Result of FASTA (omim) for
pFN21AB6280
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KB6280, 781 aa
1>>>pF1KB6280 781 - 781 aa - 781 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.1973+/-0.000458; mu= 14.2853+/- 0.029
mean_var=213.9204+/-42.973, 0's: 0 Z-trim(117.3): 49 B-trim: 0 in 0/53
Lambda= 0.087690
statistics sampled from 29144 (29191) to 29144 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.679), E-opt: 0.2 (0.342), width: 16
Scan time: 14.220
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_059116 (OMIM: 606342) homeobox protein SIX4 [Ho ( 781) 4994 645.5 2.5e-184
XP_005267816 (OMIM: 606342) PREDICTED: homeobox pr ( 773) 4937 638.3 3.7e-182
NP_787071 (OMIM: 600963,610896) homeobox protein S ( 739) 1062 148.0 1.3e-34
NP_005973 (OMIM: 113650,601205,605192,608389) home ( 284) 916 129.1 2.6e-29
NP_058628 (OMIM: 604994) homeobox protein SIX2 [Ho ( 291) 869 123.1 1.7e-27
XP_005264157 (OMIM: 604994) PREDICTED: homeobox pr ( 293) 869 123.1 1.7e-27
XP_016877091 (OMIM: 113650,601205,605192,608389) P ( 173) 780 111.6 2.9e-24
NP_031400 (OMIM: 206900,212550,606326) homeobox pr ( 246) 768 110.3 1e-23
NP_005404 (OMIM: 157170,269160,603714) homeobox pr ( 332) 751 108.3 5.6e-23
>>NP_059116 (OMIM: 606342) homeobox protein SIX4 [Homo s (781 aa)
initn: 4994 init1: 4994 opt: 4994 Z-score: 3430.3 bits: 645.5 E(85289): 2.5e-184
Smith-Waterman score: 4994; 99.9% identity (99.9% similar) in 781 aa overlap (1-781:1-781)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSSSSPTGQIASAADIKQENGMESASEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAAT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 MSSSSPTGQIASAADIKQENGMESASEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAAT
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 AAARVSGEEGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 AAARVSGEEGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEAL
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QQGGNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 QQGGNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHP
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LLQQLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 LLQQLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKE
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LYKQNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 LYKQNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDES
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SKGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 SKGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTS
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 PVFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 PVFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKE
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 FKVLQSSANSATTTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 FKVLQSSANSATTTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQ
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 YGIVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQLPPVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 YGIVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQLPPVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQ
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 GKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTIGSVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 GKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTIGSVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENIS
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 GSGLPPLASSLVNVSPTHNFSLSPSTLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTN
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 GSGLHPLASSLVNVSPTHNFSLSPSTLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTN
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 YATLQNCSLITGQDLLSVPMTQAALGEIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQEHRLVLQSVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 YATLQNCSLITGQDLLSVPMTQAALGEIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQEHRLVLQSVAN
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 MKENFLSNSESKATSSLMMLDSKSKYVLDGMVDTVCEDLETDKKELAKLQTVQLDEDMQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_059 MKENFLSNSESKATSSLMMLDSKSKYVLDGMVDTVCEDLETDKKELAKLQTVQLDEDMQD
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 L
:
NP_059 L
>>XP_005267816 (OMIM: 606342) PREDICTED: homeobox protei (773 aa)
initn: 4937 init1: 4937 opt: 4937 Z-score: 3391.4 bits: 638.3 E(85289): 3.7e-182
Smith-Waterman score: 4937; 99.9% identity (99.9% similar) in 772 aa overlap (10-781:2-773)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 MSSSSPTGQIASAADIKQENGMESASEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAAT
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MIASAADIKQENGMESASEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAAT
