Result of FASTA (ccds) for pFN21AE4270
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448

Query: pF1KE4270, 1125 aa
  1>>>pF1KE4270 1125 - 1125 aa - 1125 aa
Library: human.CCDS.faa
  18511270 residues in 32554 sequences

Statistics:  Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.8222+/-0.00111; mu= -6.4704+/- 0.067
 mean_var=383.7001+/-77.990, 0's: 0 Z-trim(114.3): 47  B-trim: 0 in 0/51
 Lambda= 0.065475
 statistics sampled from 14841 (14878) to 14841 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
 ktup: 2, E-join: 1 (0.751), E-opt: 0.2 (0.457), width:  16
 Scan time:  4.700

The best scores are:                                      opt bits E(32554)
CCDS72987.1 RC3H1 gene_id:149041|Hs108|chr1        (1125) 7669 739.4 1.1e-212
CCDS30940.1 RC3H1 gene_id:149041|Hs108|chr1        (1133) 7106 686.2 1.1e-196
CCDS48014.1 RC3H2 gene_id:54542|Hs108|chr9         (1064) 2710 271.0   1e-71
CCDS43874.1 RC3H2 gene_id:54542|Hs108|chr9         (1191) 2710 271.0 1.1e-71


>>CCDS72987.1 RC3H1 gene_id:149041|Hs108|chr1             (1125 aa)
 initn: 7669 init1: 7669 opt: 7669  Z-score: 3932.1  bits: 739.4 E(32554): 1.1e-212
Smith-Waterman score: 7669; 100.0% identity (100.0% similar) in 1125 aa overlap (1-1125:1-1125)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MPVQAPQWTDFLSCPICTQTFDETIRKPISLGCGHTVCKMCLNKLHRKACPFDQTTINTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MPVQAPQWTDFLSCPICTQTFDETIRKPISLGCGHTVCKMCLNKLHRKACPFDQTTINTD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 IELLPVNSALLQLVGAQVPEQQPITLCSGVEDTKHYEEAKKCVEELALYLKPLSSARGVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 IELLPVNSALLQLVGAQVPEQQPITLCSGVEDTKHYEEAKKCVEELALYLKPLSSARGVG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 LNSTTQSVLSRPMQRKLVTLVHCQLVEEEGRIRAMRAARSLGERTVTELILQHQNPQQLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 LNSTTQSVLSRPMQRKLVTLVHCQLVEEEGRIRAMRAARSLGERTVTELILQHQNPQQLS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 SNLWAAVRARGCQFLGPAMQEEALKLVLLALEDGSALSRKVLVLFVVQRLEPRFPQASKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SNLWAAVRARGCQFLGPAMQEEALKLVLLALEDGSALSRKVLVLFVVQRLEPRFPQASKT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 SIGHVVQLLYRASCFKVTKRDEDSSLMQLKEEFRTYEALRREHDSQIVQIAMEAGLRIAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 SIGHVVQLLYRASCFKVTKRDEDSSLMQLKEEFRTYEALRREHDSQIVQIAMEAGLRIAP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 DQWSSLLYGDQSHKSHMQSIIDKLQTPASFAQSVQELTIALQRTGDPANLNRLRPHLELL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 DQWSSLLYGDQSHKSHMQSIIDKLQTPASFAQSVQELTIALQRTGDPANLNRLRPHLELL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 ANIDPSPDAPPPTWEQLENGLVAVRTVVHGLVDYIQNHSKKGADQQQPPQHSKYKTYMCR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ANIDPSPDAPPPTWEQLENGLVAVRTVVHGLVDYIQNHSKKGADQQQPPQHSKYKTYMCR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE4 DMKQRGGCPRGASCTFAHSQEELEKFRKMNKRLVPRRPLSASLGQLNEVGLPSAAILPDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 DMKQRGGCPRGASCTFAHSQEELEKFRKMNKRLVPRRPLSASLGQLNEVGLPSAAILPDE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE4 GAVDLPSRKPPALPNGIVSTGNTVTQLIPRGTDPSYDSSLKPGKIDHLSSSAPGSPPDLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GAVDLPSRKPPALPNGIVSTGNTVTQLIPRGTDPSYDSSLKPGKIDHLSSSAPGSPPDLL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE4 ESVPKSISALPVNPHSIPPRGPADLPPMPVTKPLQMVPRGSQLYPAQQTDVYYQDPRGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 ESVPKSISALPVNPHSIPPRGPADLPPMPVTKPLQMVPRGSQLYPAQQTDVYYQDPRGAA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE4 PPFEPAPYQQGMYYTPPPQCVSRFVRPPPSAPEPAPPYLDHYPPYLQERVVNSQYGTQPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 PPFEPAPYQQGMYYTPPPQCVSRFVRPPPSAPEPAPPYLDHYPPYLQERVVNSQYGTQPQ
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE4 QYPPIYPSHYDGRRVYPAPSYTREEIFRESPIPIEIPPAAVPSYVPESRERYQQIESYYP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 QYPPIYPSHYDGRRVYPAPSYTREEIFRESPIPIEIPPAAVPSYVPESRERYQQIESYYP
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE4 VAPHPTQIRPSYLREPPYSRLPPPPQPHPSLDELHRRRKEIMAQLEERKVISPPPFAPSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 VAPHPTQIRPSYLREPPYSRLPPPPQPHPSLDELHRRRKEIMAQLEERKVISPPPFAPSP
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE4 TLPPTFHPEEFLDEDLKVAGKYKGNDYSQYSPWSCDTIGSYIGTKDAKPKDVVAAGSVEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 TLPPTFHPEEFLDEDLKVAGKYKGNDYSQYSPWSCDTIGSYIGTKDAKPKDVVAAGSVEM
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE4 MNVESKGMRDQRLDLQRRAAETSDDDLIPFGDRPTVSRFGAISRTSKTIYQGAGPMQAMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 MNVESKGMRDQRLDLQRRAAETSDDDLIPFGDRPTVSRFGAISRTSKTIYQGAGPMQAMA
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE4 PQGAPTKSINISDYSPYGTHGGWGASPYSPHQNIPSQGHFSERERISMSEVASHGKPLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 PQGAPTKSINISDYSPYGTHGGWGASPYSPHQNIPSQGHFSERERISMSEVASHGKPLPS
              910       920       930       940       950       960

