Result of FASTA (ccds) for pFN21AE3315
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE3315, 861 aa
  1>>>pF1KE3315 861 - 861 aa - 861 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9362+/-0.000932; mu= 17.6792+/- 0.056
 mean_var=76.5306+/-15.021, 0's: 0 Z-trim(106.1): 55  B-trim: 3 in 1/46
 Lambda= 0.146608
 statistics sampled from 8727 (8782) to 8727 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.635), E-opt: 0.2 (0.27), width:  16
 Scan time:  3.800

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS41318.1 HECTD3 gene_id:79654|Hs108|chr1        ( 861) 5847 1246.7       0
CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15         (4861)  709 160.3 7.7e-38
CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15         (4834)  645 146.7 9.1e-34
CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7          (1083)  357 85.6 5.4e-16
CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX         (4374)  357 85.8 1.8e-15
CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6          ( 909)  335 80.9 1.2e-14
CCDS4890.1 CUL9 gene_id:23113|Hs108|chr6           (2517)  321 78.1 2.2e-13
CCDS32177.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15         ( 852)  312 76.0 3.2e-13
CCDS45191.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15         ( 872)  312 76.0 3.3e-13
CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15         ( 875)  312 76.0 3.3e-13
CCDS4881.1 CUL7 gene_id:9820|Hs108|chr6            (1698)  312 76.1 5.8e-13
CCDS55003.1 CUL7 gene_id:9820|Hs108|chr6           (1782)  312 76.1 6.1e-13
CCDS11043.1 ZZEF1 gene_id:23140|Hs108|chr17        (2961)  315 76.9 6.1e-13
CCDS7414.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10       ( 776)  285 70.3 1.5e-11
CCDS60591.1 HECTD2 gene_id:143279|Hs108|chr10      ( 780)  285 70.3 1.5e-11
CCDS32707.1 SMURF2 gene_id:64750|Hs108|chr17       ( 748)  283 69.8   2e-11
CCDS34028.1 HERC3 gene_id:8916|Hs108|chr4          (1050)  275 68.2 8.7e-11


>>CCDS41318.1 HECTD3 gene_id:79654|Hs108|chr1             (861 aa)
 initn: 5847 init1: 5847 opt: 5847  Z-score: 6677.8  bits: 1246.7 E(32554):    0
Smith-Waterman score: 5847; 100.0% identity (100.0% similar) in 861 aa overlap (1-861:1-861)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE3 MAGPGPGAVLESPRQLLGRVRFLAEAARSLRAGRPLPAALAFVPREVLYKLYKDPAGPSR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 MAGPGPGAVLESPRQLLGRVRFLAEAARSLRAGRPLPAALAFVPREVLYKLYKDPAGPSR
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE3 VLLPVWEAEGLGLRVGAAGPAPGTGSGPLRAARDSIELRRGACVRTTGEELCNGHGLWVK
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VLLPVWEAEGLGLRVGAAGPAPGTGSGPLRAARDSIELRRGACVRTTGEELCNGHGLWVK
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE3 LTKEQLAEHLGDCGLQEGWLLVCRPAEGGARLVPIDTPNHLQRQQQLFGVDYRPVLRWEQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 LTKEQLAEHLGDCGLQEGWLLVCRPAEGGARLVPIDTPNHLQRQQQLFGVDYRPVLRWEQ
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE3 VVDLTYSHRLGSRPQPAEAYAEAVQRLLYVPPTWTYECDEDLIHFLYDHLGKEDENLGSV
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VVDLTYSHRLGSRPQPAEAYAEAVQRLLYVPPTWTYECDEDLIHFLYDHLGKEDENLGSV
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE3 KQYVESIDVSSYTEEFNVSCLTDSNADTYWESDGSQCQHWVRLTMKKGTIVKKLLLTVDT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 KQYVESIDVSSYTEEFNVSCLTDSNADTYWESDGSQCQHWVRLTMKKGTIVKKLLLTVDT
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE3 TDDNFMPKRVVVYGGEGDNLKKLSDVSIDETLIGDVCVLEDMTVHLPIIEIRIVECRDDG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TDDNFMPKRVVVYGGEGDNLKKLSDVSIDETLIGDVCVLEDMTVHLPIIEIRIVECRDDG
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE3 IDVRLRGVKIKSSRQRELGLNADLFQPTSLVRYPRLEGTDPEVLYRRAVLLQRFIKILDS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IDVRLRGVKIKSSRQRELGLNADLFQPTSLVRYPRLEGTDPEVLYRRAVLLQRFIKILDS
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE3 VLHHLVPAWDHTLGTFSEIKQVKQFLLLSRQRPGLVAQCLRDSESSKPSFMPRLYINRRL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 VLHHLVPAWDHTLGTFSEIKQVKQFLLLSRQRPGLVAQCLRDSESSKPSFMPRLYINRRL
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE3 AMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRYDQWWECKFIAEGIIDQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 AMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRYDQWWECKFIAEGIIDQ
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE3 GGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPSCRDFAKYEW
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPSCRDFAKYEW
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE3 IGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGMDKETF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 IGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGMDKETF
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE3 EFKFGKELTFTTVLSDQQVVELIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEESKEQVAAMQA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 EFKFGKELTFTTVLSDQQVVELIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEESKEQVAAMQA
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE3 GLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSRVQYFWEALNNF
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 GLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSRVQYFWEALNNF
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE3 TNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIYIYPDKLGYETTDALPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS41 TNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIYIYPDKLGYETTDALPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEE
              790       800       810       820       830       840