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 AAARVSGEEGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEAL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 AAARVSGEEGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEAL
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QQGGNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 QQGGNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHP
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LLQQLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LLQQLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKE
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 LYKQNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDES
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 LYKQNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDES
240 250 260 270 280 290
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 SKGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 SKGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTS
300 310 320 330 340 350
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 PVFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 PVFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKE
360 370 380 390 400 410
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 FKVLQSSANSATTTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 FKVLQSSANSATTTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQ
420 430 440 450 460 470
490 500 510 520 530 540
pF1KB6 YGIVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQLPPVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YGIVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQLPPVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQ
480 490 500 510 520 530
550 560 570 580 590 600
pF1KB6 GKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTIGSVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENIS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTIGSVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENIS
540 550 560 570 580 590
610 620 630 640 650 660
pF1KB6 GSGLPPLASSLVNVSPTHNFSLSPSTLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTN
:::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 GSGLHPLASSLVNVSPTHNFSLSPSTLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTN
600 610 620 630 640 650
670 680 690 700 710 720
pF1KB6 YATLQNCSLITGQDLLSVPMTQAALGEIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQEHRLVLQSVAN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 YATLQNCSLITGQDLLSVPMTQAALGEIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQEHRLVLQSVAN
660 670 680 690 700 710
730 740 750 760 770 780
pF1KB6 MKENFLSNSESKATSSLMMLDSKSKYVLDGMVDTVCEDLETDKKELAKLQTVQLDEDMQD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
XP_005 MKENFLSNSESKATSSLMMLDSKSKYVLDGMVDTVCEDLETDKKELAKLQTVQLDEDMQD
720 730 740 750 760 770
pF1KB6 L
:
XP_005 L
>>NP_787071 (OMIM: 600963,610896) homeobox protein SIX5 (739 aa)
initn: 907 init1: 853 opt: 1062 Z-score: 742.2 bits: 148.0 E(85289): 1.3e-34
Smith-Waterman score: 1104; 36.8% identity (59.9% similar) in 715 aa overlap (36-701:10-690)
10 20 30 40 50 60
pF1KB6 PTGQIASAADIKQENGMESASEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAATAAARV
:: :: : . : : : .: .
NP_787 MATLPAEPSAGPAAGGEAVAAAAATEEEEEEARQLLQTL
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KB6 SGEEGAVAAAAAGAAADQVQLHSELLGR-----HHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEAL
.. :: :::::::.: . .: : ::. : : :::..::::::::
NP_787 QAAEGE-AAAAAGAGAGAAAAGAEGPGSPGVPGSPPEAASEPPTGLRFSPEQVACVCEAL
40 50 60 70 80 90
130 140 150 160 170 180
pF1KB6 QQGGNLDRLARFLWSLPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHP
:.:. ::.::: .:: .. :::.. .:.:::::::..: : ::: .:::. : .:.:
NP_787 LQAGHAGRLSRFLGALPPAERLRGSDPVLRARALVAFQRGEYAELYRLLESRPFPAAHHA
100 110 120 130 140 150
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 LLQQLWYKARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKE
.::.:. .::: :::::::: ::::::::::.:::::.::::::::::::::.:: :::
NP_787 FLQDLYLRARYHEAERARGRALGAVDKYRLRKKFPLPKTIWDGEETVYCFKERSRAALKA
160 170 180 190 200 210
250 260 270 280 290
pF1KB6 LYKQNRYPSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSE--TQSKSESDGNPSTED
:. ::::.: :::.:: .::::::::::::::::::::. . . ::::::::.:::
NP_787 CYRGNRYPTPDEKRRLATLTGLSLTQVSNWFKNRRQRDRTGAGGGAPCKSESDGNPTTED
220 230 240 250 260 270
300 310 320 330 340 350
pF1KB6 ESSKGHEDLSPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPAS
:::.. ::: :... .. : ... : .::..:.:::.. ::
NP_787 ESSRSPEDLERGAAPVSAEAAAQGS-------IFLAGTGPPAPCPASSSILVNGSFLAAS
280 290 300 310 320 330
360 370 380 390 400
pF1KB6 TSP-VFLNGNSFIQGPSGVILNGLNVGNTQAVAL--------NPPKMSSNIVSNGISMTD
:: :.::: :: ::.::: .:...... :: . : .. . .
NP_787 GSPAVLLNG-----GP--VIINGLALGEASSLGPLLLTGGGGAPPPQPSPQGASETKTSL
340 350 360 370 380
410 420 430 440 450
pF1KB6 ILGSTSQDVKEFKVLQSSA---NSATTTSYSPSV------PVS--FPGLIPSTEVKREGI
.: . .:. .. :: : ..: ... .:.. :.. :: :.. .
