FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4103, 472 aa 1>>>pF1KE4103 472 - 472 aa - 472 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9729+/-0.00118; mu= 13.9054+/- 0.070 mean_var=75.2354+/-15.160, 0's: 0 Z-trim(102.5): 72 B-trim: 0 in 0/48 Lambda= 0.147864 statistics sampled from 6920 (6992) to 6920 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.215), width: 16 Scan time: 2.810 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS75152.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 ( 472) 3162 684.5 6.2e-197 CCDS34022.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 ( 473) 3150 682.0 3.7e-196 CCDS75151.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 ( 431) 2474 537.8 8.7e-153 CCDS4452.1 RASGEF1C gene_id:255426|Hs108|chr5 ( 466) 2099 457.8 1.1e-128 CCDS7202.2 RASGEF1A gene_id:221002|Hs108|chr10 ( 481) 1905 416.4 3.3e-116 CCDS60517.1 RASGEF1A gene_id:221002|Hs108|chr10 ( 489) 1905 416.4 3.4e-116 CCDS43277.1 RAPGEF2 gene_id:9693|Hs108|chr4 (1499) 345 83.8 1.4e-15 CCDS54898.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1391) 312 76.7 1.7e-13 CCDS54899.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1504) 312 76.8 1.8e-13 CCDS54901.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1509) 312 76.8 1.8e-13 CCDS34225.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1601) 312 76.8 1.9e-13 CCDS54900.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1609) 312 76.8 1.9e-13 CCDS4052.1 RASGRF2 gene_id:5924|Hs108|chr5 (1237) 303 74.8 5.8e-13 CCDS42065.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs108|chr15 ( 489) 295 72.9 8.3e-13 CCDS45320.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs108|chr15 (1257) 295 73.1 1.9e-12 CCDS10309.1 RASGRF1 gene_id:5923|Hs108|chr15 (1273) 295 73.1 1.9e-12 CCDS74604.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 ( 791) 278 69.4 1.6e-11 CCDS63061.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 ( 840) 278 69.4 1.6e-11 CCDS63060.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 ( 858) 278 69.4 1.7e-11 CCDS42776.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 ( 867) 278 69.4 1.7e-11 CCDS42775.1 RAPGEF4 gene_id:11069|Hs108|chr2 (1011) 278 69.4 1.9e-11 CCDS76733.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 597) 266 66.8 7.2e-11 CCDS45221.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 762) 266 66.8 8.9e-11 CCDS45222.1 RASGRP1 gene_id:10125|Hs108|chr15 ( 797) 266 66.8 9.3e-11 >>CCDS75152.1 RASGEF1B gene_id:153020|Hs108|chr4 (472 aa) initn: 3162 init1: 3162 opt: 3162 Z-score: 3649.0 bits: 684.5 E(32554): 6.2e-197 Smith-Waterman score: 3162; 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CCDS44 MPQTLSASDMVTPGSLSPPPTEPTDGEQAGQPLLDGAPSSASLETLIQHLVPTADYYPEK 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE4 TYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQLLTEWTET .::::::::::::..: ::.:.:::::.:.:.:. : :: ..::..::.::::.::::: CCDS44 AYIFTFLLSSRLFIEPRELLARVCHLCIEQQQLDKPVLDKARVRKFGPKLLQLLAEWTET 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE4 FPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEETYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYEEVLAKISSTS :: ::..: . .:::.. ::: .:.::: ..:..: : .::::: : : :. . 