FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB7870, 588 aa 1>>>pF1KB7870 588 - 588 aa - 588 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.7983+/-0.000959; mu= 16.7815+/- 0.058 mean_var=82.8416+/-16.194, 0's: 0 Z-trim(106.3): 74 B-trim: 89 in 1/49 Lambda= 0.140913 statistics sampled from 8811 (8889) to 8811 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.652), E-opt: 0.2 (0.273), width: 16 Scan time: 3.570 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS58220.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12 ( 588) 3905 804.0 0 CCDS58221.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12 ( 599) 3861 795.1 0 CCDS58219.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12 ( 622) 3516 725.0 6.9e-209 CCDS8712.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12 ( 636) 3505 722.7 3.3e-208 CCDS58222.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12 ( 540) 3310 683.1 2.5e-196 CCDS44543.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11 ( 582) 1663 348.3 1.6e-95 CCDS31430.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11 ( 625) 1663 348.3 1.7e-95 CCDS76387.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11 ( 583) 1657 347.0 3.8e-95 CCDS73259.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11 ( 626) 1657 347.1 4e-95 CCDS65641.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1 ( 775) 916 196.5 1.1e-49 CCDS971.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1 ( 774) 606 133.4 1e-30 CCDS65642.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1 ( 787) 605 133.2 1.2e-30 CCDS970.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1 ( 789) 605 133.2 1.2e-30 CCDS32307.1 ARNT2 gene_id:9915|Hs108|chr15 ( 717) 599 132.0 2.5e-30 CCDS55912.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 903) 320 75.3 3.6e-13 CCDS53892.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 920) 320 75.3 3.7e-13 CCDS53891.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 933) 320 75.4 3.7e-13 CCDS9645.1 NPAS3 gene_id:64067|Hs108|chr14 ( 901) 318 74.9 4.8e-13 CCDS2528.1 PER2 gene_id:8864|Hs108|chr2 (1255) 294 70.1 1.8e-11 CCDS1825.1 EPAS1 gene_id:2034|Hs108|chr2 ( 870) 291 69.4 2.1e-11 CCDS9754.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 ( 735) 288 68.8 2.8e-11 CCDS9753.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 ( 826) 288 68.8 3e-11 CCDS58324.1 HIF1A gene_id:3091|Hs108|chr14 ( 850) 288 68.8 3.1e-11 >>CCDS58220.1 ARNTL2 gene_id:56938|Hs108|chr12 (588 aa) initn: 3905 init1: 3905 opt: 3905 Z-score: 4291.4 bits: 804.0 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 3905; 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CCDS58 TDIANEILDLQRLQSSSYLDDSSPTGLMKDTHTVNCRSVMVHSWISMPYVTMMTQPWLHL 490 500 510 520 530 540 530 540 550 560 570 580 pF1KB7 NQSTVAVHSHEPLLSDGAQLDFDALCDNDDTAMAAFMNYLEAEGGLGDPGDFSDIQWTL >>CCDS44543.