FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE4255, 1022 aa 1>>>pF1KE4255 1022 - 1022 aa - 1022 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.1920+/-0.000464; mu= 16.6409+/- 0.029 mean_var=79.6124+/-16.310, 0's: 0 Z-trim(110.9): 345 B-trim: 284 in 2/49 Lambda= 0.143742 statistics sampled from 19045 (19411) to 19045 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.588), E-opt: 0.2 (0.228), width: 16 Scan time: 13.590 The best scores are: opt bits E(85289) NP_060382 (OMIM: 609249) probable E3 ubiquitin-pro (1022) 6881 1437.6 0 XP_005263140 (OMIM: 609249) PREDICTED: probable E3 (1034) 6428 1343.6 0 XP_016863822 (OMIM: 609249) PREDICTED: probable E3 ( 614) 4152 871.6 0 NP_001158608 (OMIM: 609249) probable E3 ubiquitin- ( 986) 4076 855.9 0 XP_011530355 (OMIM: 609249) PREDICTED: probable E3 ( 998) 3623 761.9 0 NP_057407 (OMIM: 608242) E3 ISG15--protein ligase (1024) 3158 665.5 4.1e-190 XP_011530324 (OMIM: 608242) PREDICTED: E3 ISG15--p (1100) 1637 350.1 3.9e-95 XP_016864296 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 ( 924) 1347 289.9 4.2e-77 NP_001265115 (OMIM: 609248) probable E3 ubiquitin- ( 794) 1324 285.1 1e-75 XP_011537895 (OMIM: 609248) PREDICTED: probable E3 (1073) 1324 285.2 1.3e-75 NP_001258531 (OMIM: 605200) probable E3 ubiquitin- ( 932) 1282 276.5 4.9e-73 XP_016864297 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 ( 580) 1259 271.6 8.7e-72 XP_011530699 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 ( 494) 1123 243.4 2.3e-63 XP_011537896 (OMIM: 609248) PREDICTED: probable E3 (1011) 1111 241.0 2.5e-62 XP_011537897 (OMIM: 609248) PREDICTED: probable E3 (1011) 1111 241.0 2.5e-62 XP_011537894 (OMIM: 609248) PREDICTED: probable E3 (1081) 1111 241.0 2.6e-62 XP_011537899 (OMIM: 609248) PREDICTED: probable E3 ( 960) 1094 237.5 2.7e-61 XP_005263389 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 ( 896) 1024 222.9 6e-57 XP_005263388 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 ( 903) 1024 222.9 6.1e-57 XP_005263387 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 ( 993) 1024 223.0 6.6e-57 XP_016864295 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 (1042) 1024 223.0 6.9e-57 XP_005263386 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 (1042) 1024 223.0 6.9e-57 XP_005263384 (OMIM: 605200) PREDICTED: probable E3 (1050) 1024 223.0 6.9e-57 NP_055421 (OMIM: 605200) probable E3 ubiquitin-pro (1050) 1024 223.0 6.9e-57 NP_001305434 (OMIM: 605200) probable E3 ubiquitin- ( 368) 1009 219.7 2.4e-56 XP_016871530 (OMIM: 609248) PREDICTED: probable E3 ( 936) 912 199.7 6.1e-50 NP_001265114 (OMIM: 609248) probable E3 ubiquitin- ( 979) 912 199.7 6.4e-50 NP_056416 (OMIM: 609248) probable E3 ubiquitin-pro (1049) 912 199.7 6.8e-50 NP_071362 (OMIM: 609248) probable E3 ubiquitin-pro (1057) 912 199.7 6.8e-50 XP_011537898 (OMIM: 609248) PREDICTED: probable E3 ( 987) 830 182.7 8.5e-45 XP_005268327 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_006720738 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878042 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878043 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_005268324 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_005268326 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878041 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 NP_570853 (OMIM: 105830,601623) ubiquitin-protein ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878044 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878040 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_005268328 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_005268325 