NP_787 VLDPQTGEVR-LEEAQSEAPETKGAQVAAPGPALGEEVLGPLAQVVPG-PPTAATFPLPP
390 400 410 420 430 440
460 470 480 490 500
pF1KB6 QTVASQDGGSVVTFTTP----VQINQYG-IVQIPNSGANSQFLNGSIGFSPLQL----P-
: . . .:: .. : . .. . ....:. .:: .. . .:::: :
NP_787 GPVPAVAAPQVVPLSPPPGYPTGLSPTSPLLNLPQVVPTSQVVTLPQAVGPLQLLAAGPG
450 460 470 480 490 500
510 520 530 540 550 560
pF1KB6 -PVSVAASQGNISVSSSTSDGSTFTSESTTVQQGKVFLSSLAPSAVVYTVPNTGQTI--G
::.:::. : .: .: .. :..: . :. ::. . . : .:. : :
NP_787 SPVKVAAAAGPANVHLINSGVGV-----TALQ----LPSATAPGNFLLANPVSGSPIVTG
510 520 530 540 550
570 580 590 600 610 620
pF1KB6 SVKQEGLERSLVFSQLMPVNQNAQVNANLSSENISGSGLPPLASSLVNVSPTHNFSLSPS
. :.: ..... .:... :. : : .:: . ..: : .. ..::
NP_787 VAVQQG---KIILTATFPTSM--LVSQVLPPA--PGLALPLKPETAISV-PEGGLPVAPS
560 570 580 590 600
630 640 650 660 670 680
pF1KB6 TLLNPTELNRDIADSQPMSAPVASKSTVTSVSNTNYATLQNCSLITGQDLL----SVPMT
: .. .. .:: : ....:: : . . : : . :. .::.
NP_787 PALPEAHALGTLSAQQPPPAAATTSSTSLPFSPDSPGLLPNFPAPPPEGLMLSPAAVPVW
610 620 630 640 650 660
690 700 710 720 730
pF1KB6 QAAL----G-EIVPTAEDQVGHPSPAVHQDFVQEHRLVLQSVANMKENFLSNSESKATSS
.:.: : : . :: .: .:
NP_787 SAGLELSAGTEGLLEAEKGLGTQAPHTVLRLPDPDPEGLLLGATAGGEVDEGLEAEAKVL
670 680 690 700 710 720
>>NP_005973 (OMIM: 113650,601205,605192,608389) homeobox (284 aa)
initn: 920 init1: 891 opt: 916 Z-score: 647.1 bits: 129.1 E(85289): 2.6e-29
Smith-Waterman score: 916; 59.7% identity (79.4% similar) in 243 aa overlap (106-342:7-244)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 AAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWS
..:. ..::::::.:::::::.::.:::::
NP_005 MSMLPSFGFTQEQVACVCEVLQQGGNLERLGRFLWS
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 LPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAE
:: : :. :::.:::.:.::::.: . :::.:::::.: ::: ::::: ::.:.:::
NP_005 LPACDHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHPKLQQLWLKAHYVEAE
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 RARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRH
. :::::::: :::.:::::::::::::::: ::::::::..:.: : .: :::: :::.
NP_005 KLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRTIWDGEETSYCFKEKSRGVLREWYAHNPYPSPREKRE
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 LAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDESSKGHEDLSP----HP
::. :::. ::::::::::::::: .:.. . ....: : ::. ...::: .:
NP_005 LAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRA-AEAKERENTENNNS----SSNKQNQLSPLEGGKP
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360
pF1KB6 LSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQ--IGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTSPVFLNGNSF
: :::. . : .. : . : .:.:. :
NP_005 LMSSSEEEFSPPQSPDQNSVLLLQGNMGHARSSNYSLPGLTASQPSHGLQTHQHQLQDSL
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KB6 IQGPSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKEFKVLQSSAN
NP_005 LGPLTSSLVDLGS
280
>>NP_058628 (OMIM: 604994) homeobox protein SIX2 [Homo s (291 aa)
initn: 890 init1: 863 opt: 869 Z-score: 614.8 bits: 123.1 E(85289): 1.7e-27
Smith-Waterman score: 874; 50.0% identity (70.5% similar) in 302 aa overlap (106-404:7-290)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 AAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWS
..:. ..::::::.::::::..::.:::::
NP_058 MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRFLWS
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 LPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAE
:: . :. :::.:::.:.::::.: . :::.:::::.: :: ::::: ::.: :::
NP_058 LPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYIEAE
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 RARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRH
. :::::::: :::.::::::::.::::::: ::::::::..:.: : .: :::: :::.
NP_058 KLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPREKRE
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 LAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDE-SSKGHEDLSPHPLSS
::. :::. ::::::::::::::: . ... ..: .... ...:. :. .
