Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE3312
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE3312, 795 aa
1>>>pF1KE3312 795 - 795 aa - 795 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 8.2514+/-0.0011; mu= 7.5282+/- 0.065
mean_var=243.9279+/-52.654, 0's: 0 Z-trim(109.8): 759 B-trim: 0 in 0/52
Lambda= 0.082119
statistics sampled from 10300 (11130) to 10300 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.687), E-opt: 0.2 (0.342), width: 16
Scan time: 3.820
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS2863.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 ( 841) 3047 375.2 2.4e-103
CCDS54593.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 ( 752) 2256 281.5 3.6e-75
CCDS56349.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1214) 988 131.5 8.3e-30
CCDS56348.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1189) 979 130.4 1.7e-29
CCDS56350.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1242) 979 130.4 1.8e-29
CCDS47162.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1258) 979 130.4 1.8e-29
CCDS56351.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1286) 979 130.4 1.8e-29
CCDS31979.1 NEK5 gene_id:341676|Hs108|chr13 ( 708) 846 114.4 6.7e-25
CCDS73576.1 NEK3 gene_id:4752|Hs108|chr13 ( 506) 843 113.9 6.8e-25
CCDS46915.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 470) 788 107.3 5.9e-23
CCDS54639.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 599) 790 107.7 5.9e-23
CCDS82836.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 482) 788 107.4 6e-23
CCDS3069.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 645) 790 107.7 6.2e-23
CCDS32597.1 NEK8 gene_id:284086|Hs108|chr17 ( 692) 752 103.3 1.5e-21
CCDS9839.1 NEK9 gene_id:91754|Hs108|chr14 ( 979) 712 98.7 5e-20
CCDS1500.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 445) 648 90.7 5.6e-18
CCDS55682.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 384) 645 90.3 6.5e-18
CCDS73024.1 NEK2 gene_id:4751|Hs108|chr1 ( 388) 645 90.3 6.5e-18
CCDS1394.1 NEK7 gene_id:140609|Hs108|chr1 ( 302) 633 88.8 1.5e-17
CCDS6854.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 313) 610 86.1 1e-16
CCDS55338.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 331) 610 86.1 1e-16
CCDS55339.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 338) 610 86.1 1.1e-16
CCDS48015.1 NEK6 gene_id:10783|Hs108|chr9 ( 347) 610 86.1 1.1e-16
CCDS82837.1 NEK11 gene_id:79858|Hs108|chr3 ( 540) 566 81.1 5.4e-15
CCDS58750.1 STK36 gene_id:27148|Hs108|chr2 (1294) 528 77.0 2.2e-13
CCDS2421.1 STK36 gene_id:27148|Hs108|chr2 (1315) 528 77.0 2.2e-13
CCDS33293.1 MAP3K19 gene_id:80122|Hs108|chr2 ( 510) 505 73.9 7.7e-13
CCDS63020.1 MAP3K19 gene_id:80122|Hs108|chr2 (1215) 505 74.3 1.4e-12
CCDS2176.2 MAP3K19 gene_id:80122|Hs108|chr2 (1328) 505 74.3 1.5e-12
CCDS75250.1 PLK2 gene_id:10769|Hs108|chr5 ( 671) 494 72.7 2.3e-12
CCDS3974.1 PLK2 gene_id:10769|Hs108|chr5 ( 685) 494 72.7 2.3e-12
CCDS82487.1 MAP4K4 gene_id:9448|Hs108|chr2 (1165) 495 73.1 3.1e-12
CCDS11213.1 ULK2 gene_id:9706|Hs108|chr17 (1036) 494 72.9 3.1e-12
CCDS74546.1 MAP4K4 gene_id:9448|Hs108|chr2 (1273) 489 72.4 5.4e-12
CCDS63021.1 MAP3K19 gene_id:80122|Hs108|chr2 ( 460) 478 70.6 6.6e-12
CCDS53651.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 709) 474 70.3 1.2e-11
