FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2571, 1326 aa 1>>>pF1KE2571 1326 - 1326 aa - 1326 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.7456+/-0.0012; mu= 3.0194+/- 0.072 mean_var=246.0094+/-49.719, 0's: 0 Z-trim(108.2): 33 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.081771 statistics sampled from 10066 (10083) to 10066 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.649), E-opt: 0.2 (0.31), width: 16 Scan time: 4.780 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS54973.1 CARMIL1 gene_id:55604|Hs108|chr6 (1371) 7619 913.5 0 CCDS32054.1 CARMIL3 gene_id:90668|Hs108|chr14 (1372) 2824 347.8 1.2e-94 CCDS81998.1 CARMIL2 gene_id:146206|Hs108|chr16 (1372) 2088 261.0 1.6e-68 CCDS45513.1 CARMIL2 gene_id:146206|Hs108|chr16 (1435) 1233 160.1 3.9e-38 >>CCDS54973.1 CARMIL1 gene_id:55604|Hs108|chr6 (1371 aa) initn: 7690 init1: 7590 opt: 7619 Z-score: 4869.9 bits: 913.5 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(1-1322:1-1323) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MTEESSDVPRELIESIKDVIGRKIKISVKKKVKLEVKGDKVENKVLVLTSCRAFLVTARI :.. : .. ::: .::. ... .. ...::::.: : :..::.::: : : .. CCDS32 MAKPSVELTRELQDSIRRCLSQGAVLQ-QHHVKLETKPKKFEDRVLALTSWRLHLFLLKV 10 20 30 40 50 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 PTKLELTFSYLEIHGVVCSKSAQMIVETEKCSISMKMASPEDVSEVLAHIGTCLRKIFPG :.:.: .:. :::.. .. :..::::. .::.. : :.:..: :... : :. :: CCDS32 PAKVESSFNVLEIRAFNTLSQNQILVETERGMVSMRLPSAESVDQVTRHVSSALSKVCPG 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 LSPVRIMKKVSMEPSERLASLQALWDSQTVAEQGPCGGFSQMYACVCDWLGFSYREEVQW : .... . . : . . ...: . .. :::::. :: .::. :. :::::: CCDS32 --PGCLIRRGNADTPEGPRDTSPNSETSTSTTHSVCGGFSETYAALCDYNGLHCREEVQW 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 DVDTIYLTQDTRELNLQDFSHLDHRDLIPIIAALEYNQWFTKLSSKDLKLSTDVCEQILR :::::: ..:.::.:: :::::. ::: ..::: :::::::: :::.:...: ::.:. CCDS32 DVDTIYHAEDNREFNLLDFSHLESRDLALMVAALAYNQWFTKLYCKDLRLGSEVLEQVLH 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 VVSRSNRLEELVLENAGLRTDFAQKLASALAHNPNSGLHTINLAGNPLEDRGVSSLSIQF ..:.:. ::::::.::::.:::.::::.....: . ::...:. ::.::.: ::: :. CCDS32 TLSKSGSLEELVLDNAGLKTDFVQKLAGVFGENGSCVLHALTLSHNPIEDKGFLSLSQQL 240 250 260 270 280 290 310 320 330 340 350 pF1KE2 AKLPKGLKHLNLSKTSLSPKGVNSLSQSLSANPLTASTLVHLDLSGN--VLRGDDLSHMY .:.:: .: :.::..::.:...:.:...::: ::.: .:::: : .: :. . .: CCDS32 LCFPSGLTKLCLAKTAISPRGLQALGQTFGANPAFASSLRYLDLSKNPGLLATDEANALY 