FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3562, 450 aa 1>>>pF1KE3562 450 - 450 aa - 450 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.9146+/-0.000489; mu= 16.7076+/- 0.030 mean_var=169.7624+/-36.705, 0's: 0 Z-trim(114.2): 235 B-trim: 1102 in 1/51 Lambda= 0.098436 statistics sampled from 23686 (23966) to 23686 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.645), E-opt: 0.2 (0.281), width: 16 Scan time: 8.640 The best scores are: opt bits E(85289) NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containi ( 452) 1218 185.8 2.1e-46 NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein liga ( 475) 686 110.2 1.2e-23 NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein liga ( 468) 622 101.1 6.4e-21 XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 467) 616 100.3 1.2e-20 XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 450) 580 95.2 3.9e-19 NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 488) 580 95.2 4.1e-19 XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite ( 375) 478 80.6 8.1e-15 NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-conta ( 488) 476 80.4 1.1e-14 NP_067629 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 488) 476 80.4 1.1e-14 NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 343) 397 69.0 2.2e-11 XP_006711842 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 397 69.2 2.7e-11 NP_057186 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein liga ( 477) 397 69.2 2.7e-11 XP_011542512 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 397 69.2 2.7e-11 XP_011542511 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 477) 397 69.2 2.7e-11 NP_001020111 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein l ( 477) 397 69.2 2.7e-11 XP_016873951 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 300) 394 68.5 2.8e-11 XP_005253241 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 326) 394 68.5 2.9e-11 NP_149084 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 326) 394 68.5 2.9e-11 NP_149083 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 347) 394 68.6 3e-11 XP_005253240 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 493) 394 68.8 3.7e-11 NP_149023 (OMIM: 608487) tripartite motif-containi ( 493) 394 68.8 3.7e-11 NP_006501 (OMIM: 602165) zinc finger protein RFP [ ( 513) 391 68.4 5.1e-11 NP_003440 (OMIM: 600830) tripartite motif-containi ( 539) 383 67.3 1.1e-10 XP_005249434 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 383 67.3 1.1e-10 XP_005249433 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 383 67.3 1.1e-10 XP_005249432 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 383 67.3 1.1e-10 NP_001229712 (OMIM: 600830) tripartite motif-conta ( 539) 383 67.3 1.1e-10 XP_006715243 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 383 67.3 1.1e-10 XP_005249431 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 383 67.3 1.1e-10 XP_005249435 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 539) 383 67.3 1.1e-10 XP_016856908 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 378 66.1 1.2e-10 XP_016856907 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 262) 378 66.1 1.2e-10 XP_006718421 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 376 65.9 1.5e-10 XP_016873952 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 265) 376 65.9 1.5e-10 XP_016873950 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 376 66.0 1.7e-10 XP_011518728 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 310) 376 66.0 