FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3769, 916 aa 1>>>pF1KE3769 916 - 916 aa - 916 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.6014+/-0.000388; mu= 14.9422+/- 0.024 mean_var=113.1373+/-22.825, 0's: 0 Z-trim(115.3): 227 B-trim: 0 in 0/53 Lambda= 0.120579 statistics sampled from 25429 (25658) to 25429 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.662), E-opt: 0.2 (0.301), width: 16 Scan time: 12.430 The best scores are: opt bits E(85289) NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 916) 6276 1103.6 0 NP_003354 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 4664 823.2 0 NP_004642 (OMIM: 300050) ubiquitin carboxyl-termin ( 963) 2651 473.0 3.1e-132 XP_005272731 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin c ( 690) 2280 408.4 6.4e-113 XP_011542290 (OMIM: 300050) PREDICTED: ubiquitin c ( 690) 2280 408.4 6.4e-113 XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 775) 1639 296.9 2.6e-79 XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 1639 296.9 2.8e-79 XP_016875773 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 860) 1639 296.9 2.8e-79 NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-termin ( 952) 1639 296.9 3e-79 NP_001239007 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-ter ( 981) 1639 297.0 3.1e-79 NP_001238806 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-ter ( 313) 1622 293.7 9.7e-79 XP_005269318 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin c ( 648) 1333 243.6 2.4e-63 NP_001239008 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-ter ( 235) 1134 208.7 2.8e-53 XP_016880723 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1288) 961 179.1 1.2e-43 XP_011523681 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1327) 961 179.1 1.3e-43 XP_011523680 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1572) 961 179.1 1.4e-43 XP_011523677 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1608) 961 179.2 1.5e-43 XP_011523676 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1615) 961 179.2 1.5e-43 XP_011523675 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1618) 961 179.2 1.5e-43 XP_011523673 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1634) 961 179.2 1.5e-43 XP_016880722 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1558) 960 179.0 1.6e-43 XP_011523678 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1601) 960 179.0 1.7e-43 NP_115971 (OMIM: 607740) ubiquitin carboxyl-termin (1604) 960 179.0 1.7e-43 XP_011523674 (OMIM: 607740) PREDICTED: ubiquitin c (1620) 960 179.0 1.7e-43 XP_016861124 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c ( 871) 947 176.5 4.9e-43 XP_005264888 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1268) 947 176.6 6.6e-43 XP_016861123 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1270) 947 176.6 6.6e-43 XP_016861122 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1281) 947 176.7 6.7e-43 XP_016861121 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 947 176.7 6.7e-43 XP_016861120 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1283) 947 176.7 6.7e-43 XP_016861119 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1285) 947 176.7 6.7e-43 XP_016861118 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1303) 947 176.7 6.7e-43 XP_016861117 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1305) 947 176.7 6.8e-43 XP_016861116 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1307) 947 176.7 6.8e-43 NP_006668 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-termin (1318) 947 176.7 6.8e-43 XP_016861115 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1318) 947 176.7 6.8e-43 XP_016861114 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1320) 947 176.7 6.8e-43 XP_005264887 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1322) 947 176.7 6.8e-43 XP_016861113 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1332) 947 176.7 6.9e-43 XP_006713015 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1367) 947 176.7 7e-43 XP_006713014 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1368) 947 176.7 7e-43 XP_016861112 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 947 176.7 7e-43 XP_006713013 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1369) 947 176.7 7e-43 XP_016861110 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 947 176.7 7e-43 XP_016861111 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1371) 947 176.7 7e-43 NP_001186091 (OMIM: 614471) ubiquitin carboxyl-ter (1372) 947 176.7 7e-43 XP_006713012 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1373) 947 176.7 7e-43 XP_016861109 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1381) 947 176.7 7.1e-43 XP_006713011 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1382) 947 176.7 7.1e-43 XP_016861108 (OMIM: 614471) PREDICTED: ubiquitin c (1383) 947 176.7 7.1e-43 >>NP_955475 (OMIM: 603486) ubiquitin carboxyl-terminal h (916 aa) initn: 6276 init1: 6276 opt: 6276 Z-score: 5903.4 bits: 1103.