Result of FASTA (ccds) for pFN21AE3357
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3357, 1055 aa
  1>>>pF1KE3357 1055 - 1055 aa - 1055 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9310+/-0.0011; mu= 9.4433+/- 0.066
 mean_var=126.4147+/-25.330, 0's: 0 Z-trim(106.7): 64  B-trim: 138 in 2/51
 Lambda= 0.114071
 statistics sampled from 9077 (9107) to 9077 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.631), E-opt: 0.2 (0.28), width:  16
 Scan time:  4.540

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS33515.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21        (1055) 6968 1158.8       0
CCDS63337.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21        (1087) 5126 855.7       0
CCDS63336.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21        (1125) 5125 855.5       0
CCDS73394.1 USP28 gene_id:57646|Hs108|chr11        ( 920) 3149 530.3 7.2e-150
CCDS31680.1 USP28 gene_id:57646|Hs108|chr11        (1077) 2316 393.3 1.5e-108


>>CCDS33515.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21             (1055 aa)
 initn: 6968 init1: 6968 opt: 6968  Z-score: 6199.8  bits: 1158.8 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6968; 100.0% identity (100.0% similar) in 1055 aa overlap (1-1055:1-1055)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MTVEQNVLQQSAAQKHQQTFLNQLREITGINDTQILQQALKDSNGNLELAVAFLTAKNAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 MTVEQNVLQQSAAQKHQQTFLNQLREITGINDTQILQQALKDSNGNLELAVAFLTAKNAK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 TPQQEETTYYQTALPGNDRYISVGSQADTNVIDLTGDDKDDLQRAIALSLAESNRAFRET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TPQQEETTYYQTALPGNDRYISVGSQADTNVIDLTGDDKDDLQRAIALSLAESNRAFRET
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 GITDEEQAISRVLEASIAENKACLKRTPTEVWRDSRNPYDRKRQDKAPVGLKNVGNTCWF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GITDEEQAISRVLEASIAENKACLKRTPTEVWRDSRNPYDRKRQDKAPVGLKNVGNTCWF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 SAVIQSLFNLLEFRRLVLNYKPPSNAQDLPRNQKEHRNLPFMRELRYLFALLVGTKRKYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SAVIQSLFNLLEFRRLVLNYKPPSNAQDLPRNQKEHRNLPFMRELRYLFALLVGTKRKYV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 DPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAEEETDEEKPKNPMVELFY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 DPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAEEETDEEKPKNPMVELFY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 GRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIEGEIESLHSENSGKSGQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIEGEIESLHSENSGKSGQE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 HWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDRYMHRNREITRIKREEIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDRYMHRNREITRIKREEIK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 RLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKPVCTSPVDDIDASSPPSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 RLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKPVCTSPVDDIDASSPPSG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVIHKPFTQSRIPPDLPMHPAPRHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVIHKPFTQSRIPPDLPMHPAPRHI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 TEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIELMYSDKSMIQVPYRLHAVLVHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 TEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIELMYSDKSMIQVPYRLHAVLVHE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 GQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVRDSFGGYRNASAYCLMYINDKAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 GQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVRDSFGGYRNASAYCLMYINDKAQ
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE3 FLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEKELEEWDAQLAQKALQEKLLASQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEKELEEWDAQLAQKALQEKLLASQ
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE3 KLRESETSVTTAQAAGDPEYLEQPSRSDFSKHLKEETIQIITKASHEHEDKSPETVLQSA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 KLRESETSVTTAQAAGDPEYLEQPSRSDFSKHLKEETIQIITKASHEHEDKSPETVLQSA
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE3 IKLEYARLVKLAQEDTPPETDYRLHHVVVYFIQNQAPKKIIEKTLLEQFGDRNLSFDERC
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 IKLEYARLVKLAQEDTPPETDYRLHHVVVYFIQNQAPKKIIEKTLLEQFGDRNLSFDERC
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE3 HNIMKVAQAKLEMIKPEEVNLEEYEEWHQDYRKFRETTMYLIIGLENFQRESYIDSLLFL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 HNIMKVAQAKLEMIKPEEVNLEEYEEWHQDYRKFRETTMYLIIGLENFQRESYIDSLLFL
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE3 ICAYQNNKELLSKGLYRGHDEELISHYRRECLLKLNEQAAELFESGEDREVNNGLIIMNE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 ICAYQNNKELLSKGLYRGHDEELISHYRRECLLKLNEQAAELFESGEDREVNNGLIIMNE
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE3 FIVPFLPLLLVDEMEEKDILAVEDMRNRWCSYLGQEMEPHLQEKLTDFLPKLLDCSMEIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 FIVPFLPLLLVDEMEEKDILAVEDMRNRWCSYLGQEMEPHLQEKLTDFLPKLLDCSMEIK
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050     
pF1KE3 SFHEPPKLPSYSTHELCERFARIMLSLSRTPADGR
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS33 SFHEPPKLPSYSTHELCERFARIMLSLSRTPADGR
             1030      1040      1050     

