Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE2635
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2635, 390 aa
1>>>pF1KE2635 390 - 390 aa - 390 aa
Library: human.CCDS.faa
18921897 residues in 33420 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.8809+/-0.00101; mu= 14.0201+/- 0.061
mean_var=75.0261+/-14.989, 0's: 0 Z-trim(104.1): 125 B-trim: 0 in 0/51
Lambda= 0.148070
statistics sampled from 7690 (7820) to 7690 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.599), E-opt: 0.2 (0.234), width: 16
Scan time: 1.210
The best scores are: opt bits E(33420)
CCDS32785.1 ARHGAP28 gene_id:79822|Hs109|chr18 ( 570) 2535 551.3 8.5e-157
CCDS34535.1 ARHGAP18 gene_id:93663|Hs109|chr6 ( 663) 991 221.4 1.9e-57
CCDS34029.1 FAM13A gene_id:10144|Hs109|chr4 (1023) 310 76.1 1.7e-13
CCDS2184.1 ARHGAP15 gene_id:55843|Hs109|chr2 ( 475) 303 74.4 2.5e-13
CCDS55201.1 DLC1 gene_id:10395|Hs109|chr8 (1017) 290 71.8 3.3e-12
CCDS5990.1 DLC1 gene_id:10395|Hs109|chr8 (1091) 290 71.8 3.5e-12
CCDS83253.1 DLC1 gene_id:10395|Hs109|chr8 (1125) 290 71.8 3.6e-12
CCDS58497.1 ABR gene_id:29|Hs109|chr17 ( 310) 282 69.9 3.8e-12
CCDS5989.1 DLC1 gene_id:10395|Hs109|chr8 (1528) 290 71.9 4.7e-12
CCDS59214.1 ARHGAP12 gene_id:94134|Hs109|chr10 ( 794) 284 70.5 6.4e-12
CCDS73082.1 ARHGAP12 gene_id:94134|Hs109|chr10 ( 799) 284 70.5 6.4e-12
CCDS59215.1 ARHGAP12 gene_id:94134|Hs109|chr10 ( 816) 284 70.5 6.6e-12
CCDS59216.1 ARHGAP12 gene_id:94134|Hs109|chr10 ( 841) 284 70.5 6.7e-12
CCDS7170.1 ARHGAP12 gene_id:94134|Hs109|chr10 ( 846) 284 70.5 6.8e-12
CCDS73936.1 ABR gene_id:29|Hs109|chr17 ( 641) 282 70.0 7.1e-12
CCDS54060.1 ABR gene_id:29|Hs109|chr17 ( 813) 282 70.0 8.8e-12
CCDS11000.1 ABR gene_id:29|Hs109|chr17 ( 822) 282 70.0 8.9e-12
CCDS10999.1 ABR gene_id:29|Hs109|chr17 ( 859) 282 70.0 9.2e-12
CCDS13807.1 BCR gene_id:613|Hs109|chr22 (1227) 282 70.1 1.3e-11
CCDS13806.1 BCR gene_id:613|Hs109|chr22 (1271) 282 70.1 1.3e-11
CCDS11498.1 ARHGAP27 gene_id:201176|Hs109|chr17 ( 548) 276 68.7 1.5e-11
CCDS14142.1 ARHGAP6 gene_id:395|Hs109|chrX ( 765) 277 69.0 1.7e-11
CCDS14141.1 ARHGAP6 gene_id:395|Hs109|chrX ( 771) 277 69.0 1.8e-11
CCDS14140.1 ARHGAP6 gene_id:395|Hs109|chrX ( 974) 277 69.0 2.2e-11
CCDS74082.1 ARHGAP27 gene_id:201176|Hs109|chr17 ( 889) 276 68.8 2.3e-11
CCDS9350.1 STARD13 gene_id:90627|Hs109|chr13 ( 995) 274 68.4 3.4e-11
CCDS9349.1 STARD13 gene_id:90627|Hs109|chr13 (1105) 274 68.4 3.8e-11
CCDS9348.1 STARD13 gene_id:90627|Hs109|chr13 (1113) 274 68.4 3.8e-11
CCDS46312.1 ARHGAP25 gene_id:9938|Hs109|chr2 ( 638) 265 66.4 8.8e-11
>>CCDS32785.1 ARHGAP28 gene_id:79822|Hs109|chr18 (570 aa)
initn: 2535 init1: 2535 opt: 2535 Z-score: 2928.7 bits: 551.3 E(33420): 8.5e-157