CCDS8051.2 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 724) 474 70.3 1.3e-11
CCDS56130.1 MAP4K4 gene_id:9448|Hs108|chr2 (1239) 475 70.7 1.7e-11
CCDS45589.1 MINK1 gene_id:50488|Hs108|chr17 (1303) 474 70.6 1.9e-11
CCDS45590.1 MINK1 gene_id:50488|Hs108|chr17 (1312) 474 70.6 1.9e-11
CCDS45588.1 MINK1 gene_id:50488|Hs108|chr17 (1332) 474 70.6 1.9e-11
CCDS53650.1 MARK2 gene_id:2011|Hs108|chr11 ( 719) 467 69.5 2.2e-11
CCDS3735.1 PLK4 gene_id:10733|Hs108|chr4 ( 970) 467 69.6 2.7e-11
CCDS54673.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3 (1268) 466 69.7 3.5e-11
CCDS54674.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3 (1276) 466 69.7 3.5e-11
CCDS54677.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3 (1297) 466 69.7 3.6e-11
CCDS54678.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3 (1305) 466 69.7 3.6e-11
CCDS54675.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3 (1323) 466 69.7 3.6e-11
CCDS54676.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3 (1331) 466 69.7 3.6e-11
CCDS54679.1 TNIK gene_id:23043|Hs108|chr3 (1352) 466 69.7 3.7e-11
>>CCDS2863.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 (841 aa)
initn: 3015 init1: 3015 opt: 3047 Z-score: 1968.9 bits: 375.2 E(32554): 2.4e-103
Smith-Waterman score: 5025; 94.4% identity (94.4% similar) in 827 aa overlap (1-781:1-827)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MPLAAYCYLRVVGKGSYGEVTLVKHRRDGKQYVIKKLNLRNASSRERRAAEQEAQLLSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 MPLAAYCYLRVVGKGSYGEVTLVKHRRDGKQYVIKKLNLRNASSRERRAAEQEAQLLSQL
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 KHPNIVTYKESWEGGDGLLYIVMGFCEGGDLYRKLKEQKGQLLPENQVVEWFVQIAMALQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 KHPNIVTYKESWEGGDGLLYIVMGFCEGGDLYRKLKEQKGQLLPENQVVEWFVQIAMALQ
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 YLHEKHILHRDLKTQNVFLTRTNIIKVGDLGIARVLENHCDMASTLIGTPYYMSPELFSN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 YLHEKHILHRDLKTQNVFLTRTNIIKVGDLGIARVLENHCDMASTLIGTPYYMSPELFSN
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KPYNYKSDVWALGCCVYEMATLKHAFNAKDMNSLVYRIIEGKLPPMPRDYSPELAELIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 KPYNYKSDVWALGCCVYEMATLKHAFNAKDMNSLVYRIIEGKLPPMPRDYSPELAELIRT
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 MLSKRPEERPSVRSILRQPYIKRQISFFLEATKIKTSKNNIKNGDSQSKPFATVVSGEAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 MLSKRPEERPSVRSILRQPYIKRQISFFLEATKIKTSKNNIKNGDSQSKPFATVVSGEAE
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SNHEVIHPQPLSSEGSQTYIMGEGKCLSQEKPRASGLLKSPASLKAHTCKQDLSNTTELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 SNHEVIHPQPLSSEGSQTYIMGEGKCLSQEKPRASGLLKSPASLKAHTCKQDLSNTTELA
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 TISSVNIDILPAKGRDSVSDGFVQENQPRYLDASNELGGICSISQVEEEMLQDNTKSSAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 TISSVNIDILPAKGRDSVSDGFVQENQPRYLDASNELGGICSISQVEEEMLQDNTKSSAQ
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE3 PENLIPMWSSDIVTGEKNEPVKPLQPLIKEQKPKDQ------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 PENLIPMWSSDIVTGEKNEPVKPLQPLIKEQKPKDQSLALSPKLECSGTILAHSNLRLLG
430 440 450 460 470 480
460 470 480 490
pF1KE3 ----------------------DQVAGECIIEKQGRIHPDLQPHNSGSEPSLSRQRRQKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 SSDSPASASRVAGITGVCHHAQDQVAGECIIEKQGRIHPDLQPHNSGSEPSLSRQRRQKR
