FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9629, 1001 aa 1>>>pF1KE9629 1001 - 1001 aa - 1001 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.3084+/-0.000376; mu= 13.3697+/- 0.024 mean_var=140.2534+/-27.642, 0's: 0 Z-trim(117.9): 23 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.108297 statistics sampled from 30210 (30230) to 30210 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.696), E-opt: 0.2 (0.354), width: 16 Scan time: 13.760 The best scores are: opt bits E(85289) NP_004609 (OMIM: 601243) DNA topoisomerase 3-alpha (1001) 6931 1095.2 0 NP_001307688 (OMIM: 601243) DNA topoisomerase 3-al ( 906) 6225 984.8 0 XP_011522303 (OMIM: 601243) PREDICTED: DNA topoiso ( 531) 3755 598.8 2.6e-170 XP_016884527 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 727) 1392 229.7 4.5e-59 XP_005261868 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 862) 1392 229.7 5.2e-59 XP_006724412 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 862) 1392 229.7 5.2e-59 XP_006724413 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 862) 1392 229.7 5.2e-59 NP_003926 (OMIM: 603582) DNA topoisomerase 3-beta- ( 862) 1392 229.7 5.2e-59 NP_001269041 (OMIM: 603582) DNA topoisomerase 3-be ( 862) 1392 229.7 5.2e-59 XP_011528784 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 862) 1392 229.7 5.2e-59 NP_001269042 (OMIM: 603582) DNA topoisomerase 3-be ( 862) 1392 229.7 5.2e-59 XP_016884530 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 594) 1097 183.5 2.9e-45 XP_016884529 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 594) 1097 183.5 2.9e-45 XP_005261870 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 726) 1097 183.6 3.4e-45 XP_016884528 (OMIM: 603582) PREDICTED: DNA topoiso ( 726) 1097 183.6 3.4e-45 >>NP_004609 (OMIM: 601243) DNA topoisomerase 3-alpha iso (1001 aa) initn: 6931 init1: 6931 opt: 6931 Z-score: 5856.6 bits: 1095.2 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6931; 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XP_016 SLISFGPCQTPTLGFCVERHDKIQSFKPETYWVLQAKVNTD-KDRSLLLDWDRVRVFDRE 210 220 230 240 250 260 300 310 320 330 340 350 pF1KE9 ACLVLYQLCVEDPMATVVEVRSKPKSKWRPQALDTVELEKLASRKLRINAKETMRIAEKL .. .. . : : . : :.: :: ::.:::. ..:: .: .. ...:. ::.: XP_016 IAQMFLNMTKLEKEAQVEATSRKEKAKQRPLALNTVEMLRVASSSLGMGPQHAMQTAERL 270 280 290 300 310 320 360 370 380 390 400 410 pF1KE9 YTQGYISYPRTETNIFPRDLNLTVLVEQQTPDPRWGAFAQSILERGGPTPRNGNKSDQAH :::::::::::::. .:....: ..::. : :. .. .: .: ::.:. . . : XP_016 YTQGYISYPRTETTHYPENFDLKGSLRQQANHPYWADTVKRLLAEGINRPRKGHDAGD-H 330 340 350 360 370 380 420 430 440 450 460 470 pF1KE9 PPIHPTKYTNN--LQGDEQRLYEFIVRHFLACCSQDAQGQETTVEIDIAQERFVAHGLMI ::: : : ... : :: ::::.:.:::.: :.: . ..:. . :. : :. : . 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