FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5675, 558 aa 1>>>pF1KE5675 558 - 558 aa - 558 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1619+/-0.00103; mu= 11.1630+/- 0.062 mean_var=144.7560+/-29.866, 0's: 0 Z-trim(109.3): 40 B-trim: 103 in 1/50 Lambda= 0.106600 statistics sampled from 10733 (10763) to 10733 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.691), E-opt: 0.2 (0.331), width: 16 Scan time: 2.990 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS59141.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 558) 3650 573.3 2.6e-163 CCDS6784.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 552) 3523 553.8 2e-157 CCDS55333.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 555) 3507 551.3 1.1e-156 CCDS55332.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 524) 3394 533.9 1.8e-151 CCDS59140.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 ( 457) 2976 469.6 3.6e-132 CCDS42456.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 557) 2736 432.8 5.4e-121 CCDS45892.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 550) 2681 424.3 1.9e-118 CCDS32859.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 ( 531) 1203 197.0 4.8e-50 CCDS72828.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 537) 1154 189.5 9.1e-48 CCDS72830.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 532) 1142 187.6 3.2e-47 CCDS72829.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 536) 1139 187.1 4.5e-47 CCDS754.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 ( 531) 1127 185.3 1.6e-46 >>CCDS59141.1 PTBP3 gene_id:9991|Hs108|chr9 (558 aa) initn: 3650 init1: 3650 opt: 3650 Z-score: 3045.4 bits: 573.3 E(32554): 2.6e-163 Smith-Waterman score: 3650; 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CCDS42 YTSVTPVLRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 GTVLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVN : .. :::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::. CCDS42 GMAMAGQSPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 AHYAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPM :..::..::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::.::.::::. : CCDS42 AQHAKLSLDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTM 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 AAAFGAPGIIS-SPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVT----GRM ::::::::::: :::::: :: :....:::.::::: : :::.::.: :.:.. ::. CCDS42 AAAFGAPGIISASPYAGA-GFPPTFAIPQAAGLSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRI 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 AIPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADAN :::: .: :::::::.::::. .::..:::::::::::.::::.:::::::::::::.: CCDS42 AIPGLAGA-GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGN 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 QAQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKN ::::::.::.:..:.:: .: :::::: ::::::::::::::::..:::::::::::::: CCDS42 QAQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKN 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 FQNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAI ::::::::::::::::::::. .::: :: : ::.::::::::::::::.::::::. CCDS42 FQNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAV 480 490 500 510 520 530 540 550 pF1KE5 QALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI ::::.::::::::::::::::::::: CCDS42 QALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI 540 550 >>CCDS45892.1 PTBP1 gene_id:5725|Hs108|chr19 (550 aa) initn: 2094 init1: 1096 opt: 2681 Z-score: 2240.1 bits: 424.3 E(32554): 1.9e-118 Smith-Waterman score: 2681; 75.6% identity (90.0% similar) in 549 aa overlap (17-558:10-550) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFKRD-RP ....::::::.:. . :::: :.:.. :.:::::::::: : : CCDS45 MDGIVPDIAVGTKRGSDELFSTCVTNGPFIMSSNSASAANGNDSKKFKGDSRS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 PCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNY ::::.:.::.: ::::.:.:::::::::::::::::::.:::.:: .:::: ::::: CCDS45 AGVPSRVIHIRKLPIDVTEGEVISLGLPFGKVTNLLMLKGKNQAFIEMNTEEAANTMVNY 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 YTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLAL--SGGPSNE :: .:: ::.::.:::.:::.:::::. :::::::::::::..::::.::: :.. . 