FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3339, 976 aa 1>>>pF1KE3339 976 - 976 aa - 976 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.3497+/-0.000537; mu= 4.6486+/- 0.033 mean_var=695.0674+/-157.221, 0's: 0 Z-trim(118.5): 1206 B-trim: 1741 in 1/56 Lambda= 0.048648 statistics sampled from 29907 (31607) to 29907 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.706), E-opt: 0.2 (0.371), width: 16 Scan time: 15.910 The best scores are: opt bits E(85289) NP_005223 (OMIM: 179610) ephrin type-A receptor 1 ( 976) 6767 492.2 5.5e-138 XP_006715943 (OMIM: 179610) PREDICTED: ephrin type ( 861) 3612 270.7 2.3e-71 NP_001316019 (OMIM: 116600,176946) ephrin type-A r ( 922) 2938 223.4 4.2e-57 XP_016856024 (OMIM: 116600,176946) PREDICTED: ephr ( 965) 2938 223.5 4.3e-57 XP_016856023 (OMIM: 116600,176946) PREDICTED: ephr ( 973) 2938 223.5 4.3e-57 NP_004422 (OMIM: 116600,176946) ephrin type-A rece ( 976) 2938 223.5 4.3e-57 XP_016865854 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type ( 989) 2822 215.4 1.2e-54 NP_001291465 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor ( 986) 2765 211.3 2e-53 NP_004429 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor 4 ( 986) 2765 211.3 2e-53 NP_872272 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor 5 (1015) 2748 210.2 4.5e-53 XP_005264772 (OMIM: 179611) PREDICTED: ephrin type ( 982) 2704 207.1 3.8e-52 XP_005246431 (OMIM: 602188) PREDICTED: ephrin type ( 949) 2690 206.1 7.4e-52 NP_005224 (OMIM: 179611) ephrin type-A receptor 3 ( 983) 2684 205.7 1e-51 NP_001291466 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor ( 935) 2664 204.2 2.6e-51 NP_001275558 (OMIM: 602190) ephrin type-A receptor ( 993) 2603 200.0 5.2e-50 NP_004434 (OMIM: 601839) ephrin type-B receptor 3 ( 998) 2600 199.8 6e-50 XP_005264773 (OMIM: 179611) PREDICTED: ephrin type ( 918) 2594 199.3 7.8e-50 NP_001268695 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1016) 2581 198.5 1.5e-49 XP_005248726 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type ( 994) 2565 197.3 3.3e-49 NP_004435 (OMIM: 600011) ephrin type-B receptor 4 ( 987) 2487 191.8 1.5e-47 NP_004432 (OMIM: 600600) ephrin type-B receptor 1 ( 984) 2335 181.2 2.4e-44 NP_059145 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B rece ( 986) 2193 171.2 2.4e-41 NP_001296122 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B r (1055) 2193 171.3 2.5e-41 NP_004433 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B rece ( 987) 1680 135.2 1.6e-30 XP_006710504 (OMIM: 600997,603688) PREDICTED: ephr ( 980) 1675 134.8 2.1e-30 NP_004431 (OMIM: 602190) ephrin type-A receptor 7 ( 998) 1594 129.2 1.1e-28 XP_016856026 (OMIM: 116600,176946) PREDICTED: ephr ( 577) 1582 127.9 1.5e-28 XP_016863367 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 904) 1525 124.3 3e-27 XP_016867305 (OMIM: 