FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2498, 4388 aa 1>>>pF1KE2498 4388 - 4388 aa - 4388 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3535+/-0.00043; mu= 23.8278+/- 0.027 mean_var=88.2099+/-18.313, 0's: 0 Z-trim(110.9): 53 B-trim: 570 in 1/58 Lambda= 0.136558 statistics sampled from 19295 (19336) to 19295 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.55), E-opt: 0.2 (0.227), width: 16 Scan time: 27.940 The best scores are: opt bits E(85289) NP_056193 (OMIM: 608877) vacuolar protein sorting- (4388) 28934 5712.3 0 NP_060626 (OMIM: 608877) vacuolar protein sorting- (4363) 18744 3704.8 0 NP_060550 (OMIM: 608879,616840) vacuolar protein s (3585) 427 96.1 1.6e-17 NP_060154 (OMIM: 608879,616840) vacuolar protein s (3710) 427 96.1 1.7e-17 NP_001018048 (OMIM: 200150,605978) vacuolar protei (3069) 417 94.1 5.5e-17 NP_056001 (OMIM: 200150,605978) 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NP_060 PQSSISTNAVVVDLGLIRVHNQFSLVSDEDYLNPPVIDRMDVQL-----TKLTLYRTVIQ 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1450 1460 1470 1480 1490 1500 pF1KE2 EGSRMFCPPSGSGSANSQEEAHFTRHDFFESLHRGQAFHILNNTTIQFKLEKIPIERESE : .. : .. :: . ..: . .:.:. NP_060 PG--IYHPD-------------------IQLLHPINLEFLVNRNLAASWYHKVPV----- 1270 1280 1290 1510 1520 1530 1540 1550 1560 pF1KE2 LTFSLSPDDLGTSSIMKIEGKFVNPVQVVLAKHVYEQVLQTL-DNLVY-SEDLNKYPASA ..:.:.. . ..: : .. . ... : .:: .:::.: NP_060 ---------------VEIKGHL-DSMNVSLNQEDLNLLFRILTENLCEGTEDLDKVK--- 1300 1310 1320 1330 1570 1580 1590 1600 1610 1620 pF1KE2 TSSPCPDSPLPPLSTCGESSVERKENGLFSHSSLSNTSQKSLS--VKEVKSFTQIQA--T : .. :: :: .: :. . :...:. :.:..: :. . NP_060 ----------PRVQETGEI----KEPLEISISQDVHDSKNTLTTGVEEIRSVDIINMLLN 1340 1350 1360 1370 1380 1630 1640 1650 1660 1670 1680 pF1KE2 FCISELQVQLSGDLTLGAQGLVSLKFQDFEVEFSKDHPQTLSIQIALHSLLMEDLLEKNP : :.:. : : .: .. .: .: :: : ..:. . 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NP_060 -------------------DLREGIERATSRMID--------RKNDQDNNSSM-IDISYK 1960 1970 1980 1990 2390 2400 2410 2420 2430 2440 pF1KE2 STKDSSCFTVVLNNLRVFLIFDWLLLVHDFLHTPSDIKKQNHVTPSRHRNSSSESAIVPK . :..: . .::..: : ..:. : ::. :: ..:. .: ..:. :.:. NP_060 QDKNGSQIDAVLDKLYVCASVEFLMTVADFF-----IK----AVPQSPENVAKETQILPR 2000 2010 2020 2030 2040 2450 2460 2470 2480 2490 2500 pF1KE2 TVKSGVVTKRSSLPVSNERHLEVKVNVTGTEFVVIEDVSCFDTNAIILKGTTVLTYKPRF . .: : ... : .. .:. .: : : . ... :. :. . :. . NP_060 QTATGKVKIEKDDSVRP--NMTLKAMITDPEVVFVASLTKADAPALTASFQCNLSLSTSK 2050 2060 2070 2080 2090 2510 2520 2530 2540 2550 2560 pF1KE2 VDRPFSGSLFGIEVFSCRLGNEH--DTALSIVDPVQIQME-LVGNSSYQNSSGLMDAFNS ... . .:. ..:..: . :. . ....: .. :: . :. :: . .. : NP_060 LEQMMEASVRDLKVLACPFLREKRGKNITTVLQPCSLFMEKCTWASGKQNINIMVKEFII 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2570 2580 2590 2600 2610 2620 pF1KE2 EDFPPVLEIQLQALDIRLSYNDVQLFLAIAKSIPEQANAAVPDSVALESDSVGTYLPGAS . : .: : : ..: : : . 