1.7e-10 XP_016866752 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 462) 373 65.8 2.8e-10 XP_011513161 (OMIM: 600830) PREDICTED: tripartite ( 462) 373 65.8 2.8e-10 XP_016873949 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 314) 367 64.7 4.1e-10 XP_011518729 (OMIM: 608487) PREDICTED: tripartite ( 271) 365 64.3 4.5e-10 NP_477514 (OMIM: 607564) tripartite motif-containi ( 488) 366 64.8 5.8e-10 NP_001003818 (OMIM: 607564) tripartite motif-conta ( 516) 366 64.8 6e-10 NP_067076 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein liga ( 518) 366 64.8 6e-10 NP_439893 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 395) 362 64.1 7.6e-10 NP_006769 (OMIM: 605701) tripartite motif-containi ( 481) 362 64.2 8.5e-10 NP_569074 (OMIM: 605684) tripartite motif-containi ( 270) 346 61.6 2.9e-09 NP_001291425 (OMIM: 613184) E3 ubiquitin-protein l ( 262) 337 60.3 7e-09 XP_011512567 (OMIM: 609316) PREDICTED: E3 ubiquiti ( 421) 336 60.5 1e-08 NP_008959 (OMIM: 609316) E3 ubiquitin-protein liga ( 425) 336 60.5 1e-08 NP_001268379 (OMIM: 612548) E3 ubiquitin-protein l ( 486) 335 60.4 1.2e-08 >>NP_065091 (OMIM: 606124) tripartite motif-containing p (452 aa) initn: 1212 init1: 966 opt: 1218 Z-score: 954.1 bits: 185.8 E(85289): 2.1e-46 Smith-Waterman score: 1218; 43.3% identity (69.0% similar) in 448 aa overlap (1-446:1-448) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAITQCSTSELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDTLTPNCCPVCREISQ : :.: : .:: : .: .:. ::::: ::: :: ::. : :.: : : . .. 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NP_065 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQRNLNRETNIIGTWEVFINLRSMMIS : :.: . : : .:.::: .:.:.:.: .:.:::: ::. :. ..::: : NP_065 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKDYVNLRLEAIR 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 AEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLREMYEKLKEMSCKA ::: :. . .:::....: : ..:. ::..:. :...::. .:: :::.:.:: : NP_065 AEYQKMPAFHHEEEKHNLEMLKKKGKEIFHRLHLSKAKMAHRMEILRGMYEELNEMCHKP 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 DVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQLSAWTITGVSERLNFFRVYITLDRKICSNHK ::.: : .::...:.: . : ::::.::.::: :::. .::: :::.::: .. .: NP_065 DVELLQAFGDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 LLFEDLRHLQCSLDDTDMSCNPTSTQYTSSWGAQILSSGKHYWEVDVKDSCNWVIGLCRE .:.: :: . . : :. .. . .::.: ..:::.:::: : :: ::..:.: NP_065 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 AWTKRN-DMRLDSE-GIFLLLCLKVDDHFSLFSTSPLLPHYIPRPQGWLGVFLDYECGIV ..: . ..:.. :.::: :.: : . :::.::::. .:::.: . .:.::: : : NP_065 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV 370 380 390 400 410 420 420 430 440 450 pF1KE3 SFVNVAQSSLICSFLSRIFYFPLRPFICHGSK :::.: ::::: .. . : ::::..: NP_065 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF 430 440 450 >>NP_003132 (OMIM: 109092) E3 ubiquitin-protein ligase T (475 aa) initn: 536 init1: 197 opt: 686 Z-score: 545.6 bits: 110.2 E(85289): 1.2e-23 Smith-Waterman score: 686; 31.0% identity (59.0% similar) in 461 aa overlap (1-448:1-449) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASAITQCST-SELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDTLTPNCCPVCREIS :::: :.:: :: : ...::.: ::: ::. :. . . . ::::: NP_003 MASAARLTMMWEEVTCPICLDPFVEPVSIECGHSFCQECISQVGKG--GGSVCPVCR--- 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 QQMYFKRIIFAEKQVIPTRESVPCQLSSSAMLI-----CRRHQEIKNLICETDRSLLCFL : .. . . ..:. ... ..:. : : : : .:.:: : . ::.. NP_003 -QRFLLKNLRPNRQLANMVNNLK-EISQEAREGTQGERCAVHGERLHLFCEKDGKALCWV 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 CSQSPRHATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQRNLNRETNII-GTWEVFIN :.:: .: : .:: . :..:: . . . ..::. ..:. : : . :. .. NP_003 CAQSRKHRDHAMVPLEEAAQEYQEKLQVALGEL-RRKQELAEKLEVEIAIKRADWKKTVE 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 LRSMMISAEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLREMYEKL .. : ::. . ..: ::::.... : .. : .. : ......:... :.:. .: NP_003 TQKSRIHAEFVQQKNFLVEEEQRQLQELEKDEREQLRILGEKEAKLAQQSQALQELISEL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 KEMSCKADVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQL-SAWTITGVSERLNFFRVYITLD . .. ..: :.. :..:.: : . ..:.: :. . :... : :.:::: NP_003 DRRCHSSALELLQEVIIVLERSESWNLKDLDITSPELRSVCHVPGLKKMLRTCAVHITLD 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 RKICSNHKLLFEDLRHLQCSLDDTDMSCNPTSTQYTSSW----GAQILSSGKHYWEVDVK . .: :: : : : ::..: : . . .:. ::: . :::::::::: NP_003 PDTANPWLILSEDRR--QVRLGDTQQSI-PGNEERFDSYPMVLGAQHFHSGKHYWEVDVT 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 DSCNWVIGLCREAWTKRNDMRLDSEGIFLLLCLKVDDHFSLFSTSPLLPHYIPRPQGWLG . : .:.::.. ... . :.:.. : . : ... .: : : .. : .: NP_003 GKEAWDLGVCRDSVRRKGHFLLSSKSGFWTIWLWNKQKYEA-GTYPQTPLHLQVPPCQVG 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 VFLDYECGIVSFVNVA-QSSLICSFLSRIFYFPLRPFICHGSK .::::: :.::: :.. ..::: :: : :::::. : NP_003 IFLDYEAGMVSFYNITDHGSLIYSFSECAFTGPLRPFFSPGFNDGGKNTAPLTLCPLNIG 410 420 430 440 450 460 NP_003 SQGSTDY 470 >>NP_660215 (OMIM: 607868) E3 ubiquitin-protein ligase T (468 aa) initn: 306 init1: 206 opt: 622 Z-score: 496.5 bits: 101.1 E(85289): 6.4e-21 Smith-Waterman score: 622; 28.6% identity (55.9% similar) in 444 aa overlap (12-444:13-441) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASAITQCSTSELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDTLTPNCCPVCREIS : ::.:: ::.:::: ::: :: :. : . : :: :::.: NP_660 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 QQMYFK-RIIFAEKQVIPTRESVPCQLSSSAMLICRRHQEIKNLICETDRSLLCFLCSQS : .. .:. . : : . .. .: :.: .: . ::: : .: NP_660 PQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQG---VCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PRHATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQ--RNLNRETNIIGTWEVFINLRS .: .:. ..: : . :: ... . :. : . :: .. :. ... . NP_660 GEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVL--WQKMVESQR 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 MMISAEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLREMYEKLKEM . . .:. .. . : ::::. .. : .: .. .:... ....... : :. .: : NP_660 QNVLGEFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAEL-EG 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 SCKAD-VNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQL-SAWTITGVSERLNFFRVYITLDRK :. ..: ::. :...: . ..: :. : .: .. . :. : : :: .::: NP_660 RCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPD 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 ICSNHKLLFEDLRHLQ-----CSLDDTDMSCNPTSTQYTSSWGAQILSSGKHYWEVDVKD . . .: :: : .: .: :. .: : . ..::.:::::.: : NP_660 TANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGP----CVLGQERFTSGRHYWEVEVGD 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 SCNWVIGLCREAWTKRNDMRLDS-EGIFLLLCLKVDDHFSLFSTSPLLPHYIPRPQGWLG .:..:.::: .... .:.. .:...:. : . : . .:: : .: NP_660 RTSWALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLGSYYNSSERALAPLRD-----PPRRVG 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 VFLDYECGIVSFVNVAQSSLICSFLSRIFYFPLRPFICHGSK .::::: : .:: .....::. : : :::. NP_660 IFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTL 410 420 430 440 450 460 NP_660 APQ >>XP_016857901 (OMIM: 607868) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (467 aa) initn: 420 init1: 206 opt: 616 Z-score: 492.0 bits: 100.3 E(85289): 1.2e-20 Smith-Waterman score: 616; 28.8% identity (55.9% similar) in 444 aa overlap (12-444:13-440) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASAITQCSTSELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDTLTPNCCPVCREIS : ::.:: ::.:::: ::: :: :. : . : :: :::.: XP_016 MAAPDLSTNLQEEATCAICLDYFTDPVMTDCGHNFCRECIRRCWGQPEGPYACPECRELS 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 QQMYFK-RIIFAEKQVIPTRESVPCQLSSSAMLICRRHQEIKNLICETDRSLLCFLCSQS : .. .:. . : : . .. .: :.: .: . ::: : .: XP_016 PQRNLRPNRPLAKMAEMARRLHPPSPVPQG---VCPAHREPLAAFCGDELRLLCAACERS 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PRHATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQ--RNLNRETNIIGTWEVFINLRS .: .:. ..: : . :: ... . :. : . :: .. :.. . :. XP_016 GEHWAHRVRPLQDAAEDLKAKLEKSLEHLRKQMQDALLFQAQADETCVL--WQMVESQRQ 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 MMISAEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLREMYEKLKEM ... :. .. . : ::::. .. : .: .. .:... ....... : :. .: : XP_016 NVLG-EFERLRRLLAEEEQQLLQRLEEEELEVLPRLREGAAHLGQQSAHLAELIAEL-EG 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 SCKAD-VNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQL-SAWTITGVSERLNFFRVYITLDRK :. ..: ::. :...: . ..: :. : .: .. . :. : : :: .::: XP_016 RCQLPALGLLQDIKDALRRVQDVKLQPPEVVPMELRTVCRVPGLVETLRRFRGDVTLDPD 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 ICSNHKLLFEDLRHLQ-----CSLDDTDMSCNPTSTQYTSSWGAQILSSGKHYWEVDVKD . . .: :: : .: .: :. .: : . ..::.:::::.: : XP_016 TANPELILSEDRRSVQRGDLRQALPDSPERFDPGP----CVLGQERFTSGRHYWEVEVGD 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 SCNWVIGLCREAWTKRNDMRLDS-EGIFLLLCLKVDDHFSLFSTSPLLPHYIPRPQGWLG .:..:.::: .... .:.. .:...:. : . : . .:: : .: XP_016 RTSWALGVCRENVNRKEKGELSAGNGFWILVFLGSYYNSSERALAPLRD-----PPRRVG 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 VFLDYECGIVSFVNVAQSSLICSFLSRIFYFPLRPFICHGSK .::::: : .:: .....::. : : :::. XP_016 IFLDYEAGHLSFYSATDGSLLFIFPEIPFSGTLRPLFSPLSSSPTPMTICRPKGGSGDTL 410 420 430 440 450 460 XP_016 APQ >>XP_011542513 (OMIM: 606123) PREDICTED: E3 ubiquitin-pr (450 aa) initn: 417 init1: 142 opt: 580 Z-score: 464.5 bits: 95.2 E(85289): 3.9e-19 Smith-Waterman score: 580; 26.1% identity (57.4% similar) in 437 aa overlap (30-449:4-433) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASAITQCSTSELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDTLTPNC--------- ::: :: :. : :: . . XP_011 MTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSFP 10 20 30 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 CPVCREISQQMYFKRIIFAEKQVIPTRESVPCQLSSSAMLICRRHQEIKNLICETDRSLL :: :::.: : : .. .. . . : . . . . . .:..:.: .:.:. :.: . XP_011 CPECREMSPQ----RNLLPNRLLTKVAEMAQQHPGLQKQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSPI 40 50 60 70 80 90 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 CFLCSQSPRHATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQRNLNRETNIIGTWEVF : .: .: .: :. ..:: . :. :: .:. . .. .. :: . .. :. XP_011 CVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQGK 100 110 120 130 140 150 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 INLRSMMISAEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLREMYE .. : : :. :. :: ::::. ...: : . ..:..: . . ..: :. . XP_011 VKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLLL 160 170 180 190 200 210 240 250 260 270 280 pF1KE3 KLKEMSCKADVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQLSAWTITGVSERLNFFRVY--- .:.: : .. ... ::. . ..:.. . . :. : : :. : ... .: . XP_011 QLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPE-VAPPTRPRTVCRVPGQIEVLRGFLED 220 230 240 250 260 290 300 310 320 330 340 pF1KE3 ITLDRKICSNHKLLFEDL--RHLQCSLDDTDMSCNPTSTQYTSSWGAQILSSGKHYWEV- .. : . ::.:. :.: : . . . . . : . : .:::.::::: XP_011 VVPDATSAYPYLLLYESRQRRYLGSSPEGSGFCSKDRFVAYPCAVGQTAFSSGRHYWEVG 270 280 290 300 310 320 350 360 370 380 390 400 pF1KE3 -DVKDSCNWVIGLCREAWTKRNDM-RLDSEGIFLLLCLKVDDHFSLFSTSPLLPHYIPRP .. . :..:.::. .... . . .:.... : ..: ::. : : .. .: XP_011 MNITGDALWALGVCRDNVSRKDRVPKCPENGFWVVQLSKGTKYLSTFSA--LTPVMLMEP 330 340 350 360 370 380 410 420 430 440 450 pF1KE3 QGWLGVFLDYECGIVSFVNVAQSSLICSFLSRIFYFPLRPFICHGSK . .:.:::.: : ::: .:...: . .. . : ::.::.: :. XP_011 PSHMGIFLDFEAGEVSFYSVSDGSHLHTYSQATFPGPLQPFFCLGAPKSGQMVISTVTMW 390 400 410 420 430 440 XP_011 VKG 450 >>NP_742013 (OMIM: 605700) E3 ubiquitin-protein ligase T (488 aa) initn: 561 init1: 317 opt: 580 Z-score: 464.1 bits: 95.2 E(85289): 4.1e-19 Smith-Waterman score: 580; 25.6% identity (55.8% similar) in 450 aa overlap (12-448:26-468) 10 20 30 40 pF1KE3 MASAITQCSTSELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDT : .::.: .:: .:: : ::: ::. :. ::: NP_742 MAETSLLEAGASAASTAAALENLQVEASCSVCLEYLKEPVIIECGHNFCKACITRWWEDL 10 20 30 40 50 60 50 60 70 80 90 100 pF1KE3 LTPNCCPVCREISQQMYFK--RIIFAEKQVIPTRESVPCQLSSSAMLICRRHQEIKNLIC :::::. :. .. : . . .. ..: .. . .. : .:.: .:.: NP_742 ERDFPCPVCRKTSRYRSLRPNRQLGSMVEIAKQLQAVKRKIRDESL--CPQHHEALSLFC 70 80 90 100 110 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 ETDRSLLCFLCSQSPRHATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQRNLNRETNI :. .:..:. : : .: .: . :..:: .. . .: :. : . : . NP_742 YEDQEAVCLICAISHTHRAHTVVPLDDATQEYKEKLQKCLEPLEQKLQEITRCKSSEEKK 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 IGTWEVFINLRSMMISAEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGI : . ... : ..: :. .. . : ::.: . : .: . :.:.:... :..: NP_742 PGELKRLVESRRQQILREFEELHRRLDEEQQVLLSRLEEEEQDILQRLREN---AAHLGD 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 LLREMYEKLKEM--SC-KADVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQLSAWTITGVSER :.. . :. .: .. .. .:. ..... : .. :. .: . . NP_742 KRRDLAHLAAEVEGKCLQSGFEMLKDVKSTLEKCEKVKTMEVTSVSIELEKNFSNFPRQY 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 pF1KE3 LNFFRVY------ITLDRKICSNHKLLFEDLRHLQ-CSLDDTDMSCNPTS-TQYTSSWGA . . .. .::: . . .: :: . .. :. .: : : .. NP_742 FALRKILKQLIADVTLDPETAHPNLVLSEDRKSVKFVETRLRDLPDTPRRFTFYPCVLAT 300 310 320 330 340 350 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 QILSSGKHYWEVDVKDSCNWVIGLCREAWTKRNDMRLDSEGIFLLLCLKVDDHFSLFSTS . ..::.:::::.: :. .:..:.::.. ...... : . . : :... .:. NP_742 EGFTSGRHYWEVEVGDKTHWAVGVCRDSVSRKGELTPLPETGYWRVRLWNGDKYAA-TTT 360 370 380 390 400 410 400 410 420 430 440 450 pF1KE3 PLLPHYIPRPQGWLGVFLDYECGIVSFVNVAQSSLICSFLSRIFYFPLRPFICHGSK :. : .: .:.::::: : .:: ::.. : : .: . : : :.. : NP_742 PFTPLHIKVKPKRVGIFLDYEAGTLSFYNVTDRSHIYTF-TDTFTEKLWPLFYPGIRAGR 420 430 440 450 460 470 NP_742 KNAAPLTIRPPTDWE 480 >>XP_016873516 (OMIM: 606124) PREDICTED: tripartite moti (375 aa) initn: 979 init1: 441 opt: 478 Z-score: 387.0 bits: 80.6 E(85289): 8.1e-15 Smith-Waterman score: 877; 36.2% identity (56.7% similar) in 448 aa overlap (1-446:1-371) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MASAITQCSTSELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDTLTPNCCPVCREISQ : :.: : .:: : .: .:. ::::: ::: :: ::. : :.: : : . .. XP_016 MNSGILQVFQGELICPLCMNYFIDPVTIDCGHSFCRPCFYLNWQDIPFLVQCSECTKSTE 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 QMYFKRIIFAEKQVIPTRESVPCQLSSSAMLICRRHQEIKNLICETDRSLLCFLCSQSPR :. .: : .:.. .:. . :: .: :.: :...::.::::::.:::.: . XP_016 QINLKTNIHLKKMASLARKVSLWLFLSSEEQMCGTHRETKKIFCEVDRSLLCLLCSSSQE 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 HATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQRNLNRETNIIGTWEVFINLRSMMIS : :.: . : : .:.::: .:.:.:.: .:.:::: ::. :..: XP_016 HRYHRHRPIEWAAEEHREKLLQKMQSLWEKACENHRNLNVETTRTRCWKAF--------- 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 AEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLREMYEKLKEMSCKA XP_016 ------------------------------------------------------------ 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 DVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQLSAWTITGVSERLNFFRVYITLDRKICSNHK ::...:.: . : ::::.::.::: :::. .::: :::.::: .. .: XP_016 --------GDILHRSESVLLHMPQPLNPELSAGPITGLRDRLNQFRVHITLHHEEANNDI 180 190 200 210 220 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 LLFEDLRHLQCSLDDTDMSCNPTSTQYTSSWGAQILSSGKHYWEVDVKDSCNWVIGLCRE .:.: :: . . : :. .. . .::.: ..:::.:::: : :: ::..:.: XP_016 FLYEILRSMCIGCDHQDVPYFTATPRSFLAWGVQTFTSGKYYWEVHVGDSWNWAFGVCNM 230 240 250 260 270 280 370 380 390 400 410 pF1KE3 AWTKRN-DMRLDSE-GIFLLLCLKVDDHFSLFSTSPLLPHYIPRPQGWLGVFLDYECGIV ..: . ..:.. :.::: :.: : . :::.::::. .:::.: . .:.::: : : XP_016 YRKEKNQNEKIDGKAGLFLLGCVKNDIQCSLFTTSPLMLQYIPKPTSRVGLFLDCEAKTV 290 300 310 320 330 340 420 430 440 450 pF1KE3 SFVNVAQSSLICSFLSRIFYFPLRPFICHGSK :::.: ::::: .. . : ::::..: XP_016 SFVDVNQSSLIYTIPNCSFSPPLRPIFCCIHF 350 360 370 >>NP_001003827 (OMIM: 605684) tripartite motif-containin (488 aa) initn: 583 init1: 259 opt: 476 Z-score: 384.3 bits: 80.4 E(85289): 1.1e-14 Smith-Waterman score: 568; 26.7% identity (58.5% similar) in 487 aa overlap (1-444:1-471) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASAITQCSTSELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDTLTP----NCCPVC- ::: : :.:: :: . ::.:... ::: .: :. . ....: . :::: NP_001 MASKILLNVQEEVTCPICLELLTEPLSLDCGHSLCRACITVSNKEAVTSMGGKSSCPVCG 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 -----REISQQMYFKRIIFAEKQVIPTRESVPCQLSSSAMLICRRHQEIKNLICETDRSL .... .... :. :.: . .. .. .: .: : :.:. ::.. 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NP_001 ICWLCERSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRL-KKEEEEAEKLEADIREEKT--S 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 WEVFINLRSMMISAEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLR :. .. . . :..:. .. . : .:::.... : .: . .... ... ..... :.: NP_001 WKYQVQTERQRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVR 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 EMYEKLKEMSCKADVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQL-SAWTITGVSERLNFFR :. .. : . ..: ::.. .:: .:. :: :. :. .: ... .:. :..:: NP_001 ELISDVECRSQWSTMELLQDMSGIMKWSEIWRLKKPKMVSKKLKTVFHAPDLSRMLQMFR 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 pF1KE3 ---------VYITLDRKICSNHKLLFEDLRHLQCSLDDTDMSCNPTSTQYTSSWGAQILS : .::. . . .: :: :.. .. : . . :.: .: NP_001 ELTAVRCYWVDVTLNSVNLNLNLVLSEDQRQV------ISVPIWPFQCYNYGVLGSQYFS 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 pF1KE3 SGKHYWEVDVKDSCNWVIGL-CREAWTK-----------RNDMRLDSEGIF--LLLCLKV ::::::::::. . :..:. :: .... :... . .: .. :. 