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11 (582 aa) initn: 1662 init1: 894 opt: 1663 Z-score: 1828.2 bits: 348.3 E(32554): 1.6e-95 Smith-Waterman score: 1863; 53.2% identity (77.8% similar) in 555 aa overlap (60-588:30-582) 30 40 50 60 70 80 pF1KB7 SPGTRPTAMGSFSSHMTEFPRKRKGSDSDPSQEAHSQTEKRRRDKMNNLIEELSAMIPQC ..::::: :::::::::..:.::....: : CCDS44 MINIESMDTDKDDPHGRLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTC 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 pF1KB7 NPMARKLDKLTVLRMAVQHLRSLKGLTNSYVGSNYRPSFLQDNELRHLILKTAEGFLFVV : :.:::::::::::::::...:.: :: :. .::.:.::.:.::.::::..:.:::::: CCDS44 NAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVV 60 70 80 90 100 110 150 160 170 180 190 200 pF1KB7 GCERGKILFVSKSVSKILNYDQASLTGQSLFDFLHPKDVAKVKEQLSSFDISPREKLIDA ::.::::::::.:: :::::.: .: ::::::.:::::.::::::::: : .:::.:::: CCDS44 GCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDA 120 130 140 150 160 170 210 220 230 240 250 260 pF1KB7 KTGLQVHSNLHAGRTRVYSGSRRSFFCRIKSCKISVKEEHGCLPN--SKKKEHRKFYTIH :::: :.... : .:. ::.:::::::.: . ::: : .:. ::::....: ::: CCDS44 KTGLPVKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPSVKVEDKDFPSTCSKKKDRKSFCTIH 180 190 200 210 220 230 270 280 290 300 310 320 pF1KB7 CTGYLRSWPPNIVGMEEERNSKKDNSNFTCLVAIGRLQPYIVPQN-SGEINVKPTEFITR ::::.::::. .:..:. . ... :..::::::::. ..::: .::: :: :...: CCDS44 STGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSMEYVSR 240 250 260 270 280 290 330 340 350 360 370 380 pF1KB7 FAVNGKFVYVDQRATAILGYLPQELLGTSCYEYFHQDDHNNLTDKHKAVLQSKEKILTDS :..::::.:::::::::.::::::::::::::::::: ..:.. :. :::..::: :. CCDS44 HAIDGKFVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNC 300 310 320 330 340 350 390 400 410 420 430 440 pF1KB7 YKFRAKDGSFVTLKSQWFSFTNPWTKELEYIVSVNTLVLGHS-EPGEASF--LPCSSQS- :::. :::::.::.:.:::: ::::::.:::::.::.::.. : :. .: : : .: CCDS44 YKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPHSM 360 370 380 390 400 410 450 460 470 480 490 pF1KB7 ------SEESSRQSCMSVPGMSTGTVLGAGSIGTDIANEILDLQRLQSSSYLD-DSSPTG .: . ... .:::. :: :::.:: ::.::....:...:: . ::: . CCDS44 DSMLPSGEGGPKRTHPTVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCGSSPLN 420 430 440 450 460 470 500 510 520 530 540 550 pF1KB7 LMKDTHTVNCRSMSNKELF----PPSPSEMGELEATRQNQSTVAVHSHEPLLSDGAQLDF . . : . : ..:... : :: : : . :.. . .:... .. . CCDS44 ITS-TPPPDASSPGGKKILNGGTPDIPSS-GLLSGQAQENPGYPYSDSSSILGENPHIGI 480 490 500 510 520 530 560 570 580 pF1KB7 DALCD--------NDDTAMAAFMNYLEAEGGLGDPGDFSDIQWTL : . . ::..:::..:. :::..::: : ::::. : : CCDS44 DMIDNDQGSSSPSNDEAAMAVIMSLLEADAGLGGPVDFSDLPWPL 540 550 560 570 580 >>CCDS31430.