              850       860 
pF1KE3 KLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
       :::::::::::::::::::::
CCDS41 KLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
              850       860 

>>CCDS45277.1 HERC1 gene_id:8925|Hs108|chr15              (4861 aa)
 initn: 571 init1: 378 opt: 709  Z-score: 792.9  bits: 160.3 E(32554): 7.7e-38
Smith-Waterman score: 711; 30.8% identity (59.2% similar) in 497 aa overlap (377-855:4375-4843)

        350       360       370       380       390       400      
pF1KE3 PIIEIRIVECRDDGIDVRLRGVKIKSSRQRELGLNADLFQPTSLVRYPRLEGTDPEVLYR
                                     .:::  :   :    .:  :. .. ...  
CCDS45 VRQISAGRCHSAAWTAPPVPPRAPGVSVPLQLGL-PDTVPP----QYGALREVSIHTVRA
         4350      4360      4370       4380          4390         

        410       420         430            440       450         
pF1KE3 RAVLLQRFIKILDSV--LHHLVPAWDHTL-----GTFSEIKQVKQFLLLSRQRPGLVAQC
       :  :: .:  .. :   : .: :  ...      ::.. ..   . ::  :     ... 
CCDS45 RLRLLYHFSDLMYSSWRLLNLSPNNQNSTSHYNAGTWGIVQGQLRPLLAPRVYTLPMVRS
    4400      4410      4420      4430      4440      4450         

     460       470       480       490       500       510         
pF1KE3 LRDSESSKPSFMPRLYINRRLAMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYR
       .  .  .  .. :.. . .:.. . : :        . .:.:. . .   .      : :
CCDS45 IGKTMVQGKNYGPQITV-KRISTRGRKC--------KPIFVQIARQVVKLNAS----DLR
    4460      4470       4480              4490      4500          

     520       530       540       550       560       570         
pF1KE3 WPMRYDQWWECKFIAEGIIDQGGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGT
        : :    :. :...::  : :: : :....: .::  . .:  .: :      :    .
CCDS45 LPSRA---WKVKLVGEGADDAGGVFDDTITEMCQELETGIVDLLIPSP------NATAEV
       4510         4520      4530      4540      4550             

     580       590          600       610       620       630      
pF1KE3 GEARDMYVPNPS-CRD--FAKYEWIGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSK
       :  :: .. ::: : :  . .....: :::.:.: :. : : :  .:::::    ..  .
CCDS45 GYNRDRFLFNPSACLDEHLMQFKFLGILMGVAIRTKKPLDLHLAPLVWKQLCCVPLTL-E
      4560      4570      4580      4590      4600      4610       

        640       650        660          670       680       690  
pF1KE3 DFPAVDSVLVKLLE-VMEGMDKETFEFKFGKEL---TFTTVLSDQQVVELIPGGAGIVVG
       :.  :: . :. :. ...  :.   : .: . .   .:.   .: ..: .:::: .: . 
CCDS45 DLEEVDLLYVQTLNSILHIEDSGITEESFHEMIPLDSFVGQSADGKMVPIIPGGNSIPLT
       4620      4630      4640      4650      4660      4670      

