Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE0978
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE0978, 549 aa
1>>>pF1KE0978 549 - 549 aa - 549 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.5328+/-0.00111; mu= -11.7786+/- 0.064
mean_var=358.1111+/-82.653, 0's: 0 Z-trim(111.4): 129 B-trim: 729 in 1/54
Lambda= 0.067774
statistics sampled from 12207 (12331) to 12207 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.73), E-opt: 0.2 (0.379), width: 16
Scan time: 3.010
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9834.2 RPS6KL1 gene_id:83694|Hs108|chr14 ( 549) 3711 377.3 2.5e-104
CCDS73030.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 ( 601) 681 81.1 4.2e-15
CCDS73029.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 ( 854) 681 81.2 5.5e-15
CCDS73028.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 ( 885) 681 81.2 5.7e-15
CCDS44317.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 (1054) 681 81.3 6.5e-15
CCDS1513.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 (1066) 681 81.3 6.5e-15
>>CCDS9834.2 RPS6KL1 gene_id:83694|Hs108|chr14 (549 aa)
initn: 3711 init1: 3711 opt: 3711 Z-score: 1986.4 bits: 377.3 E(32554): 2.5e-104
Smith-Waterman score: 3711; 99.6% identity (99.8% similar) in 549 aa overlap (1-549:1-549)
10 20 30 40 50 60
pF1KE0 MSLVACECLPSPGLEPEPCSQARSQAHVYLEQIRNRVALGVPDMTKRDYLVDAATQIRLA
::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 MSLVACECLPSPGLEPEPCSRARSQAHVYLEQIRNRVALGVPDMTKRDYLVDAATQIRLA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE0 LERDVSEDYEAAFNHYQNGVDVLLRGIHVDPNKERREAVKLKITKYLRRAEEIFNCHLQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 LERDVSEDYEAAFNHYQNGVDVLLRGIHVDPNKERREAVKLKITKYLRRAEEIFNCHLQR
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE0 LLSSGASPSAGFSSLRLRPIRTLSSAVEQLRGCRVVGVIEKVQLVQDPATGGTFVVKSLP
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 PLSSGASPSAGFSSLRLRPIRTLSSAVEQLRGCRVVGVIEKVQLVQDPATGGTFVVKSLP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE0 RCHMVSRERLTIIPHGVPYMTKLLRYFVSEDSIFLHLEHVQGGTLWSHLLSQAHSRHSGL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 RCHMVSRERLTIIPHGVPYMTKLLRYFVSEDSIFLHLEHVQGGTLWSHLLSQAHSRHSGL
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE0 SSGSTQERMKAQLNPHLNLLTPARLPSGHAPGQDRIALEPPRTSPNLLLAGEAPSTRPQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 SSGSTQERMKAQLNPHLNLLTPARLPSGHAPGQDRIALEPPRTSPNLLLAGEAPSTRPQR
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE0 EAEGEPTARTSTSGSSDLPKAPGGHLHLQARRAGQNSDAGPPRGLTWVPEGAGPVLGGCG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 EAEGEPTARTSTSGSSDLPKAPGGHLHLQARRAGQNSDAGPPRGLTWVPEGAGPVLGGCG
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE0 RGMDQSCLSADGAGRGCGRATWSVREEQVKQWAAEMLVALEALHEQGVLCRDLHPGNLLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 RGMDQSCLSADGAGRGCGRATWSVREEQVKQWAAEMLVALEALHEQGVLCRDLHPGNLLL
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE0 DQAGHIRLTYFGQWSEVEPQCCGEAVDNLYSAPEVGGISELTEACDWWSFGSLLYELLTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 DQAGHIRLTYFGQWSEVEPQCCGEAVDNLYSAPEVGGISELTEACDWWSFGSLLYELLTG
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 MALSQSHPSGIQAHTQLQLPEWLSRPAASLLTELLQFEPTRRLGMGEGGVSKLKSHPFFS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS98 MALSQSHPSGIQAHTQLQLPEWLSRPAASLLTELLQFEPTRRLGMGEGGVSKLKSHPFFS
490 500 510 520 530 540
pF1KE0 TIQWSKLVG
:::::::::
CCDS98 TIQWSKLVG
>>CCDS73030.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 (601 aa)
initn: 673 init1: 673 opt: 681 Z-score: 384.7 bits: 81.1 E(32554): 4.2e-15
Smith-Waterman score: 681; 55.2% identity (86.1% similar) in 165 aa overlap (384-548:436-600)
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 PVLGGCGRGMDQSCLSADGAGRGCGRATWSVREEQVKQWAAEMLVALEALHEQGVLCRDL
. : ...:::::.:::.:::..:..::::
CCDS73 ESGLVLEGDKEIHQIFEDLDKKLALASRFYIPEGCIQRWAAEMVVALDALHREGIVCRDL
410 420 430 440 450 460
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HPGNLLLDQAGHIRLTYFGQWSEVEPQCCGEAVDNLYSAPEVGGISELTEACDWWSFGSL
.:.:.::.. :::.::::..::::: .: ..:.. .: :::::.:.: ::::::::.:..