>>CCDS63337.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21             (1087 aa)
 initn: 5126 init1: 5126 opt: 5126  Z-score: 4561.3  bits: 855.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6894; 97.1% identity (97.1% similar) in 1087 aa overlap (1-1055:1-1087)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MTVEQNVLQQSAAQKHQQTFLNQLREITGINDTQILQQALKDSNGNLELAVAFLTAKNAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MTVEQNVLQQSAAQKHQQTFLNQLREITGINDTQILQQALKDSNGNLELAVAFLTAKNAK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 TPQQEETTYYQTALPGNDRYISVGSQADTNVIDLTGDDKDDLQRAIALSLAESNRAFRET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 TPQQEETTYYQTALPGNDRYISVGSQADTNVIDLTGDDKDDLQRAIALSLAESNRAFRET
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 GITDEEQAISRVLEASIAENKACLKRTPTEVWRDSRNPYDRKRQDKAPVGLKNVGNTCWF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GITDEEQAISRVLEASIAENKACLKRTPTEVWRDSRNPYDRKRQDKAPVGLKNVGNTCWF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 SAVIQSLFNLLEFRRLVLNYKPPSNAQDLPRNQKEHRNLPFMRELRYLFALLVGTKRKYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SAVIQSLFNLLEFRRLVLNYKPPSNAQDLPRNQKEHRNLPFMRELRYLFALLVGTKRKYV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 DPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAEEETDEEKPKNPMVELFY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 DPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAEEETDEEKPKNPMVELFY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 GRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIEGEIESLHSENSGKSGQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIEGEIESLHSENSGKSGQE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 HWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDRYMHRNREITRIKREEIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 HWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDRYMHRNREITRIKREEIK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 RLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKPVCTSPVDDIDASSPPSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKPVCTSPVDDIDASSPPSG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVIHKPFTQSRIPPDLPMHPAPRHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVIHKPFTQSRIPPDLPMHPAPRHI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 TEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIELMYSDKSMIQVPYRLHAVLVHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 TEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIELMYSDKSMIQVPYRLHAVLVHE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 GQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVRDSFGGYRNASAYCLMYINDKAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVRDSFGGYRNASAYCLMYINDKAQ
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE3 FLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEKELEEWDAQLAQKALQEKLLASQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEKELEEWDAQLAQKALQEKLLASQ
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770          
pF1KE3 KLRESETSVTTAQAAGDPEYLEQPSRSDFSKHLKEETIQIITKASHEHEDKSPETVLQS-
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS63 KLRESETSVTTAQAAGDPEYLEQPSRSDFSKHLKEETIQIITKASHEHEDKSPETVLQSI
              730       740       750       760       770       780

                                    780       790       800        
pF1KE3 -------------------------------AIKLEYARLVKLAQEDTPPETDYRLHHVV
                                      :::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MMTPNMQGIIMAIGKSRSVYDRCGPEAGFFKAIKLEYARLVKLAQEDTPPETDYRLHHVV
              790       800       810       820       830       840

