FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3721, 413 aa 1>>>pF1KE3721 413 - 413 aa - 413 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0104+/-0.000867; mu= 18.6647+/- 0.052 mean_var=68.2051+/-14.002, 0's: 0 Z-trim(106.7): 28 B-trim: 0 in 0/48 Lambda= 0.155298 statistics sampled from 9117 (9129) to 9117 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.659), E-opt: 0.2 (0.28), width: 16 Scan time: 2.780 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS7240.1 SGMS1 gene_id:259230|Hs108|chr10 ( 413) 2937 667.1 8.3e-192 CCDS3677.1 SGMS2 gene_id:166929|Hs108|chr4 ( 365) 1546 355.4 4.9e-98 CCDS53543.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 ( 415) 890 208.5 9.5e-54 CCDS7347.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 ( 326) 559 134.3 1.7e-31 >>CCDS7240.1 SGMS1 gene_id:259230|Hs108|chr10 (413 aa) initn: 2937 init1: 2937 opt: 2937 Z-score: 3557.0 bits: 667.1 E(32554): 8.3e-192 Smith-Waterman score: 2937; 100.0% identity (100.0% similar) in 413 aa overlap (1-413:1-413) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPLEHFTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 MKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPLEHFTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 LDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIGVDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRKEMIKIPM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 LDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIGVDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGYRKEMIKIPM 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 PELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCFVLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 PELERSQYPMEWGKTFLAFLYALSCFVLTTVMISVVHERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRV 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 QWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLKYKSIISRRFFCIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 QWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLKYKSIISRRFFCIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGM 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 HFNCSPKLFGDWEAQLRRIMKLIAGGGLSITGSHNMCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 HFNCSPKLFGDWEAQLRRIMKLIAGGGLSITGSHNMCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYS 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 PRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAHDHYTVDVVVAYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEAS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 PRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAHDHYTVDVVVAYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEAS 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 QMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVPRSYHWPFPWPVVHLSRQVKYSRLVNDT ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS72 QMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVPRSYHWPFPWPVVHLSRQVKYSRLVNDT 370 380 390 400 410 >>CCDS3677.1 SGMS2 gene_id:166929|Hs108|chr4 (365 aa) initn: 1520 init1: 1480 opt: 1546 Z-score: 1873.5 bits: 355.4 E(32554): 4.9e-98 Smith-Waterman score: 1546; 60.7% identity (83.1% similar) in 354 aa overlap (61-409:1-354) 40 50 60 70 80 pF1KE3 FTGQDLINLTQEDFKKPPLCRVSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIG-- .:.::: :.:.::: . . .: . . 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CCDS53 SLMGTVFLLRCFTMFVTSLSVPGQHLQCTGKIYGSVWE-KLHRAFAIWSGFGMTLTGVHT 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 MCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYSPRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAHDHYTVDVVV ::::..:::::.::. .:. ::.:: . : . :.:.. ::: :: ::.::..:: . CCDS53 -CGDYMFSGHTVVLTMLNFFVTEYTPRSWNFLHTLSWVLNLFGIFFILAAHEHYSIDVFI 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 AYYITTRLFWWYHTMANQQVLKEASQMNLLARVWWYRPFQYFEKNVQGIVPRSYHWPFPW :.::::::: .:::.:: . : :.. ::.: . :..:: ::.: :: : ::: CCDS53 AFYITTRLFLYYHTLANTR----AYQQSRRARIW-FPMFSFFECNVNGTVPNEYCWPFSK 360 370 380 390 400 400 410 pF1KE3 PVVHLSRQVKYSRLVNDT :.. CCDS53 PAIMKRLIG 410 >>CCDS7347.1 SAMD8 gene_id:142891|Hs108|chr10 (326 aa) initn: 644 init1: 451 opt: 559 Z-score: 679.1 bits: 134.3 E(32554): 1.7e-31 Smith-Waterman score: 636; 35.9% identity (65.4% similar) in 312 aa overlap (7-298:12-314) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MKEVVYWSPKKVADWLLENAMPEYCEPL--EH-FTGQDLINLTQEDFKKPPL-CR :. :.:: :: .... :: . : .: . : :..::. :...::: . CCDS73 MAGPNQLCIRRWTTKHVAVWLKDEGFFEYVDILCNKHRLDGITLLTLTEYDLRSPPLEIK 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 VSSDNGQRLLDMIETLKMEHHLEAHKNGHANGHLNIGVDIPTPDGSFSIKIKPNGMPNGY : .: .::. .. :. . :... .. :. .: : .: . . . :: CCDS73 VLGDI-KRLMLSVRKLQ-KIHIDVLEEMGYNSDSPMGSMTPF----ISALQSTDWLCNGE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 pF1KE3 RKEMIKIPMPELERSQY---------------PMEWGKTFLAFLYALSCFVLTTVMISVV .. :. .:. .:: : : ::.:. .:.. : .:. .. .: CCDS73 LSHDCDGPITDLNSDQYQYMNGKNKHSVRRLDPEYW-KTILSCIYVFIVFGFTSFIMVIV 120 130 140 150 160 170 160 170 180 190 200 210 pF1KE3 HERVPPKEVQPPLPDTFFDHFNRVQWAFSICEINGMILVGLWLIQWLLLKYKSIISRRFF ::::: .. ::::: :.: :. :::.. :. :::: .::. :: :..::. ::. CCDS73 HERVPDMQTYPPLPDIFLDSVPRIPWAFAMTEVCGMILCYIWLLVLLLHKHRSILLRRLC 180 190 200 210 220 230 220 230 240 250 260 270 pF1KE3 CIVGTLYLYRCITMYVTTLPVPGMHFNCSPKLFGD-WEAQLRRIMKLIAGGGLSITGSHN ..::..: ::.::.::.: :::.:..:. :..:. :: .:.: . . .: :...:: :. CCDS73 SLMGTVFLLRCFTMFVTSLSVPGQHLQCTGKIYGSVWE-KLHRAFAIWSGFGMTLTGVHT 240 250 260 270 280 290 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 MCGDYLYSGHTVMLTLTYLFIKEYSPRRLWWYHWICWLLSVVGIFCILLAHDHYTVDVVV ::::..:::::.::. .:. : CCDS73 -CGDYMFSGHTVVLTMLNFFVTECKYLFSASMRIR 300 310 320 413 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 17:05:15 2016 done: Mon Nov 7 17:05:16 2016 Total Scan time: 2.780 Total Display time: 0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]