              970       980       990      1000      1010      1020
pF1KE4 AEREQLRLELQQLNHQISQQTQLRGLEREANTLAGQSQPPPPPPPKWPGMISSEQLSLEL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 AEREQLRLELQQLNHQISQQTQLRGLEREANTLAGQSQPPPPPPPKWPGMISSEQLSLEL
              970       980       990      1000      1010      1020

             1030      1040      1050      1060      1070      1080
pF1KE4 HQVEREIGKRTRELSMENQCSLDMKSKLNTSKQAENGQPEPQNKVPAEDLTLTFSSDVPN
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 HQVEREIGKRTRELSMENQCSLDMKSKLNTSKQAENGQPEPQNKVPAEDLTLTFSSDVPN
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

             1090      1100      1110      1120     
pF1KE4 GSALTQENISLLSNKTSSLNLSEDPEGGGDNNDSQRSGVTPSSAP
       :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS72 GSALTQENISLLSNKTSSLNLSEDPEGGGDNNDSQRSGVTPSSAP
             1090      1100      1110      1120     

>>CCDS30940.1 RC3H1 gene_id:149041|Hs108|chr1             (1133 aa)
 initn: 7117 init1: 6766 opt: 7106  Z-score: 3644.6  bits: 686.2 E(32554): 1.1e-196
Smith-Waterman score: 7624; 99.1% identity (99.1% similar) in 1134 aa overlap (1-1125:1-1133)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MPVQAPQWTDFLSCPICTQTFDETIRKPISLGCGHTVCKMCLNKLHRKACPFDQTTINTD
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MPVQAPQWTDFLSCPICTQTFDETIRKPISLGCGHTVCKMCLNKLHRKACPFDQTTINTD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 IELLPVNSALLQLVGAQVPEQQPITLCSGVEDTKHYEEAKKCVEELALYLKPLSSARGVG
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 IELLPVNSALLQLVGAQVPEQQPITLCSGVEDTKHYEEAKKCVEELALYLKPLSSARGVG
               70        80        90       100       110       120

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 LNSTTQSVLSRPMQRKLVTLVHCQLVEEEGRIRAMRAARSLGERTVTELILQHQNPQQLS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LNSTTQSVLSRPMQRKLVTLVHCQLVEEEGRIRAMRAARSLGERTVTELILQHQNPQQLS
              130       140       150       160       170       180

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 SNLWAAVRARGCQFLGPAMQEEALKLVLLALEDGSALSRKVLVLFVVQRLEPRFPQASKT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SNLWAAVRARGCQFLGPAMQEEALKLVLLALEDGSALSRKVLVLFVVQRLEPRFPQASKT
              190       200       210       220       230       240