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6276; 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XP_011 VKHDCVGYVMKK--APVRLQECIELFTTVETLEKENPWYCPSCKQHQLATKKLDLWMLPE 500 510 520 530 540 780 790 800 810 820 pF1KE3 ILVVHLKRFSYNRYWRDKLDTVVEFPIRGLNMSEFVCNLS--ARP--YVYDLIAVSNHYG ::..:::::::... :.::::.:::::: :..:::: . . . : : ::::::::::: XP_011 ILIIHLKRFSYTKFSREKLDTLVEFPIRDLDFSEFVIQPQNESNPELYKYDLIAVSNHYG 550 560 570 580 590 600 830 840 850 860 870 880 pF1KE3 AMGVGHYTAYAKNKLNGKWYYFDDSNVSLASEDQIVTKAAYVLFYQRRDDEFYKTPSLSS .: ::::..: :: .:.:.::::..:: ..:.:: .::::::::::.: :: XP_011 GMRDGHYTTFACNKDSGQWHYFDDNSVSPVNENQIESKAAYVLFYQRQD---VARRLLSP 610 620 630 640 650 660 890 900 910 pF1KE3 SGSSDGGTRPSSSQQGFGDDEACSMDTN .::: . . :. : XP_011 AGSSGAPASPACSSPPSSEFMDVN 670 680 690 >>XP_006719781 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin carbo (775 aa) initn: 2768 init1: 1550 opt: 1639 Z-score: 1544.9 bits: 296.9 E(85289): 2.6e-79 Smith-Waterman score: 2827; 57.5% identity (77.0% similar) in 777 aa overlap (3-712:3-770) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG :::. : .::.:... :..:.:..: :::.:::::::::::::::::: :..: XP_006 MAEGGAA----DLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK ..:..:::::::::..: ..:.:::::::::::.:.:::.::::..:: .:::.::.:: XP_006 DQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARK 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE :::.:.::::::::::: :::::::.. .::.. .::::::: :::::.::.:.:: :.: XP_006 VVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKE 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KE3 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPR--QTLQSNG----- :::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::: .:::::::: .: .: : XP_006 TRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPKSPGASNFS 180 190 200 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 -------SGFSASYN------------C------------QEPPSSHIQPGLCGLGNLGN :..: .:: : .:: .. :::::::.:::: XP_006 TLPKISPSSLSNNYNNMNNRNVKNSNYCLPSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGN 240 250 260 270 280 290 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 TCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAEINRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAH :::::::.:::::: :::.:::.:.:. :.: ::::::.::::..:::::::::::. .. 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XP_006 DENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLRE-KFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLM 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 pF1KE3 SVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGAC---NGSRNSCEGEDEE-- .::... : ..::. . :. :::: : . :. : : . :. .: :: XP_006 AVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLH--CCKDQNINGNGPNGIHEEGS 600 610 620 630 640 650 620 630 640 650 660 pF1KE3 --EMEHQE------EGKEQLSETEGS-GEDEPGND-PSET---TQKKIKGQPC--PKRLF ::: .: . .: ::.:.: .:: :.: ::. :. ::: :::: XP_006 PSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLF 660 670 680 690 700 710 670 680 690 700 710 pF1KE3 TFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYE ::.. :. :..::: . : . :.:. :: ::.::: . .. :.::. .: : XP_006 TFQF-NNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEKYF 720 730 740 750 760 770 720 730 740 750 760 770 pF1KE3 KHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKI XP_006 SLGL >>XP_016875774 (OMIM: 604731) PREDICTED: ubiquitin carbo (860 aa) initn: 3019 init1: 1550 opt: 1639 Z-score: 1544.3 bits: 296.9 E(85289): 2.8e-79 Smith-Waterman score: 3052; 57.9% identity (75.7% similar) in 855 aa overlap (126-909:1-848) 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 VPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRKVVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCH .::::::::::: :::::::.. .::.. . 