Result of FASTA (omim) for
pFN21AE5686
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE5686, 563 aa
1>>>pF1KE5686 563 - 563 aa - 563 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9618+/-0.000474; mu= 7.8803+/- 0.030
mean_var=271.4582+/-55.819, 0's: 0 Z-trim(116.8): 75 B-trim: 1645 in 1/54
Lambda= 0.077844
statistics sampled from 28092 (28181) to 28092 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.33), width: 16
Scan time: 8.980
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_037418 (OMIM: 612602) putative RNA-binding prot ( 890) 3759 436.6 1.6e-121
NP_001188474 (OMIM: 606077) putative RNA-binding p ( 969) 1088 136.6 3.4e-31
NP_073605 (OMIM: 606077) putative RNA-binding prot ( 977) 1088 136.6 3.4e-31
NP_055816 (OMIM: 613484) msx2-interacting protein (3664) 364 56.1 2.3e-06
>>NP_037418 (OMIM: 612602) putative RNA-binding protein (890 aa)
initn: 3759 init1: 3759 opt: 3759 Z-score: 2302.5 bits: 436.6 E(85289): 1.6e-121
Smith-Waterman score: 3759; 99.8% identity (100.0% similar) in 563 aa overlap (1-563:328-890)
10 20 30
pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAF
::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LSRERALDYYGLYDDRGRPYGYPAVCEEDLMPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAF
300 310 320 330 340 350
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 EKYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 EKYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPT
360 370 380 390 400 410
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 TRLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 TRLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFP
420 430 440 450 460 470
160 170 180 190 200 210
pF1KE5 LGGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQYQPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDADLVRDRTPPHLL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LGGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQYQPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDADLVRDRTPPHLL
480 490 500 510 520 530
220 230 240 250 260 270
pF1KE5 YSDRDRTFLEGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSVRSRSGERWGADGDRGLPKPWEEKRKRR
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.::::
NP_037 YSDRDRTFLEGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSVRSRSGERWGADGDRGLPKPWEERRKRR
540 550 560 570 580 590
280 290 300 310 320 330
pF1KE5 SLSSDRGRTTHSPYEERSRTKGSGQQSERGSDRTPERSRKENHSSEGTKESSSNSLSNSR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SLSSDRGRTTHSPYEERSRTKGSGQQSERGSDRTPERSRKENHSSEGTKESSSNSLSNSR
600 610 620 630 640 650
340 350 360 370 380 390
pF1KE5 HGAEERGHHHHHHEAADSSHGKKARDSERNHRTTEAEPKPLEEPKHETKKLKNLSEYAQT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 HGAEERGHHHHHHEAADSSHGKKARDSERNHRTTEAEPKPLEEPKHETKKLKNLSEYAQT
660 670 680 690 700 710
400 410 420 430 440 450
pF1KE5 LQLGWNGLLVLKNSCFPTSMHILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 LQLGWNGLLVLKNSCFPTSMHILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLD
720 730 740 750 760 770
460 470 480 490 500 510
pF1KE5 EVTRRIKQGSPNGYAVLLATQATPSGLGTEGMPTVEPGLQRRLLRNLVSYLKQKQAAGVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 EVTRRIKQGSPNGYAVLLATQATPSGLGTEGMPTVEPGLQRRLLRNLVSYLKQKQAAGVI
780 790 800 810 820 830
520 530 540 550 560
pF1KE5 SLPVGGSKGRDGTGMLYAFPPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_037 SLPVGGSKGRDGTGMLYAFPPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA
840 850 860 870 880 890
>>NP_001188474 (OMIM: 606077) putative RNA-binding prote (969 aa)
initn: 1639 init1: 888 opt: 1088 Z-score: 681.0 bits: 136.6 E(85289): 3.4e-31
Smith-Waterman score: 1746; 51.6% identity (72.7% similar) in 601 aa overlap (2-560:366-954)
10 20 30
pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAFE
:::::::.:.::.:::: .:.: .:::::.
