FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3357, 1055 aa 1>>>pF1KE3357 1055 - 1055 aa - 1055 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9310+/-0.0011; mu= 9.4433+/- 0.066 mean_var=126.4147+/-25.330, 0's: 0 Z-trim(106.7): 64 B-trim: 138 in 2/51 Lambda= 0.114071 statistics sampled from 9077 (9107) to 9077 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16 Scan time: 4.540 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS33515.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21 (1055) 6968 1158.8 0 CCDS63337.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21 (1087) 5126 855.7 0 CCDS63336.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21 (1125) 5125 855.5 0 CCDS73394.1 USP28 gene_id:57646|Hs108|chr11 ( 920) 3149 530.3 7.2e-150 CCDS31680.1 USP28 gene_id:57646|Hs108|chr11 (1077) 2316 393.3 1.5e-108 >>CCDS33515.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21 (1055 aa) initn: 6968 init1: 6968 opt: 6968 Z-score: 6199.8 bits: 1158.8 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6968; 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CCDS73 VDGWPVGLKNVGNTCWFSAVIQSLFQLPEFRRLVLSYSLPQNVLENCRSHTEKRNIMFMQ 40 50 60 70 80 90 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 ELRYLFALLVGTKRKYVDPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAE ::.:::::..:..::.:::: :...:: ::.:.. :::::::::::::::::::::. .. CCDS73 ELQYLFALMMGSNRKFVDPSAALDLLKGAFRSSEEQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQLAVN 100 110 120 130 140 150 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 EETDEEKPKNPMVELFYGRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIE .. ..: .::::.:::: ::. :: ::: : :.: ::::::::::...: ::::.::.: CCDS73 VNSPRNKSENPMVQLFYGTFLTEGVREGKPFCNNETFGQYPLQVNGYRNLDECLEGAMVE 160 170 180 190 200 210 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 GEIESLHSENSGKSGQEHWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDR :..: : :..: : :::.:::.::::::::::::::::.::.::::::::::::..:.:: CCDS73 GDVELLPSDHSVKYGQERWFTKLPPVLTFELSRFEFNQSLGQPEKIHNKLEFPQIIYMDR 220 230 240 250 260 270 410 420 430 440 450 460 pF1KE3 YMHRNREITRIKREEIKRLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKP ::.:..:. : ::: :..::. . .:::.::::..::::: :::: :.:.:..::::.:: CCDS73 YMYRSKELIRNKRECIRKLKEEIKILQQKLERYVKYGSGPARFPLPDMLKYVIEFASTKP 280 290 300 310 320 330 470 480 490 500 510 pF1KE3 VCTS--PVDDIDASSPPSG---SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVI . : : .: . : :. :. .:: .: ... :... :: : .. . CCDS73 ASESCPPESDTHMTLPLSSVHCSVSDQTSKESTSTESS-SQDVESTFSSPEDSLPKS--- 340 350 360 370 380 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 HKPFTQSRIPPDLPMHPAPRHITEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIE ::.:.:: ..: .:::: .:.::.. ...::.:::.:::.: .::. :. .::: CCDS73 -KPLTSSRSSMEMPSQPAPRTVTDEEINFVKTCLQRWRSEIEQDIQDLKTCIASTTQTIE 390 400 410 420 430 440 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 LMYSDKSMIQVPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVR :: : . :::::::::::::::::::::::::... .. :.:::::.::.:::::. : CCDS73 QMYCDPLLRQVPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIYNQPRQSWLKYNDISVTESSWEEVER 450 460 470 480 490 500 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 DSFGGYRNASAYCLMYINDKAQFLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEK ::.:: ::.::::::::::: .. : :. : . .:.: .:. ...::: :::. CCDS73 DSYGGLRNVSAYCLMYINDKLPYFNAEAAPTESDQ-MSEVEALSVELKHYIQEDNWRFEQ 510 520 530 540 550 560 700 710 720 730 740 750 pF1KE3 ELEEWDAQLAQKALQEKLLASQKLRESETSVTTAQAAGDPEYLEQPSRSDFSKHLKEETI :.:::. . . : : . :. :. :. . . . . :. . .::.: CCDS73 EVEEWEEEQSCKIPQ---MESSTNSSSQDYSTSQEPSVASSHGVRCLSSEHAVIVKEQTA 570 580 590 600 610 620 760 770 780 790 800 810 pF1KE3 QIITKASHEHEDKSPETVLQSAIKLEYARLVKLAQEDTPPETDYRLHHVVVYFIQNQAPK : :..... .: .. :..:. :.. ::.:: .::.: ..: ::.::.:::.::.::: CCDS73 QAIANTARAYEKSGVEAALSEAFHEEYSRLYQLAKETPTSHSDPRLQHVLVYFFQNEAPK 630 640 650 660 670 680 820 830 840 850 860 870 pF1KE3 KIIEKTLLEQFGDRNLSFDERCHNIMKVAQAKLEMIKPEEVNLEEYEEWHQDYRKFRETT ...:.::::::.:.:::.::: .:::::::::. : :...:.:::..::.:: ::... CCDS73 RVVERTLLEQFADKNLSYDERSISIMKVAQAKLKEIGPDDMNMEEYKKWHEDYSLFRKVS 690 700 710 720 730 740 880 890 900 910 920 930 pF1KE3 MYLIIGLENFQRESYIDSLLFLICAYQNNKELLSKGLYRGHDEELISHYRRECLLKLNEQ .::. ::: .:. .: ..: .:. :::.: :: :: :: : .:. :::.:::.:: . CCDS73 VYLLTGLELYQKGKYQEALSYLVYAYQSNAALLMKGPRRGVKESVIALYRRKCLLELNAK 750 760 770 780 790 800 940 950 960 970 980 990 pF1KE3 AAELFESGEDREVNNGLIIMNEFIVPFLPLLLVDEMEEKDILAVEDMRNRWCSYLGQEME :: :::...:. :..:. .:::.:.: . :.. ... . :. :.: :::.:::::::.. CCDS73 AASLFETNDDHSVTEGINVMNELIIPCIHLIINNDISKDDLDAIEVMRNHWCSYLGQDIA 810 820 830 840 850 860 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE3 PHLQEKLTDFLPKLLDCSMEIKSFHEPPKLPSYSTHELCERFARIMLSLSRTPADGR .:: : .:::.::: : :: ..::: . : ..:: ::: .: :. CCDS73 ENLQLCLGEFLPRLLDPSAEIIVLKEPPTIRPNSPYDLCSRFAAVMESIQGVSTVTVK 870 880 890 900 910 920 >>CCDS31680.1 USP28 gene_id:57646|Hs108|chr11 (1077 aa) initn: 3325 init1: 2063 opt: 2316 Z-score: 2062.2 bits: 393.3 E(32554): 1.5e-108 Smith-Waterman score: 3339; 49.7% identity (74.7% similar) in 1088 aa overlap (1-1047:1-1068) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MTVEQNVLQQS----AAQKHQ---QTFLNQLREITGINDTQILQQALKDSNGNLELAVAF ::.: :::. ::. : : .::::::::::.: ..:..::: :::.. ::.. CCDS31 MTAE---LQQDDAAGAADGHGSSCQMLLNQLREITGIQDPSFLHEALKASNGDITQAVSL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 LTAKNAKTPQQEETTYYQTALPGNDRYISVGSQADTNVIDLTGDDKDDLQRAIALSLAES :: . .: :.:. .. . . :. ...... ..::::: :.::::: :::::: :: CCDS31 LTDERVKEPSQDTVATEPSEVEGS----AANKEVLAKVIDLTHDNKDDLQAAIALSLLES 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 NRAFRETGITDEEQAISRVLEASIAENKACLKRTPTEVWRDSRNPYDRKRQDKAPVGLKN . : . . ..:. ::. ::.: :: ::: .. :: : .: : :::::: CCDS31 PK------IQADGRDLNRMHEATSAETKRS-KRKRCEVWGENPNPNDWRRVDGWPVGLKN 120 130 140 150 160 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 VGNTCWFSAVIQSLFNLLEFRRLVLNYKPPSNAQDLPRNQKEHRNLPFMRELRYLFALLV :::::::::::::::.: :::::::.:. :.:. . :.. :.::. ::.::.:::::.. CCDS31 VGNTCWFSAVIQSLFQLPEFRRLVLSYSLPQNVLENCRSHTEKRNIMFMQELQYLFALMM 170 180 190 200 210 220 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 GTKRKYVDPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAEEETDEEKPKN :..::.:::: :...:: ::.:.. :::::::::::::::::::::. .. .. ..: .: CCDS31 GSNRKFVDPSAALDLLKGAFRSSEEQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQLAVNVNSPRNKSEN 230 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 PMVELFYGRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIEGEIESLHSEN :::.:::: ::. :: ::: : :.: ::::::::::...: ::::.::.::..: : :.. CCDS31 PMVQLFYGTFLTEGVREGKPFCNNETFGQYPLQVNGYRNLDECLEGAMVEGDVELLPSDH 290 300 310 