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_006720739 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 852) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878039 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 872) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878038 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 872) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878036 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 872) 802 176.9 4.2e-43 NP_570854 (OMIM: 105830,601623) ubiquitin-protein ( 872) 802 176.9 4.2e-43 XP_016878037 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 872) 802 176.9 4.2e-43 XP_011520297 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 875) 802 176.9 4.3e-43 XP_016878033 (OMIM: 105830,601623) PREDICTED: ubiq ( 875) 802 176.9 4.3e-43 >>NP_060382 (OMIM: 609249) probable E3 ubiquitin-protein (1022 aa) initn: 6881 init1: 6881 opt: 6881 Z-score: 7706.7 bits: 1437.6 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 6881; 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XP_011 QNELRPCLVAELVGYRVTQIACGRWHTLAYVSDLGKVFSFGSGKDGQLGNGGTRDQLMPL 440 450 460 470 480 490 340 350 360 370 380 pF1KE4 NFDISCL--ISAEDFVDVQVKHIFAGTYANFVTTHQDTSSTRAPGKTLPEISRISQSMAE .: .. :. .. . ..:: ... . .: .:.: . ... .. XP_011 PVKVSSSEELKLESHTSEKELIMIAGGNQSILLWIKKENSYVNLKRTIPTL---NEGTVK 500 510 520 530 540 390 400 410 420 430 440 pF1KE4 KWIAVKRRSTEHEMAKSEIRMIFSSPACLTASFLKKRGTGETTSIDVDLEMARDTFKKLT .::: .. . . .: ::. :::::::::.:::.:: : : . .::. ::. ::.:: XP_011 RWIA-DVETKRWQSTKREIQEIFSSPACLTGSFLRKRRTTEMMPVYLDLNKARNIFKELT 550 560 570 580 590 600 450 460 470 480 490 500 pF1KE4 KKEWISSMITTCLEDDLLRALPCHSPHQEALSVFLLLPECPVMHDSKNWKNLVVPFAKAV .:.::..::::::.:.::. :: ::: :::: .:.::::::.:: :.::..:::::::.: XP_011 QKDWITNMITTCLKDNLLKRLPFHSPPQEALEIFFLLPECPMMHISNNWESLVVPFAKVV 610 620 630 640 650 660 510 520 530 540 550 560 pF1KE4 CEMSKQSLQVLKKCWAFLQESSLNPLIQMLKAAIISQLLHQTKTEQDHCNVKALLGMMKE :.:: :: ::.. :: ::::... :.::.:.:.: :: . .. ... ::.::: :.:. XP_011 CKMSDQSSLVLEEYWATLQESTFSKLVQMFKTAVICQLDYWDESAEENGNVQALLEMLKK 670 680 690 700 710 720 570 580 590 600 610 620 pF1KE4 LHKVNKANCRLPENTFNINELSNLLNFYIDRGRQLFRDNHLIPAETPSPVIFSDFPFIFN ::. .: : XP_011 LHRSKK---------------------------------H-------------------- 730 630 640 650 660 670 680 pF1KE4 SLSKIKLLQADSHIKMQMSEKKAYMLMHETILQKKDEFPPSPRFILRVRRSRLVKDALRQ :::. ....:: : : : :::..:..:.: : XP_011 ---------------------KAYLRSAAIEEERESEFALRPTFDLTVRRNHLIEDVLNQ 740 750 760 770 690 700 710 720 730 740 pF1KE4 LSQAEATDFCKVLVVEFINEICPESGGVSSEFFHCMFEEMTKPEYGMFMYPEMGSCMWFP ::: : :. : : : : .:: . :::..:::.:.: :: .:::::::::: .:::::: XP_011 LSQFENEDLRKELWVSFSGEIGYDLGGVKKEFFYCLFAEMIQPEYGMFMYPEGASCMWFP 780 790 800 810 820 830 750 760 770 780 790 800 pF1KE4 AKPKPEKKRYFLFGMLCGLSLFNLNVANLPFPLALYKKLLDQKPSLEDLKELSPRLGKSL .::: ::::::.::.:::::::: :::::::::::.:::::: ::::::::::: :::.: XP_011 VKPKFEKKRYFFFGVLCGLSLFNCNVANLPFPLALFKKLLDQMPSLEDLKELSPDLGKNL 840 850 860 870 880 890 810 820 830 840 850 860 pF1KE4 QEVLDDAADDIGDALCIRFSIHWDQNDVDLIPNGISIPVDQTNKRDYVSKYIDYIFNVSV : .::: .:.. ... :.:..:::.::..::::: :: :.::::::::::::.:::: :: XP_011 QTLLDDEGDNFEEVFYIHFNVHWDRNDTNLIPNGSSITVNQTNKRDYVSKYINYIFNDSV 900 910 920 930 940 950 870 880 890 900 910 920 pF1KE4 KAVYEEFQRGFYRVCEKEILRHFYPEELMTAIIGNTDYDWKQFEQNSKYEQGYQKSHPTI :::::::.::::..:...:.. :.:::: .:.:::::::: ::.:..:: ::..::::: XP_011 KAVYEEFRRGFYKMCDEDIIKLFHPEELKDVIVGNTDYDWKTFEKNARYEPGYNSSHPTI 960 970 980 990 1000 1010 930 940 950 960 970 980 pF1KE4 QLFWKAFHKLTLDEKKKFLFFLTGRDRLHARGIQKMEIVFRCPETFSERDHPTSITCHNI .::::::::::.:::::: :::: :::. . ...:.:.: :::...::: ..:: .. 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