NP_001 YERVRPAYSLEPRVGAGAGAAPFREVDEISPEDDQRANRTLFLGNLDITVTESDLRRAFD
340 350 360 370 380 390
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 KYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPTT
..:.: :: ::::.::: ..:.::::.::::.::::.::::..: :::::::::::.:::
NP_001 RFGVITEVDIKRPSRGQTSTYGFLKFENLDMSHRAKLAMSGKIIIRNPIKIGYGKATPTT
400 410 420 430 440 450
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 RLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFPL
::::::::: . ::::::::::::.:::::. ::::.:::::::::::.:: ..::::::
NP_001 RLWVGGLGPWVPLAALAREFDRFGTIRTIDYRKGDSWAYIQYESLDAAHAAWTHMRGFPL
460 470 480 490 500 510
160 170 180 190 200
pF1KE5 GGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQY-QPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDA-DLVRDRTPPHL
:::::::::::: .:. :: ::: :: :: .::::.::.. :: : .:::::: :
NP_001 GGPDRRLRVDFADTEH-RYQQQYLQPLPL-THYELVTDAFG-HRAPDPLRGARDRTPP-L
520 530 540 550 560 570
210 220 230 240 250
pF1KE5 LYSDRDRTFL-EGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSV----------RSRSGERWGAD---G
:: :::: . ..::. : :. : . . :: : :.: :. : :
NP_001 LYRDRDRDLYPDSDWVPPPPPV-RERSTRTAATSVPAYEPLDSLDRRRDG--WSLDRDRG
580 590 600 610 620
260 270 280 290 300
pF1KE5 DRGLPKPWEEKRKRR------------SLSSDRGRTTH-SPYEERS-RTKGSGQQSERGS
:: ::. .. :::: : ::: : : .: .:: . ..: .. . .
NP_001 DRDLPSSRDQPRKRRLPEESGGRHLDRSPESDRPRKRHCAPSPDRSPELSSSRDRYNSDN
630 640 650 660 670 680
310 320 330 340 350
pF1KE5 DRT---------PERSRKEN-HSSEGTKESSSNSLSNSRHGAEERGHHHHHHEAADSSHG
::. : :.:. . ..:.: :.. .:: : : .: :. . :
NP_001 DRSSRLLLERPSPIRDRRGSLEKSQGDKRDRKNSASAER----DRKHRTTAPTEGKSPLK
690 700 710 720 730 740
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 KKARDSERNHRTTEAEPKPLEEP-KHETKKLKNLSEYAQTLQLGWNGLLVLKNSCFPTSM
:. :.. :. : : :. : ... .. . : :.:.:.:.:::: ::..:
NP_001 KEDRSDGSAPSTSTASSK-LKSPSQKQDGGTAPVASASPKLCLAWQGMLLLKNSNFPSNM
750 760 770 780 790 800
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 HILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLDEVTRRIKQGSPNGYAVLLAT
:.:.:: : :::: . ..:.:..::::.:::::::::::::::::: ..:::::.:::.
NP_001 HLLQGDLQVASSLLVEGSTGGKVAQLKITQRLRLDQPKLDEVTRRIKVAGPNGYAILLAV
810 820 830 840 850 860
480 490 500 510 520
pF1KE5 QATPSGLGTEGMPTVEPGLQ-RRLLRNLVSYLKQKQAAGVISLPVGGSKGRDGTGMLYAF
.. .. .. . . . . . .: :::::::::::::::::::::::.: ...::.:.::
NP_001 PGSSDSRSSSSSAASDTATSTQRPLRNLVSYLKQKQAAGVISLPVGGNKDKENTGVLHAF
870 880 890 900 910 920
530 540 550 560
pF1KE5 PPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA
:::.::::.:.: ..:.: ::...:..:::
NP_001 PPCEFSQQFLDSPAKALAKSEEDYLVMIIVRAKLVEQRMKIWNSKL
930 940 950 960
>>NP_073605 (OMIM: 606077) putative RNA-binding protein (977 aa)
initn: 1639 init1: 888 opt: 1088 Z-score: 680.9 bits: 136.6 E(85289): 3.4e-31
Smith-Waterman score: 1746; 51.6% identity (72.7% similar) in 601 aa overlap (2-560:366-954)
10 20 30
pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAFE
:::::::.:.::.:::: .:.: .:::::.