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XP_016 YVLFYQRQDTFSGTGFFPLDRETKGASAATGI-PLESDEDSNDNDNDIENENCMHTN 810 820 830 840 850 860 >>NP_006304 (OMIM: 604731) ubiquitin carboxyl-terminal h (952 aa) initn: 3610 init1: 1550 opt: 1639 Z-score: 1543.7 bits: 296.9 E(85289): 3e-79 Smith-Waterman score: 3698; 59.9% identity (79.4% similar) in 951 aa overlap (1-909:1-940) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MAEGGGCRERPDAETQKSELGPLMRTTLQRGAQWYLIDSRWFKQWKKYVGFDSWDMYNVG :::::. : .::.:... :..:.:..: :::.:::::::::::::::::: :..: NP_006 MAEGGAA----DLDTQRSDIATLLKTSLRKGDTWYLVDSRWFKQWKKYVGFDSWDKYQMG 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 EHNLFPGPIDNSGLFSDPESQTLKEHLIDELDYVLVPTEAWNKLLNWYGCVEGQQPIVRK ..:..:::::::::..: ..:.:::::::::::.:.:::.::::..:: .:::.::.:: NP_006 DQNVYPGPIDNSGLLKDGDAQSLKEHLIDELDYILLPTEGWNKLVSWYTLMEGQEPIARK 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 VVEHGLFVKHCKVEVYLLELKLCENSDPTNVLSCHFSKADTIATIEKEMRKLFNIPAERE :::.:.::::::::::: :::::::.. .::.. .::::::: :::::.::.:.:: :.: NP_006 VVEQGMFVKHCKVEVYLTELKLCENGNMNNVVTRRFSKADTIDTIEKEIRKIFSIPDEKE 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 pF1KE3 TRLWNKYMSNTYEQLSKLDNTVQDAGLYQGQVLVIEPQNEDGTWPRQTLQSNGSG----- :::::::::::.: :.: :.:.:::::::::::::: .:::::::: : .. NP_006 TRLWNKYMSNTFEPLNKPDSTIQDAGLYQGQVLVIEQKNEDGTWPRGPSTPNVKNSNYCL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 --FSA--SYNCQEPPSSHIQPGLCGLGNLGNTCFMNSALQCLSNTAPLTDYFLKDEYEAE ..: .:. .:: .. :::::::.:::::::::::.:::::: :::.:::.:.:. : NP_006 PSYTAYKNYDYSEPGRNNEQPGLCGLSNLGNTCFMNSAIQCLSNTPPLTEYFLNDKYQEE 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 INRDNPLGMKGEIAEAYAELIKQMWSGRDAHVAPRMFKTQVGRFAPQFSGYQQQDSQELL .: ::::::.::::..:::::::::::. ..:.:: ::::::::::::::::::: :::: NP_006 LNFDNPLGMRGEIAKSYAELIKQMWSGKFSYVTPRAFKTQVGRFAPQFSGYQQQDCQELL 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 AFLLDGLHEDLNRVKKKPYLELKDANGRPDAVVAKEAWENHRLRNDSVIVDTFHGLFKST :::::::::::::..::::..::::.:::: :::.:::::: ::::.::: :::::::: NP_006 AFLLDGLHEDLNRIRKKPYIQLKDADGRPDKVVAEEAWENHLKRNDSIIVDIFHGLFKST 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 LVCPECAKVSVTFDPFCYLTLPLPLKKDRVMEVFLVPADPHCRPTQYRVTVPLMGAVSDL ::::::::.:::::::::::::::.::.:..::.:: :: .: ::.:.:: .: . :: NP_006 LVCPECAKISVTFDPFCYLTLPLPMKKERTLEVYLVRMDPLTKPMQYKVVVPKIGNILDL 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE3 CEALSRLSGIAAENMVVADVYNHRFHKIFQMDEGLNHIMPRDDIFVYEVCSTSVDGSECV : ::: :::: :..:.:.:.::::::.:: :::.:. :: ::::.:.:. . .. .: : NP_006 CTALSALSGIPADKMIVTDIYNHRFHRIFAMDENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHV 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 TLPVYFRERKSRPSSTS--SASALYGQPLLLSVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLP .:: .:: : : :: . ..:.:.:::.:..::... : ..::. . :. :::: NP_006 IIPVCLRE-KFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLMAVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTE 540 550 560 570 580 590 590 600 610 620 630 pF1KE3 DEFGSSPLEPGAC---NGSRNSCEGEDEE----EMEHQE------EGKEQLSETEGS-GE : . :. : : . :. .: :: ::: .: . .: ::.:.: .: NP_006 TEETEGSLH--CCKDQNINGNGPNGIHEEGSPSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSE 600 610 620 630 640 650 640 650 660 670 680 pF1KE3 DEPGND-PSET---TQKKIKGQPC--PKRLFTFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKL : :.: ::. :. ::: ::::::.. :. :..::: . : . 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NP_001 DENLSSIMERDDIYVFEININRTEDTEHVIIPVCLRE-KFRHSSYTHHTGSSLFGQPFLM 540 550 560 570 580 590 570 580 590 600 610 pF1KE3 SVPKHKLTLESLYQAVCDRISRYVKQPLPDEFGSSPLEPGAC---NGSRNSCEGEDEE-- .::... : ..::. . :. :::: : . :. : : . :. .: :: NP_001 AVPRNN-TEDKLYNLLLLRMCRYVKISTETEETEGSLH--CCKDQNINGNGPNGIHEEGS 600 610 620 630 640 650 620 630 640 650 660 pF1KE3 --EMEHQE------EGKEQLSETEGS-GEDEPGND-PSET---TQKKIKGQPC--PKRLF ::: .: . .: ::.:.: .:: :.: ::. :. ::: :::: NP_001 PSEMETDEPDDESSQDQELPSENENSQSEDSVGGDNDSENGLCTEDTCKGQLTGHKKRLF 660 670 680 690 700 710 670 680 690 700 710 pF1KE3 TFSLVNSYGTADINSLAAD-------GKLLKLNSRSTLAMDWDSETRRLYYDEQESEAYE ::.. :. :..::: . : . :.:. :: ::.::: . .. :.::. .: .: NP_001 TFQF-NNLGNTDINYIKDDTRHIRFDDRQLRLDERSFLALDWDPDLKKRYFDENAAEDFE 720 730 740 750 760 770 720 730 740 750 760 770 pF1KE3 KHVSMLQPQKKKKTTVALRDCIELFTTMETLGEHDPWYCPNCKKHQQATKKFDLWSLPKI :: :. . . :: : :.:::::::: : :: .:::::::::.:::::::.:::::: . 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