FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3721, 413 aa 1>>>pF1KE3721 413 - 413 aa - 413 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 4.7202+/-0.000365; mu= 20.2217+/- 0.023 mean_var=66.1332+/-13.797, 0's: 0 Z-trim(113.6): 55 B-trim: 1047 in 1/50 Lambda= 0.157712 statistics sampled from 23030 (23085) to 23030 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.646), E-opt: 0.2 (0.271), width: 16 Scan time: 6.830 The best scores are: opt bits E(85289) XP_011537884 (OMIM: 611573) PREDICTED: phosphatidy ( 413) 2937 677.3 1.9e-194 NP_671512 (OMIM: 611573) phosphatidylcholine:ceram ( 413) 2937 677.3 1.9e-194 XP_005269732 (OMIM: 611573) PREDICTED: phosphatidy ( 413) 2937 677.3 1.9e-194 XP_011537885 (OMIM: 611573) PREDICTED: phosphatidy ( 413) 2937 677.3 1.9e-194 NP_689834 (OMIM: 611574) phosphatidylcholine:ceram ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 XP_011530004 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidy ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 XP_011530002 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidy ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 XP_016863328 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidy ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 NP_001129729 (OMIM: 611574) phosphatidylcholine:ce ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 NP_001129730 (OMIM: 611574) phosphatidylcholine:ce ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 XP_016863329 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidy ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 XP_011530001 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidy ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 XP_011530003 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidy ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 XP_011530000 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidy ( 365) 1546 360.7 3.3e-99 XP_011537886 (OMIM: 611573) PREDICTED: phosphatidy ( 225) 1456 340.1 3.3e-93 XP_016863330 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidy ( 242) 1002 236.8 4.4e-62 XP_011537614 (OMIM: 611575) PREDICTED: sphingomyel ( 415) 890 211.5 3.1e-54 XP_016871228 (OMIM: 611575) PREDICTED: sphingomyel ( 415) 890 211.5 3.1e-54 NP_001167627 (OMIM: 611575) sphingomyelin synthase ( 415) 890 211.5 3.1e-54 XP_005269598 (OMIM: 611575) PREDICTED: sphingomyel ( 415) 890 211.5 3.1e-54 XP_016871227 (OMIM: 611575) PREDICTED: sphingomyel ( 429) 890 211.5 3.1e-54 XP_011537613 (OMIM: 611575) PREDICTED: sphingomyel ( 478) 890 211.6 3.4e-54 NP_653261 (OMIM: 611575) sphingomyelin synthase-re ( 326) 559 136.1 1.2e-31 >>XP_011537884 (OMIM: 611573) PREDICTED: phosphatidylcho (413 aa) initn: 2937 init1: 2937 opt: 2937 Z-score: 3611.9 bits: 677.3 E(85289): 1.9e-194 Smith-Waterman score: 2937; 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XP_011 CCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGEDNEKST 340 350 360 >>XP_011530002 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidylcho (365 aa) initn: 1520 init1: 1480 opt: 1546 Z-score: 1902.2 bits: 360.7 E(85289): 3.3e-99 Smith-Waterman score: 1546; 60.7% identity (83.1% similar) in 354 aa overlap (61-409:1-354) 40 50 60 70 80 pF1KE3 FTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIG-- .:.::: :.:.::: . . .: . . XP_011 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEP 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 VDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRK--EMIKIPMPELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCF :. . .:. . : .:. .: .: ..:.: :: :...:.:: :: .::.::. . XP_011 VEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYIQIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNL 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 VLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRVQWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLK :::::::.::::::::::..::::: :::...::.::::. ::::.::::::. :::.:. 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XP_011 CCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGEDNEKST 340 350 360 >>XP_016863328 (OMIM: 611574) PREDICTED: phosphatidylcho (365 aa) initn: 1520 init1: 1480 opt: 1546 Z-score: 1902.2 bits: 360.7 E(85289): 3.3e-99 Smith-Waterman score: 1546; 60.7% identity (83.1% similar) in 354 aa overlap (61-409:1-354) 40 50 60 70 80 pF1KE3 FTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIG-- .:.::: :.:.::: . . .: . . XP_016 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEP 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 VDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRK--EMIKIPMPELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCF :. . .:. . : .:. .: .: ..:.: :: :...:.:: :: .::.::. . XP_016 VEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYIQIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNL 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 VLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRVQWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLK :::::::.::::::::::..::::: :::...::.::::. ::::.::::::. :::.:. 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NP_001 CCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGEDNEKST 340 350 360 >>NP_001129730 (OMIM: 611574) phosphatidylcholine:cerami (365 aa) initn: 1520 init1: 1480 opt: 1546 Z-score: 1902.2 bits: 360.7 E(85289): 3.3e-99 Smith-Waterman score: 1546; 60.7% identity (83.1% similar) in 354 aa overlap (61-409:1-354) 40 50 60 70 80 pF1KE3 FTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIG-- .:.::: :.:.::: . . .: . . NP_001 MDIIETAKLEEHLENQPSDPTNTYARPAEP 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KE3 VDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRK--EMIKIPMPELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCF :. . .:. . : .:. .: .: ..:.: :: :...:.:: :: .::.::. . NP_001 VEEENKNGNGKPKSLSSGLRKGTKKYPDYIQIAMPTESRNKFPLEWWKTGIAFIYAVFNL 40 50 60 70 80 90 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 VLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRVQWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLK :::::::.::::::::::..::::: :::...::.::::. ::::.::::::. :::.:. NP_001 VLTTVMITVVHERVPPKELSPPLPDKFFDYIDRVKWAFSVSEINGIILVGLWITQWLFLR 100 110 120 130 140 150 210 220 230 240 250 260 pF1KE3 YKSIISRRFFCIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFNCSPKLFGDWEAQLRRIMKLIAGG ::::..::: :.:::::::::::::::::::::::.:.::: :: .:...::..::.:: NP_001 YKSIVGRRFCFIIGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFQCAPKLNGDSQAKVQRILRLISGG 160 170 180 190 200 210 270 280 290 300 310 320 pF1KE3 GLSITGSHNMCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYSPRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAH :::::::: .:::.:.::::: ::::::::::::::..:::: ::::::..::.:::.:: NP_001 GLSITGSHILCGDFLFSGHTVTLTLTYLFIKEYSPRHFWWYHLICWLLSAAGIICILVAH 220 230 240 250 260 270 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 DHYTVDVVVAYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEASQMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVP .:::.::..:::::::::::::.:::.. :: .:: :.:.:.::. : .::::::: .: NP_001 EHYTIDVIIAYYITTRLFWWYHSMANEKNLKVSSQTNFLSRAWWFPIFYFFEKNVQGSIP 280 290 300 310 320 330 390 400 410 pF1KE3 RSYHWPFPWPV-VHLSRQVKYSRLVNDT . ::. :: : ::::. NP_001 CCFSWPLSWPPGCFKSSCKKYSRVQKIGEDNEKST 340 350 360 413 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 17:05:16 2016 done: Mon Nov 7 17:05:17 2016 Total Scan time: 6.830 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]