CCDS73 NPNNILLNDRGHIQLTYFSRWSEVEDSCDSDAIERMYCAPEVGAITEETEACDWWSLGAV
470 480 490 500 510 520
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 LYELLTGMALSQSHPSGIQAHTQLQLPEWLSRPAASLLTELLQFEPTRRLGMGEGGVSKL
:.::::: .: . ::.::..:: :..:: .:. : ::. .::::.: .::: : .:: .
CCDS73 LFELLTGKTLVECHPAGINTHTTLNMPECVSEEARSLIQQLLQFNPLERLGAGVAGVEDI
530 540 550 560 570 580
540
pF1KE0 KSHPFFSTIQWSKLVG
::::::. ..:..:.
CCDS73 KSHPFFTPVDWAELMR
590 600
>>CCDS73029.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 (854 aa)
initn: 1076 init1: 673 opt: 681 Z-score: 382.5 bits: 81.2 E(32554): 5.5e-15
Smith-Waterman score: 681; 55.2% identity (86.1% similar) in 165 aa overlap (384-548:689-853)
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 PVLGGCGRGMDQSCLSADGAGRGCGRATWSVREEQVKQWAAEMLVALEALHEQGVLCRDL
. : ...:::::.:::.:::..:..::::
CCDS73 ESGLVLEGDKEIHQIFEDLDKKLALASRFYIPEGCIQRWAAEMVVALDALHREGIVCRDL
660 670 680 690 700 710
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HPGNLLLDQAGHIRLTYFGQWSEVEPQCCGEAVDNLYSAPEVGGISELTEACDWWSFGSL
.:.:.::.. :::.::::..::::: .: ..:.. .: :::::.:.: ::::::::.:..
CCDS73 NPNNILLNDRGHIQLTYFSRWSEVEDSCDSDAIERMYCAPEVGAITEETEACDWWSLGAV
720 730 740 750 760 770
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 LYELLTGMALSQSHPSGIQAHTQLQLPEWLSRPAASLLTELLQFEPTRRLGMGEGGVSKL
:.::::: .: . ::.::..:: :..:: .:. : ::. .::::.: .::: : .:: .
CCDS73 LFELLTGKTLVECHPAGINTHTTLNMPECVSEEARSLIQQLLQFNPLERLGAGVAGVEDI
780 790 800 810 820 830
540
pF1KE0 KSHPFFSTIQWSKLVG
::::::. ..:..:.
CCDS73 KSHPFFTPVDWAELMR
840 850
>>CCDS73028.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 (885 aa)
initn: 950 init1: 673 opt: 681 Z-score: 382.3 bits: 81.2 E(32554): 5.7e-15
Smith-Waterman score: 681; 55.2% identity (86.1% similar) in 165 aa overlap (384-548:720-884)
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 PVLGGCGRGMDQSCLSADGAGRGCGRATWSVREEQVKQWAAEMLVALEALHEQGVLCRDL
. : ...:::::.:::.:::..:..::::
CCDS73 ESGLVLEGDKEIHQIFEDLDKKLALASRFYIPEGCIQRWAAEMVVALDALHREGIVCRDL
690 700 710 720 730 740
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HPGNLLLDQAGHIRLTYFGQWSEVEPQCCGEAVDNLYSAPEVGGISELTEACDWWSFGSL
.:.:.::.. :::.::::..::::: .: ..:.. .: :::::.:.: ::::::::.:..
CCDS73 NPNNILLNDRGHIQLTYFSRWSEVEDSCDSDAIERMYCAPEVGAITEETEACDWWSLGAV
750 760 770 780 790 800
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 LYELLTGMALSQSHPSGIQAHTQLQLPEWLSRPAASLLTELLQFEPTRRLGMGEGGVSKL
:.::::: .: . ::.::..:: :..:: .:. : ::. .::::.: .::: : .:: .