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NP_001 TTFKIRFEVPKVLIEFYHLVG-DCELSVVEILVLGLGAEIEIRTYDLKANAFLKEFCLKC 880 890 900 910 920 930 1050 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KE2 VAHLTDGATLNDRSATSVSLDKILTKEQESLIKLEYQFVSSECPSMN--LDSTLQVISLQ .: :.. : : : . .:.:. ::: . .. :... ...::.:... NP_001 PEYL-------DENKKPVYLVTTLDNTMEDLLTLEYVKAEKNVPDLKSTYNNVLQLIKVN 940 950 960 970 980 990 1110 1120 1130 1140 1150 1160 pF1KE2 VNNLDIILNPETIVELIGFLQKSFPKEKDDLSPQPLMTDFERS--FREQGTYQSTYEQNT ..::: :. :.... :..:.. .:. .. .: ... ... : . . . NP_001 FSSLDIHLHTEALLNTINYLHNILPQSEEKSAPVSTTETEDKGDVIKKLGLDSEMIMRPS 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1170 1180 1190 1200 1210 pF1KE2 EVAVEIHRLNLLLL---------RTVGMANREKYGRKIAT---ASIGGTKVNVSMGSTFD :. .. . :...: ..: ....: .. :... :. :.. ..... .. NP_001 ETEINAKLRNIIVLDSDITAIYKKAVYITGKEVFSFKMVSYMDATAGSAYTDMNV-VDIQ 1060 1070 1080 1090 1100 1220 1230 1240 1250 1260 1270 pF1KE2 MNGSLGCLQLMDLTQDNVKNQYVVSIGNSVGYENIISDIGYFESVFVRMEDAALTEALSF .: .::.... .:. 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NP_001 ----HTEKLE-REF--------KEYTESSPSEDKVIQL---DT----NVPVRLTPTGHNM 2540 2550 2560 2570 3840 3850 3860 3870 3880 3890 pF1KE2 SLINKVPEELVFASLTGINVHYTQLATSHMLELSIQDVQVDNQLIGTTQPFMLY-VTPLS .... : : ...:.:. : . ....: .:..::. :.. ::..: : : . NP_001 KILQPHVIALRRNYLPALKVEYNTSAHQSSFRIQIYRIQIQNQIHGAVFPFVFYPVKPPK 2580 2590 2600 2610 2620 2630 3900 3910 3920 3930 3940 3950 pF1KE2 NENEVIETGPAVQVNAV-KFPSKSALTNIYKHLMITAQRFTVQIEEKLLLKLLSFFGYDQ . . : ..:. : . ..: .. : :.. . :.. .... .. : ... . NP_001 SVTMDSAPKPFTDVSIVMRSAGHSQISRI-KYFKVLIQEMDLRLDLGFIYALTDLMTEAE 2640 2650 2660 2670 2680 2690 3960 3970 3980 3990 pF1KE2 A--ESEVEKYDENLHE-----KTA---EQGGTPIRYYFE------NLKISIP----QIKL . ..::: . .... ::: .:. . . ::. .:..:. . : NP_001 VTENTEVELFHKDIEAFKEEYKTASLVDQSQVSLYEYFHISPIKLHLSVSLSSGREEAKD 2700 2710 2720 2730 2740 2750 4000 4010 4020 4030 4040 4050 pF1KE2 SVFTSNKLPL-DLKALKSTLGFPLIRFEDAVINLDPFTRVHPYETKEFIINDILKHFQEE : ... .:. .:. : ...: : .:.:..: : . ..: . .....:.... NP_001 SKQNGGLIPVHSLNLLLKSIGATLTDVQDVVFKLAFFELNYQFHTTSDLQSEVIRHYSKQ 2760 2770 2780 2790 2800 2810 4060 4070 4080 4090 pF1KE2 LLSQAARILGSVDFLGNPMGLLNDVSEGVTGLIK---YGNVGG--------------LIR ..: .. ..: ::::.::. . :::: ... : . : :. NP_001 AIKQMYVLILGLDVLGNPFGLIREFSEGVEAFFYEPYQGAIQGPEEFVEGMALGLKALVG 2820 2830 2840 2850 2860 2870 4100 4110 4120 4130 4140 4150 pF1KE2 NVTHGVSNSAAKFAGTLSDGLGK-TMD-NRHQSEREYIRYHAATSGEHLVAGIHGLAHGI ... :....:.:..:... :.. ::: . .:..:: . . : : .. : .::. :. NP_001 GAVGGLAGAASKITGAMAKGVAAMTMDEDYQQKRREAMNKQPAGFREGITRGGKGLVSGF 2880 2890 2900 2910 2920 2930 4160 4170 4180 4190 4200 4210 pF1KE2 IGGLTSVITSTVEGVKTEGGVSGFISGLGKGLVGTVTKPVAGALDFASETAQAVRDTATL ..:.:...:. ..:.. .::..::..:.::::::.:..:..: .:.:: : :... .. NP_001 VSGITGIVTKPIKGAQ-KGGAAGFFKGVGKGLVGAVARPTGGIIDMASSTFQGIKRATET 2940 2950 2960 2970 2980 2990 4220 4230 4240 4250 4260 4270 pF1KE2 SGPRTQAQRVRKPRCCTGPQGLLPRYSESQAEGQEQLFKLTDN---IQDEFFIAVENIDS : ... .: :: . .:.. : .. :. :.... .: . ..: : . 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