Smith-Waterman score: 2535; 99.7% identity (99.7% similar) in 390 aa overlap (1-390:181-570)
10 20 30
pF1KE2 MKKIRHLSLIELTAFFDAFGIQLKRNKTEK
::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 IKKEDYVLTKFNVQKTRFGLTEAGDLSAEDMKKIRHLSLIELTAFFDAFGIQLKRNKTEK
160 170 180 190 200 210
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 VKGRDNGIFGVPLTVLLDGDRKKDPGVKVPLVLQKFFEKVEESGLESEGIFRLSGCTAKV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 VKGRDNGIFGVPLTVLLDGDRKKDPGVKVPLVLQKFFEKVEESGLESEGIFRLSGCTAKV
220 230 240 250 260 270
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 KQYREELDAKFNADKFKWDKMCHREAAVMLKAFFRELPTSLFPVEYIPAFISLMERGPHV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KQYREELDAKFNADKFKWDKMCHREAAVMLKAFFRELPTSLFPVEYIPAFISLMERGPHV
280 290 300 310 320 330
160 170 180 190 200 210
pF1KE2 KVQFQALHLMVMALPDANRDAAQALMTFFNKVIANESKNRMSLWNISTVMAPNLFFSRSK
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 KVQFQALHLMVMALPDANRDAAQALMTFFNKVIANESKNRMSLWNISTVMAPNLFFSRSK
340 350 360 370 380 390
220 230 240 250 260 270
pF1KE2 HSDYEELLLANTAAHIIRLMLKYQKILWKVPSFLITQVRRMNEATMLLKKQLPSVRKLLR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 HSDYEELLLANTAAHIIRLMLKYQKILWKVPSFLITQVRRMNEATMLLKKQLPSVRKLLR
400 410 420 430 440 450
280 290 300 310 320 330
pF1KE2 RKTLERETASPKTSKVLQKSPSARRMSDVPEGVIRVHAPLLSKVSMAIQLNNQTKAKDIL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS32 RKTLERETASPKTSKVLQKSPSARRMSDVPEGVIRVHAPLLSKVSMAIQLNNQTKAKDIL
460 470 480 490 500 510
340 350 360 370 380 390
pF1KE2 AKFQYENSHGSSECIKIQNQRLYEIGGNIGEHCLDPDAYILDVYRINPQAEWVIKPQPSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::
CCDS32 AKFQYENSHGSSECIKIQNQRLYEIGGNIGEHCLDPDAYILDVYRINPQAEWVIKPQQSS
520 530 540 550 560 570
>>CCDS34535.1 ARHGAP18 gene_id:93663|Hs109|chr6 (663 aa)
initn: 1114 init1: 484 opt: 991 Z-score: 1145.1 bits: 221.4 E(33420): 1.9e-57
Smith-Waterman score: 1180; 46.3% identity (78.3% similar) in 391 aa overlap (1-388:284-662)
10 20 30
pF1KE2 MKKIRHLSLIELTAFFDAFGIQLKRNKTEK
:::. ::.::::::..:..::.::..:. :
CCDS34 SKGDDATLPSFRLPKDKTGTTRIGDLAPQDMKKVCHLALIELTALYDVLGIELKQQKAVK
260 270 280 290 300 310
40 50 60 70 80 90
pF1KE2 VKGRDNGIFGVPLTVLLDGDRKKDPGVKVPLVLQKFFEKVEESGLESEGIFRLSGCTAKV
.: .:.:.: ::::.::. :..: ::...::..::.. ..:: :::.::..:. : . ..
CCDS34 IKTKDSGLFCVPLTALLEQDQRKVPGMRIPLIFQKLISRIEERGLETEGLLRIPGAAIRI
320 330 340 350 360 370
100 110 120 130 140 150
pF1KE2 KQYREELDAKFNADKFKWDKMCHREAAVMLKAFFRELPTSLFPVEYIPAFISLMERGPHV
:. .::.::: :.:... ...:: .:: :.:::: :. :::. :: .. . :
CCDS34 KNLCQELEAKFYEGTFNWESVKQHDAASLLKLFIRELPQPLLSVEYLKAFQAV-QNLPTK
380 390 400 410 420 430
160 170 180 190 200
pF1KE2 KVQFQALHLMVMALPDANRDAAQALMTFFNKVIANESKNRMSLWNISTVMAPNLFFSRS-
: :.:::.:.:. :::::::. .::. :...:: :. ::.:.. :.. :::::::. ..