490 500 510 520 530 540
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 REQTEHRGEKRQVRRDLFAFQESPPRFLPSHPIVGKVDVTSTQKEAENQRRVVTGSVSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 REQTEHRGEKRQVRRDLFAFQESPPRFLPSHPIVGKVDVTSTQKEAENQRRVVTGSVSSS
550 560 570 580 590 600
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 RSSEMSSSKDRPLSARERRRLKQSQEEMSSSGPSVRKASLSVAGPGKPQEEDQPLPARRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 RSSEMSSSKDRPLSARERRRLKQSQEEMSSSGPSVRKASLSVAGPGKPQEEDQPLPARRL
610 620 630 640 650 660
620 630 640 650 660 670
pF1KE3 SSDCSVTQERKQIHCLSEDELSSSTSSTDKSDGDYGEGKGQTNEINALVQLMTQTLKLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 SSDCSVTQERKQIHCLSEDELSSSTSSTDKSDGDYGEGKGQTNEINALVQLMTQTLKLDS
670 680 690 700 710 720
680 690 700 710 720 730
pF1KE3 KESCEDVPVANPVSEFKLHRKYRDTLILHGKVAEEAEEIHFKELPSAIMPGSEKIRRLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 KESCEDVPVANPVSEFKLHRKYRDTLILHGKVAEEAEEIHFKELPSAIMPGSEKIRRLVE
730 740 750 760 770 780
740 750 760 770 780 790
pF1KE3 VLRTDVIRGLGVQLLEQVYDLLEEEDEFDREVRLREHMGEKYTTYSVKARQLKFFEENMN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS28 VLRTDVIRGLGVQLLEQVYDLLEEEDEFDREVRLREHMGEKYTTYSVKARQLKFFEENMN
790 800 810 820 830 840
pF1KE3 F
CCDS28 F
>>CCDS54593.1 NEK4 gene_id:6787|Hs108|chr3 (752 aa)
initn: 2421 init1: 2224 opt: 2256 Z-score: 1463.0 bits: 281.5 E(32554): 3.6e-75
Smith-Waterman score: 4250; 83.7% identity (83.7% similar) in 827 aa overlap (1-781:1-738)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MPLAAYCYLRVVGKGSYGEVTLVKHRRDGKQYVIKKLNLRNASSRERRAAEQEAQLLSQL
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MPLAAYCYLRVVGKGSYGEVTLVKHRRDGKQY----------------------------
10 20 30
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 KHPNIVTYKESWEGGDGLLYIVMGFCEGGDLYRKLKEQKGQLLPENQVVEWFVQIAMALQ
CCDS54 ------------------------------------------------------------
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 YLHEKHILHRDLKTQNVFLTRTNIIKVGDLGIARVLENHCDMASTLIGTPYYMSPELFSN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 -LHEKHILHRDLKTQNVFLTRTNIIKVGDLGIARVLENHCDMASTLIGTPYYMSPELFSN
40 50 60 70 80 90
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KPYNYKSDVWALGCCVYEMATLKHAFNAKDMNSLVYRIIEGKLPPMPRDYSPELAELIRT
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KPYNYKSDVWALGCCVYEMATLKHAFNAKDMNSLVYRIIEGKLPPMPRDYSPELAELIRT
100 110 120 130 140 150
250 260 270 280 290 300
pF1KE3 MLSKRPEERPSVRSILRQPYIKRQISFFLEATKIKTSKNNIKNGDSQSKPFATVVSGEAE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 MLSKRPEERPSVRSILRQPYIKRQISFFLEATKIKTSKNNIKNGDSQSKPFATVVSGEAE
160 170 180 190 200 210
310 320 330 340 350 360
pF1KE3 SNHEVIHPQPLSSEGSQTYIMGEGKCLSQEKPRASGLLKSPASLKAHTCKQDLSNTTELA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SNHEVIHPQPLSSEGSQTYIMGEGKCLSQEKPRASGLLKSPASLKAHTCKQDLSNTTELA
220 230 240 250 260 270
370 380 390 400 410 420
pF1KE3 TISSVNIDILPAKGRDSVSDGFVQENQPRYLDASNELGGICSISQVEEEMLQDNTKSSAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 TISSVNIDILPAKGRDSVSDGFVQENQPRYLDASNELGGICSISQVEEEMLQDNTKSSAQ
280 290 300 310 320 330
430 440 450
pF1KE3 PENLIPMWSSDIVTGEKNEPVKPLQPLIKEQKPKDQ------------------------
::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 PENLIPMWSSDIVTGEKNEPVKPLQPLIKEQKPKDQSLALSPKLECSGTILAHSNLRLLG
340 350 360 370 380 390
460 470 480 490