      810       820       830       840       850       860        
pF1KE3 VYFIQNQAPKKIIEKTLLEQFGDRNLSFDERCHNIMKVAQAKLEMIKPEEVNLEEYEEWH
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VYFIQNQAPKKIIEKTLLEQFGDRNLSFDERCHNIMKVAQAKLEMIKPEEVNLEEYEEWH
              850       860       870       880       890       900

      870       880       890       900       910       920        
pF1KE3 QDYRKFRETTMYLIIGLENFQRESYIDSLLFLICAYQNNKELLSKGLYRGHDEELISHYR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 QDYRKFRETTMYLIIGLENFQRESYIDSLLFLICAYQNNKELLSKGLYRGHDEELISHYR
              910       920       930       940       950       960

      930       940       950       960       970       980        
pF1KE3 RECLLKLNEQAAELFESGEDREVNNGLIIMNEFIVPFLPLLLVDEMEEKDILAVEDMRNR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RECLLKLNEQAAELFESGEDREVNNGLIIMNEFIVPFLPLLLVDEMEEKDILAVEDMRNR
              970       980       990      1000      1010      1020

      990      1000      1010      1020      1030      1040        
pF1KE3 WCSYLGQEMEPHLQEKLTDFLPKLLDCSMEIKSFHEPPKLPSYSTHELCERFARIMLSLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 WCSYLGQEMEPHLQEKLTDFLPKLLDCSMEIKSFHEPPKLPSYSTHELCERFARIMLSLS
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

     1050     
pF1KE3 RTPADGR
       :::::::
CCDS63 RTPADGR
              

>>CCDS63336.1 USP25 gene_id:29761|Hs108|chr21             (1125 aa)
 initn: 5125 init1: 5125 opt: 5125  Z-score: 4560.2  bits: 855.5 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 6559; 93.6% identity (93.6% similar) in 1087 aa overlap (1-1017:1-1087)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MTVEQNVLQQSAAQKHQQTFLNQLREITGINDTQILQQALKDSNGNLELAVAFLTAKNAK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 MTVEQNVLQQSAAQKHQQTFLNQLREITGINDTQILQQALKDSNGNLELAVAFLTAKNAK
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 TPQQEETTYYQTALPGNDRYISVGSQADTNVIDLTGDDKDDLQRAIALSLAESNRAFRET
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 TPQQEETTYYQTALPGNDRYISVGSQADTNVIDLTGDDKDDLQRAIALSLAESNRAFRET
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 GITDEEQAISRVLEASIAENKACLKRTPTEVWRDSRNPYDRKRQDKAPVGLKNVGNTCWF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GITDEEQAISRVLEASIAENKACLKRTPTEVWRDSRNPYDRKRQDKAPVGLKNVGNTCWF
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 SAVIQSLFNLLEFRRLVLNYKPPSNAQDLPRNQKEHRNLPFMRELRYLFALLVGTKRKYV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SAVIQSLFNLLEFRRLVLNYKPPSNAQDLPRNQKEHRNLPFMRELRYLFALLVGTKRKYV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 DPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAEEETDEEKPKNPMVELFY
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 DPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAEEETDEEKPKNPMVELFY
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 GRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIEGEIESLHSENSGKSGQE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIEGEIESLHSENSGKSGQE
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 HWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDRYMHRNREITRIKREEIK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 HWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDRYMHRNREITRIKREEIK
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 RLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKPVCTSPVDDIDASSPPSG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 RLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKPVCTSPVDDIDASSPPSG
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVIHKPFTQSRIPPDLPMHPAPRHI
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVIHKPFTQSRIPPDLPMHPAPRHI
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 TEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIELMYSDKSMIQVPYRLHAVLVHE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 TEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIELMYSDKSMIQVPYRLHAVLVHE
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 GQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVRDSFGGYRNASAYCLMYINDKAQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 GQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVRDSFGGYRNASAYCLMYINDKAQ
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE3 FLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEKELEEWDAQLAQKALQEKLLASQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 FLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEKELEEWDAQLAQKALQEKLLASQ
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770          
pF1KE3 KLRESETSVTTAQAAGDPEYLEQPSRSDFSKHLKEETIQIITKASHEHEDKSPETVLQS-
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: 
CCDS63 KLRESETSVTTAQAAGDPEYLEQPSRSDFSKHLKEETIQIITKASHEHEDKSPETVLQSK
              730       740       750       760       770       780