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 SIGHVVQLLYRASCFKVTKRDEDSSLMQLKEEFRTYEALRREHDSQIVQIAMEAGLRIAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SIGHVVQLLYRASCFKVTKRDEDSSLMQLKEEFRTYEALRREHDSQIVQIAMEAGLRIAP
              250       260       270       280       290       300

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 DQWSSLLYGDQSHKSHMQSIIDKLQTPASFAQSVQELTIALQRTGDPANLNRLRPHLELL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 DQWSSLLYGDQSHKSHMQSIIDKLQTPASFAQSVQELTIALQRTGDPANLNRLRPHLELL
              310       320       330       340       350       360

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 ANIDPSPDAPPPTWEQLENGLVAVRTVVHGLVDYIQNHSKKGADQQQPPQHSKYKTYMCR
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ANIDPSPDAPPPTWEQLENGLVAVRTVVHGLVDYIQNHSKKGADQQQPPQHSKYKTYMCR
              370       380       390       400       410       420

              430       440       450       460       470       480
pF1KE4 DMKQRGGCPRGASCTFAHSQEELEKFRKMNKRLVPRRPLSASLGQLNEVGLPSAAILPDE
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 DMKQRGGCPRGASCTFAHSQEELEKFRKMNKRLVPRRPLSASLGQLNEVGLPSAAILPDE
              430       440       450       460       470       480

              490       500       510       520       530       540
pF1KE4 GAVDLPSRKPPALPNGIVSTGNTVTQLIPRGTDPSYDSSLKPGKIDHLSSSAPGSPPDLL
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 GAVDLPSRKPPALPNGIVSTGNTVTQLIPRGTDPSYDSSLKPGKIDHLSSSAPGSPPDLL
              490       500       510       520       530       540

              550       560       570       580       590       600
pF1KE4 ESVPKSISALPVNPHSIPPRGPADLPPMPVTKPLQMVPRGSQLYPAQQTDVYYQDPRGAA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 ESVPKSISALPVNPHSIPPRGPADLPPMPVTKPLQMVPRGSQLYPAQQTDVYYQDPRGAA
              550       560       570       580       590       600

              610       620       630       640       650       660
pF1KE4 PPFEPAPYQQGMYYTPPPQCVSRFVRPPPSAPEPAPPYLDHYPPYLQERVVNSQYGTQPQ
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PPFEPAPYQQGMYYTPPPQCVSRFVRPPPSAPEPAPPYLDHYPPYLQERVVNSQYGTQPQ
              610       620       630       640       650       660

              670       680       690       700       710       720
pF1KE4 QYPPIYPSHYDGRRVYPAPSYTREEIFRESPIPIEIPPAAVPSYVPESRERYQQIESYYP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 QYPPIYPSHYDGRRVYPAPSYTREEIFRESPIPIEIPPAAVPSYVPESRERYQQIESYYP
              670       680       690       700       710       720

              730       740       750       760       770       780
pF1KE4 VAPHPTQIRPSYLREPPYSRLPPPPQPHPSLDELHRRRKEIMAQLEERKVISPPPFAPSP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 VAPHPTQIRPSYLREPPYSRLPPPPQPHPSLDELHRRRKEIMAQLEERKVISPPPFAPSP
              730       740       750       760       770       780

              790       800       810       820       830       840
pF1KE4 TLPPTFHPEEFLDEDLKVAGKYKGNDYSQYSPWSCDTIGSYIGTKDAKPKDVVAAGSVEM
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 TLPPTFHPEEFLDEDLKVAGKYKGNDYSQYSPWSCDTIGSYIGTKDAKPKDVVAAGSVEM
              790       800       810       820       830       840

              850       860       870       880       890       900
pF1KE4 MNVESKGMRDQRLDLQRRAAETSDDDLIPFGDRPTVSRFGAISRTSKTIYQGAGPMQAMA
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 MNVESKGMRDQRLDLQRRAAETSDDDLIPFGDRPTVSRFGAISRTSKTIYQGAGPMQAMA
              850       860       870       880       890       900

              910       920       930       940       950       960
pF1KE4 PQGAPTKSINISDYSPYGTHGGWGASPYSPHQNIPSQGHFSERERISMSEVASHGKPLPS
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 PQGAPTKSINISDYSPYGTHGGWGASPYSPHQNIPSQGHFSERERISMSEVASHGKPLPS
              910       920       930       940       950       960