CCDS34 KQQLQALNLLVILLPDANRDTLKALLEFLQRVIDNKEKNKMTVMNVAMVMAPNLFMCHAL
440 450 460 470 480 490
210 220 230 240 250 260
pF1KE2 --KHSDYEELLLANTAAHIIRLMLKYQKILWKVPSFLITQVRRMNEATMLLKKQLPSVRK
: :. .:...: .:. ..:..::::.:: .:.:...:::..: . ::. ...:
CCDS34 GLKSSEQREFVMAAGTANTMHLLIKYQKLLWTIPKFIVNQVRKQNTENH--KKDKRAMKK
500 510 520 530 540 550
270 280 290 300 310 320
pF1KE2 LLRRKTLERETASPKTSKVLQKSPSARRMSDVPEGVIRVHAPLLSKVSMAIQLNNQTKAK
::.. . .:: .:. .. .:::.:::::.:: ::::::::::... ::.
CCDS34 LLKKMAYDREK--------YEKQDKSTNDADVPQGVIRVQAPHLSKVSMAIQLTEELKAS
560 570 580 590 600
330 340 350 360 370 380
pF1KE2 DILAKFQYENSHGSSECIKIQNQRLYEIGGNIGEHCLDPDAYILDVYRINPQAEWVIKPQ
:.::.: ..: : .. .: . ::::::::::.::: :.:. :.:..::.:::::: .
CCDS34 DVLARFLSQES-GVAQTLKKGEVFLYEIGGNIGERCLDDDTYMKDLYQLNPNAEWVIKSK
610 620 630 640 650 660
390
pF1KE2 PSS
:
CCDS34 PL
>>CCDS34029.1 FAM13A gene_id:10144|Hs109|chr4 (1023 aa)
initn: 231 init1: 114 opt: 310 Z-score: 356.0 bits: 76.1 E(33420): 1.7e-13
Smith-Waterman score: 316; 29.6% identity (56.1% similar) in 287 aa overlap (38-321:40-309)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 SLIELTAFFDAFGIQLKRNKTEKVKGRDNGIFGVPLTVLLDGDRKKDPGVKVPLVLQKFF
.::: : : .:. .: :. ..
CCDS34 QSKAAVRLKEDMKKIVAVPLNEQKDFTYQKLFGVSLQEL---ERQGLTENGIPAVVWNIV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 EKVEESGLESEGIFRLSGCTAKVKQYREELDAKFNADKFKWDKMCHREAAVMLKAFFREL
: . . :: .::.::..: . :.: : .... .. : .: :: .:: :.:::
CCDS34 EYLTQHGLTQEGLFRVNGNVKVVEQLRLKFESGVPVELGKDGDVC--SAASLLKLFLREL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 PTSLFPVEYIPAFISLMERGPHVKVQFQALHLMVMALPDANRDAAQALMTFFNKVIANES
: ::. : ::.:.. : . :: ..:. .. :::.. . : :..:: ..
CCDS34 PDSLITSALQPRFIQLFQDGRN-DVQESSLRDLIKELPDTHYCLLKYLCQFLTKVAKHHV
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 KNRMSLWNISTVMAPNLFFSRSKHSDYEELLLANTAAHIIRLMLKYQKILWKVPSFLITQ
.:::.. :..::..:: : ..: : : .:. .:. . :..: .
CCDS34 QNRMNVHNLATVFGPNCFHVPPGLEGMKEQDLCN---KIMAKILENYNTLFEVEYTENDH
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 VRRMNEATMLLKKQLPSVRKL--LRRKTLERETASPKTSKVLQKSPSARRMSDVPEGVIR
.: : : ... :.. .: : . :::. .: . . :: : :: :.
CCDS34 LRCENLARLIIVKEVYYKNSLPILLTRGLERDMPKPPPKTKIPKSRS--------EGSIQ
250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 VHAPLLSKVSMAI-QLNNQTKAKDILAKFQYENSHGSSECIKIQNQRLYEIGGNIGEHCL
.: : ..: .: ::.