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 NFLAQPNAIVHLDLSNTECSLDMVCGALLRGCLQYLAVLNLSRTVFSHRKGKEVPPSFKQ .:::::::.::::::.:.: .:.. ::::.:: ..:. :::.:. :::::.:.::.::: CCDS32 SFLAQPNALVHLDLSGTDCVIDLLLGALLHGCCSHLTYLNLARNSCSHRKGREAPPAFKQ 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 FFSSSLALMHINLSGTKLSPEPLKALLLGLACNHNLKGVSLDLSNCELRSGGAQVLEGCI ::::. .: :.:::.::: : :.::: ::. : .:. . ::::.:::::.:::.:. . CCDS32 FFSSAYTLSHVNLSATKLPLEALRALLQGLSLNSHLSDLHLDLSSCELRSAGAQALQEQL 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 AEIHNITSLDISDNGLESDLSTLIVWLSKNRSIQHLALGKNFNNMKSKNLTPVLDNLVQM . . . :::.::::..::: ::. :.::.:..:: :::::: .:.:.: .: .:::. CCDS32 GAVTCVGSLDLSDNGFDSDLLTLVPALGKNKSLKHLFLGKNFN-VKAKTLEEILHKLVQL 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 pF1KE2 IQDEESPLQSLSLADSKLKTEVTIIINALGSNTSLTKVDISGNGMGDMGAKMLAKALQIN ::.:. :::::.:::.:: ...:.:::::::: :.:::.::::: :.:::::.:::::: CCDS32 IQEEDCSLQSLSVADSRLKLRTSILINALGSNTCLAKVDLSGNGMEDIGAKMLSKALQIN 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 pF1KE2 TKLRTVIWDKNNITAQGFQDIAVAMEKNYTLRFMPIPMYDASQALKTNPEKTEDALQKIE ..:::..::.:: .: :: ::: :.:.:.::::: .:. : ::: .. ::.:::. :::. CCDS32 SSLRTILWDRNNTSALGFLDIARALESNHTLRFMSFPVSDISQAYRSAPERTEDVWQKIQ 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 pF1KE2 NYLLRNHETRKYLQEQAYRLQQGIVTSTTQQMIDRICVKVQDHLNSLRNCGGDAIQEDLK :.::.... ::::.:::::.:::...::..:.: .::... .:: : . .:..: CCDS32 WCLVRNNHSQTCPQEQAFRLQQGLVTSSAEQMLQRLCGRVQEEVRALRLCPLEPVQDELL 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 pF1KE2 SAERLMRDAKNSKTLLPNLYHVGGASWAGASGLLSSPIQETLESMAGEVTRVVDEQLKAL :. :..:::::..:.:.::..: . . .: :... :::.:.::...::..:... CCDS32 YARDLIKDAKNSRALFPSLYELGHV--LANDG----PVRQRLESVASEVSKAVDKELQVI 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 pF1KE2 LESMVDAAENLCPNVMKKAHIRQDLIHASTEKISIPRTFVKNVLLEQSGIDILNKISEVK :::::. ...::: .:. :. .. .. .:....::.:....::::.: :: ::..::: CCDS32 LESMVSLTQELCPVAMRVAEGHNKMLSNVAERVTVPRNFIRGALLEQAGQDIQNKLDEVK 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 pF1KE2 LTVASFLSDRIVDEILDALSHCHHKLADHFSR-RGKTLPQQESLEIELAEEKPVKRSIIT :.:...:.. ::::::. : : :..:: :... : . : . . . :. CCDS32 LSVVTYLTSSIVDEILQELYHSHKSLARHLTQLRTLSDPPGCPGQGQDLSSRGRGRNH-D 840 850 860 870 880 900 910 920 930 940 950 pF1KE2 VEELTEIERLEDLDTCMMTPKSKRKSIHSRMLRPVSRAF--EMEFDLDKALEEVPIHIED :: :. : ..:: : :.:: : .:::: :: :... : .. : CCDS32 HEETTDDELGTNIDT-MAIKKQKR----CRKIRPVS-AFISGSPQDMESQLGNLGI---- 890 900 910 920 930 960 970 980 