              970       980                990      1000      1010 
pF1KE4 AEREQLRLELQQLNHQISQQTQLRGLE---------REANTLAGQSQPPPPPPPKWPGMI
       :::::::::::::::::::::::::::         ::::::::::::::::::::::::
CCDS30 AEREQLRLELQQLNHQISQQTQLRGLEAVSNRLVLQREANTLAGQSQPPPPPPPKWPGMI
              970       980       990      1000      1010      1020

            1020      1030      1040      1050      1060      1070 
pF1KE4 SSEQLSLELHQVEREIGKRTRELSMENQCSLDMKSKLNTSKQAENGQPEPQNKVPAEDLT
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 SSEQLSLELHQVEREIGKRTRELSMENQCSLDMKSKLNTSKQAENGQPEPQNKVPAEDLT
             1030      1040      1050      1060      1070      1080

            1080      1090      1100      1110      1120     
pF1KE4 LTFSSDVPNGSALTQENISLLSNKTSSLNLSEDPEGGGDNNDSQRSGVTPSSAP
       :::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS30 LTFS-DVPNGSALTQENISLLSNKTSSLNLSEDPEGGGDNNDSQRSGVTPSSAP
              1090      1100      1110      1120      1130   

>>CCDS48014.1 RC3H2 gene_id:54542|Hs108|chr9              (1064 aa)
 initn: 2936 init1: 1939 opt: 2710  Z-score: 1400.8  bits: 271.0 E(32554): 1e-71
Smith-Waterman score: 3434; 53.8% identity (73.2% similar) in 1092 aa overlap (1-1046:1-1055)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MPVQAPQWTDFLSCPICTQTFDETIRKPISLGCGHTVCKMCLNKLHRKACPFDQTTINTD
       ::::: :::.::::::: . :::...:::::::.::::: :::::::::::::::.::::
CCDS48 MPVQAAQWTEFLSCPICYNEFDENVHKPISLGCSHTVCKTCLNKLHRKACPFDQTAINTD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 IELLPVNSALLQLVGAQVPEQQPITLCSGVEDTKHYEEAKKCVEELALYLKPLSSARGVG
       :..:::: :::::::::::..: : : :.. ..:::: ::::::.:::::::::...::.
CCDS48 IDVLPVNFALLQLVGAQVPDHQSIKL-SNLGENKHYEVAKKCVEDLALYLKPLSGGKGVA
               70        80         90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 LNSTTQSVLSRPMQRKLVTLVHCQLVEEEGRIRAMRAARSLGERTVTELILQHQNPQQLS
         : .::.:::::::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 --SLNQSALSRPMQRKLVTLVNCQLVEEEGRVRAMRAARSLGERTVTELILQHQNPQQLS
       120       130       140       150       160       170       

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 SNLWAAVRARGCQFLGPAMQEEALKLVLLALEDGSALSRKVLVLFVVQRLEPRFPQASKT
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS48 ANLWAAVRARGCQFLGPAMQEEALKLVLLALEDGSALSRKVLVLFVVQRLEPRFPQASKT
       180       190       200       210       220       230       

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 SIGHVVQLLYRASCFKVTKRDEDSSLMQLKEEFRTYEALRREHDSQIVQIAMEAGLRIAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::.:::::::::.:
CCDS48 SIGHVVQLLYRASCFKVTKRDEDSSLMQLKEEFRSYEALRREHDAQIVHIAMEAGLRISP
       240       250       260       270       280       290       

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 DQWSSLLYGDQSHKSHMQSIIDKLQTPASFAQSVQELTIALQRTGDPANLNRLRPHLELL
       .::::::::: .:::::::::::::.: :::.:::::::.::::::::::::::::::::
CCDS48 EQWSSLLYGDLAHKSHMQSIIDKLQSPESFAKSVQELTIVLQRTGDPANLNRLRPHLELL
       300       310       320       330       340       350       

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 ANIDPSPDAPPPTWEQLENGLVAVRTVVHGLVDYIQNHSKKGADQQQPPQHSKYKTYMCR
       :::::.:::  ::::::::..:::.::::::::.:::.:.:: .  ::  .::::: :::
CCDS48 ANIDPNPDAVSPTWEQLENAMVAVKTVVHGLVDFIQNYSRKGHETPQPQPNSKYKTSMCR
       360       370       380       390       400       410       