NP_073 YERVRPAYSLEPRVGAGAGAAPFREVDEISPEDDQRANRTLFLGNLDITVTESDLRRAFD
340 350 360 370 380 390
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 KYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPTT
..:.: :: ::::.::: ..:.::::.::::.::::.::::..: :::::::::::.:::
NP_073 RFGVITEVDIKRPSRGQTSTYGFLKFENLDMSHRAKLAMSGKIIIRNPIKIGYGKATPTT
400 410 420 430 440 450
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 RLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFPL
::::::::: . ::::::::::::.:::::. ::::.:::::::::::.:: ..::::::
NP_073 RLWVGGLGPWVPLAALAREFDRFGTIRTIDYRKGDSWAYIQYESLDAAHAAWTHMRGFPL
460 470 480 490 500 510
160 170 180 190 200
pF1KE5 GGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQY-QPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDA-DLVRDRTPPHL
:::::::::::: .:. :: ::: :: :: .::::.::.. :: : .:::::: :
NP_073 GGPDRRLRVDFADTEH-RYQQQYLQPLPL-THYELVTDAFG-HRAPDPLRGARDRTPP-L
520 530 540 550 560 570
210 220 230 240 250
pF1KE5 LYSDRDRTFL-EGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSV----------RSRSGERWGAD---G
:: :::: . ..::. : :. : . . :: : :.: :. : :
NP_073 LYRDRDRDLYPDSDWVPPPPPV-RERSTRTAATSVPAYEPLDSLDRRRDG--WSLDRDRG
580 590 600 610 620
260 270 280 290 300
pF1KE5 DRGLPKPWEEKRKRR------------SLSSDRGRTTH-SPYEERS-RTKGSGQQSERGS
:: ::. .. :::: : ::: : : .: .:: . ..: .. . .
NP_073 DRDLPSSRDQPRKRRLPEESGGRHLDRSPESDRPRKRHCAPSPDRSPELSSSRDRYNSDN
630 640 650 660 670 680
310 320 330 340 350
pF1KE5 DRT---------PERSRKEN-HSSEGTKESSSNSLSNSRHGAEERGHHHHHHEAADSSHG
::. : :.:. . ..:.: :.. .:: : : .: :. . :
NP_073 DRSSRLLLERPSPIRDRRGSLEKSQGDKRDRKNSASAER----DRKHRTTAPTEGKSPLK
690 700 710 720 730 740
360 370 380 390 400 410
pF1KE5 KKARDSERNHRTTEAEPKPLEEP-KHETKKLKNLSEYAQTLQLGWNGLLVLKNSCFPTSM
:. :.. :. : : :. : ... .. . : :.:.:.:.:::: ::..:
NP_073 KEDRSDGSAPSTSTASSK-LKSPSQKQDGGTAPVASASPKLCLAWQGMLLLKNSNFPSNM
750 760 770 780 790 800
420 430 440 450 460 470
pF1KE5 HILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLDEVTRRIKQGSPNGYAVLLAT
:.:.:: : :::: . ..:.:..::::.:::::::::::::::::: ..:::::.:::.
