FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5825, 1216 aa 1>>>pF1KE5825 1216 - 1216 aa - 1216 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.4227+/-0.00126; mu= 16.0015+/- 0.076 mean_var=95.8717+/-18.424, 0's: 0 Z-trim(103.1): 112 B-trim: 5 in 2/48 Lambda= 0.130987 statistics sampled from 7114 (7231) to 7114 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.57), E-opt: 0.2 (0.222), width: 16 Scan time: 4.370 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8675.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 (1216) 8121 1546.5 0 CCDS8674.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 (1188) 5782 1104.5 0 CCDS44837.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 ( 405) 2752 531.7 1.4e-150 CCDS53754.1 PTPRO gene_id:5800|Hs108|chr12 ( 377) 2155 418.8 1.2e-116 CCDS55846.1 PTPRB gene_id:5787|Hs108|chr12 (1907) 1003 201.5 1.7e-50 CCDS55845.1 PTPRB gene_id:5787|Hs108|chr12 (1907) 1003 201.5 1.7e-50 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CCDS55 LSNESFIFGRTVPASVSHLRGSNRNTTDSLWFNWSPASGDFDFYELILYNPNGTKKENWK 1080 1090 1100 1110 1120 1130 380 390 400 410 420 430 pF1KE5 DEEAHEFVAELKEPG-KYKLSVTTFSSSGSCE-TRKSQSAKSLSFYISPSGEWIEELTEK :.. :. . :: :: : :.: :.. : . : .:..: : : CCDS55 DKDLTEWRFQGLVPGRKYVLWVVTHSGDLSNKVTAESRTAPS------P----------- 1140 1150 1160 1170 440 450 460 470 480 490 pF1KE5 PQHVSVHVLSSTTALMSWTSSQE--NYNSTIVSVVSLTCQKQKESQRLEKQYCTQVNSSK :. .: ...:. ..: . . .::. .. . ... . . : .. . .. CCDS55 PSLMSFADIANTSLAITWKGPPDWTDYNDFELQWLP------RDALTVFNPYNNRKSEGR 1180 1190 1200 1210 1220 500 510 520 530 540 550 pF1KE5 PIIENLVPGAQYQVVIYLRKGPLIGPPSDPVTFAIV---PTGIKDLMLYPLGPTAVVLSW :. .: :: .:: . .: : :. :. : : :..: : . ::.. :: CCDS55 -IVYGLRPGRSYQFNVKTVSGDSWKTYSKPI-FGSVRTKPDKIQNLHCRPQNSTAIACSW 1230 1240 1250 1260 1270 1280 560 570 580 590 600 610 pF1KE5 TRPYLGVFRKYVVEMFYFNPATMTSEWTTYYEIAATVSLTASVRIANLLPAWYYNFRVTM : . : : .: .. :. :.. : .. . : :.: : . . CCDS55 IPPD-SDFDGYSIECRKMD--TQEVEFSRKLEKEKSL-----LNIMMLVPHKRYLVSIKV 1290 1300 1310 1320 1330 620 630 640 650 660 670 pF1KE5 VTWGDPELSCCDSSTISFITAPVAPEITSVEYFNSLLYISWTYGDDTTDLSHSRMLHWMV . : ..:::..: : : .. .. . :: . . :.. : :. CCDS55 QSAGMTS-EVVEDSTITMIDRP-PPPPPHIRVNEKDVLISKSSINFTVNCS------WFS 1340 1350 1360 1370 1380 680 690 700 710 720 730 pF1KE5 VAEGKKKIKKSVTRNVMTAILSLPPGDIYNLSVTACTERGSNTSMLRLVKLEPAPPKSLF ..: : :.:.. . : : . . : . : :.:. :. . . : CCDS55 DTNGAVKYFTVVVREA-DGSDELKPEQQHPLP--SYLEYRHNASI-RVYQTNYFASKCAE 1390 1400 1410 1420 1430 1440 740 750 760 770 780 pF1KE5 AVNKTQTSVTLLWVEEGVADFFEVFCQQVGSSQKTKLQEPVAV-SSHVVTISSLLPATAY :... : . .. :. .: . . .:. . :. ... ..: .. . . CCDS55 NPNSNSKSFN---IKLGAE--MESLGGKCDPTQQKFCDGPLKPHTAYRISIRAF--TQLF 1450 1460 1470 1480 1490 790 800 810 820 830 840 pF1KE5 NCSVTSFSHDSPSVPTFIAVSTMVTEMNPNVVVISVLAILSTLLIGLLL--VTLIILRKK . .. :.. : ::... ..:: .: .: .. . .:::.:. :.:.: :.: CCDS55 DEDLKEFTKPLYS-DTFFSLP-ITTESEPLFGAIEGVSA-GLFLIGMLVAVVALLICRQK 1500 1510 1520 1530 1540 1550 850 860 870 880 890 900 pF1KE5 HLQMARECGAGTFVNFASLERDGKLPYNWRRSIFAFLTLLPSCLWTDYLLAFYINPWSKN .. .:: .. . :..:: : . . :.: ... CCDS55 -VSHGRERPSARL----SIRRD--------RPLSVHLNL------------------GQK 1560 1570 1580 910 920 930 940 950 960 pF1KE5 GLKKRKLTNPVQLDDFDAYIKDMAKDSDYKFSLQFEELKLIGLDIPHFAADLPLNRCKNR : .:: . :.....:.... . ::.: .: ..:::: .: . : :: :: ::: CCDS55 G--NRKTSCPIKINQFEGHFMKLQADSNYLLSKEYEELKDVGRNQSCDIALLPENRGKNR 1590 1600 1610 1620 1630 1640 970 980 990 1000 1010 1020 pF1KE5 YTNILPYDFSRVRLVSMNEEEGADYINANYIPGYNSPQEYIATQGPLPETRNDFWKMVLQ :.:::::: .::.: ..... .:::::.:::: : .:::.:::::: :..:::::: . 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CCDS55 SEQENPLFPIYENVNPEYHRDPVYSRH 1890 1900 >>CCDS55845.1 PTPRB gene_id:5787|Hs108|chr12 (1907 aa) initn: 947 init1: 571 opt: 1003 Z-score: 1020.2 bits: 201.5 E(32554): 1.7e-50 Smith-Waterman score: 1034; 29.8% identity (57.1% similar) in 885 aa overlap (349-1214:1101-1895) 320 330 340 350 360 370 pF1KE5 MEYENNSTLSETEKSTSGSFSFFPVQMILTWLPPKPPTA-FDGFHIHIEREENFTEYLMV :. .: .. :: ... . .. . CCDS55 LSNESFIFGRTVPASVSHLRGSNRNTTDSLWFNWSPASGDFDFYELILYNPNGTKKENWK 1080 1090 1100 1110 1120 1130 380 390 400 410 420 430 pF1KE5 DEEAHEFVAELKEPG-KYKLSVTTFSSSGSCE-TRKSQSAKSLSFYISPSGEWIEELTEK :.. :. . :: :: : :.: :.. : . : .:..: : : CCDS55 DKDLTEWRFQGLVPGRKYVLWVVTHSGDLSNKVTAESRTAPS------P----------- 1140 1150 1160 1170 440 450 460 470 480 490 pF1KE5 PQHVSVHVLSSTTALMSWTSSQE--NYNSTIVSVVSLTCQKQKESQRLEKQYCTQVNSSK :. .: ...:. ..: . . .::. .. . ... . . : .. . .. 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