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CCDS44 PFEQDASITHYLYTAPIFSEDGLYLASYESESPENQTEKERWKALRSSILGKT 420 430 440 450 460 >>CCDS7202.2 RASGEF1A gene_id:221002|Hs108|chr10 (481 aa) initn: 1863 init1: 1160 opt: 1905 Z-score: 2199.7 bits: 416.4 E(32554): 3.3e-116 Smith-Waterman score: 1906; 58.6% identity (82.7% similar) in 481 aa overlap (1-471:1-480) 10 20 30 40 50 pF1KE4 MPQTPP-FSAMFDSSGYNR---NLYQSAEDSCGG---LYYHDNNLLSGSLEALIQHLVPN :::: ::... : .. .. . . . :: : ..:..:.:::::::..::::. CCDS72 MPQTSVVFSSILGPSCSGQVQPGMGERGGGAGGGSGDLIFQDGHLISGSLEALMEHLVPT 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE4 VDYYPDRTYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRKIAPKILQL ::::::::::::::::::.:: :..:.:.: ..:::... . .: ...... ::.:: CCDS72 VDYYPDRTYIFTFLLSSRVFMPPHDLLARVGQICVEQKQQLEAGPEKAKLKSFSAKIVQL 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 pF1KE4 LTEWTETFPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEE---TYRKNVQQMMQCLIRKLAALSQYE : ::::.:::::.::. : .:: ..::... .: : .: . :: : :. .::: :: . CCDS72 LKEWTEAFPYDFQDEKAMAELKAITHRVTQCDEENGTVKKAIAQMTQSLLLSLAARSQLQ 130 140 150 160 170 180 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 EVLAKISSTSTDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQ :. :. ..:. .::::: . :.::. :: :: .::::::::::.:.. : ::...: CCDS72 ELREKLRPPAVDKGPILKTKPPAAQKDILGVCCDPLVLAQQLTHIELDRVSSIYPEDLMQ 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 AFVQKDPLDNDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFID . : ::: . : .. :: .:::: .::: ::.:::::.: ::::::.::.:.::: CCDS72 IVSHMDSLDNHR-CRGDLTKTYSLEAYDNWFNCLSMLVATEVCRVVKKKHRTRMLEFFID 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 VARECFNIGNFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSSNFYNYRTA :::::::::::::.::::::::.:::.::::::.::::::::.:::.::::::: ::::: CCDS72 VARECFNIGNFNSMMAIISGMNLSPVARLKKTWSKVKTAKFDVLEHHMDPSSNFCNYRTA 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 LRGAAQRSLTAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSE :.::.::: :.::::::::: :.:..::::::.. .:.:::::.::.::::...:. : CCDS72 LQGATQRSQMANSSREKIVIPVFNLFVKDIYFLHKIHTNHLPNGHINFKKFWEISRQIHE 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 FMTWKQVECPFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLG :::: :::::::.:.:: .::::.:..::.::..::.::::::::.::: ::.::..::. CCDS72 FMTWTQVECPFEKDKKIQSYLLTAPIYSEEALFVASFESEGPENHMEKDSWKTLRTTLLN 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 RV : CCDS72 RA 480 >>CCDS60517.1 RASGEF1A gene_id:221002|Hs108|chr10 (489 aa) initn: 1863 init1: 1160 opt: 1905 Z-score: 2199.6 bits: 416.4 E(32554): 3.4e-116 Smith-Waterman score: 1906; 58.6% identity (82.7% similar) in 481 aa overlap (1-471:9-488) 10 20 30 40 pF1KE4 MPQTPP-FSAMFDSSGYNR---NLYQSAEDSCGG---LYYHDNNLLSGSLEA :::: ::... : .. .. . . . :: : ..:..:.:::::: CCDS60 MFLEPQETMPQTSVVFSSILGPSCSGQVQPGMGERGGGAGGGSGDLIFQDGHLISGSLEA 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE4 LIQHLVPNVDYYPDRTYIFTFLLSSRLFMHPYELMAKVCHLCVEHQRLSDPDSDKNQMRK :..::::.::::::::::::::::::.:: :..:.:.: ..:::... . .: .... CCDS60 LMEHLVPTVDYYPDRTYIFTFLLSSRVFMPPHDLLARVGQICVEQKQQLEAGPEKAKLKS 70 80 90 100 110 120 110 120 130 140 150 160 pF1KE4 IAPKILQLLTEWTETFPYDFRDERMMRNLKDLAHRIASGEE---TYRKNVQQMMQCLIRK .. ::.::: ::::.:::::.::. : .:: ..::... .: : .: . :: : :. . CCDS60 FSAKIVQLLKEWTEAFPYDFQDEKAMAELKAITHRVTQCDEENGTVKKAIAQMTQSLLLS 130 140 150 160 170 180 170 180 190 200 210 220 pF1KE4 LAALSQYEEVLAKISSTSTDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNY ::: :: .:. :. ..:. .::::: . :.::. :: :: .::::::::::.:.. CCDS60 LAARSQLQELREKLRPPAVDKGPILKTKPPAAQKDILGVCCDPLVLAQQLTHIELDRVSS 190 200 210 220 230 240 230 240 250 260 270 280 pF1KE4 IGPEEFVQAFVQKDPLDNDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRA : ::...: . : ::: . : .. :: .:::: .::: ::.:::::.: ::::::. CCDS60 IYPEDLMQIVSHMDSLDNHR-CRGDLTKTYSLEAYDNWFNCLSMLVATEVCRVVKKKHRT 