FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3351, 1042 aa 1>>>pF1KE3351 1042 - 1042 aa - 1042 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.0060+/-0.000961; mu= 19.5505+/- 0.059 mean_var=92.8290+/-18.307, 0's: 0 Z-trim(106.9): 91 B-trim: 0 in 0/54 Lambda= 0.133117 statistics sampled from 9134 (9225) to 9134 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.636), E-opt: 0.2 (0.283), width: 16 Scan time: 3.000 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS3758.1 USP38 gene_id:84640|Hs108|chr4 (1042) 6879 1332.0 0 CCDS77964.1 USP38 gene_id:84640|Hs108|chr4 (1004) 6502 1259.6 0 CCDS41693.1 USP35 gene_id:57558|Hs108|chr11 (1018) 1843 364.9 5e-100 >>CCDS3758.1 USP38 gene_id:84640|Hs108|chr4 (1042 aa) initn: 6879 init1: 6879 opt: 6879 Z-score: 7136.0 bits: 1332.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 6879; 100.0% identity (100.0% similar) in 1042 aa overlap 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:.. :: :.. : .:: . : . . :.: CCDS41 MDKILEAVVTSSYPVSVKQGLVRRVLEAARQPLEREQCLALLALGARLYVGGAEELPRRV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 GHQVLEAYARYHRPEFESFFNKTFVLGLLHQGYHSLDRKDVAILDYIHNGLKLIMSCPSV : :.:.. .:.: : ::. :: ::. : . .: .. ::.:. :.. 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