600011) PREDICTED: ephrin type (1005) 1521 124.1 3.8e-27 XP_016863369 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 852) 1510 123.2 6e-27 XP_016863368 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 869) 1490 121.8 1.6e-26 XP_016863370 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 817) 1459 119.5 7e-26 XP_016861357 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1016) 1453 119.3 1e-25 XP_016861356 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1032) 1453 119.3 1e-25 XP_016861355 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type (1038) 1453 119.3 1e-25 XP_016861699 (OMIM: 600066) PREDICTED: ephrin type (1104) 1447 118.9 1.4e-25 XP_005248728 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type ( 610) 1432 117.4 2.3e-25 XP_005265710 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 874) 1429 117.5 3.1e-25 XP_011530037 (OMIM: 600004) PREDICTED: ephrin type ( 926) 1429 117.5 3.2e-25 NP_001305690 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor ( 969) 1429 117.6 3.3e-25 NP_004430 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor 5 (1037) 1429 117.6 3.4e-25 NP_001268694 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1038) 1429 117.6 3.4e-25 XP_011510844 (OMIM: 600600) PREDICTED: ephrin type ( 394) 1412 115.7 5e-25 XP_006710505 (OMIM: 600997,603688) PREDICTED: ephr ( 956) 1396 115.2 1.6e-24 NP_001296121 (OMIM: 600997,603688) ephrin type-B r ( 928) 1389 114.7 2.2e-24 XP_016865855 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type ( 442) 1332 110.1 2.6e-23 NP_001268696 (OMIM: 600004) ephrin type-A receptor (1004) 1337 111.1 2.9e-23 XP_011514183 (OMIM: 602757) PREDICTED: ephrin type (1021) 1334 110.9 3.4e-23 NP_872585 (OMIM: 179611) ephrin type-A receptor 3 ( 539) 1321 109.5 4.8e-23 XP_011539277 (OMIM: 176945) PREDICTED: ephrin type ( 600) 1311 108.9 8.2e-23 >>NP_005223 (OMIM: 179610) ephrin type-A receptor 1 prec (976 aa) initn: 6767 init1: 6767 opt: 6767 Z-score: 2598.3 bits: 492.2 E(85289): 5.5e-138 Smith-Waterman score: 6767; 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XP_016 DFGLSRVLEDDPEATYTTSGGKIPIRWTAPEAISYRKFTSASDVWSFGIVMWEVMTYGER 760 770 780 790 800 810 830 840 850 860 870 880 pF1KE3 PYGEMSNQEVMKSIEDGYRLPPPVDCPAPLYELMKNCWAYDRARRPHFQKLQAHLEQLLA :: :.::.::::.:.::.::: :.:::. .:.:: .:: .:::::.: . . :..:. XP_016 PYWELSNHEVMKAINDGFRLPTPMDCPSAIYQLMMQCWQQERARRPKFADIVSILDKLIR 820 830 840 850 860 870 890 900 910 920 930 940 pF1KE3 NPHSLRTIANFDPRVTLRLPSLSGSDGIPYRTVSEWLESIRMKRYILHFHSAGLDTMECV : ::.:.:.:::::..:::: :::.:.:.::::::::::.:..: :: .:: ..: : XP_016 APDSLKTLADFDPRVSIRLPSTSGSEGVPFRTVSEWLESIKMQQYTEHFMAAGYTAIEKV 880 890 900 910 920 930 950 960 970 pF1KE3 LELTAEDLTQMGITLPGHQKRILCSIQGFKD ...: .:. ..:. :::::::: :. :.:: XP_016 VQMTNDDIKRIGVRLPGHQKRIAYSLLGLKDQVNTVGIPI 940 950 960 970 >>NP_004422 (OMIM: 