                                                                   
pF1KE3 ------------------------------------------------------------
                                                                   
CCDS63 PENTTSQPLSNQRVVEVAIPHVGKFMIESKEGGYDDEIMMTPNMQGIIMAIGKSRSVYDR
              790       800       810       820       830       840

              780       790       800       810       820       830
pF1KE3 ---------AIKLEYARLVKLAQEDTPPETDYRLHHVVVYFIQNQAPKKIIEKTLLEQFG
                :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 CGPEAGFFKAIKLEYARLVKLAQEDTPPETDYRLHHVVVYFIQNQAPKKIIEKTLLEQFG
              850       860       870       880       890       900

              840       850       860       870       880       890
pF1KE3 DRNLSFDERCHNIMKVAQAKLEMIKPEEVNLEEYEEWHQDYRKFRETTMYLIIGLENFQR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 DRNLSFDERCHNIMKVAQAKLEMIKPEEVNLEEYEEWHQDYRKFRETTMYLIIGLENFQR
              910       920       930       940       950       960

              900       910       920       930       940       950
pF1KE3 ESYIDSLLFLICAYQNNKELLSKGLYRGHDEELISHYRRECLLKLNEQAAELFESGEDRE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 ESYIDSLLFLICAYQNNKELLSKGLYRGHDEELISHYRRECLLKLNEQAAELFESGEDRE
              970       980       990      1000      1010      1020

              960       970       980       990      1000      1010
pF1KE3 VNNGLIIMNEFIVPFLPLLLVDEMEEKDILAVEDMRNRWCSYLGQEMEPHLQEKLTDFLP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS63 VNNGLIIMNEFIVPFLPLLLVDEMEEKDILAVEDMRNRWCSYLGQEMEPHLQEKLTDFLP
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1020      1030      1040      1050     
pF1KE3 KLLDCSMEIKSFHEPPKLPSYSTHELCERFARIMLSLSRTPADGR
       :::::::                                      
CCDS63 KLLDCSMEIKSFHEPPKLPSYSTHELCERFARIMLSLSRTPADGR
             1090      1100      1110      1120     

>>CCDS73394.1 USP28 gene_id:57646|Hs108|chr11             (920 aa)
 initn: 3071 init1: 2056 opt: 3149  Z-score: 2804.1  bits: 530.3 E(32554): 7.2e-150
Smith-Waterman score: 3149; 51.9% identity (77.5% similar) in 919 aa overlap (134-1047:3-911)

           110       120       130       140       150       160   
pF1KE3 RAIALSLAESNRAFRETGITDEEQAISRVLEASIAENKACLKRTPTEVWRDSRNPYDRKR
                                     ::. ::.:   ::   ::: .. :: : .:
CCDS73                             MHEATSAETKRS-KRKRCEVWGENPNPNDWRR
                                           10         20        30 

           170       180       190       200       210       220   
pF1KE3 QDKAPVGLKNVGNTCWFSAVIQSLFNLLEFRRLVLNYKPPSNAQDLPRNQKEHRNLPFMR
        :  :::::::::::::::::::::.: :::::::.:. :.:. .  :.. :.::. ::.
CCDS73 VDGWPVGLKNVGNTCWFSAVIQSLFQLPEFRRLVLSYSLPQNVLENCRSHTEKRNIMFMQ
              40        50        60        70        80        90 

           230       240       250       260       270       280   
pF1KE3 ELRYLFALLVGTKRKYVDPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAE
       ::.:::::..:..::.:::: :...:: ::.:.. :::::::::::::::::::::. ..
CCDS73 ELQYLFALMMGSNRKFVDPSAALDLLKGAFRSSEEQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQLAVN
             100       110       120       130       140       150 