            700       710       720       730       740       750  
pF1KE3 YGDRSRFIQLVQKARLEESKEQVAAMQAGLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTVD
       ...:..... . . ::.:  .::::.. :.  .::  .:.::: ..::. ::: ::..:.
CCDS45 FSNRKEYVERAIEYRLHEMDRQVAAVREGMSWIVPVPLLSLLTAKQLEQMVCGMPEISVE
       4680      4690      4700      4710      4720      4730      

            760       770       780       790       800       810  
pF1KE3 ALRKLTRFEDFEPSDSRVQYFWEALNNFTNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIYIYPDKLGYE
       .:.:..:... . . . ::.::..:..:.::.:  :.:::.:::::::      ...   
CCDS45 VLKKVVRYREVDEQHQLVQWFWHTLEEFSNEERVLFMRFVSGRSRLPANTADISQRFQIM
       4740      4750      4760      4770      4780      4790      

                820       830       840       850       860        
pF1KE3 TTD----ALPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEEKLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE       
        .:    .:: :.::   : :: :.:  :  :.::::  :: .:: :             
CCDS45 KVDRPYDSLPTSQTCFFQLRLPPYSSQLVMAERLRYAINNCRSIDMDNYMLSRNVDNAEG
       4800      4810      4820      4830      4840      4850      

CCDS45 SDTDY
       4860 

>>CCDS10021.1 HERC2 gene_id:8924|Hs108|chr15              (4834 aa)
 initn: 719 init1: 314 opt: 645  Z-score: 719.7  bits: 146.7 E(32554): 9.1e-34
Smith-Waterman score: 645; 35.7% identity (64.0% similar) in 339 aa overlap (528-855:4466-4794)

       500       510       520       530       540       550       
pF1KE3 VFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRYDQWWECKFIAEGIIDQGGGFRDSLADMSEELCP
                                     :. ::..:.. : :::. .:.:.. :::  
CCDS10 GPDGTKSVFGQMCAKMSSFGPDSLLLPHRVWKVKFVGESVDDCGGGYSESIAEICEEL--
        4440      4450      4460      4470      4480      4490     

       560       570       580       590          600       610    
pF1KE3 SSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPSCR---DFAKYEWIGQLMGAALRGKEF
       ... ::.    .. : :  . .:  :: :. .:. :     . ....: :.: :.:    
CCDS10 QNGLTPL----LIVTPNGRDESGANRDCYLLSPAARAPVHSSMFRFLGVLLGIAIRTGSP
          4500          4510      4520      4530      4540         

          620       630       640       650       660       670    
pF1KE3 LVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGMDKETFEFKFGKELTFTTVL
       : : :   :::::.:  .. . :.  ::. ..  :  ..  .  . ::. .  : ::.  
CCDS10 LSLNLAEPVWKQLAGMSLTIA-DLSEVDKDFIPGLMYIRDNEATSEEFE-AMSLPFTVPS
    4550      4560      4570       4580      4590       4600       

          680       690       700       710       720       730    
pF1KE3 SDQQVVELIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEESKEQVAAMQAGLLKVVPQAVLDLL
       .. : ..:    . :..   .:.....:. . ::.:  :::::.. :. .:::  .:.:.
CCDS10 ASGQDIQLSSKHTHITL--DNRAEYVRLAINYRLHEFDEQVAAVREGMARVVPVPLLSLF
      4610      4620        4630      4640      4650      4660     

          740       750       760       770       780       790    
pF1KE3 TWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSRVQYFWEALNNFTNEDRSRFLRFVTG
       :  :::  :::.:.. .  :.... .. .::: : .:.:::....:.: .:: ::::: :
CCDS10 TGYELETMVCGSPDIPLHLLKSVATYKGIEPSASLIQWFWEVMESFSNTERSLFLRFVWG
        4670      4680      4690      4700      4710      4720     

                 800       810        820       830       840      
pF1KE3 RSRLP-------ARIYIYPDKLGYETTDA-LPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEEKLRYAA
       :.:::       .: ..      :.  :  :::: ::   : ::.:.  .: ::::.:: 
CCDS10 RTRLPRTIADFRGRDFVIQVLDKYNPPDHFLPESYTCFFLLKLPRYSCKQVLEEKLKYAI
        4730      4740      4750      4760      4770      4780     