116600,176946) ephrin type-A receptor (976 aa) initn: 2394 init1: 916 opt: 2938 Z-score: 1146.0 bits: 223.5 E(85289): 4.3e-57 Smith-Waterman score: 3179; 50.8% identity (73.4% similar) in 977 aa overlap (16-976:16-967) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MERRWPLGLGLVLLLCA-PLPPGARAKEVTLMDTSKAQGELGWLLDPPKDGWSEQQQILN :: .:..:::.:.: . : :::::: : ::. .:.:.: NP_004 MELQAARACFALLWGCALAAAAAAQGKEVVLLDFAAAGGELGWLTHPYGKGWDLMQNIMN 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 GTPLYMYQDCP-MQGRRDTDHWLRSNWIYRGEEASRVHVELQFTVRDCKSFPGGAGPLGC :.:::. : :.: : :.:::.::.:::: : :. .::.::::::.::::::. .: NP_004 DMPIYMYSVCNVMSG--DQDNWLRTNWVYRGE-AERIFIELKFTVRDCNSFPGGAS--SC 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 KETFNLLYMESDQDVGIQLRRPLFQKVTTVAADQSFTIRDLASGSVKLNVERCSLGRLTR :::::: : ::: : : .... :: :. :.: :. . :. . ::::::. :.: ::: NP_004 KETFNLYYAESDLDYGTNFQKRLFTKIDTIAPDEITVSSDFEARHVKLNVEERSVGPLTR 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 RGLYLAFHNPGACVALVSVRVFYQRCPETLNGLAQFPDTLPGP--AGLVEVAGTCLPHAR .:.::::.. ::::::.::::.:..::: :.:::.::.:. : .:. :::::. :: NP_004 KGFYLAFQDIGACVALLSVRVYYKKCPELLQGLAHFPETIAGSDAPSLATVAGTCVDHA- 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 ASPRPSGA-PRMHCSPDGEWLVPVGRCHCEPGYEEGGSGEACVACPSGSYRMDMDTPHCL . : :.: :::::. :::::::.:.: :. :::. .:: :: : .... . :: NP_004 VVP-PGGEEPRMHCAVDGEWLVPIGQCLCQAGYEK--VEDACQACSPGFFKFEASESPCL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 TCPQQSTAESEGATICTCESGHYRAPGEGPQVACTGPPSAPRNLSFSASGTQLSLRWEPP ::... :::: : :: : .::: . .. :: :::::. :. . :... ::: :: NP_004 ECPEHTLPSPEGATSCECEEGFFRAPQDPASMPCTRPPSAPHYLTAVGMGAKVELRWTPP 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 ADTGGRQDVRYSVRCSQCQGTAQDGGPCQPCGVGVHFSPGARGLTTPAVHVNGLEPYANY :.:::.:. ::: : :: ..: : :: ..:..: .::: .: :. :::. :: NP_004 QDSGGREDIVYSVTCEQCW---PESGECGPCEASVRYSEPPHGLTRTSVTVSDLEPHMNY 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 TFNVEAQNGVSGLGSSGHASTSVSISMGHAESLSGLSLRLVKKEPRQLELTWAGSRPRSP ::.:::.:::::: .: .. ..:.:....: ..:: . .: ..:. :.. NP_004 TFTVEARNGVSGLVTS-RSFRTASVSINQTEP---PKVRLEGRSTTSLSVSWSIPPPQQS 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE3 GANLTYELHVLNQ-DEERYQMVLEP--RVLLTELQPDTTYIVRVRMLTPLGPGPFSPDHE . ::. .. : . :.. : : .: :::::.:.:. :: : : : :: NP_004 RV-WKYEVTYRKKGDSNSYNVRRTEGFSVTLDDLAPDTTYLVQVQALTQEGQGAGSKVHE 470 480 490 500 510 520 540 550 560 570 580 pF1KE3 FRTSPPVSRG---LTGGEIVAVIFGLLLGAALLLGILVFRSRRAQRQRQQRQRDRATDVD :.: : . : . :: :.:.. :.:.. .:... : :. :: ::. . :: NP_004 FQTLSPEGSGNLAVIGGVAVGVVLLLVLAG---VGFFIHRRRKNQRARQSPE-----DVY 530 540 550 560 570 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 REDKLWLKP---YVDLQAYEDPAQGALDFTRELDPAWLMVDTVIGEGEFGEVYRGTLRLP . ::: ::: ..:::: :..: :: :. :. . . ::: :::::::.: :. NP_004 FSKSEQLKPLKTYVDPHTYEDPNQAVLKFTTEIHPSCVTRQKVIGAGEFGEVYKGMLKTS 580 590 600 610 620 