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NP_067 ISYSFEHLQANQHLANIVERLKEVKLSPDN------GKKRDLCDHHGEKLLLFCKEDRKV 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 pF1KE3 LCFLCSQSPRHATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQRNLN---RETNIIGT .:.:: .: .: :. .:.:. . ..:: .: . ::.... ..:. :: . . NP_067 ICWLCERSQEHRGHHTVLTEEVFKECQEKLQAVLKRL-KKEEEEAEKLEADIREEKT--S 120 130 140 150 160 170 170 180 190 200 210 220 pF1KE3 WEVFINLRSMMISAEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLR :. .. . . :..:. .. . : .:::.... : .: . .... ... ..... :.: NP_067 WKYQVQTERQRIQTEFDQLRSILNNEEQRELQRLEEEEKKTLDKFAEAEDELVQQKQLVR 180 190 200 210 220 230 230 240 250 260 270 280 pF1KE3 EMYEKLKEMSCKADVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQL-SAWTITGVSERLNFFR :. .. : . ..: ::.. .:: .:. :: :. :. .: ... .:. :..:: NP_067 ELISDVECRSQWSTMELLQDMSGIMKWSEIWRLKKPKMVSKKLKTVFHAPDLSRMLQMFR 240 250 260 270 280 290 290 300 310 320 330 pF1KE3 ---------VYITLDRKICSNHKLLFEDLRHLQCSLDDTDMSCNPTSTQYTSSWGAQILS : .::. . . .: :: :.. .. : . . :.: .: NP_067 ELTAVRCYWVDVTLNSVNLNLNLVLSEDQRQV------ISVPIWPFQCYNYGVLGSQYFS 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 pF1KE3 SGKHYWEVDVKDSCNWVIGL-CREAWTK-----------RNDMRLDSEGIF--LLLCLKV ::::::::::. . :..:. :: .... :... . .: .. :. NP_067 SGKHYWEVDVSKKTAWILGVYCR-TYSRHMKYVVRRCANRQNLYTKYRPLFGYWVIGLQN 350 360 370 380 390 400 390 400 410 420 430 pF1KE3 DDHFSLF----STSP-LLPHYIPRPQGWLGVFLDYECGIVSFVNV-AQSSLICSFLSRIF ....: :..: .: . : .::::::: ::::: :: ...::: .: . : NP_067 KCKYGVFEESLSSDPEVLTLSMAVPPCRVGVFLDYEAGIVSFFNVTSHGSLIYKFSKCCF 410 420 430 440 450 460 440 450 pF1KE3 YFPLRPFICHGSK :. :. NP_067 SQPVYPYFNPWNCPAPMTLCPPSS 470 480 >>NP_001128327 (OMIM: 606123) E3 ubiquitin-protein ligas (343 aa) initn: 364 init1: 170 opt: 397 Z-score: 325.3 bits: 69.0 E(85289): 2.2e-11 Smith-Waterman score: 426; 27.5% identity (57.5% similar) in 287 aa overlap (12-289:13-294) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MASAITQCSTSELTCSICTDYLTDPVTICCGHRFCSPCLCLLWEDTLTPNC-------- : ::::: ::.:::: ::: :: :. : :: . . NP_001 MEAVELARKLQEEATCSICLDYFTDPVMTTCGHNFCRACIQLSWEKARGKKGRRKRKGSF 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 -CPVCREISQQMYFKRIIFAEKQVIPTRESVPCQLSSSAMLICRRHQEIKNLICETDRSL :: :::.: : : .. .. . . : . . . . . .:..:.: .:.:. :.: NP_001 PCPECREMSPQ----RNLLPNRLLTKVAEMAQQHPGLQKQDLCQEHHEPLKLFCQKDQSP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 LCFLCSQSPRHATHKHYMTREADEYYRKKLLIQMKSIWKKKQKNQRNLNRETNIIGTWEV .: .: .: .: :. ..:: . :. :: .:. . .. .. :: . .. :. NP_001 ICVVCRESREHRLHRVLPAEEAVQGYKLKLEEDMEYLREQITRTGNLQAREEQSLAEWQG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 FINLRSMMISAEYPKVCQYLREEEQKHVESLAREGRIIFQQLKRSQTRMAKMGILLREMY .. : : :. :. :: ::::. ...: : . ..:..: . . ..: :. . NP_001 KVKERRERIVLEFEKMNLYLVEEEQRLLQALETEEEETASRLRESVACLDRQGHSLELLL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 EKLKEMSCKADVNLPQDLGDVMKRNEFLRLAMPQPVNPQLSAWTITGVSERLNFFRVYIT .:.: : .. ... ::. . ..:.. . . :. : : :. : ... .: .. NP_001 LQLEERSTQGPLQMLQDMKEPLSRKNNVSVQCPE-VAPPTRPRTVCRVPGQIEVLRGFLG 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 LDRKICSNHKLLFEDLRHLQCSLDDTDMSCNPTSTQYTSSWGAQILSSGKHYWEVDVKDS NP_001 KWAPRARTSDPGSLGDAPLYPLASEATNGGGSTSALPGDGHWLFTVPS 300 310 320 330 340 450 residues in 1 query sequences 60827320 residues in 85289 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Mon Nov 7 16:31:22 2016 done: Mon Nov 7 16:31:24 2016 Total Scan time: 8.640 Total Display time: 0.060 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]