        850       860                                   
pF1KE3 YNCVAIDTDMSPWEE                                  
       . : .::::                                        
CCDS10 HFCKSIDTDDYARIALTGEPAADDSSDDSDNEDVDSFASDSTQDYLTGH
        4790      4800      4810      4820      4830    

>>CCDS34789.1 UBE3C gene_id:9690|Hs108|chr7               (1083 aa)
 initn: 242 init1:  93 opt: 357  Z-score: 400.7  bits: 85.6 E(32554): 5.4e-16
Smith-Waterman score: 369; 27.7% identity (57.6% similar) in 375 aa overlap (495-851:729-1078)

          470       480       490       500       510       520    
pF1KE3 SSKPSFMPRLYINRRLAMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRY
                                     .: .. ..:. :.: .   .: : .  .: 
CCDS34 VKIFQRLIYADKQEVQGDGPFLDGINVTIRRNYIYEDAYDKLSPEN---EP-DLKKRIRV
      700       710       720       730       740           750    

          530       540       550       560       570       580    
pF1KE3 DQWWECKFIAEGIIDQGGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARD
        .  . . . :. :: :: ::. :    .::  :. .   :   : .:.:.:        
CCDS34 -HLLNAHGLDEAGIDGGGIFREFL----NELLKSGFN---PNQGFFKTTNEG--------
           760       770           780          790                

          590             600       610       620       630        
pF1KE3 MYVPNPSCR-----DFAK-YEWIGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWS-KD
       .  :::. .     .::. : ..:...: ::  . .. : . ::  ..: :  .. . . 
CCDS34 LLYPNPAAQMLVGDSFARHYYFLGRMLGKALYENMLVELPFAGFFLSKLLGTSADVDIHH
      800       810       820       830       840       850        

       640       650       660       670          680       690    
pF1KE3 FPAVDSVLVKLLEVMEGMDKETFEFKFGKELTFTTV---LSDQQVVELIPGGAGIVVGYG
       . ..:  . : :  ..... .. :.     :.::.:   :.. :::::  ::  : :  .
CCDS34 LASLDPEVYKNLLFLKSYEDDVEELG----LNFTVVNNDLGEAQVVELKFGGKDIPVTSA
      860       870       880           890       900       910    

          700       710        720       730       740        750  
pF1KE3 DRSRFIQLVQKARLEES-KEQVAAMQAGLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDP-EVTVD
       .:  .:.::   ::... ...  :.. :: .::    : ..  ::..  . :    ....
CCDS34 NRIAYIHLVADYRLNRQIRQHCLAFRQGLANVVSLEWLRMFDQQEIQVLISGAQVPISLE
          920       930       940       950       960       970    

            760       770        780       790       800           
pF1KE3 ALRKLTRFEDFEPSDSRV-QYFWEALNNFTNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIY--IYPD--
        :...: .     .:  : . ::.....::.:.. ..:.:::. :: :   .  .::   
CCDS34 DLKSFTNYSGGYSADHPVIKVFWRVVEGFTDEEKRKLLKFVTSCSRPPLLGFKELYPAFC
          980       990      1000      1010      1020      1030    

        810       820       830       840       850       860 
pF1KE3 -KLGYETTDALPESSTCSSTLFLPHYASAKVCEEKLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
        . :    . :: .::: . : ::.. .  . . :: ::  .:.:          
CCDS34 IHNGGSDLERLPTASTCMNLLKLPEFYDETLLRSKLLYAI-ECAAGFELS     
         1040      1050      1060      1070       1080        

>>CCDS35301.1 HUWE1 gene_id:10075|Hs108|chrX              (4374 aa)
 initn: 285 init1: 234 opt: 357  Z-score: 391.2  bits: 85.8 E(32554): 1.8e-15
Smith-Waterman score: 393; 26.5% identity (57.5% similar) in 358 aa overlap (510-849:4029-4367)

     480       490       500       510       520       530         
pF1KE3 LAMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKYEKPLDYRWPMRYDQWWECKFIAEGIID
                                     :.: . :  . : .. .     : .:   :
CCDS35 KYFRQELERLDEGLRKEDMAVHVRRDHVFEDSY-RELHRKSPEEMKNRLYIVFEGEEGQD
     4000      4010      4020      4030       4040      4050       