NP_058 LAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRAAEAKERENNENSNSNSHNPLNGSGKSVLGSSEDEK
160 170 180 190 200 210
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 SSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKI-SLSSSGVLLNGSLVPASTSPVFLNGNS-FIQG
. .: . : :: :. . . . :: : : . : ::. :: .:.. .:
NP_058 TPSGTPDHSSSS---PALLLSPPPPGLPSLHSLGHPPGPSAVPV---PVPGGGGADPLQH
220 230 240 250 260 270
380 390 400 410 420 430
pF1KB6 PSGVILNGLNVGNTQAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKEFKVLQSSANSAT
:. : ::: ::.:.:. :
NP_058 HHGL----------QDSILNP--MSANLVDLGS
280 290
440 450 460 470 480 490
pF1KB6 TTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQYGIVQIPNSGAN
>>XP_005264157 (OMIM: 604994) PREDICTED: homeobox protei (293 aa)
initn: 880 init1: 853 opt: 869 Z-score: 614.8 bits: 123.1 E(85289): 1.7e-27
Smith-Waterman score: 876; 50.6% identity (71.1% similar) in 308 aa overlap (106-404:7-292)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 AAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWS
..:. ..::::::.::::::..::.:::::
XP_005 MSMLPTFGFTQEQVACVCEVLQQGGNIERLGRFLWS
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 LPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAE
:: . :. :::.:::.:.::::.: . :::.:::::.: :: ::::: ::.: :::
XP_005 LPACEHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHAKLQQLWLKAHYIEAE
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 RARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRH
. :::::::: :::.::::::::.::::::: ::::::::..:.: : .: :::: :::.
XP_005 KLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRSIWDGEETSYCFKEKSRSVLREWYAHNPYPSPREKRE
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 LAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDESSKGHEDLSPHPLSSS
::. :::. ::::::::::::::: .:.. . : . .:. .:..: .::..:
XP_005 LAEATGLTTTQVSNWFKNRRQRDRA-AEAKERYEEN----NENSNSNSH-----NPLNGS
160 170 180 190 200
320 330 340 350 360 370
pF1KB6 SDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTSPVFLNGNSFIQGPSG
. .. . ::. : . :. : :: ..::. : : :.. . :::.
XP_005 GKSVLG---SSEDEKT---PSGTPDHSSSSPALLLSP---PPPGLPS-LHSLGHPPGPSA
210 220 230 240 250
380 390 400 410 420
pF1KB6 VILNGLNVGNT---------QAVALNPPKMSSNIVSNGISMTDILGSTSQDVKEFKVLQS
: . . :.. : ::: ::.:.:. :
XP_005 VPVPVPGGGGADPLQHHHGLQDSILNP--MSANLVDLGS
260 270 280 290
430 440 450 460 470 480
pF1KB6 SANSATTTSYSPSVPVSFPGLIPSTEVKREGIQTVASQDGGSVVTFTTPVQINQYGIVQI
>>XP_016877091 (OMIM: 113650,601205,605192,608389) PREDI (173 aa)
initn: 780 init1: 780 opt: 780 Z-score: 556.5 bits: 111.6 E(85289): 2.9e-24
Smith-Waterman score: 780; 70.2% identity (87.0% similar) in 161 aa overlap (106-266:7-167)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 AAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTPLAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWS
..:. ..::::::.:::::::.::.:::::
XP_016 MSMLPSFGFTQEQVACVCEVLQQGGNLERLGRFLWS
10 20 30
140 150 160 170 180 190
pF1KB6 LPQSDLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAE
:: : :. :::.:::.:.::::.: . :::.:::::.: ::: ::::: ::.:.:::
XP_016 LPACDHLHKNESVLKAKAVVAFHRGNFRELYKILESHQFSPHNHPKLQQLWLKAHYVEAE
40 50 60 70 80 90
200 210 220 230 240 250
pF1KB6 RARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRH
. :::::::: :::.:::::::::::::::: ::::::::..:.: : .: :::: :::.
