FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1187, 765 aa 1>>>pF1KE1187 765 - 765 aa - 765 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.2069+/-0.00051; mu= 14.1769+/- 0.032 mean_var=321.6999+/-70.782, 0's: 0 Z-trim(116.5): 2020 B-trim: 105 in 1/55 Lambda= 0.071507 statistics sampled from 25399 (27786) to 25399 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.669), E-opt: 0.2 (0.326), width: 16 Scan time: 8.860 The best scores are: opt bits E(85289) NP_660334 (OMIM: 616238) zinc finger and BTB domai ( 765) 5229 554.6 5.4e-157 NP_001317554 (OMIM: 616238) zinc finger and BTB do ( 765) 5229 554.6 5.4e-157 XP_005248008 (OMIM: 616238) PREDICTED: zinc finger ( 466) 3134 338.2 4.8e-92 XP_011511718 (OMIM: 616238) PREDICTED: zinc finger ( 643) 2835 307.6 1.1e-82 NP_071927 (OMIM: 613842) GDNF-inducible zinc finge ( 711) 853 103.2 4.1e-21 XP_011527624 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 711) 853 103.2 4.1e-21 XP_011527623 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 711) 853 103.2 4.1e-21 NP_001303941 (OMIM: 613842) GDNF-inducible zinc fi ( 711) 853 103.2 4.1e-21 NP_001303948 (OMIM: 613842) GDNF-inducible zinc fi ( 677) 833 101.1 1.7e-20 XP_016883506 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 677) 833 101.1 1.7e-20 XP_005260857 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 677) 833 101.1 1.7e-20 XP_016883507 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-induci ( 677) 833 101.1 1.7e-20 XP_006722943 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 796 97.6 3e-19 XP_011526568 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1092) 796 97.6 3e-19 XP_016882725 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1118) 796 97.6 3.1e-19 XP_011526567 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 796 97.6 3.1e-19 XP_016882724 (OMIM: 603971) PREDICTED: zinc finger (1150) 796 97.6 3.1e-19 NP_001287880 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 (1159) 796 97.6 3.1e-19 NP_003421 (OMIM: 603971) zinc finger protein 91 is (1191) 796 97.6 3.2e-19 NP_001166122 (OMIM: 601276) zinc finger protein 17 ( 481) 774 94.7 9.5e-19 NP_001243583 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 777 95.3 9.6e-19 NP_001243580 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 744) 777 95.3 9.6e-19 NP_001243578 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 777 95.4 1e-18 NP_001243579 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_011526561 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882705 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_011526559 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882701 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 NP_001243577 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882699 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882698 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882697 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882703 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882704 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882696 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882700 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 XP_016882702 (OMIM: 603972) PREDICTED: zinc finger ( 803) 777 95.4 1e-18 NP_003414 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 is ( 809) 777 95.4 1e-18 NP_001243582 (OMIM: 603972) zinc finger protein 43 ( 818) 777 95.4 1e-18 XP_016865210 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 753) 776 95.3 1e-18 XP_016865209 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 786) 776 95.3 1.1e-18 XP_016865208 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 803) 776 95.3 1.1e-18 XP_016865207 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 806) 776 95.3 1.1e-18 XP_016865205 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 821) 776 95.3 1.1e-18 XP_016865202 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18 XP_016865199 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18 XP_016865204 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18 XP_016865200 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18 XP_016865201 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18 XP_016865203 (OMIM: 610281) PREDICTED: zinc finger ( 867) 776 95.4 1.1e-18 >>NP_660334 (OMIM: 616238) zinc finger and BTB domain-co (765 aa) initn: 5229 init1: 5229 opt: 5229 Z-score: 2939.5 bits: 554.6 E(85289): 5.4e-157 Smith-Waterman score: 5229; 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NP_071 ELTPQTDSMPTQLHSLSNME 700 710 >>XP_011527624 (OMIM: 613842) PREDICTED: GDNF-inducible (711 aa) initn: 666 init1: 666 opt: 853 Z-score: 500.0 bits: 103.2 E(85289): 4.1e-21 Smith-Waterman score: 861; 26.9% identity (57.1% similar) in 725 aa overlap (10-696:16-711) 10 20 30 40 50 pF1KE1 MDPVATHSCHLLQQLHEQRIQGLLCDCMLVV--KGVC--FKAHKNVLAAFSQYF .::...:: :. : ::: . : .:: : ::: :::: :..: XP_011 MESGAVLLESKSSPFNLLHEMHELRLLGHLCDVTVSVEYQGVRKDFMAHKAVLAATSKFF 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 pF1KE1 RSLFQNSSS---QKNDVFHLDVKNVSGIGQILDFMYTSHLDLNQDNIQVMLDTAQCLQVQ . .: : .: ...:. .:. :. ....:.:.::.......: .: ::..:. :. XP_011 KEVFLNEKSVDGTRTNVYLNEVQ-VADFASFLEFVYTAKVQVEEDRVQRMLEVAEKLKCL 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 pF1KE1 NVLSLCHTFLKSA--TVV-------QPPGMPCNSTLSLQSTLTPDATCVISENYPPHLLQ .. : . :. .:. . . .: ..... .: :. . . .: : . 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