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11 (625 aa) initn: 1714 init1: 894 opt: 1663 Z-score: 1827.8 bits: 348.3 E(32554): 1.7e-95 Smith-Waterman score: 1879; 49.8% identity (74.0% similar) in 620 aa overlap (21-588:8-625) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MAAEEEAAAGGKVLREENQCIAPVVSSRVSPGTRPTAMGSFSSHMTEFPRKRKGSDSD-- :. ..:. .::: .:... .. ::::::..: CCDS31 MADQRMDISSTISDFMSPGPTDLLSSSLGTSGVDCNRKRKGSSTDYQ 10 20 30 40 60 70 80 90 pF1KB7 ---------P---------------SQEAHSQTEKRRRDKMNNLIEELSAMIPQCNPMAR : ..::::: :::::::::..:.::....: :: :.: CCDS31 ESMDTDKDDPHGRLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSR 50 60 70 80 90 100 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 KLDKLTVLRMAVQHLRSLKGLTNSYVGSNYRPSFLQDNELRHLILKTAEGFLFVVGCERG ::::::::::::::...:.: :: :. .::.:.::.:.::.::::..:.::::::::.:: CCDS31 KLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRG 110 120 130 140 150 160 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 KILFVSKSVSKILNYDQASLTGQSLFDFLHPKDVAKVKEQLSSFDISPREKLIDAKTGLQ ::::::.:: :::::.: .: ::::::.:::::.::::::::: : .:::.:::::::: CCDS31 KILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLP 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KB7 VHSNLHAGRTRVYSGSRRSFFCRIKSCKISVKEEHGCLPN--SKKKEHRKFYTIHCTGYL :.... : .:. ::.:::::::.: . ::: : .:. ::::....: ::: :::: CCDS31 VKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPSVKVEDKDFPSTCSKKKDRKSFCTIHSTGYL 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KB7 RSWPPNIVGMEEERNSKKDNSNFTCLVAIGRLQPYIVPQN-SGEINVKPTEFITRFAVNG .::::. .:..:. . ... :..::::::::. ..::: .::: :: :...: :..: CCDS31 KSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSMEYVSRHAIDG 290 300 310 320 330 340 340 350 360 370 380 390 pF1KB7 KFVYVDQRATAILGYLPQELLGTSCYEYFHQDDHNNLTDKHKAVLQSKEKILTDSYKFRA :::.:::::::::.::::::::::::::::::: ..:.. :. :::..::: :. :::. CCDS31 KFVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTNCYKFKI 350 360 370 380 390 400 400 410 420 430 440 pF1KB7 KDGSFVTLKSQWFSFTNPWTKELEYIVSVNTLVLGHS-EPGEASF--LPCSSQS------ :::::.::.:.:::: ::::::.:::::.::.::.. : :. .: : : .: CCDS31 KDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPHSMDSMLP 410 420 430 440 450 460 450 460 470 480 490 500 pF1KB7 -SEESSRQSCMSVPGMSTGTVLGAGSIGTDIANEILDLQRLQSSSYLD-DSSPTGLMKDT .: . ... .:::. :: :::.:: ::.::....:...:: . ::: .. . : CCDS31 SGEGGPKRTHPTVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCGSSPLNITS-T 470 480 490 500 510 520 510 520 530 540 550 pF1KB7 HTVNCRSMSNKELF----PPSPSEMGELEATRQNQSTVAVHSHEPLLSDGAQLDFDALCD . : ..:... : :: : : . :.. . .:... .. .: . . CCDS31 PPPDASSPGGKKILNGGTPDIPSS-GLLSGQAQENPGYPYSDSSSILGENPHIGIDMIDN 530 540 550 560 570 580 560 570 580 pF1KB7 --------NDDTAMAAFMNYLEAEGGLGDPGDFSDIQWTL ::..:::..:. :::..::: : ::::. : : CCDS31 DQGSSSPSNDEAAMAVIMSLLEADAGLGGPVDFSDLPWPL 590 600 610 620 >>CCDS76387.