     540       550       560       570       580       590         
pF1KE3 QGGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPS--CRD--F
        :: .:.    .:.:.         :.  . ::.  :.     :  :. :::  :    .
CCDS35 AGGLLREWYMIISREMFN-------PMYALFRTS-PGD-----RVTYTINPSSHCNPNHL
      4060      4070             4080            4090      4100    

         600       610       620       630       640       650     
pF1KE3 AKYEWIGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGM
       . ....:.... :.  ...:   .    .:.. :. : .. :. . :  . . :  .   
CCDS35 SYFKFVGRIVAKAVYDNRLLECYFTRSFYKHILGKSVRYT-DMESEDYHFYQGLVYLLEN
         4110      4120      4130      4140       4150      4160   

         660       670       680          690       700       710  
pF1KE3 DKETFEFKFGKELTFTTVLSDQQVVE---LIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEES-
       :  :.    : .:::.: ...  : :   : :.::.:.:   .......:: . :.  . 
CCDS35 DVSTL----GYDLTFSTEVQEFGVCEVRDLKPNGANILVTEENKKEYVHLVCQMRMTGAI
              4170      4180      4190      4200      4210         

             720       730       740       750       760       770 
pF1KE3 KEQVAAMQAGLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTVDALRKLTRFEDFEPSDSRVQ
       ..:.::.  :. ...:. .....: ::::  . : : . .: :.. :... .. .. ..:
CCDS35 RKQLAAFLEGFYEIIPKRLISIFTEQELELLISGLPTIDIDDLKSNTEYHKYQSNSIQIQ
    4220      4230      4240      4250      4260      4270         

             780       790       800        810                820 
pF1KE3 YFWEALNNFTNEDRSRFLRFVTGRSRLPARIYIYPDKL-GYE---------TTDALPESS
       .::.:: .: . ::..::.:::: :..: . .   . . : .         .:: :: . 
CCDS35 WFWRALRSFDQADRAKFLQFVTGTSKVPLQGFAALEGMNGIQKFQIHRDDRSTDRLPSAH
    4280      4290      4300      4310      4320      4330         

             830       840       850       860 
pF1KE3 TCSSTLFLPHYASAKVCEEKLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
       :: . : :: : : .  .. :  :  .:            
CCDS35 TCFNQLDLPAYESFEKLRHMLLLAIQECSEGFGLA     
    4340      4350      4360      4370         

>>CCDS5050.1 HACE1 gene_id:57531|Hs108|chr6               (909 aa)
 initn: 262 init1: 102 opt: 335  Z-score: 376.7  bits: 80.9 E(32554): 1.2e-14
Smith-Waterman score: 382; 28.6% identity (60.9% similar) in 297 aa overlap (568-849:615-901)

       540       550       560       570       580       590       
pF1KE3 IDQGGGFRDSLADMSEELCPSSADTPVPLPFFVRTANQGNGTGEARDMYVPNPSCRDFAK
                                     .:...:. :.      . :: ::.  ..  
CCDS50 RFHGEEGMGQGVVREWFDILSNEIVNPDYALFTQSAD-GTTFQPNSNSYV-NPDHLNY--
          590       600       610       620        630        640  

       600       610       620       630       640       650       
pF1KE3 YEWIGQLMGAALRGKEFLVLALPGFVWKQLSGEEVSWSKDFPAVDSVLVKLLEVMEGMDK
       ... ::..: ::  .... . .    .:.. :  :.. .:  ..:   .: :. .  .:.
CCDS50 FRFAGQILGLALNHRQLVNIYFTRSFYKHILGIPVNY-QDVASIDPEYAKNLQWI--LDN
              650       660       670        680       690         

       660       670          680       690       700       710    
pF1KE3 ETFEFKFGKELTF---TTVLSDQQVVELIPGGAGIVVGYGDRSRFIQLVQKARLEES-KE
       .  .  .: ::::   : :.. .. : : :::..:.:  .......::: . :. .. . 
CCDS50 DISD--LGLELTFSVETDVFGAMEEVPLKPGGGSILVTQNNKAEYVQLVTELRMTRAIQP
       700         710       720       730       740       750     

