FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE9621, 556 aa 1>>>pF1KE9621 556 - 556 aa - 556 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.3075+/-0.00107; mu= 13.0393+/- 0.064 mean_var=70.4694+/-13.801, 0's: 0 Z-trim(102.8): 20 B-trim: 0 in 0/50 Lambda= 0.152783 statistics sampled from 7132 (7137) to 7132 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.583), E-opt: 0.2 (0.219), width: 16 Scan time: 3.350 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS46568.1 RAD21L1 gene_id:642636|Hs108|chr20 ( 556) 3624 808.4 0 CCDS6321.1 RAD21 gene_id:5885|Hs108|chr8 ( 631) 818 189.9 7.8e-48 >>CCDS46568.1 RAD21L1 gene_id:642636|Hs108|chr20 (556 aa) initn: 3624 init1: 3624 opt: 3624 Z-score: 4315.9 bits: 808.4 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3624; 100.0% identity (100.0% similar) in 556 aa overlap (1-556:1-556) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 MFYTHVLMSKRGPLAKIWLAAHWEKKLTKAHVFECNLEITIEKILSPKVKIALRTSGHLL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 MFYTHVLMSKRGPLAKIWLAAHWEKKLTKAHVFECNLEITIEKILSPKVKIALRTSGHLL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE9 LGVVRIYNRKAKYLLADCSEAFLKMKMTFCPGLVDLPKENFEASYNAITLPEEFHDFDTQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 LGVVRIYNRKAKYLLADCSEAFLKMKMTFCPGLVDLPKENFEASYNAITLPEEFHDFDTQ 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE9 NMNAIDVSEHFTQNQSRPEEITLRENFDNDLIFQAESFGEESEILRRHSFFDDNILLNSS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 NMNAIDVSEHFTQNQSRPEEITLRENFDNDLIFQAESFGEESEILRRHSFFDDNILLNSS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE9 GPLIEHSSGSLTGERSLFYDSGDGFGDEGAAGEMIDNLLQDDQNILLEDMHLNREISLPS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 GPLIEHSSGSLTGERSLFYDSGDGFGDEGAAGEMIDNLLQDDQNILLEDMHLNREISLPS 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE9 EPPNSLAVEPDNSECICVPENEKMNETILLSTEEEGFTLDPIDISDIAEKRKGKKRRLLI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 EPPNSLAVEPDNSECICVPENEKMNETILLSTEEEGFTLDPIDISDIAEKRKGKKRRLLI 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE9 DPIKELSSKVIHKQLTSFADTLMVLELAPPTQRLMMWKKRGGVHTLLSTAAQDLIHAELK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 DPIKELSSKVIHKQLTSFADTLMVLELAPPTQRLMMWKKRGGVHTLLSTAAQDLIHAELK 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE9 MLFTKCFLSSGFKLGRKMIQKESVREEVGNQNIVETSMMQEPNYQQELSKPQTWKDVIGG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 MLFTKCFLSSGFKLGRKMIQKESVREEVGNQNIVETSMMQEPNYQQELSKPQTWKDVIGG 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE9 SQHSSHEDTNKNINSEQDIVEMVSLAAEESSLMNDLFAQEIEYSPVELESLSNEENIETE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 SQHSSHEDTNKNINSEQDIVEMVSLAAEESSLMNDLFAQEIEYSPVELESLSNEENIETE 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE9 RWNGRILQMLNRLRESNKMGMQSFSLMKLCRNSDRKQAAAKFYSFLVLKKQLAIELSQSA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS46 RWNGRILQMLNRLRESNKMGMQSFSLMKLCRNSDRKQAAAKFYSFLVLKKQLAIELSQSA 490 500 510 520 530 540 550 pF1KE9 PYADIIATMGPMFYNI :::::::::::::::: CCDS46 PYADIIATMGPMFYNI 550 >>CCDS6321.1 RAD21 gene_id:5885|Hs108|chr8 (631 aa) initn: 1379 init1: 676 opt: 818 Z-score: 972.3 bits: 189.9 E(32554): 7.8e-48 Smith-Waterman score: 1232; 40.5% identity (65.8% similar) in 590 aa overlap (1-513:1-588) 10 20 30 40 50 60 pF1KE9 MFYTHVLMSKRGPLAKIWLAAHWEKKLTKAHVFECNLEITIEKILSPKVKIALRTSGHLL :::.: ..:::::::::::::::.:::::::::::::: ..:.:.:::::.::::::::: CCDS63 MFYAHFVLSKRGPLAKIWLAAHWDKKLTKAHVFECNLESSVESIISPKVKMALRTSGHLL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE9 LGVVRIYNRKAKYLLADCSEAFLKMKMTFCPGLVDLPKENFEASYNAITLPEEFHDFDTQ :::::::.::::::::::.:::.:.::.: ::.::::.:: ::.:::::::::::::: CCDS63 LGVVRIYHRKAKYLLADCNEAFIKIKMAFRPGVVDLPEENREAAYNAITLPEEFHDFDQP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE9 --NMNAIDVSEHFTQNQSRPEEITLRENFDNDLIFQAESFGE----ESEILRRHSFF-DD ... :::...:. :::: ::::.::. : :.: ..::. . ::.:. : : :: CCDS63 LPDLDDIDVAQQFSLNQSRVEEITMREEVGNISILQENDFGDFGMDDREIMREGSAFEDD 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 pF1KE9 NILLNS--SGPLIE-HSSGSLTGER--SLFYDS---GDGFGDEGAAGEMIDNLLQDDQNI ..:... :. :.: ..: : .:. : :.. :.::. . .: . :.:...... 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