CCDS34 AHRVLQPELSDGIPQLSLRLSYRKACLEDMNSAEGAISAKLVPSSQEDERPLSPFYLSAH
300 310 320 330 340 350
>>CCDS2184.1 ARHGAP15 gene_id:55843|Hs109|chr2 (475 aa)
initn: 261 init1: 148 opt: 303 Z-score: 353.1 bits: 74.4 E(33420): 2.5e-13
Smith-Waterman score: 303; 29.2% identity (63.9% similar) in 216 aa overlap (27-237:266-470)
10 20 30 40 50
pF1KE2 MKKIRHLSLIELTAFFDAFGIQLKRNKTEKVKG--RDNGIFGVPLTVLLDGDRKKD
:: . :: .:. ::: : . . . .
CCDS21 FRLHHSASDTSDKNRVKSRLKKFITRRPSLKTLQEKGLIKDQ-IFGSHLHKVCERENST-
240 250 260 270 280 290
60 70 80 90 100 110
pF1KE2 PGVKVPLVLQKFFEKVEESGLESEGIFRLSGCTAKVKQYRE--ELDAKFNADKFKWDKMC
:: ... .: ::. ::. .::.:.:: : ... : . . :.: : .:. .
CCDS21 ----VPWFVKQCIEAVEKRGLDVDGIYRVSGNLATIQKLRFIVNQEEKLNLDDSQWEDIH
300 310 320 330 340
120 130 140 150 160 170
pF1KE2 HREAAVMLKAFFRELPTSLFPVEYIPAFISLMERGPHVKVQFQALHLMVMALPDANRDAA
.: :: :::::: ::: .. :. ... . .....:.. .:. :: :::.
CCDS21 VVTGA--LKMFFRELPEPLFPYSFFEQFVEAIKKQDN-NTRIEAVKSLVQKLPPPNRDTM
350 360 370 380 390 400
180 190 200 210 220 230
pF1KE2 QALMTFFNKVIANESKNRMSLWNISTVMAPNLFFSRSKHSDYE-ELLLANTAAHIIRLML
..:. ..:..:. ::: :: ... :..:.:. .... ... ... : :.. ..
CCDS21 KVLFGHLTKIVAKASKNLMSTQSLGIVFGPTLLRAENETGNMAIHMVYQNQIAEL--MLS
410 420 430 440 450 460
240 250 260 270 280 290
pF1KE2 KYQKILWKVPSFLITQVRRMNEATMLLKKQLPSVRKLLRRKTLERETASPKTSKVLQKSP
.:.::.
CCDS21 EYSKIFGSEED
470
>>CCDS55201.1 DLC1 gene_id:10395|Hs109|chr8 (1017 aa)
initn: 254 init1: 137 opt: 290 Z-score: 332.9 bits: 71.8 E(33420): 3.3e-12
Smith-Waterman score: 292; 28.6% identity (63.6% similar) in 217 aa overlap (1-205:517-723)
10 20
pF1KE2 MKKIRHLSLIELTAFFDAF------GIQ--
:. ... ::..:::... . :..
CCDS55 HRLRWHSFQSSHRPSLNSVSLQINCQSVAQMNLLQKYSLLKLTALLEKYTPSNKHGFSWA
490 500 510 520 530 540
30 40 50 60 70
pF1KE2 ----LKRNKTEKVKGRDNGIFGVPLTVLLDGDRKKDPGVKVPLVLQKFFEKVEESGLESE
.:: :. : : ..::::::: . .: .: .: .:. .. ... :..
CCDS55 VPKFMKRIKVPDYK--DRSVFGVPLTV--NVQRTGQP---LPQSIQQAMRYLRNHCLDQV
550 560 570 580 590
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 GIFRLSGCTAKVKQYREELDAKFNADKFKWDKMCHREAAVMLKAFFRELPTSLFPVEYIP
:.:: :: .... :. .. . : ... . ..: ::: .::.:: :. .
CCDS55 GLFRKSGVKSRIQALRQMNEGAI--DCVNYEGQSAYDVADMLKQYFRDLPEPLMTNKLSE
600 610 620 630 640 650
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 AFISLMERGPHVKVQFQALHLMVMALPDANRDAAQALMTFFNKVIANESKNRMSLWNIST
.:..... :. . ..::.. .: ::: ::.. :.:. :.. : : ..:.:. :...