990 1000 pF1KE2 PP--FPSLR-QEKRSSGF---ISELPSEEGKKLEHFTKLRPK--RNKKQQPTQAAVCAAN :: : .: .. .:: .::::.. : ::.: :. ::. :. : . .. : . CCDS32 PPGWFSGLGGSQPTASGSWEGLSELPTH-GYKLRHQTQGRPRPPRTTPPGPGRPSMPAPG 940 950 960 970 980 990 1010 1020 1030 1040 1050 1060 pF1KE2 IVSQDGEQNGLMGRVDEGVDEFFTKKVTKMDSKKWSTRGSESHELNEGGDEKKKRDSRKS ..::. :.:::...::...: . .:. : . :.:. .. :. CCDS32 ----TRQENGMATRLDEGLEDFFSRRVLEESSSYPRTLRTVRPGLSEAPLPPLQKKRRR- 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1070 1080 1090 1100 1110 1120 pF1KE2 SGFLNLIKSRS-KSER----PPTILMTEEPSSPKGAVRSPPVDCPRKDTKAAEHNGNSER :.... . :: :..: : : :. : : . .::: : . . . . : CCDS32 -GLFHFRRPRSFKGDRGPGSPTTGLLLPPPPPPPPTQESPPSPDPPSLGNNSSPCWSPE- 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1130 1140 1150 1160 1170 pF1KE2 IEEIKTPDSFEESQG----EEIGKVERSDSKSSPQAGRRYGVQVMGSGLLAEMKAK---- :: . .: ..: ...: ....: : .: : .: . .:: CCDS32 -EESSLLPGFGGGRGPSFRRKMGTEGSEPGEGGPAPGTAQQPRVHGVALPGLERAKGWSF 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 pF1KE2 QENRFGLGTPEKNTKAEPKAEAGSRSRSSSST-PTS--PKPLLQSPKPSLAA--RPVIPQ . .: : : :.. : ...: .. :::... : : : : :: :::..: : CCDS32 DGKREGPG-PDQ----EGSTQAWQKRRSSDDAGPGSWKPPPPPQSTKPSFSAMRRAEATW 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE2 KPRTASRPDDIPDSPSSPKV--------ALLPPVLKKVPSDKERDGQSSPQPSPRTFSQE . : :. .::: . .:.: . . : .: .: : :. . CCDS32 HIAEESAPNHSCQSPSPASQDGEEEKEGTLFPERTLPARNAKLQDPALAPWP-PKPVA-- 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 pF1KE2 VSRRSWGQQAQEYQEQKQRSSSKDGHQGSKSNDSGEEAEKEFIFV : : : .:. . ... : . . :... ..: CCDS32 VPRGRQPPQEPGVREEAEAGDAAPGVNKPRLRLSSQQDQEEPEVQGPPDPGRRTAPLKPK 1290 1300 1310 1320 1330 1340 CCDS32 RTRRAQSCDKLEPDRRRPPDPTGTSEPGTD 1350 1360 1370 >>CCDS81998.1 CARMIL2 gene_id:146206|Hs108|chr16 (1372 aa) initn: 1790 init1: 986 opt: 2088 Z-score: 1343.6 bits: 261.0 E(32554): 1.6e-68 Smith-Waterman score: 2216; 33.7% identity (63.0% similar) in 1341 aa overlap (30-1275:23-1333) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MTEESSDVPRELIESIKDVIGRKIKISVKKKVKLEVK----GD-KVENKVLVLTSCRAFL :.:.: .: :. :.:.::.: ::.: CCDS81 MAQTPDGISCELRGEITRFLWPKEVELLLKTWLPGEGAVQNHVLALLRWRAYL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 V-TARIPTKLELTFSYLEIHGVVCSKSA-QMIVETEKCS-ISMKMASPEDVSEVLAHIGT . :. .: ... ::::::..... ... :. : :. . ... . . .. :... CCDS81 LHTTCLPLRVDCTFSYLEVQAMALQETPPQVTFELESLRELVLEFPGVAALEQLAQHVAA 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 