FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3874, 699 aa 1>>>pF1KE3874 699 - 699 aa - 699 aa Library: human.CCDS.faa 18921897 residues in 33420 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4576+/-0.000875; mu= 14.6649+/- 0.053 mean_var=98.7770+/-19.826, 0's: 0 Z-trim(108.6): 18 B-trim: 28 in 1/49 Lambda= 0.129047 statistics sampled from 10455 (10463) to 10455 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.674), E-opt: 0.2 (0.313), width: 16 Scan time: 1.930 The best scores are: opt bits E(33420) CCDS55171.1 ZC3HAV1 gene_id:56829|Hs109|chr7 ( 699) 4796 903.7 0 CCDS5851.1 ZC3HAV1 gene_id:56829|Hs109|chr7 ( 902) 4792 903.0 0 CCDS5850.1 ZC3HAV1L gene_id:92092|Hs109|chr7 ( 300) 469 97.9 2.3e-20 CCDS5857.1 PARP12 gene_id:64761|Hs109|chr7 ( 701) 457 95.9 2.2e-19 >>CCDS55171.1 ZC3HAV1 gene_id:56829|Hs109|chr7 (699 aa) initn: 4796 init1: 4796 opt: 4796 Z-score: 4827.3 bits: 903.7 E(33420): 0 Smith-Waterman score: 4796; 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CCDS58 RDCWSTCTLSHDIHTPVNMQVLKSHGLFGLNENQLRILLLQNDPCLLPEVCLLYNKGEAL 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 QQICNQQPPCSRLHICDHFTRGNCRFPNCLRSHNLMDRKVLAIMREHGLNPDVVQNIQDI :: . :...:.: :..:.:.. .: :::.:. : .....::: : :.: : CCDS58 YGYCNLKDKCNKFHVCKSFVKGECKLQTCKRSHQLIHAASLKLLQDQGLNIPSVVNFQII 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 CNSKHMQ-----KNPPGPRAPSSHRRNMAYRARSKSRDRFFQGSQEFLASASASAERSCT . :::. .: . . : ... .. . :. : ::. :. . CCDS58 STYKHMKLHKMLENTDNSSPSTEHSQGLEKQGVHAA------GAAEAGPLASVPAQSAKK 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 PSPDQISHRASLEDAPVDDLTRKFTYLGSQDRARPPSGSSKATDLGGTSQAGTSQRFLEN : : CCDS58 PCPVSCEK 300 >>CCDS5857.1 PARP12 gene_id:64761|Hs109|chr7 (701 aa) initn: 884 init1: 245 opt: 457 Z-score: 461.5 bits: 95.9 E(33420): 2.2e-19 Smith-Waterman score: 605; 25.8% identity (45.4% similar) in 720 aa overlap (1-695:1-472) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MADPEVCCFITKILCAHGGRMALDALLQEI--ALSEPQLCEVLQVAGPDRFVV-LETGGE ::. : .:..::: :: . : : ... .:: : ..:. : :::: ...:: CCDS58 MAQAGVVGEVTQVLCAAGGALELPELRRRLRMGLSADALERLLRQRG--RFVVAVRAGGA 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 AGIT-RSVVATTRARVCRRKYCQRP-----CDNLHLCKLNLLGRCNYSQSERNLCKYSHE :. : :.:.. :.:: . ..: : .::::.. . : :.. .. .: :. :: CCDS58 AAAPERVVLAASPLRLCRAHQGSKPGCVGLCAQLHLCRFMVYGACKFLRAGKN-CRNSHS 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 VLSEENFKVLKNHELSGLNKEELAVLLLQSDPFFMPEICKSY-KGEGRQQICNQQPPCSR . .:.:..::..: .. :. .:: ::.:.::...::::. : ::.: . : : : . CCDS58 LTTEHNLSVLRTHGVDHLSYNELCQLLFQNDPWLLPEICQHYNKGDGPHGSCAFQKQCIK 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 LHICDHFTRGNCRF-PNCLRSHNLMDRKVLAIMREHGLNPDVVQNIQDICNSKHMQKNPP ::::..: .:.:.: .: :::.. . . : ... :.. :.:. CCDS58 LHICQYFLQGECKFGTSCKRSHDFSNSENLEKLEKLGMSSDLVS---------------- 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 GPRAPSSHRRNMAYRARSKSRDRFFQGSQEFLASASASAERSCTPSPDQISHRASLEDAP : :. .: CCDS58 --RLPTIYR--------------------------------------------------- 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 VDDLTRKFTYLGSQDRARPPSGSSKATDLGGTSQAGTSQRFLENGSQEDLLHGNPGSTYL .: :. CCDS58 ------------------------NAHDI------------------------------- 230 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 ASNSTSAPNWKSLTSWTNDQGARRKTVFSPTLPAARSSLGSLQTPEAVTTRKGTGLLSSD .:..::: : . : .:.... :: . 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