FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE1191, 824 aa 1>>>pF1KE1191 824 - 824 aa - 824 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 11.2897+/-0.00107; mu= -6.0706+/- 0.064 mean_var=296.6209+/-60.994, 0's: 0 Z-trim(113.7): 61 B-trim: 382 in 1/52 Lambda= 0.074469 statistics sampled from 14268 (14329) to 14268 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.749), E-opt: 0.2 (0.44), width: 16 Scan time: 4.360 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS2048.1 NPAS2 gene_id:4862|Hs108|chr2 ( 824) 5537 608.8 1.2e-173 CCDS3500.1 CLOCK gene_id:9575|Hs108|chr4 ( 846) 2567 289.7 1.4e-77 >>CCDS2048.1 NPAS2 gene_id:4862|Hs108|chr2 (824 aa) initn: 5537 init1: 5537 opt: 5537 Z-score: 3230.9 bits: 608.8 E(32554): 1.2e-173 Smith-Waterman score: 5537; 99.9% identity (100.0% similar) in 824 aa overlap (1-824:1-824) 10 20 30 40 50 60 pF1KE1 MDEDEKDRAKRASRNKSEKKRRDQFNVLIKELSSMLPGNTRKMDKTTVLEKVIGFLQKHN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 MDEDEKDRAKRASRNKSEKKRRDQFNVLIKELSSMLPGNTRKMDKTTVLEKVIGFLQKHN 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE1 EVSAQTEICDIQQDWKPSFLSNEEFTQLMLEALDGFIIAVTTDGSIIYVSDSITPLLGHL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 EVSAQTEICDIQQDWKPSFLSNEEFTQLMLEALDGFIIAVTTDGSIIYVSDSITPLLGHL 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE1 PSDVMDQNLLNFLPEQEHSEVYKILSSHMLVTDSPSPEYLKSDSDLEFYCHLLRGSLNPK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 PSDVMDQNLLNFLPEQEHSEVYKILSSHMLVTDSPSPEYLKSDSDLEFYCHLLRGSLNPK 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE1 EFPTYEYIKFVGNFRSYNNVPSPSCNGFDNTLSRPCRVPLGKEVCFIATVRLATPQFLKE :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 EFPTYEYIKFVGNFRSYNNVPSPSCNGFDNTLSRPCRVPLGKEVCFIATVRLATPQFLKE 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE1 MCIVDEPLEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHIDDLELLARCH :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 MCIVDEPLEEFTSRHSLEWKFLFLDHRAPPIIGYLPFEVLGTSGYDYYHIDDLELLARCH 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE1 QHLMQFGKGKSCCYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSKPEFIVCTHSVVSYADVRVER :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 QHLMQFGKGKSCCYRFLTKGQQWIWLQTHYYITYHQWNSKPEFIVCTHSVVSYADVRVER 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 pF1KE1 RQELALEDPPSEALHSSALKDKGSSLEPRQHFNALDVGASGLNTSHSPSASSRSSHKSSH :::::::::::::::::::::::::::::::::.:::::::::::::::::::::::::: CCDS20 RQELALEDPPSEALHSSALKDKGSSLEPRQHFNTLDVGASGLNTSHSPSASSRSSHKSSH 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 pF1KE1 TAMSEPTSTPTKLMAEASTPALPRSATLPQELPVPGLSQAATMPAPLPSPSSCDLTQQLL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 TAMSEPTSTPTKLMAEASTPALPRSATLPQELPVPGLSQAATMPAPLPSPSSCDLTQQLL 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 pF1KE1 PQTVLQSTPAPMAQFSAQFSMFQTIKDQLEQRTRILQANIRWQQEELHKIQEQLCLVQDS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 PQTVLQSTPAPMAQFSAQFSMFQTIKDQLEQRTRILQANIRWQQEELHKIQEQLCLVQDS 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 pF1KE1 NVQMFLQQPAVSLSFSSTQRPEAQQQLQQRSAAVTQPQLGAGPQLPGQISSAQVTSQHLL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 NVQMFLQQPAVSLSFSSTQRPEAQQQLQQRSAAVTQPQLGAGPQLPGQISSAQVTSQHLL 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 pF1KE1 RESSVISTQGPKPMRSSQLMQSSGRSGSSLVSPFSSATAALPPSLNLTTPASTSQDASQC :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 RESSVISTQGPKPMRSSQLMQSSGRSGSSLVSPFSSATAALPPSLNLTTPASTSQDASQC 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 pF1KE1 QPSPDFSHDRQLRLLLSQPIQPMMPGSCDARQPSEVSRTGRQVKYAQSQTVFQNPDAHPA :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 QPSPDFSHDRQLRLLLSQPIQPMMPGSCDARQPSEVSRTGRQVKYAQSQTVFQNPDAHPA 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 pF1KE1 NSSSAPMPVLLMGQAVLHPSFPASQPSPLQPAQARQQPPQHYLQVQAPTSLHSEQQDSLL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 NSSSAPMPVLLMGQAVLHPSFPASQPSPLQPAQARQQPPQHYLQVQAPTSLHSEQQDSLL 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 pF1KE1 LSTYSQQPGTLGYPQPPPAQPQPLRPPRRVSSLSESSGLQQPPR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS20 LSTYSQQPGTLGYPQPPPAQPQPLRPPRRVSSLSESSGLQQPPR 790 800 810 820 >>CCDS3500.1 CLOCK gene_id:9575|Hs108|chr4 (846 aa) initn: 2378 init1: 1955 opt: 2567 Z-score: 1506.2 bits: 289.7 E(32554): 1.4e-77 Smith-Waterman score: 2567; 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