630 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 SQDCKT-VAIKTLKDTSPGGQWWNFLREATIMGQFSHPHILHLEGVVTKRKPIMIITEFM : .. ::::::: : .:: :: ::::::: .:..::::..: ::.:::::.: NP_004 SGKKEVPVAIKTLKAGYTEKQRVDFLGEAGIMGQFSHHNIIRLEGVISKYKPMMIITEYM 640 650 660 670 680 690 710 720 730 740 750 760 pF1KE3 ENGALDAFLREREDQLVPGQLVAMLQGIASGMNYLSNHNYVHRDLAARNILVNQNLCCKV :::::: ::::.. .. :::.::.:::.::.::.: :::::::::::::::.:: ::: NP_004 ENGALDKFLREKDGEFSVLQLVGMLRGIAAGMKYLANMNYVHRDLAARNILVNSNLVCKV 700 710 720 730 740 750 770 780 790 800 810 820 pF1KE3 SDFGLTRLL-DDFDGTYETQGGKIPIRWTAPEAIAHRIFTTASDVWSFGIVMWEVLSFGD :::::.:.: :: ..:: :.::::::::::::::..: ::.::::::::::::::...:. NP_004 SDFGLSRVLEDDPEATYTTSGGKIPIRWTAPEAISYRKFTSASDVWSFGIVMWEVMTYGE 760 770 780 790 800 810 830 840 850 860 870 880 pF1KE3 KPYGEMSNQEVMKSIEDGYRLPPPVDCPAPLYELMKNCWAYDRARRPHFQKLQAHLEQLL .:: :.::.::::.:.::.::: :.:::. .:.:: .:: .:::::.: . . :..:. NP_004 RPYWELSNHEVMKAINDGFRLPTPMDCPSAIYQLMMQCWQQERARRPKFADIVSILDKLI 820 830 840 850 860 870 890 900 910 920 930 940 pF1KE3 ANPHSLRTIANFDPRVTLRLPSLSGSDGIPYRTVSEWLESIRMKRYILHFHSAGLDTMEC : ::.:.:.:::::..:::: :::.:.:.::::::::::.:..: :: .:: ..: NP_004 RAPDSLKTLADFDPRVSIRLPSTSGSEGVPFRTVSEWLESIKMQQYTEHFMAAGYTAIEK 880 890 900 910 920 930 950 960 970 pF1KE3 VLELTAEDLTQMGITLPGHQKRILCSIQGFKD :...: .:. ..:. :::::::: :. :.:: NP_004 VVQMTNDDIKRIGVRLPGHQKRIAYSLLGLKDQVNTVGIPI 940 950 960 970 >>XP_016865854 (OMIM: 602190) PREDICTED: ephrin type-A r (989 aa) initn: 1991 init1: 734 opt: 2822 Z-score: 1101.9 bits: 215.4 E(85289): 1.2e-54 Smith-Waterman score: 2822; 45.5% identity (72.1% similar) in 985 aa overlap (5-975:10-976) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MERRWPLGLGLVLLLCAPLPPGARAKEVTLMDTSKAQGELGWLLDPPKDGWSEQQ : . . :: : . :::: :.:.. : :: :. .:: .:: : . XP_016 MVFQTRYPSWIILCYIWLLRFAHTGEAQAAKEVLLLDSKAQQTELEWISSPP-NGWEEIS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 QI-LNGTPLYMYQDCPMQGRRDTDHWLRSNWIYRGEEASRVHVELQFTVRDCKSFPGGAG . : ::. :: : .. . . ..:::.::: .:. :.:. :::.::.:::.:.:: : XP_016 GLDENYTPIRTYQVCQVM-EPNQNNWLRTNWISKGN-AQRIFVELKFTLRDCNSLPGVLG 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 PLGCKETFNLLYMESDQDVGIQLRRPLFQKVTTVAADQSFTIRDLASGSVKLNVERCSLG ::::::: :.:.: :.: ..:. :. :. :.:::.::: ::. ..:::.: .: XP_016 T--CKETFNLYYYETDYDTGRNIRENLYVKIDTIAADESFTQGDLGERKMKLNTEVREIG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 RLTRRGLYLAFHNPGACVALVSVRVFYQRCPETLNGLAQFPDTLPGP--AGLVEVAGTCL :...:.::::.. :::.:::::.:.:..: ...:: ::::. : ..:::: :::. XP_016 PLSKKGFYLAFQDVGACIALVSVKVYYKKCWSIIENLAIFPDTVTGSEFSSLVEVRGTCV 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE3 PHARASPRPSGAPRMHCSPDGEWLVPVGRCHCEPGYEEGGSGEACVACPSGSYRMDMDTP . : . .::::::: .::::::.:.: :. ::.. .:..: : : :. . . XP_016 --SSAEEEAENAPRMHCSAEGEWLVPIGKCICKAGYQQ--KGDTCEPCGRGFYKSSSQDL 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE3 