENNVKIGNLEKENKTLSKE .: ..: . . ....: :.:..::: :.: . :: .. ::.:.. 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