           720       730       740       750        760       770  
pF1KE3 QVAAMQAGLLKVVPQAVLDLLTWQELEKKVCGDPEVTV-DALRKLTRFEDFEPSDSRVQY
       :. :.  :.   .: ....:.   :::  . : ::. : : ...      .:  :  .:.
CCDS50 QINAFLQGFHMFIPPSLIQLFDEYELELLLSGMPEIDVSDWIKNTEYTSGYEREDPVIQW
         760       770       780       790       800       810     

            780       790           800       810             820  
pF1KE3 FWEALNNFTNEDRSRFLRFVTGRSRLP----ARIYIYPDKLGYE------TTDALPESST
       :::.....:.:.:  .:.:::: ::.:    : :.      ..       : . :: :::
CCDS50 FWEVVEDITQEERVLLLQFVTGSSRVPHGGFANIMGGSGLQNFTIAAVPYTPNLLPTSST
         820       830       840       850       860       870     

            830       840       850       860 
pF1KE3 CSSTLFLPHYASAKVCEEKLRYAAYNCVAIDTDMSPWEE
       : . : ::.: : .. ...:  .: .:            
CCDS50 CINMLKLPEYPSKEILKDRL-LVALHCGSYGYTMA    
         880       890        900             

>>CCDS4890.1 CUL9 gene_id:23113|Hs108|chr6                (2517 aa)
 initn: 310 init1: 207 opt: 321  Z-score: 353.8  bits: 78.1 E(32554): 2.2e-13
Smith-Waterman score: 330; 24.7% identity (51.0% similar) in 469 aa overlap (245-701:1171-1579)

          220       230       240       250       260       270    
pF1KE3 TYECDEDLIHFLYDHLGKEDENLGSVKQYVESIDVSSYTEEFNVSCLTDSNADTYWESDG
                                     :...:::  .   .: ::: :  :::::.:
CCDS48 HQPINIPFFDVFLRHLCQGSSVEVKEDKCWEKVEVSS--NPHRASKLTDHNPKTYWESNG
             1150      1160      1170        1180      1190        

          280       290       300       310       320         330  
pF1KE3 SQCQHWVRLTMKKGTIVKKLLLTVDTTDDNFMPKRVVVYGGEGDNL--KKLSDVSIDETL
       :  .:.. : :..:..:..: : : . :...:: ::::.::.. .    .:. :..  . 
CCDS48 STGSHYITLHMHRGVLVRQLTLLVASEDSSYMPARVVVFGGDSTSCIGTELNTVNVMPS-
     1200      1210      1220      1230      1240      1250        

            340       350       360       370       380       390  
pF1KE3 IGDVCVLEDMTVHLPIIEIRIVECRDDGIDVRLRGVKIKSSRQRELGLNADLFQPTSLVR
        . : .::...   :::.::: .:.. :::.:.:::..       ::     : :  : :
CCDS48 ASRVILLENLNRFWPIIQIRIKRCQQGGIDTRVRGVEV-------LG-PKPTFWP--LFR
      1260      1270      1280      1290              1300         

            400       410       420       430       440       450  
pF1KE3 YPRLEGTDPEVLYRRAVLLQRFIKILDSVLHHLVPAWDHTLGTFSEIKQVKQFLLLSRQR
                : : ::. :   :  :        . ::.. ..     .. ...: :    
CCDS48 ---------EQLCRRTCL---FYTIR-------AQAWSRDIA-----EDHRRLLQLC---
               1310         1320             1330           1340   

            460       470       480       490       500       510  
pF1KE3 PGLVAQCLRDSESSKPSFMPRLYINRRLAMEHRACPSRDPACKNAVFTQVYEGLKPSDKY
       : :  . ::  ..    :.:          . .:  .   .: .:. . . ...   :  
CCDS48 PRL-NRVLRHEQNFADRFLP----------DDEAAQALGKTCWEALVSPLVQNITSPDA-
              1350                1360      1370      1380         

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           ..:   . : .  .:. : :....       : ......:: :. .:.      . 
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       . :::  :   :. .: ..                                         
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>>CCDS45192.1 UBE3A gene_id:7337|Hs108|chr15              (875 aa)
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861 residues in 1 query   sequences
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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