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CCDS32 YTSVTPVLRGQPIYIQFSNHKELKTDSSPNQARAQAALQAVNSVQSGNLALAASAAAVDA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 GTVLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVN : .. :::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::::::::. CCDS32 GMAMAGQSPVLRIIVENLFYPVTLDVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 AHYAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPM :..::..::::::::::::::::::::::::::::::::::.:: :::.::.::::. : CCDS32 AQHAKLSLDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDSQPSLDQTM 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 AAAFGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTITSSAVT----GRMA ::::: :::: : :::.::.: :.:.. ::.: CCDS32 AAAFG--------------------------LSVPNVHGALAPLAIPSAAAAAAAAGRIA 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 IPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQ ::: .: :::::::.::::. .::..:::::::::::.::::.:::::::::::::.:: CCDS32 IPGLAGA-GNSVLLVSNLNPERVTPQSLFILFGVYGDVQRVKILFNKKENALVQMADGNQ 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 AQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNF :::::.::.:..:.:: .: :::::: ::::::::::::::::..::::::::::::::: CCDS32 AQLAMSHLNGHKLHGKPIRITLSKHQNVQLPREGQEDQGLTKDYGNSPLHRFKKPGSKNF 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 QNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQ :::::::::::::::::::. .::: :: : ::.::::::::::::::.::::::.: CCDS32 QNIFPPSATLHLSNIPPSVSEEDLKVLFSSNGGVVKGFKFFQKDRKMALIQMGSVEEAVQ 450 460 470 480 490 500 540 550 pF1KE5 ALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI :::.::::::::::::::::::::: CCDS32 ALIDLHNHDLGENHHLRVSFSKSTI 510 520 530 >>CCDS72828.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 (537 aa) initn: 1849 init1: 1053 opt: 1154 Z-score: 971.1 bits: 189.5 E(32554): 9.1e-48 Smith-Waterman score: 2466; 68.9% identity (88.7% similar) in 549 aa overlap (17-558:10-537) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFK-RDRP ....::::::::......: . :: ::::::::::: .:. CCDS72 MDGIVTEVAVGVKRGSDELLSGSVLSSPNSNMSSMVVTANGNDSKKFKGEDKM 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 PCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNY .::::::.::.: .:::.:.:.::::::::::.::::::.:::::.:.::::.::::: CCDS72 DGAPSRVLHIRKLPGEVTETEVIALGLPFGKVTNILMLKGKNQAFLELATEEAAITMVNY 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 YTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGT :. .:::::.::.:::::::.:::::: :: ::::.::::.:::... ::: .:.. CCDS72 YSAVTPHLRNQPIYIQYSNHKELKTDNTLNQ-RAQAVLQAVTAVQTANTPLSGTTVSESA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 VLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAH : :.:::::::::.:..:::::.::::::::::.:::::::::::::::::::.:::::. CCDS72 VTPAQSPVLRIIIDNMYYPVTLDVLHQIFSKFGAVLKIITFTKNNQFQALLQYGDPVNAQ 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 YAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAA ::.:::::::::::::::::::::..::::::::::::.:: :::.:::::.:.: .:: CCDS72 QAKLALDGQNIYNACCTLRIDFSKLVNLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDGQPALDPAIAA 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 AFGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTI------TSSAVTGRMA :: : . .:.: : ::::::.::.: ...:..::.. CCDS72 AF-------------AKETSLLGLP------VAAVPGALSPLAIPNAAAAAAAAAAGRVG 300 310 320 330 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 IPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQ .::.:. ::.::::.::: ...::..:: ::::::::.::::..:::..::.::::.:: CCDS72 MPGVSA-GGNTVLLVSNLNEEMVTPQSLFTLFGVYGDVQRVKILYNKKDSALIQMADGNQ 340 350 360 370 380 390 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 AQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNF .:::::::.::..:::..:.::::::.::::::: .::::::::.::::::::::::::: CCDS72 SQLAMNHLNGQKMYGKIIRVTLSKHQTVQLPREGLDDQGLTKDFGNSPLHRFKKPGSKNF 400 410 420 430 440 450 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 QNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQ :::::::::::::::::::. .::..:: ..: .::::::::.:.::::.:...:::::: CCDS72 QNIFPPSATLHLSNIPPSVAEEDLRTLFANTGGTVKAFKFFQRDHKMALLQMATVEEAIQ 460 470 480 490 500 510 540 550 pF1KE5 ALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI :::.:::..:::::::::::::::: CCDS72 ALIDLHNYNLGENHHLRVSFSKSTI 520 530 >>CCDS72830.1 PTBP2 gene_id:58155|Hs108|chr1 (532 aa) initn: 1876 init1: 1053 opt: 1142 Z-score: 961.2 bits: 187.6 E(32554): 3.2e-47 Smith-Waterman score: 2446; 68.5% identity (88.0% similar) in 549 aa overlap (17-558:10-532) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MDASPSPFSLPKKLNELSARRGSDELLSSGIINGPFTMNSSTPSTANGNDSKKFK-RDRP ....::::::::......: . :: ::::::::::: .:. CCDS72 MDGIVTEVAVGVKRGSDELLSGSVLSSPNSNMSSMVVTANGNDSKKFKGEDKM 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 PCSPSRVLHLRKIPCDVTEAEIISLGLPFGKVTNLLMLKGKSQAFLEMASEEAAVTMVNY .::::::.::.: .:::.:.:.::::::::::.::::::.:::::.:.::::.::::: CCDS72 DGAPSRVLHIRKLPGEVTETEVIALGLPFGKVTNILMLKGKNQAFLELATEEAAITMVNY 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 YTPITPHLRSQPVYIQYSNHRELKTDNLPNQARAQAALQAVSAVQSGSLALSGGPSNEGT :. .:::::.::.:::::::.:::::: :: ::::.::::.:::... ::: .:.. CCDS72 YSAVTPHLRNQPIYIQYSNHKELKTDNTLNQ-RAQAVLQAVTAVQTANTPLSGTTVSESA 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 VLPGQSPVLRIIIENLFYPVTLEVLHQIFSKFGTVLKIITFTKNNQFQALLQYADPVNAH : :.:::::::::.:..:::::.::::::::::.:::::::::::::::::::.:::::. CCDS72 VTPAQSPVLRIIIDNMYYPVTLDVLHQIFSKFGAVLKIITFTKNNQFQALLQYGDPVNAQ 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 YAKMALDGQNIYNACCTLRIDFSKLTSLNVKYNNDKSRDFTRLDLPTGDGQPSLEPPMAA ::.:::::::::::::::::::::..::::::::::::.:: :::.:::::.:.: .:: CCDS72 QAKLALDGQNIYNACCTLRIDFSKLVNLNVKYNNDKSRDYTRPDLPSGDGQPALDPAIAA 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 AFGAPGIISSPYAGAAGFAPAIGFPQATGLSVPAVPGALGPLTI------TSSAVTGRMA :: : :. ::::::.::.: ...:..::.. CCDS72 AF------------------------AKETSLLAVPGALSPLAIPNAAAAAAAAAAGRVG 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 IPGASGIPGNSVLLVTNLNPDLITPHGLFILFGVYGDVHRVKIMFNKKENALVQMADANQ .::.:. ::.::::.::: ...::..:: ::::::::.::::..:::..::.::::.:: CCDS72 MPGVSA-GGNTVLLVSNLNEEMVTPQSLFTLFGVYGDVQRVKILYNKKDSALIQMADGNQ 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE5 AQLAMNHLSGQRLYGKVLRATLSKHQAVQLPREGQEDQGLTKDFSNSPLHRFKKPGSKNF .:::::::.::..:::..:.::::::.::::::: .::::::::.::::::::::::::: CCDS72 SQLAMNHLNGQKMYGKIIRVTLSKHQTVQLPREGLDDQGLTKDFGNSPLHRFKKPGSKNF 390 400 410 420 430 440 480 490 500 510 520 530 pF1KE5 QNIFPPSATLHLSNIPPSVTVDDLKNLFIEAGCSVKAFKFFQKDRKMALIQLGSVEEAIQ :::::::::::::::::::. .::..:: ..: .::::::::.:.::::.:...:::::: CCDS72 QNIFPPSATLHLSNIPPSVAEEDLRTLFANTGGTVKAFKFFQRDHKMALLQMATVEEAIQ 450 460 470 480 490 500 540 550 pF1KE5 ALIELHNHDLGENHHLRVSFSKSTI :::.:::..:::::::::::::::: CCDS72 ALIDLHNYNLGENHHLRVSFSKSTI 510 520 530 558 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 05:44:52 2016 done: Tue Nov 8 05:44:53 2016 Total Scan time: 2.990 Total Display time: 0.110 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]