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 340 pF1KE4 RMIEYFIDVARECFNIGNFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTAKFDILEHQMDPSS ::.:.::::::::::::::::.::::::::.:::.::::::.::::::::.:::.::::: CCDS60 RMLEFFIDVARECFNIGNFNSMMAIISGMNLSPVARLKKTWSKVKTAKFDVLEHHMDPSS 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE4 NFYNYRTALRGAAQRSLTAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFW :: ::::::.::.::: :.::::::::: :.:..::::::.. .:.:::::.::.::: CCDS60 NFCNYRTALQGATQRSQMANSSREKIVIPVFNLFVKDIYFLHKIHTNHLPNGHINFKKFW 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE4 ELAKQVSEFMTWKQVECPFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWK :...:. ::::: :::::::.:.:: .::::.:..::.::..::.::::::::.::: :: CCDS60 EISRQIHEFMTWTQVECPFEKDKKIQSYLLTAPIYSEEALFVASFESEGPENHMEKDSWK 420 430 440 450 460 470 470 pF1KE4 SLRSSLLGRV .::..::.: CCDS60 TLRTTLLNRA 480 >>CCDS43277.1 RAPGEF2 gene_id:9693|Hs108|chr4 (1499 aa) initn: 352 init1: 214 opt: 345 Z-score: 393.4 bits: 83.8 E(32554): 1.4e-15 Smith-Waterman score: 352; 30.2% identity (60.9% similar) in 258 aa overlap (208-458:721-958) 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 STSTDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDP .: ::. ..: . : : :... . . CCDS43 METETLCSDEDAQELLRESQISLLQLSTVEVATQLSMRNFELFRNIEPTEYIDDLFK--- 700 710 720 730 740 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 LDNDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFN : . :: ::. . : .:. .. ::.:: ... .: ..:..:: .: .: . CCDS43 LRSKTSCA-------NLKRFEEVINQETFWVASEILRETNQLKRMKIIKHFIKIALHCRE 750 760 770 780 790 800 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 IGNFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKV--KTAK-FDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGA ::::..:::::.:..::.::. :: :. : : :. :. .::: :. .::..: . CCDS43 CKNFNSMFAIISGLNLAPVARLRTTWEKLPNKYEKLFQDLQDLFDPSRNMAKYRNVLNS- 810 820 830 840 850 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 AQRSLTAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTW .. . .::.: .. ::. ::.:: ... .: :::::. .::.. . CCDS43 --------QNLQPPIIPLFPVIKKDLTFLHEGNDSKV-DGLVNFEKLRMIAKEIRHVGRM 860 870 880 890 900 910 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 KQVEC-P---FERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLG .:. : :. .: . : .. : .: : .. : ...... CCDS43 ASVNMDPALMFRTRKKKWRSLGSLSQGSTNATVLDVAQTGGHKKRVRRSSFLNAKKLYED 920 930 940 950 960 970 pF1KE4 RV CCDS43 AQMARKVKQYLSNLELEMDEESLQTLSLQCEPATNTLPKNPGDKKPVKSETSPVAPRAGS 980 990 1000 1010 1020 1030 >>CCDS54898.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1391 aa) initn: 305 init1: 178 opt: 312 Z-score: 355.8 bits: 76.7 E(32554): 1.7e-13 Smith-Waterman score: 312; 29.6% identity (63.6% similar) in 206 aa overlap (208-410:864-1049) 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 STSTDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDP .: ::. ... . : : :... . . CCDS54 METETLCSDEDAQELVKESQLSMLQLSTIEVATQLSMRDFDLFRNIEPTEYIDDLFKL-- 840 850 860 870 880 890 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 LDNDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFN :.:. .. :. ... :. .. ::.:: ... .: ..:..:: .: .: . CCDS54 --NSKTGNTHLKRFEDI------VNQETFWVASEILTEANQLKRMKIIKHFIKIALHCRE 900 910 920 930 940 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 IGNFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTA---KFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGA ::::..:::::.:.. :.::. :: :. . ... :. .::: :. .::. : CCDS54 CKNFNSMFAIISGLNLASVARLRGTWEKLPSKYEKHLQDLQDIFDPSRNMAKYRNIL--- 950 960 970 980 990 1000 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 AQRSLTAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTW . .: . .::.: .. ::. ::.:: ... .: :::::. ..:.. . CCDS54 ------SSQSMQPPIIPLFPVVKKDMTFLHEGNDSKV-DGLVNFEKLRMISKEIRQVVRM 1010 1020 1030 1040 1050 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 KQVECPFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV CCDS54 TSANMDPAMMFRQRSLSQGSTNSNMLDVQGGAHKKRARRSSLLNAKKLYEDAQMARKVKQ 1060 1070 1080 1090 1100 1110 >>CCDS54899.