           290       300       310       320       330       340   
pF1KE3 EETDEEKPKNPMVELFYGRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIE
        .. ..: .::::.:::: ::. :: ::: : :.: ::::::::::...: ::::.::.:
CCDS73 VNSPRNKSENPMVQLFYGTFLTEGVREGKPFCNNETFGQYPLQVNGYRNLDECLEGAMVE
             160       170       180       190       200       210 

           350       360       370       380       390       400   
pF1KE3 GEIESLHSENSGKSGQEHWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDR
       :..: : :..: : :::.:::.::::::::::::::::.::.::::::::::::..:.::
CCDS73 GDVELLPSDHSVKYGQERWFTKLPPVLTFELSRFEFNQSLGQPEKIHNKLEFPQIIYMDR
             220       230       240       250       260       270 

           410       420       430       440       450       460   
pF1KE3 YMHRNREITRIKREEIKRLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKP
       ::.:..:. : ::: :..::. . .:::.::::..::::: :::: :.:.:..::::.::
CCDS73 YMYRSKELIRNKRECIRKLKEEIKILQQKLERYVKYGSGPARFPLPDMLKYVIEFASTKP
             280       290       300       310       320       330 

             470       480          490       500       510        
pF1KE3 VCTS--PVDDIDASSPPSG---SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVI
       .  :  : .:   . : :.   :. .::   .:  ... :... ::  :   .. .    
CCDS73 ASESCPPESDTHMTLPLSSVHCSVSDQTSKESTSTESS-SQDVESTFSSPEDSLPKS---
             340       350       360        370       380          

      520       530       540       550       560       570        
pF1KE3 HKPFTQSRIPPDLPMHPAPRHITEEELSVLESCLHRWRTEIENDTRDLQESISRIHRTIE
        ::.:.::   ..: .:::: .:.::.. ...::.:::.:::.: .::.  :.   .:::
CCDS73 -KPLTSSRSSMEMPSQPAPRTVTDEEINFVKTCLQRWRSEIEQDIQDLKTCIASTTQTIE
        390       400       410       420       430       440      

      580       590       600       610       620       630        
pF1KE3 LMYSDKSMIQVPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVR
        :: :  . :::::::::::::::::::::::::... .. :.:::::.::.:::::. :
CCDS73 QMYCDPLLRQVPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIYNQPRQSWLKYNDISVTESSWEEVER
        450       460       470       480       490       500      