              430       440       450          460       470       
pF1KE4 DMKQRGGCPRGASCTFAHSQEELEKFRKMNKRL---VPRRPLSASLGQLNEVGLPSAAIL
       :..:.::::::..::::::::::::.:  ::..   :   ::  ..:  : :   .. ..
CCDS48 DLRQQGGCPRGTNCTFAHSQEELEKYRLRNKKINATVRTFPLLNKVGVNNTVTTTAGNVI
       420       430       440       450       460       470       

       480       490       500       510          520       530    
pF1KE4 PDEGAVDLPSRKPPALPNGIVSTGNTVTQLIPRGTDPSY---DSSLKPGKIDHLSSSAPG
          :...  ..  :.  ::: .. :.:.::: :.:: .    ..  : ::.   ...: :
CCDS48 SVIGSTETTGKIVPST-NGISNAENSVSQLISRSTDSTLRALETVKKVGKVGANGQNAAG
       480       490        500       510       520       530      

           540       550       560       570       580         590 
pF1KE4 SPPD-LLESVPKSISALPVNPHSIPPRGPADLPPMPVTKPLQMVPRGSQL--YPAQQTDV
          : . :.   :    ::.  .    ::...     . : .  :  ...  :: .. ..
CCDS48 PSADSVTENKIGSPPKTPVSNVAATSAGPSNVGTELNSVPQKSSPFLTRVPVYPPHSENI
        540       550       560       570       580       590      

              600       610              620           630         
pF1KE4 -YYQDPRGAAPPFEPAPYQQGMYYTPPPQ-------CVSRFVR----PPPSAPEPAPPYL
        :.::::   : ::   : :  :: :::        :: ::::    :  : :  . :: 
CCDS48 QYFQDPRTQIP-FEVPQYPQTGYYPPPPTVPAGVAPCVPRFVRSNNVPESSLPPASMPYA
        600        610       620       630       640       650     

     640        650       660               670       680       690
pF1KE4 DHYPPYL-QERVVNSQYGTQPQQ----YPPI----YPSHYDGRRVYPAPSYTREEIFRES
       :::  .  ..:. .: :   : :     ::.    :   ::.::..  : : :..:.: .
CCDS48 DHYSTFSPRDRMNSSPYQPPPPQPYGPVPPVPSGMYAPVYDSRRIWRPPMYQRDDIIRSN
         660       670       680       690       700       710     

               700       710       720       730       740         
pF1KE4 PIP-IEIPPAAVPSYVPESRERYQQIESYYPVAPHPTQIRPSYLREPPYSRLPPPPQP--
        .: ...  ..:  :    ::::.....:: :: .:    ::     : . .: : .:  
CCDS48 SLPPMDVMHSSV--YQTSLRERYNSLDGYYSVACQP----PS----EPRTTVPLPREPCG
         720         730       740           750           760     

         750       760          770        780        790       800
pF1KE4 H--PSLDELHRRRKEIMAQLEERK---VISPPPFAP-SPTLP-PTFHPEEFLDEDLKVAG
       :   : .:  ::. .  :: . .:   : :  : :  ::: : : :  .   : . .:.:
CCDS48 HLKTSCEEQIRRKPDQWAQYHTQKAPLVSSTLPVATQSPTPPSPLFSVDFRADFSESVSG
         770       780       790       800       810       820     

               810       820       830       840         850       
pF1KE4 -KYKGNDYSQYSPWSCDTIGSYIGTKDAKPKDVVAAGSVEMMNVESKGM--RDQRLDLQR
        :.. .  :.:::::: :::: :.. :..::::.: ... .:...:  .  : . .. ::
CCDS48 TKFEEDHLSHYSPWSCGTIGSCINAIDSEPKDVIANSNAVLMDLDSGDVKRRVHLFETQR
         830       840       850       860       870       880     

       860       870       880       890       900       910       
pF1KE4 RAAETSDDDLIPFGDRPTVSRFGAISRTSKTIYQGAGPMQAMAPQGAPTKSINISDYSPY
       :. :  .: .:::.: : .:..:::::.:.: :. . :.:: : ::. :: :..::: ::
CCDS48 RTKE--EDPIIPFSDGPIISKWGAISRSSRTGYHTTDPVQATASQGSATKPISVSDYVPY
           890       900       910       920       930       940   

         920       930       940       950       960       970     
pF1KE4 --GTHGGWGASPYSPHQNIPSQGHFSERERISMSEVASHGKPLPSAEREQLRLELQQLNH
         .. . :  : :.  ..  :..:. ::.:. ......: :   :.  . : :::::   
CCDS48 VNAVDSRW--SSYG--NEATSSAHYVERDRFIVTDLSGHRKH--SSTGDLLSLELQQ---
           950           960       970       980         990       