CLRKIFPGLSPVRIMKKVSMEPSERLASLQALWDSQTVAEQGPCGGFSQMYACVCDWLGF ..:.:: . ..... . :. :: :. :... .::::: . : .::. :: CCDS81 AIKKVFPRSTLGKLFRRPT--PASMLARLERSSPSESTDPCSPCGGFLETYEALCDYNGF 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 SYREEVQWDVDTIYLTQDTRELNLQDFSHLDHRDLIPIIAALEYNQWFTKLSSKDLKLST .:::.:::::::: : :...: ::::: ::: .::: :: :: :: :.::: CCDS81 PFREEIQWDVDTIYHRQGCRHFSLGDFSHLGSRDLALSVAALSYNLWFRCLSCVDMKLSL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 DVCEQILRVVSRSNRLEELVLENAGLRTDFAQKLASALAHNPNSGLHTINLAGNPLEDRG .: ::::...:.:..:::::::. .:: ::...::.::: . .:::. ..:::: :.::: CCDS81 EVSEQILHMMSQSSHLEELVLETCSLRGDFVRRLAQALAGHSSSGLRELSLAGNLLDDRG 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 VSSLSIQFAKLPKGLKHLNLSKTSLSPKGVNSLSQSLSANPLTASTLVHLDLSGN---VL ...:: .. . : .:..:.:..:.:.:.:. .:...:..: :::.::::::: . CCDS81 MTALSRHLERCPGALRRLSLAQTGLTPRGMRALGRALATNAAFDSTLTHLDLSGNPGALG 300 310 320 330 340 350 350 360 370 380 390 400 pF1KE2 RGDDLSHMYNFLAQPNAIVHLDLSNTECSLDMVCGALLRGCLQYLAVLNLSRTVFSHRKG ..: . .:.::..::.. :.:..:. .:: . .:. ::: :. :. ::.:::. :. CCDS81 ASEDSGGLYSFLSRPNVLSFLNLAGTDTALDTLFAAVSRGCCTSLTHLDASRNVFSRTKS 360 370 380 390 400 410 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 KEVPPSFKQFFSSSLALMHINLSGTKLSPEPLKALLLGLACNHNLKGVSLDLSNCELRSG . .: ... :.: . .: :..:.: :: :. :.::: ::: : .:. . :::: :::::. 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CCDS81 PSLLE--PGELEGLFFPEEKEEEKEKD-DS---PPQKWPELSHGLHLVPFIHSAAEEAEP 880 890 900 910 920 930 950 960 970 980 990 pF1KE2 DKALEEVPIHIEDPPFPSLRQEKRSSGF---ISELPSEE----GKKLEHFTKLRPK--RN . : : :: : .. . :: . :. :.: :. ::. :. CCDS81 EPELAAPGEDAEPQAGPSARGSPSPAAPGPPAGPLPRMDLPLAGQPLRHPTRARPRPRRQ 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE2 KKQQPTQAAVCAANIVSQDGEQNGLMGRVDEGVDEFFTKKVTKMDSKKWSTRGSESHELN ....: .. . . :.: ::: .::::::.:::.:.. ..: . :. : . CCDS81 HHHRPPPGGPQVPPALPQEG--NGLSARVDEGVEEFFSKRLIQQD-RLWAP---EEDPAT 1000 1010 1020 1030 1040 1060 1070 1080 1090 1100 pF1KE2 EGGDEKKKRDSRKSSGFLNLIKSRSKSERPPTILMTEEPSSPK------GAVRSPPVDCP ::: : ::. : : .:. ... : : : : ..:. : . ::. CCDS81 EGGATPVPRTLRKKLGTLFAFKKPRSTRGPRTDLETSPGAAPRTRKTTFGDLLRPPTRPS 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 pF1KE2 RK--------DTKAAEHNG--------NSERIEEIKTPDSFEESQGEEIGK---VERSDS : ::.. . : .:. : : : . : . : .::... CCDS81 RGEELGGAEGDTSSPDPAGRSRPRYTRDSKAYSMILLPAEEEATLGARPDKRRPLERGET 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1150 1160 1170 1180 1190 pF1KE2 