      640       650       660       670       680       690        
pF1KE3 DSFGGYRNASAYCLMYINDKAQFLIQEEFNKETGQPLVGIETLPPDLRDFVEEDNQRFEK
       ::.:: ::.:::::::::::  ..  :    :. : .  .:.:  .:. ...::: :::.
CCDS73 DSYGGLRNVSAYCLMYINDKLPYFNAEAAPTESDQ-MSEVEALSVELKHYIQEDNWRFEQ
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pF1KE3 ELEEWDAQLAQKALQEKLLASQKLRESETSVTTAQAAGDPEYLEQPSRSDFSKHLKEETI
       :.:::. . . :  :   . :.    :.   :. . .    .  .   :. .  .::.: 
CCDS73 EVEEWEEEQSCKIPQ---MESSTNSSSQDYSTSQEPSVASSHGVRCLSSEHAVIVKEQTA
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pF1KE3 QIITKASHEHEDKSPETVLQSAIKLEYARLVKLAQEDTPPETDYRLHHVVVYFIQNQAPK
       : :..... .: .. :..:. :.. ::.:: .::.:    ..: ::.::.:::.::.:::
CCDS73 QAIANTARAYEKSGVEAALSEAFHEEYSRLYQLAKETPTSHSDPRLQHVLVYFFQNEAPK
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pF1KE3 KIIEKTLLEQFGDRNLSFDERCHNIMKVAQAKLEMIKPEEVNLEEYEEWHQDYRKFRETT
       ...:.::::::.:.:::.:::  .:::::::::. : :...:.:::..::.::  ::...
CCDS73 RVVERTLLEQFADKNLSYDERSISIMKVAQAKLKEIGPDDMNMEEYKKWHEDYSLFRKVS
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pF1KE3 MYLIIGLENFQRESYIDSLLFLICAYQNNKELLSKGLYRGHDEELISHYRRECLLKLNEQ
       .::. ::: .:. .: ..: .:. :::.:  :: ::  ::  : .:. :::.:::.:: .
CCDS73 VYLLTGLELYQKGKYQEALSYLVYAYQSNAALLMKGPRRGVKESVIALYRRKCLLELNAK
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pF1KE3 AAELFESGEDREVNNGLIIMNEFIVPFLPLLLVDEMEEKDILAVEDMRNRWCSYLGQEME
       :: :::...:. :..:. .:::.:.: . :.. ... . :. :.: :::.:::::::.. 
CCDS73 AASLFETNDDHSVTEGINVMNELIIPCIHLIINNDISKDDLDAIEVMRNHWCSYLGQDIA
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pF1KE3 PHLQEKLTDFLPKLLDCSMEIKSFHEPPKLPSYSTHELCERFARIMLSLSRTPADGR 
        .::  : .:::.::: : ::  ..::: .   : ..:: ::: .: :.         
CCDS73 ENLQLCLGEFLPRLLDPSAEIIVLKEPPTIRPNSPYDLCSRFAAVMESIQGVSTVTVK
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CCDS31 MTAE---LQQDDAAGAADGHGSSCQMLLNQLREITGIQDPSFLHEALKASNGDITQAVSL
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pF1KE3 LTAKNAKTPQQEETTYYQTALPGNDRYISVGSQADTNVIDLTGDDKDDLQRAIALSLAES
       :: . .: :.:. ..   . . :.    ...... ..::::: :.::::: :::::: ::
CCDS31 LTDERVKEPSQDTVATEPSEVEGS----AANKEVLAKVIDLTHDNKDDLQAAIALSLLES
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        .      :  . . ..:. ::. ::.:   ::   ::: .. :: : .: :  ::::::
CCDS31 PK------IQADGRDLNRMHEATSAETKRS-KRKRCEVWGENPNPNDWRRVDGWPVGLKN
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       :::::::::::::::.: :::::::.:. :.:. .  :.. :.::. ::.::.:::::..
CCDS31 VGNTCWFSAVIQSLFQLPEFRRLVLSYSLPQNVLENCRSHTEKRNIMFMQELQYLFALMM
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pF1KE3 GTKRKYVDPSRAVEILKDAFKSNDSQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQMKAEEETDEEKPKN
       :..::.:::: :...:: ::.:.. :::::::::::::::::::::. .. .. ..: .:
CCDS31 GSNRKFVDPSAALDLLKGAFRSSEEQQQDVSEFTHKLLDWLEDAFQLAVNVNSPRNKSEN
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pF1KE3 PMVELFYGRFLAVGVLEGKKFENTEMFGQYPLQVNGFKDLHECLEAAMIEGEIESLHSEN
       :::.:::: ::. :: ::: : :.: ::::::::::...: ::::.::.::..: : :..
CCDS31 PMVQLFYGTFLTEGVREGKPFCNNETFGQYPLQVNGYRNLDECLEGAMVEGDVELLPSDH
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pF1KE3 SGKSGQEHWFTELPPVLTFELSRFEFNQALGRPEKIHNKLEFPQVLYLDRYMHRNREITR
       : : :::.:::.::::::::::::::::.::.::::::::::::..:.::::.:..:. :
CCDS31 SVKYGQERWFTKLPPVLTFELSRFEFNQSLGQPEKIHNKLEFPQIIYMDRYMYRSKELIR
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pF1KE3 IKREEIKRLKDYLTVLQQRLERYLSYGSGPKRFPLVDVLQYALEFASSKPVCTS--PVDD
        ::: :..::. . .:::.::::..::::: :::: :.:.:..::::.::.  :  : .:
CCDS31 NKRECIRKLKEEIKILQQKLERYVKYGSGPARFPLPDMLKYVIEFASTKPASESCPPESD
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pF1KE3 IDASSPPSG---SIPSQTLPSTTEQQGALSSELPSTSPSSVAAISSRSVIHKPFTQSRIP
          . : :.   :. .::   .:  ... :... ::  :   .. .     ::.:.::  
CCDS31 THMTLPLSSVHCSVSDQTSKESTSTESS-SQDVESTFSSPEDSLPK----SKPLTSSRSS
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CCDS31 MEMPSQPAPRTVTDEEINFVKTCLQRWRSEIEQDIQDLKTCIASTTQTIEQMYCDPLLRQ
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pF1KE3 VPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIFDHRESRWMKYNDIAVTKSSWEELVRDSFGGYRNAS
       ::::::::::::::::::::::::... .. :.:::::.::.:::::. :::.:: ::.:
CCDS31 VPYRLHAVLVHEGQANAGHYWAYIYNQPRQSWLKYNDISVTESSWEEVERDSYGGLRNVS
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       ::::::::::  ..  :    :. : .  .:.:  .:. ...::: :::.:.:::. . .
CCDS31 AYCLMYINDKLPYFNAEAAPTESDQ-MSEVEALSVELKHYIQEDNWRFEQEVEEWEEEQS
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pF1KE3 QK----------------ALQEKLLASQK-LR--ESETSVT----TAQAAGDPE--YLEQ
        :                . ::  .::.. .:   :: .:     :::: ..    : ..
CCDS31 CKIPQMESSTNSSSQDYSTSQEPSVASSHGVRCLSSEHAVIVKEQTAQAIANTARAYEKS
              710       720       730       740       750       760