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1504 aa) initn: 305 init1: 178 opt: 312 Z-score: 355.3 bits: 76.8 E(32554): 1.8e-13 Smith-Waterman score: 312; 29.6% identity (63.6% similar) in 206 aa overlap (208-410:864-1049) 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 STSTDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDP .: ::. ... . : : :... . . CCDS54 METETLCSDEDAQELVKESQLSMLQLSTIEVATQLSMRDFDLFRNIEPTEYIDDLFKL-- 840 850 860 870 880 890 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 LDNDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFN :.:. .. :. ... :. .. ::.:: ... .: ..:..:: .: .: . CCDS54 --NSKTGNTHLKRFEDI------VNQETFWVASEILTEANQLKRMKIIKHFIKIALHCRE 900 910 920 930 940 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 IGNFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTA---KFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGA ::::..:::::.:.. :.::. :: :. . ... :. .::: :. .::. : CCDS54 CKNFNSMFAIISGLNLASVARLRGTWEKLPSKYEKHLQDLQDIFDPSRNMAKYRNIL--- 950 960 970 980 990 1000 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 AQRSLTAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTW . .: . .::.: .. ::. ::.:: ... .: :::::. ..:.. . CCDS54 ------SSQSMQPPIIPLFPVVKKDMTFLHEGNDSKV-DGLVNFEKLRMISKEIRQVVRM 1010 1020 1030 1040 1050 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 KQVECPFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV CCDS54 TSANMDPAMMFRQRKKRWRSLGSLSQGSTNSNMLDVQGGAHKKRARRSSLLNAKKLYEDA 1060 1070 1080 1090 1100 1110 >>CCDS54901.1 RAPGEF6 gene_id:51735|Hs108|chr5 (1509 aa) initn: 305 init1: 178 opt: 312 Z-score: 355.3 bits: 76.8 E(32554): 1.8e-13 Smith-Waterman score: 312; 29.6% identity (63.6% similar) in 206 aa overlap (208-410:869-1054) 180 190 200 210 220 230 pF1KE4 STSTDRLTVLKTKPQSIQRDIITVCNDPYTLAQQLTHIELERLNYIGPEEFVQAFVQKDP .: ::. ... . : : :... . . CCDS54 METETLCSDEDAQELVKESQLSMLQLSTIEVATQLSMRDFDLFRNIEPTEYIDDLFKL-- 840 850 860 870 880 890 240 250 260 270 280 290 pF1KE4 LDNDKSCYSERKKTRNLEAYVEWFNRLSYLVATEICMPVKKKHRARMIEYFIDVARECFN :.:. .. :. ... :. .. ::.:: ... .: ..:..:: .: .: . CCDS54 --NSKTGNTHLKRFEDI------VNQETFWVASEILTEANQLKRMKIIKHFIKIALHCRE 900 910 920 930 940 300 310 320 330 340 350 pF1KE4 IGNFNSLMAIISGMNMSPVSRLKKTWAKVKTA---KFDILEHQMDPSSNFYNYRTALRGA ::::..:::::.:.. :.::. :: :. . ... :. .::: :. .::. : CCDS54 CKNFNSMFAIISGLNLASVARLRGTWEKLPSKYEKHLQDLQDIFDPSRNMAKYRNIL--- 950 960 970 980 990 1000 360 370 380 390 400 410 pF1KE4 AQRSLTAHSSREKIVIPFFSLLIKDIYFLNEGCANRLPNGHVNFEKFWELAKQVSEFMTW . .: . .::.: .. ::. ::.:: ... .: :::::. ..:.. . CCDS54 ------SSQSMQPPIIPLFPVVKKDMTFLHEGNDSKV-DGLVNFEKLRMISKEIRQVVRM 1010 1020 1030 1040 1050 420 430 440 450 460 470 pF1KE4 KQVECPFERDRKILQYLLTVPVFSEDALYLASYESEGPENHIEKDRWKSLRSSLLGRV CCDS54 TSANMDPAMMFRQRKKRWRSLGSLSQGSTNSNMLDVQGGAHKKRARRSSLLNAKKLYEDA 1060 1070 1080 1090 1100 1110 472 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 18:13:23 2016 done: Mon Nov 7 18:13:23 2016 Total Scan time: 2.810 Total Display time: 0.090 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]