XP_016 KLRGRPLGAVGKYRVRRKFPLPRTIWDGEETSYCFKEKSRGVLREWYAHNPYPSPREKRE
100 110 120 130 140 150
260 270 280 290 300 310
pF1KB6 LAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPSETQSKSESDGNPSTEDESSKGHEDLSPHPLSSS
::. :::. ::
XP_016 LAEATGLTTTQGEHRKQ
160 170
>>NP_031400 (OMIM: 206900,212550,606326) homeobox protei (246 aa)
initn: 763 init1: 629 opt: 768 Z-score: 546.6 bits: 110.3 E(85289): 1e-23
Smith-Waterman score: 768; 51.1% identity (74.3% similar) in 237 aa overlap (103-326:3-239)
80 90 100 110 120 130
pF1KB6 AAAAAGAAADQVQLHSELLGRHHHAAAAAAQTP-LAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLAR
: : : :::..:: :::.:...:...::.:
NP_031 MFQLPILNFSPQQVAGVCETLEESGDVERLGR
10 20 30
140 150 160 170 180
pF1KB6 FLWSLPQS----DLLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWY
:::::: . . : :::.:.:::.:::: : : ::: :::.:.: . .: :: ::
NP_031 FLWSLPVAPAACEALNKNESVLRARAIVAFHGGNYRELYHILENHKFTKESHAKLQALWL
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KB6 KARYTEAERARGRPLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRY
.:.: :::. :::::: :::::.:.::::::::::::. ..::::..:. :.: : :. :
NP_031 EAHYQEAEKLRGRPLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRHLLREWYLQDPY
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KB6 PSPAEKRHLAKITGLSLTQVSNWFKNRRQRDRNPS---ETQSKSESDGNPSTEDESSKGH
:.:..::.::. :::. :::.::::::::::: . . :.. :.:. . . :
NP_031 PNPSKKRELAQATGLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQQQVLSQGSGRALRAEGDGT
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350
pF1KB6 EDL-----SPHPLSSSSDGITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPAST
.. :: ::. . . .:..:
NP_031 PEVLGVATSPAASLSSKAATSAISITSSDSECDI
220 230 240
>>NP_005404 (OMIM: 157170,269160,603714) homeobox protei (332 aa)
initn: 793 init1: 613 opt: 751 Z-score: 533.5 bits: 108.3 E(85289): 5.6e-23
Smith-Waterman score: 756; 44.7% identity (68.3% similar) in 293 aa overlap (56-326:42-325)
30 40 50 60 70 80
pF1KB6 SEGQEAHREVAGGAAVGLSPPAPAPFPLEPGDAATAAARVSGEEGAVAAAAAGAAADQVQ
: :. ... .: :. :..:.:... .
NP_005 SHFLLPNFADSHHRSILLASSGGGNGAGGGGGAGGGSGGGNGAGGGGAGGAGGGGGGGSR
20 30 40 50 60 70
90 100 110 120 130 140
pF1KB6 LHSELLGRHHHAAAAAAQTP-LAFSPDHVACVCEALQQGGNLDRLARFLWSLPQS----D
: :. : : : :::..:: :::.:.. :...::.::::::: . .
NP_005 APPEELSMF--------QLPTLNFSPEQVASVCETLEETGDIERLGRFLWSLPVAPGACE
80 90 100 110 120
150 160 170 180 190 200
pF1KB6 LLRGNESLLKARALVAFHQGIYPELYSILESHSFESANHPLLQQLWYKARYTEAERARGR
. .::.:.:::.:::: : . .:: :::.:.: . .: :: .: .:.: :::. :::
NP_005 AINKHESILRARAVVAFHTGNFRDLYHILENHKFTKESHGKLQAMWLEAHYQEAEKLRGR
130 140 150 160 170 180
210 220 230 240 250 260
pF1KB6 PLGAVDKYRLRRKFPLPRTIWDGEETVYCFKEKSRNALKELYKQNRYPSPAEKRHLAKIT
::: :::::.:.::::::::::::. ..::::..:. :.: : :. ::.:..::.::. :
NP_005 PLGPVDKYRVRKKFPLPRTIWDGEQKTHCFKERTRSLLREWYLQDPYPNPSKKRELAQAT
190 200 210 220 230 240
270 280 290 300
pF1KB6 GLSLTQVSNWFKNRRQRDR-------------NPSETQSKSESDGNP---STEDESSKGH
::. :::.::::::::::: .:: .: .: : : :.:. :. .
NP_005 GLTPTQVGNWFKNRRQRDRAAAAKNRLQHQAIGPSGMRSLAEP-GCPTHGSAESPSTAAS
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KB6 EDLSPHPLSSSSD-GITNLSLSSHMEPVYMQQIGNAKISLSSSGVLLNGSLVPASTSPVF
: :. .: : . ::..:
NP_005 PTTSVSSLTERADTGTSILSVTSSDSECDV
310 320 330
781 residues in 1 query sequences
60827320 residues in 85289 library sequences
Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc)
start: Mon Nov 7 18:04:11 2016 done: Mon Nov 7 18:04:13 2016
Total Scan time: 14.220 Total Display time: 0.070
Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]