KSSPQAGRRYGVQVM--------GSGLLAEMKAKQEN-----RFGL-GTPEKNTKAEPKA . .:. .: :::: ::: :: : :: . . : : .. : CCDS81 ELAPSFEQR--VQVMLQRIGVSRGSGG-AEGKRKQSKDGEIKKAGSDGDIMDSSTEAPPI 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1200 1210 1220 1230 pF1KE2 EAGSRSRSSSSTPTS-PKPLLQSPKPS------------LAAR---------PVIP-QKP ::..: :. :. : : :.:. . : .: : : :.: CCDS81 SIKSRTHSVSADPSCRPGPGSQGPESATWKTLGQQLNAELRSRGWGQQDGPGPPSPGQSP 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1240 1250 1260 1270 1280 pF1KE2 ---RTASRPDDI--PDSPS-SPKVALLPPVLKKVPSDKERDGQSSPQPSPRTFSQEVSRR ::. ::.. :..: .:. : :.. : :.: .: ::: CCDS81 SPCRTSPSPDSLGLPEDPCLGPRNEERPLRLQRSPVLKRRPKLEAP-PSPSLGSGLGTEP 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1290 1300 1310 1320 pF1KE2 SWGQQAQEYQEQKQRSSSKDGHQGSKSNDSGEEAEKEFIFV CCDS81 LPPQPTEPSSPERSPPSPATDQRGGGPNP 1350 1360 1370 >>CCDS45513.1 CARMIL2 gene_id:146206|Hs108|chr16 (1435 aa) initn: 1716 init1: 912 opt: 1233 Z-score: 798.2 bits: 160.1 E(32554): 3.9e-38 Smith-Waterman score: 2148; 32.6% identity (61.6% similar) in 1382 aa overlap (30-1304:23-1373) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MTEESSDVPRELIESIKDVIGRKIKISVKKKVKLEVK----GD-KVENKVLVLTSCRAFL :.:.: .: :. :.:.::.: ::.: CCDS45 MAQTPDGISCELRGEITRFLWPKEVELLLKTWLPGEGAVQNHVLALLRWRAYL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 V-TARIPTKLELTFSYLEIHGVVCSKSA-QMIVETEKCS-ISMKMASPEDVSEVLAHIGT . :. .: ... ::::::..... ... :. : :. . ... . . .. :... CCDS45 LHTTCLPLRVDCTFSYLEVQAMALQETPPQVTFELESLRELVLEFPGVAALEQLAQHVAA 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE2 CLRKIFPGLSPVRIMKKVSMEPSERLASLQALWDSQTVAEQGPCGGFSQMYACVCDWLGF ..:.:: . ..... . :. :: :. :... .::::: . : .::. :: CCDS45 AIKKVFPRSTLGKLFRRPT--PASMLARLERSSPSESTDPCSPCGGFLETYEALCDYNGF 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 SYREEVQWDVDTIYLTQDTRELNLQDFSHLDHRDLIPIIAALEYNQWFTKLSSKDLKLST .:::.:::::::: : :...: ::::: ::: .::: :: :: :: :.::: CCDS45 PFREEIQWDVDTIYHRQGCRHFSLGDFSHLGSRDLALSVAALSYNLWFRCLSCVDMKLSL 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 DVCEQILRVVSRSNRLEELVLENAGLRTDFAQKLASALAHNPNSGLHTINLAGNPLEDRG .: ::::...:.:..:::::::. .:: ::...::.::: . .:::. ..:::: :.::: CCDS45 EVSEQILHMMSQSSHLEELVLETCSLRGDFVRRLAQALAGHSSSGLRELSLAGNLLDDRG 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 pF1KE2 VSSLSIQFAKLPKGLKHLNLSKTSLSPKGVNSLSQSLSANPLTASTLVHLDLSGN---VL ...:: .. . : .:..:.:..:.:.:.:. .:...:..: :::.::::::: . 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