         980       990      1000      1010      1020       1030    
pF1KE4 QISQQTQLRGLEREANTLAGQSQPPPPPPPKWPGMISSEQLSLELHQVEREI-GKRTREL
         .....:  :.::::.:: :.        :: ..  ...:.:.: . : :. . ....:
CCDS48 --AKSNSLL-LQREANALAMQQ--------KWNSLDEGRHLTLNLLSKEIELRNGEVKKL
           1000       1010              1020      1030      1040   

         1040      1050      1060      1070      1080      1090    
pF1KE4 SMENQCSLDMKSKLNTSKQAENGQPEPQNKVPAEDLTLTFSSDVPNGSALTQENISLLSN
       ..  .: . . :                                                
CCDS48 NLSASCLMYLFSAAASWLYHY                                       
          1050      1060                                           

>>CCDS43874.1 RC3H2 gene_id:54542|Hs108|chr9              (1191 aa)
 initn: 2936 init1: 1939 opt: 2710  Z-score: 1400.1  bits: 271.0 E(32554): 1.1e-71
Smith-Waterman score: 3444; 52.7% identity (72.3% similar) in 1138 aa overlap (1-1084:1-1099)

               10        20        30        40        50        60
pF1KE4 MPVQAPQWTDFLSCPICTQTFDETIRKPISLGCGHTVCKMCLNKLHRKACPFDQTTINTD
       ::::: :::.::::::: . :::...:::::::.::::: :::::::::::::::.::::
CCDS43 MPVQAAQWTEFLSCPICYNEFDENVHKPISLGCSHTVCKTCLNKLHRKACPFDQTAINTD
               10        20        30        40        50        60

               70        80        90       100       110       120
pF1KE4 IELLPVNSALLQLVGAQVPEQQPITLCSGVEDTKHYEEAKKCVEELALYLKPLSSARGVG
       :..:::: :::::::::::..: : : :.. ..:::: ::::::.:::::::::...::.
CCDS43 IDVLPVNFALLQLVGAQVPDHQSIKL-SNLGENKHYEVAKKCVEDLALYLKPLSGGKGVA
               70        80         90       100       110         

              130       140       150       160       170       180
pF1KE4 LNSTTQSVLSRPMQRKLVTLVHCQLVEEEGRIRAMRAARSLGERTVTELILQHQNPQQLS
         : .::.:::::::::::::.:::::::::.::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 --SLNQSALSRPMQRKLVTLVNCQLVEEEGRVRAMRAARSLGERTVTELILQHQNPQQLS
       120       130       140       150       160       170       

              190       200       210       220       230       240
pF1KE4 SNLWAAVRARGCQFLGPAMQEEALKLVLLALEDGSALSRKVLVLFVVQRLEPRFPQASKT
       .:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS43 ANLWAAVRARGCQFLGPAMQEEALKLVLLALEDGSALSRKVLVLFVVQRLEPRFPQASKT
       180       190       200       210       220       230       

              250       260       270       280       290       300
pF1KE4 SIGHVVQLLYRASCFKVTKRDEDSSLMQLKEEFRTYEALRREHDSQIVQIAMEAGLRIAP
       ::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::.:::.:::::::::.:
CCDS43 SIGHVVQLLYRASCFKVTKRDEDSSLMQLKEEFRSYEALRREHDAQIVHIAMEAGLRISP
       240       250       260       270       280       290       

              310       320       330       340       350       360
pF1KE4 DQWSSLLYGDQSHKSHMQSIIDKLQTPASFAQSVQELTIALQRTGDPANLNRLRPHLELL
       .::::::::: .:::::::::::::.: :::.:::::::.::::::::::::::::::::
CCDS43 EQWSSLLYGDLAHKSHMQSIIDKLQSPESFAKSVQELTIVLQRTGDPANLNRLRPHLELL
       300       310       320       330       340       350       

              370       380       390       400       410       420
pF1KE4 ANIDPSPDAPPPTWEQLENGLVAVRTVVHGLVDYIQNHSKKGADQQQPPQHSKYKTYMCR
       :::::.:::  ::::::::..:::.::::::::.:::.:.:: .  ::  .::::: :::
CCDS43 ANIDPNPDAVSPTWEQLENAMVAVKTVVHGLVDFIQNYSRKGHETPQPQPNSKYKTSMCR
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CCDS43 --AKSNSLL-LQREANALAMQQ--------KWNSLDEGRHLTLNL--LSKEIELRNGELQ
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]
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