FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5686, 563 aa 1>>>pF1KE5686 563 - 563 aa - 563 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.3077+/-0.00113; mu= 5.3464+/- 0.068 mean_var=223.8411+/-45.693, 0's: 0 Z-trim(109.5): 68 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.085724 statistics sampled from 10916 (10967) to 10916 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.692), E-opt: 0.2 (0.337), width: 16 Scan time: 2.940 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33764.1 RBM15B gene_id:29890|Hs108|chr3 ( 890) 3759 478.6 1.4e-134 CCDS59198.1 RBM15 gene_id:64783|Hs108|chr1 ( 969) 1088 148.3 4.1e-35 CCDS822.1 RBM15 gene_id:64783|Hs108|chr1 ( 977) 1088 148.3 4.1e-35 >>CCDS33764.1 RBM15B gene_id:29890|Hs108|chr3 (890 aa) initn: 3759 init1: 3759 opt: 3759 Z-score: 2529.7 bits: 478.6 E(32554): 1.4e-134 Smith-Waterman score: 3759; 99.8% identity (100.0% similar) in 563 aa overlap (1-563:328-890) 10 20 30 pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAF :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 LSRERALDYYGLYDDRGRPYGYPAVCEEDLMPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAF 300 310 320 330 340 350 40 50 60 70 80 90 pF1KE5 EKYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 EKYGIIEEVVIKRPARGQGGAYAFLKFQNLDMAHRAKVAMSGRVIGRNPIKIGYGKANPT 360 370 380 390 400 410 100 110 120 130 140 150 pF1KE5 TRLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFP :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 TRLWVGGLGPNTSLAALAREFDRFGSIRTIDHVKGDSFAYIQYESLDAAQAACAKMRGFP 420 430 440 450 460 470 160 170 180 190 200 210 pF1KE5 LGGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQYQPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDADLVRDRTPPHLL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 LGGPDRRLRVDFAKAEETRYPQQYQPSPLPVHYELLTDGYTRHRNLDADLVRDRTPPHLL 480 490 500 510 520 530 220 230 240 250 260 270 pF1KE5 YSDRDRTFLEGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSVRSRSGERWGADGDRGLPKPWEEKRKRR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: CCDS33 YSDRDRTFLEGDWTSPSKSSDRRNSLEGYSRSVRSRSGERWGADGDRGLPKPWEERRKRR 540 550 560 570 580 590 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 SLSSDRGRTTHSPYEERSRTKGSGQQSERGSDRTPERSRKENHSSEGTKESSSNSLSNSR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 SLSSDRGRTTHSPYEERSRTKGSGQQSERGSDRTPERSRKENHSSEGTKESSSNSLSNSR 600 610 620 630 640 650 340 350 360 370 380 390 pF1KE5 HGAEERGHHHHHHEAADSSHGKKARDSERNHRTTEAEPKPLEEPKHETKKLKNLSEYAQT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 HGAEERGHHHHHHEAADSSHGKKARDSERNHRTTEAEPKPLEEPKHETKKLKNLSEYAQT 660 670 680 690 700 710 400 410 420 430 440 450 pF1KE5 LQLGWNGLLVLKNSCFPTSMHILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 LQLGWNGLLVLKNSCFPTSMHILEGDQGVISSLLKDHTSGSKLTQLKIAQRLRLDQPKLD 720 730 740 750 760 770 460 470 480 490 500 510 pF1KE5 EVTRRIKQGSPNGYAVLLATQATPSGLGTEGMPTVEPGLQRRLLRNLVSYLKQKQAAGVI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 EVTRRIKQGSPNGYAVLLATQATPSGLGTEGMPTVEPGLQRRLLRNLVSYLKQKQAAGVI 780 790 800 810 820 830 520 530 540 550 560 pF1KE5 SLPVGGSKGRDGTGMLYAFPPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS33 SLPVGGSKGRDGTGMLYAFPPCDFSQQYLQSALRTLGKLEEEHMVIVIVRDTA 840 850 860 870 880 890 >>CCDS59198.1 RBM15 gene_id:64783|Hs108|chr1 (969 aa) initn: 1639 init1: 888 opt: 1088 Z-score: 743.9 bits: 148.3 E(32554): 4.1e-35 Smith-Waterman score: 1746; 51.6% identity (72.7% similar) in 601 aa overlap (2-560:366-954) 10 20 30 pF1KE5 MPEDDQRATRNLFIGNLDHSVSEVELRRAFE :::::::.:.::.:::: .:.: .:::::. 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