CCDS55 TFLQIYQYVPKDQ-RLQAIKAAIMLLPDENREVLQTLLYFLSDVTAAVKENQMTPTNLAV
660 670 680 690 700 710
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 VMAPNLFFSRSKHSDYEELLLANTAAHIIRLMLKYQKILWKVPSFLITQVRRMNEATMLL
.::.::
CCDS55 CLAPSLFHLNTLKRENSSPRVMQRKQSLGKPDQKDLNENLAATQGLAHMIAECKKLFQVP
720 730 740 750 760 770
>>CCDS5990.1 DLC1 gene_id:10395|Hs109|chr8 (1091 aa)
initn: 254 init1: 137 opt: 290 Z-score: 332.5 bits: 71.8 E(33420): 3.5e-12
Smith-Waterman score: 292; 28.6% identity (63.6% similar) in 217 aa overlap (1-205:591-797)
10 20
pF1KE2 MKKIRHLSLIELTAFFDAF------GIQ--
:. ... ::..:::... . :..
CCDS59 HRLRWHSFQSSHRPSLNSVSLQINCQSVAQMNLLQKYSLLKLTALLEKYTPSNKHGFSWA
570 580 590 600 610 620
30 40 50 60 70
pF1KE2 ----LKRNKTEKVKGRDNGIFGVPLTVLLDGDRKKDPGVKVPLVLQKFFEKVEESGLESE
.:: :. : : ..::::::: . .: .: .: .:. .. ... :..
CCDS59 VPKFMKRIKVPDYK--DRSVFGVPLTV--NVQRTGQP---LPQSIQQAMRYLRNHCLDQV
630 640 650 660 670
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 GIFRLSGCTAKVKQYREELDAKFNADKFKWDKMCHREAAVMLKAFFRELPTSLFPVEYIP
:.:: :: .... :. .. . : ... . ..: ::: .::.:: :. .
CCDS59 GLFRKSGVKSRIQALRQMNEGAI--DCVNYEGQSAYDVADMLKQYFRDLPEPLMTNKLSE
680 690 700 710 720 730
140 150 160 170 180 190
pF1KE2 AFISLMERGPHVKVQFQALHLMVMALPDANRDAAQALMTFFNKVIANESKNRMSLWNIST
.:..... :. . ..::.. .: ::: ::.. :.:. :.. : : ..:.:. :...
CCDS59 TFLQIYQYVPKDQ-RLQAIKAAIMLLPDENREVLQTLLYFLSDVTAAVKENQMTPTNLAV
740 750 760 770 780 790
200 210 220 230 240 250
pF1KE2 VMAPNLFFSRSKHSDYEELLLANTAAHIIRLMLKYQKILWKVPSFLITQVRRMNEATMLL
.::.::
CCDS59 CLAPSLFHLNTLKRENSSPRVMQRKQSLGKPDQKDLNENLAATQGLAHMIAECKKLFQVP
800 810 820 830 840 850
>>CCDS83253.1 DLC1 gene_id:10395|Hs109|chr8 (1125 aa)
initn: 254 init1: 137 opt: 290 Z-score: 332.2 bits: 71.8 E(33420): 3.6e-12
Smith-Waterman score: 292; 28.6% identity (63.6% similar) in 217 aa overlap (1-205:625-831)
10 20
pF1KE2 MKKIRHLSLIELTAFFDAF------GIQ--
:. ... ::..:::... . :..
CCDS83 HRLRWHSFQSSHRPSLNSVSLQINCQSVAQMNLLQKYSLLKLTALLEKYTPSNKHGFSWA
600 610 620 630 640 650
30 40 50 60 70
pF1KE2 ----LKRNKTEKVKGRDNGIFGVPLTVLLDGDRKKDPGVKVPLVLQKFFEKVEESGLESE
.:: :. : : ..::::::: . .: .: .: .:. .. ... :..
CCDS83 VPKFMKRIKVPDYK--DRSVFGVPLTV--NVQRTGQP---LPQSIQQAMRYLRNHCLDQV
660 670 680 690 700
80 90 100 110 120 130
pF1KE2 GIFRLSGCTAKVKQYREELDAKFNADKFKWDKMCHREAAVMLKAFFRELPTSLFPVEYIP
:.:: :: .... :. .. . : ... . ..: ::: .::.:: :. .
CCDS83 GLFRKSGVKSRIQALRQMNEGAI--DCVNYEGQSAYDVADMLKQYFRDLPEPLMTNKLSE
710 720 730 740 750 760
140 150 160 170 180 190
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.::.::
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]