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pF1KE3 PSRSDFSKHLKEETIQ----IITKASHEHEDKSPETVLQSAIKLEYARLVKLAQEDTPPE
         .. .:. .   ..:     :.:: .  .  . :. : .:.. ::.:: .::.:    .
CCDS31 GVEAALSEVMLSPAMQGVILAIAKARQTFDRDGSEAGLIKAFHEEYSRLYQLAKETPTSH
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pF1KE3 TDYRLHHVVVYFIQNQAPKKIIEKTLLEQFGDRNLSFDERCHNIMKVAQAKLEMIKPEEV
       .: ::.::.:::.::.:::...:.::::::.:.:::.:::  .:::::::::. : :...
CCDS31 SDPRLQHVLVYFFQNEAPKRVVERTLLEQFADKNLSYDERSISIMKVAQAKLKEIGPDDM
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pF1KE3 NLEEYEEWHQDYRKFRETTMYLIIGLENFQRESYIDSLLFLICAYQNNKELLSKGLYRGH
       :.:::..::.::  ::....::. ::: .:. .: ..: .:. :::.:  :: ::  :: 
CCDS31 NMEEYKKWHEDYSLFRKVSVYLLTGLELYQKGKYQEALSYLVYAYQSNAALLMKGPRRGV
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pF1KE3 DEELISHYRRECLLKLNEQAAELFESGEDREVNNGLIIMNEFIVPFLPLLLVDEMEEKDI
        : .:. :::.:::.:: .:: :::...:. :..:. .:::.:.: . :.. ... . :.
CCDS31 KESVIALYRRKCLLELNAKAASLFETNDDHSVTEGINVMNELIIPCIHLIINNDISKDDL
              950       960       970       980       990      1000

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pF1KE3 LAVEDMRNRWCSYLGQEMEPHLQEKLTDFLPKLLDCSMEIKSFHEPPKLPSYSTHELCER
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CCDS31 DAIEVMRNHWCSYLGQDIAENLQLCLGEFLPRLLDPSAEIIVLKEPPTIRPNSPYDLCSR
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       :: .: :.         
CCDS31 FAAVMESIQGVSTVTVK
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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