CCDS73 LFELLTGKTLVECHPAGINTHTTLNMPECVSEEARSLIQQLLQFNPLERLGAGVAGVEDI
810 820 830 840 850 860
540
pF1KE0 KSHPFFSTIQWSKLVG
::::::. ..:..:.
CCDS73 KSHPFFTPVDWAELMR
870 880
>>CCDS44317.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 (1054 aa)
initn: 950 init1: 673 opt: 681 Z-score: 381.2 bits: 81.3 E(32554): 6.5e-15
Smith-Waterman score: 681; 55.2% identity (86.1% similar) in 165 aa overlap (384-548:889-1053)
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 PVLGGCGRGMDQSCLSADGAGRGCGRATWSVREEQVKQWAAEMLVALEALHEQGVLCRDL
. : ...:::::.:::.:::..:..::::
CCDS44 ESGLVLEGDKEIHQIFEDLDKKLALASRFYIPEGCIQRWAAEMVVALDALHREGIVCRDL
860 870 880 890 900 910
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HPGNLLLDQAGHIRLTYFGQWSEVEPQCCGEAVDNLYSAPEVGGISELTEACDWWSFGSL
.:.:.::.. :::.::::..::::: .: ..:.. .: :::::.:.: ::::::::.:..
CCDS44 NPNNILLNDRGHIQLTYFSRWSEVEDSCDSDAIERMYCAPEVGAITEETEACDWWSLGAV
920 930 940 950 960 970
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 LYELLTGMALSQSHPSGIQAHTQLQLPEWLSRPAASLLTELLQFEPTRRLGMGEGGVSKL
:.::::: .: . ::.::..:: :..:: .:. : ::. .::::.: .::: : .:: .
CCDS44 LFELLTGKTLVECHPAGINTHTTLNMPECVSEEARSLIQQLLQFNPLERLGAGVAGVEDI
980 990 1000 1010 1020 1030
540
pF1KE0 KSHPFFSTIQWSKLVG
::::::. ..:..:.
CCDS44 KSHPFFTPVDWAELMR
1040 1050
>>CCDS1513.1 RPS6KC1 gene_id:26750|Hs108|chr1 (1066 aa)
initn: 950 init1: 673 opt: 681 Z-score: 381.2 bits: 81.3 E(32554): 6.5e-15
Smith-Waterman score: 681; 55.2% identity (86.1% similar) in 165 aa overlap (384-548:901-1065)
360 370 380 390 400 410
pF1KE0 PVLGGCGRGMDQSCLSADGAGRGCGRATWSVREEQVKQWAAEMLVALEALHEQGVLCRDL
. : ...:::::.:::.:::..:..::::
CCDS15 ESGLVLEGDKEIHQIFEDLDKKLALASRFYIPEGCIQRWAAEMVVALDALHREGIVCRDL
880 890 900 910 920 930
420 430 440 450 460 470
pF1KE0 HPGNLLLDQAGHIRLTYFGQWSEVEPQCCGEAVDNLYSAPEVGGISELTEACDWWSFGSL
.:.:.::.. :::.::::..::::: .: ..:.. .: :::::.:.: ::::::::.:..
CCDS15 NPNNILLNDRGHIQLTYFSRWSEVEDSCDSDAIERMYCAPEVGAITEETEACDWWSLGAV
940 950 960 970 980 990
480 490 500 510 520 530
pF1KE0 LYELLTGMALSQSHPSGIQAHTQLQLPEWLSRPAASLLTELLQFEPTRRLGMGEGGVSKL
:.::::: .: . ::.::..:: :..:: .:. : ::. .::::.: .::: : .:: .
CCDS15 LFELLTGKTLVECHPAGINTHTTLNMPECVSEEARSLIQQLLQFNPLERLGAGVAGVEDI
1000 1010 1020 1030 1040 1050
540
pF1KE0 KSHPFFSTIQWSKLVG
::::::. ..:..:.
CCDS15 KSHPFFTPVDWAELMR
1060
549 residues in 1 query sequences
18511270 residues in 32554 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 02:19:10 2016 done: Tue Nov 8 02:19:11 2016
Total Scan time: 3.010 Total Display time: 0.040
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]