HCLTCPQQSTAESEGATICTCESGHYRAPGEGPQVACTGPPSAPRNLSFSASGTQLSLRW .: :: .: ...::.. : ::.:.::::.. : :::: :::::.:: :. . : .::.: XP_016 QCSRCPTHSFSDKEGSSRCECEDGYYRAPSDPPYVACTRPPSAPQNLIFNINQTTVSLEW 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 EPPADTGGRQDVRYSVRCSQCQGTAQDGGPCQPCGVGVHFSPGARGLTTPAVHVNGLEPY ::::.:::.:: : . :..: . . : : ::: .. . : :: : : : . XP_016 SPPADNGGRNDVTYRILCKRC---SWEQGECVPCGSNIGYMPQQTGLEDNYVTVMDLLAH 360 370 380 390 400 420 430 440 450 460 470 pF1KE3 ANYTFNVEAQNGVSGLGSSGHASTSVSISMGHAE--SLSGLSLRLVKKEPRQLELTWAGS :::::.::: :::: :. : . ..:::. :.: ..::. . : . :..::.: . XP_016 ANYTFEVEAVNGVSDLSRSQRLFAAVSITTGQAAPSQVSGVMKERVLQ--RSVELSW--Q 410 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 pF1KE3 RPRSPGANLT-YELHVLNQDE-ERYQMVLEPRVL---LTELQPDTTYIVRVRMLTPLGPG .:. :.. .: ::.. ..:. :: ... . ...:.: :.:. ..: .: : : XP_016 EPEHPNGVITEYEIKYYEKDQRERTYSTVKTKSTSASINNLKPGTVYVFQIRAFTAAGYG 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 PFSPDHEFRTSPPVSRGLTGGEIVAVIFGLLLGAALLLGILVFRSRRAQRQRQQRQRDRA .:: . : .. ...: ::. ....: . :::: :.. ..: XP_016 NYSPRLDVATLEEATATAVSSEQNPVIIIAVVAVAGTI-ILVFMVFGFIIGRRHCGYSKA 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 TDVDREDKLWL---KPYVDLQAYEDPAQGALDFTRELDPAWLMVDTVIGEGEFGEVYRGT : . ...:.. : :.: ..:::: ... .:..::: . . .. ::: :::::: : XP_016 -DQEGDEELYFHCTKTYIDPETYEDPNRAVHQFAKELDASCIKIERVIGAGEFGEVCSGR 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 pF1KE3 LRLPSQDCKTVAIKTLKDTSPGGQWWNFLREATIMGQFSHPHILHLEGVVTKRKPIMIIT :.::.. .::::::: : .:: ::.:::::.::...:::::::. ::.::. 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XP_016 LESVARMTIEDVMSLGITLVGHQKKIMSSIQTMRAQMLHLHGTGIQV 950 960 970 980 >>NP_001291465 (OMIM: 602188) ephrin type-A receptor 4 i (986 aa) initn: 2671 init1: 784 opt: 2765 Z-score: 1080.3 bits: 211.3 E(85289): 2e-53 Smith-Waterman score: 2765; 45.6% identity (72.2% similar) in 962 aa overlap (25-975:28-973) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MERRWPLGLGLVLLLCAPLPPGARAKEVTLMDTSKAQGELGWLLDPPKDGWSEQQQI :.::::.:. ..::::::. .: . :: :. .: NP_001 MAGIFYFALFSCLFGICDAVTGSRVYPANEVTLLDSRSVQGELGWIASPLEGGW-EEVSI 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 LN--GTPLYMYQDCPMQGRRDTDHWLRSNWIYRGEEASRVHVELQFTVRDCKSFPGGAGP .. .::. :: : .. . . ..:::..:: : : :.::..:..::.:::.:.:: : NP_001 MDEKNTPIRTYQVCNVM-EPSQNNWLRTDWITR-EGAQRVYIEIKFTLRDCNSLPGVMGT 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 LGCKETFNLLYMESDQDVGIQLRRPLFQKVTTVAADQSFTIRDLASGSVKLNVERCSLGR ::::::: :.:::.: .:. : :. :.:::.::: :... .:::.: ..: NP_001 --CKETFNLYYYESDNDKERFIRENQFVKIDTIAADESFTQVDIGDRIMKLNTEIRDVGP 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE3 LTRRGLYLAFHNPGACVALVSVRVFYQRCPETLNGLAQFPDTLPGP--AGLVEVAGTCLP :...:.::::.. :::.:::::::::..:: :. .:::::::. : ..:::: :.:. 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