320 330 340 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 SGKSGQEHWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDRYMHRNREITR : : :::.:::.::::::::::::::::.::.::::::::::::..:.::::.:..:. : CCDS31 SVKYGQERWFTKLPPVLTFELSRFEFNQSLGQPEKIHNKLEFPQIIYMDRYMYRSKELIR 350 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 IKREEIKRLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKPVCTS--PVDD ::: :..::. . .:::.::::..::::: :::: :.:.:..::::.::. : : .: CCDS31 NKRECIRKLKEEIKILQQKLERYVKYGSGPARFPLPDMLKYVIEFASTKPASESCPPESD 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 pF1KE3 IDASSPPSG---SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVIHKPFTQSRIP . : :. :. .:: .: ... :... :: : .. . ::.:.:: CCDS31 THMTLPLSSVHCSVSDQTSKESTSTESS-SQDVESTFSSPEDSLPK----SKPLTSSRSS 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 PDLPMHPAPRHITEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIELMYSDKSMIQ ..: .:::: .:.::.. ...::.:::.:::.: .::. :. .::: :: : . : CCDS31 MEMPSQPAPRTVTDEEINFVKTCLQRWRSEIEQDIQDLKTCIASTTQTIEQMYCDPLLRQ 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 VPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVRDSFGGYRNAS ::::::::::::::::::::::::... .. :.:::::.::.:::::. :::.:: ::.: CCDS31 VPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIYNQPRQSWLKYNDISVTESSWEEVERDSYGGLRNVS 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 AYCLMYINDKAQFLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEKELEEWDAQLA :::::::::: .. : :. : . .:.: .:. ...::: :::.:.:::. . . CCDS31 AYCLMYINDKLPYFNAEAAPTESDQ-MSEVEALSVELKHYIQEDNWRFEQEVEEWEEEQS 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 pF1KE3 QK----------------ALQEKLLASQK-LR--ESETSVT----TAQAAGDPE--YLEQ : . :: .::.. .: :: .: :::: .. : .. CCDS31 CKIPQMESSTNSSSQDYSTSQEPSVASSHGVRCLSSEHAVIVKEQTAQAIANTARAYEKS 710 720 730 740 750 760 750 760 770 780 790 pF1KE3 PSRSDFSKHLKEETIQ----IITKASHEHEDKSPETVLQSAIKLEYARLVKLAQEDTPPE .. .:. . ..: :.:: . . . :. : .:.. ::.:: .::.: . CCDS31 GVEAALSEVMLSPAMQGVILAIAKARQTFDRDGSEAGLIKAFHEEYSRLYQLAKETPTSH 770 780 790 800 810 820 800 810 820 830 840 850 pF1KE3 TDYRLHHVVVYFIQNQAPKKIIEKTLLEQFGDRNLSFDERCHNIMKVAQAKLEMIKPEEV .: ::.::.:::.::.:::...:.::::::.:.:::.::: .:::::::::. : :... CCDS31 SDPRLQHVLVYFFQNEAPKRVVERTLLEQFADKNLSYDERSISIMKVAQAKLKEIGPDDM 830 840 850 860 870 880 860 870 880 890 900 910 pF1KE3 NLEEYEEWHQDYRKFRETTMYLIIGLENFQRESYIDSLLFLICAYQNNKELLSKGLYRGH :.:::..::.:: ::....::. ::: .:. .: ..: .:. :::.: :: :: :: CCDS31 NMEEYKKWHEDYSLFRKVSVYLLTGLELYQKGKYQEALSYLVYAYQSNAALLMKGPRRGV 890 900 910 920 930 940 920 930 940 950 960 970 pF1KE3 DEELISHYRRECLLKLNEQAAELFESGEDREVNNGLIIMNEFIVPFLPLLLVDEMEEKDI : .:. :::.:::.:: .:: :::...:. :..:. .:::.:.: . :.. ... . :. CCDS31 KESVIALYRRKCLLELNAKAASLFETNDDHSVTEGINVMNELIIPCIHLIINNDISKDDL 950 960 970 980 990 1000 980 990 1000 1010 1020 1030 pF1KE3 LAVEDMRNRWCSYLGQEMEPHLQEKLTDFLPKLLDCSMEIKSFHEPPKLPSYSTHELCER :.: :::.:::::::.. .:: : .:::.::: : :: ..::: . : ..:: : CCDS31 DAIEVMRNHWCSYLGQDIAENLQLCLGEFLPRLLDPSAEIIVLKEPPTIRPNSPYDLCSR 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1040 1050 pF1KE3 FARIMLSLSRTPADGR :: .: :. CCDS31 FAAVMESIQGVSTVTVK 1070 1055 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 18:39:51 2016 done: Mon Nov 7 18:39:52 2016 Total Scan time: 4.540 Total Display time: 0.230 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]