NP_073 HLLQGDLQVASSLLVEGSTGGKVAQLKITQRLRLDQPKLDEVTRRIKVAGPNGYAILLAV
810 820 830 840 850 860
480 490 500 510 520
pF1KE5 QATPSGLGTEGMPTVEPGLQ-RRLLRNLVSYLKQKQAAGVISLPVGGSKGRDGTGMLYAF
.. .. .. . . . . . .: :::::::::::::::::::::::.: ...::.:.::
NP_073 PGSSDSRSSSSSAASDTATSTQRPLRNLVSYLKQKQAAGVISLPVGGNKDKENTGVLHAF
870 880 890 900 910 920
530 540 550 560
pF1KE5 PPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA
:::.::::.:.: ..:.: ::...:..:::
NP_073 PPCEFSQQFLDSPAKALAKSEEDYLVMIIVRGFGFQIGVRYENKKRENLALTLL
930 940 950 960 970
>>NP_055816 (OMIM: 613484) msx2-interacting protein [Hom (3664 aa)
initn: 390 init1: 220 opt: 364 Z-score: 235.1 bits: 56.1 E(85289): 2.3e-06
Smith-Waterman score: 418; 26.4% identity (55.5% similar) in 409 aa overlap (7-390:435-835)
10 20 30
pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAFEKYGII
.:::.::::::..... .:: :...: :
NP_055 QIEVTAWIGPETESENEFRPLDERIDEFHPKATRTLFIGNLEKTTTYHDLRNIFQRFGEI
410 420 430 440 450 460
40 50 60 70 80 90
pF1KE5 EEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPTTRLWVG
.. ::. . : ::::.. .. . .: :.:. .: : .:.:.::. ::. .:.
NP_055 VDIDIKK-VNGVP-QYAFLQYCDIASVCKAIKKMDGEYLGNNRLKLGFGKSMPTNCVWLD
470 480 490 500 510 520
100 110 120 130 140 150
pF1KE5 GLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTI--DHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFPLGGP
::. :.: :.:.: :.: . . :..:: .: . :. .. :::: . .: .::
NP_055 GLSSNVSDQYLTRHFCRYGPVVKVVFDRLKG--MALVLYNEIEYAQAAVKETKGRKIGG-
530 540 550 560 570
160 170 180 190 200
pF1KE5 DRRLRVDFAKAE-ETRYPQQYQPSPLPVH--YELLTDGYTRHRNLDADLVRDRT------
...::::. : . . . .. : .. ::.:.. ..: . : .:::
NP_055 -NKIKVDFANRESQLAFYHCMEKSGQDIRDFYEMLAE-RREERRASYDYNQDRTYYESVR
580 590 600 610 620 630
210 220 230 240 250
pF1KE5 PPHLLYSDRDRTF------LEGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSVRSRSGERWGADGDRGL
: : : . . ..: . ... .. : :. .. . : .
NP_055 TPGTYPEDSRRDYPARGREFYSEWET-YQGDYYESRYYDDPREYRDYRNDPYEQDIREYS
640 650 660 670 680 690
260 270 280 290 300 310
pF1KE5 PKPWEEKRKRRSLSSDRGRTTHSPYEERS------RTKGSGQQSERGSDRTPERSRKENH
. :..:.:. . ::: : . ::: : : : ..: : :... .
NP_055 YRQRERERERERFESDRDRDHERRPIERSQSPVHLRRPQSPGASPSQAERLPSDSERRLY
700 710 720 730 740 750
320 330 340 350 360 370
pF1KE5 SSEGTKESSSNSLSNSRHGA--EERGHHHHHHEAADSSHGKKARDSERNHRTTEAEPKPL
: . . .: .::: :. . : ... ..: .:. . . ::..: . :
NP_055 SRSSDRSGSCSSLSPPRYEKLDKSRLERYTKNEKTDKERTFDPERVERERRLIRKEKVEK
760 770 780 790 800 810
380 390 400 410 420 430
pF1KE5 EEPKHETKKLKNLSEYAQTLQLGWNGLLVLKNSCFPTSMHILEGDQGVISSLLKDHTSGS
.. .. .: : : .:.
NP_055 DKTDKQKRKGKVHSPSSQSSETDQENEREQSPEKPRSCNKLSREKADKEGIAKNRLELMP
820 830 840 850 860 870
563 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Tue Nov 8 05:51:21 2016 done: Tue Nov 8 05:51:22 2016
Total Scan time: 8.980 Total Display time: 0.030
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]