pF1KE3 ----------------------DQVAGECIIEKQGRIHPDLQPHNSGSEPSLSRQRRQKR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SSDSPASASRVAGITGVCHHAQDQVAGECIIEKQGRIHPDLQPHNSGSEPSLSRQRRQKR
400 410 420 430 440 450
500 510 520 530 540 550
pF1KE3 REQTEHRGEKRQVRRDLFAFQESPPRFLPSHPIVGKVDVTSTQKEAENQRRVVTGSVSSS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 REQTEHRGEKRQVRRDLFAFQESPPRFLPSHPIVGKVDVTSTQKEAENQRRVVTGSVSSS
460 470 480 490 500 510
560 570 580 590 600 610
pF1KE3 RSSEMSSSKDRPLSARERRRLKQSQEEMSSSGPSVRKASLSVAGPGKPQEEDQPLPARRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 RSSEMSSSKDRPLSARERRRLKQSQEEMSSSGPSVRKASLSVAGPGKPQEEDQPLPARRL
520 530 540 550 560 570
620 630 640 650 660 670
pF1KE3 SSDCSVTQERKQIHCLSEDELSSSTSSTDKSDGDYGEGKGQTNEINALVQLMTQTLKLDS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 SSDCSVTQERKQIHCLSEDELSSSTSSTDKSDGDYGEGKGQTNEINALVQLMTQTLKLDS
580 590 600 610 620 630
680 690 700 710 720 730
pF1KE3 KESCEDVPVANPVSEFKLHRKYRDTLILHGKVAEEAEEIHFKELPSAIMPGSEKIRRLVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 KESCEDVPVANPVSEFKLHRKYRDTLILHGKVAEEAEEIHFKELPSAIMPGSEKIRRLVE
640 650 660 670 680 690
740 750 760 770 780 790
pF1KE3 VLRTDVIRGLGVQLLEQVYDLLEEEDEFDREVRLREHMGEKYTTYSVKARQLKFFEENMN
:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS54 VLRTDVIRGLGVQLLEQVYDLLEEEDEFDREVRLREHMGEKYTTYSVKARQLKFFEENMN
700 710 720 730 740 750
pF1KE3 F
CCDS54 F
>>CCDS56349.1 NEK1 gene_id:4750|Hs108|chr4 (1214 aa)
initn: 797 init1: 756 opt: 988 Z-score: 648.6 bits: 131.5 E(32554): 8.3e-30
Smith-Waterman score: 1000; 29.8% identity (61.3% similar) in 732 aa overlap (3-697:1-707)
10 20 30 40 50 60
pF1KE3 MPLAAYCYLRVVGKGSYGEVTLVKHRRDGKQYVIKKLNLRNASSRERRAAEQEAQLLSQL
. : :. .:.::.:.. ::: .::.:::::..:. ::.::. ...:. .:...
CCDS56 MEKYVRLQKIGEGSFGKAILVKSTEDGRQYVIKEINISRMSSKEREESRREVAVLANM
10 20 30 40 50
70 80 90 100 110 120
pF1KE3 KHPNIVTYKESWEGGDGLLYIVMGFCEGGDLYRKLKEQKGQLLPENQVVEWFVQIAMALQ
:::::: :.::.: .: ::::: .::::::..... ::: :. :.:...::::: .::.
CCDS56 KHPNIVQYRESFEE-NGSLYIVMDYCEGGDLFKRINAQKGVLFQEDQILDWFVQICLALK
60 70 80 90 100 110
130 140 150 160 170 180
pF1KE3 YLHEKHILHRDLKTQNVFLTRTNIIKVGDLGIARVLENHCDMASTLIGTPYYMSPELFSN
..:...:::::.:.::.:::. . ...::.::::::.. ..: : ::::::.:::. :
CCDS56 HVHDRKILHRDIKSQNIFLTKDGTVQLGDFGIARVLNSTVELARTCIGTPYYLSPEICEN
120 130 140 150 160 170
190 200 210 220 230 240
pF1KE3 KPYNYKSDVWALGCCVYEMATLKHAFNAKDMNSLVYRIIEGKLPPMPRDYSPELAELIRT
:::: :::.::::: .::. ::::::.: .:..:: .:: :..::. :: .: :.
CCDS56 KPYNNKSDIWALGCVLYELCTLKHAFEAGSMKNLVLKIISGSFPPVSLHYSYDLRSLVSQ
180 190 200 210 220 230
250 260 270 280 290
pF1KE3 MLSKRPEERPSVRSILRQPYIKRQISFFLEATKIKTS---KNNIKNGDSQSKPFATVVSG
.... :..:::: :::.. .: ..: :: : :. : : :: : .::
CCDS56 LFKRNPRDRPSVNSILEKGFIAKRIEKFLSPQLIAEEFCLKTFSKFG-SQPIPAKRPASG
240 250 260 270 280 290
300 310 320 330 340
pF1KE3 EAESNHEVIHP-----QPLSSEGSQTYIMGEG-KCLSQEKP--RASGLLKSPASLKAHTC
. : . : .: .. : : : : ..:: . . ..: . ...:
CCDS56 Q---NSISVMPAQKITKPAAKYGIPLAYKKYGDKKLHEKKPLQKHKQAHQTPEK-RVNTG
300 310 320 330 340 350
350 360 370 380 390 400
pF1KE3 KQDLSNTTELATISSVNIDILPAKGRDSVSDGFVQENQPRYLDASNELGGICSISQVEEE
.. . . : : ... : .:.. . . :.. : .: . :....:.
CCDS56 EERRKISEEAARKRRLEFIEKEKKQKDQIISLMKAEQMKR-----QEKERLERINRAREQ
360 370 380 390 400
410 420 430 440 450 460
pF1KE3 MLQDNTKSSAQPENLIPMWSSDIVTGEKN-------EPVKPLQPLIKEQKPKDQDQVAGE
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