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11 (583 aa) initn: 1661 init1: 893 opt: 1657 Z-score: 1821.6 bits: 347.0 E(32554): 3.8e-95 Smith-Waterman score: 1857; 53.4% identity (77.3% similar) in 556 aa overlap (60-588:30-583) 30 40 50 60 70 80 pF1KB7 SPGTRPTAMGSFSSHMTEFPRKRKGSDSDPSQEAHSQTEKRRRDKMNNLIEELSAMIPQC ..::::: :::::::::..:.::....: : CCDS76 MINIESMDTDKDDPHGRLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTC 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 pF1KB7 NPMARKLDKLTVLRMAVQHLRSLKGLTNSYVGSNYRPSFLQDNELRHLILKTAEGFLFVV : :.:::::::::::::::...:.: :: :. .::.:.::.:.::.::::..:.:::::: CCDS76 NAMSRKLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVV 60 70 80 90 100 110 150 160 170 180 190 200 pF1KB7 GCERGKILFVSKSVSKILNYDQASLTGQSLFDFLHPKDVAKVKEQLSSFDISPREKLIDA ::.::::::::.:: :::::.: .: ::::::.:::::.::::::::: : .:::.:::: CCDS76 GCDRGKILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDA 120 130 140 150 160 170 210 220 230 240 250 260 pF1KB7 KTGLQVHSNLHAGRTRVYSGSRRSFFCRIKSCKISVKEEHGCLPN--SKKKEHRK-FYTI :::: :.... : .:. ::.:::::::.: . ::: : .:. :::: :: : :: CCDS76 KTGLPVKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPSVKVEDKDFPSTCSKKKADRKSFCTI 180 190 200 210 220 230 270 280 290 300 310 320 pF1KB7 HCTGYLRSWPPNIVGMEEERNSKKDNSNFTCLVAIGRLQPYIVPQN-SGEINVKPTEFIT : ::::.::::. .:..:. . ... :..::::::::. ..::: .::: :: :... CCDS76 HSTGYLKSWPPTKMGLDEDNEPDNEGCNLSCLVAIGRLHSHVVPQPVNGEIRVKSMEYVS 240 250 260 270 280 290 330 340 350 360 370 380 pF1KB7 RFAVNGKFVYVDQRATAILGYLPQELLGTSCYEYFHQDDHNNLTDKHKAVLQSKEKILTD : :..::::.:::::::::.::::::::::::::::::: ..:.. :. :::..::: :. CCDS76 RHAIDGKFVFVDQRATAILAYLPQELLGTSCYEYFHQDDIGHLAECHRQVLQTREKITTN 300 310 320 330 340 350 390 400 410 420 430 440 pF1KB7 SYKFRAKDGSFVTLKSQWFSFTNPWTKELEYIVSVNTLVLGHS-EPGEASF--LPCSSQS :::. :::::.::.:.:::: ::::::.:::::.::.::.. : :. .: : : .: CCDS76 CYKFKIKDGSFITLRSRWFSFMNPWTKEVEYIVSTNTVVLANVLEGGDPTFPQLTASPHS 360 370 380 390 400 410 450 460 470 480 490 pF1KB7 -------SEESSRQSCMSVPGMSTGTVLGAGSIGTDIANEILDLQRLQSSSYLD-DSSPT .: . ... .:::. :: :::.:: ::.::....:...:: . ::: CCDS76 MDSMLPSGEGGPKRTHPTVPGIPGGTRAGAGKIGRMIAEEIMEIHRIRGSSPSSCGSSPL 420 430 440 450 460 470 500 510 520 530 540 550 pF1KB7 GLMKDTHTVNCRSMSNKELF----PPSPSEMGELEATRQNQSTVAVHSHEPLLSDGAQLD .. . : . : ..:... : :: : : . :.. . .:... .. CCDS76 NITS-TPPPDASSPGGKKILNGGTPDIPSS-GLLSGQAQENPGYPYSDSSSILGENPHIG 480 490 500 510 520 530 560 570 580 pF1KB7 FDALCD--------NDDTAMAAFMNYLEAEGGLGDPGDFSDIQWTL .: . . ::..:::..:. :::..::: : ::::. : : CCDS76 IDMIDNDQGSSSPSNDEAAMAVIMSLLEADAGLGGPVDFSDLPWPL 540 550 560 570 580 >>CCDS73259.1 ARNTL gene_id:406|Hs108|chr11 (626 aa) initn: 1713 init1: 893 opt: 1657 Z-score: 1821.2 bits: 347.1 E(32554): 4e-95 Smith-Waterman score: 1873; 50.1% identity (73.6% similar) in 621 aa overlap (21-588:8-626) 10 20 30 40 50 pF1KB7 MAAEEEAAAGGKVLREENQCIAPVVSSRVSPGTRPTAMGSFSSHMTEFPRKRKGSDSD-- :. ..:. .::: .:... .. ::::::..: CCDS73 MADQRMDISSTISDFMSPGPTDLLSSSLGTSGVDCNRKRKGSSTDYQ 10 20 30 40 60 70 80 90 pF1KB7 ---------P---------------SQEAHSQTEKRRRDKMNNLIEELSAMIPQCNPMAR : ..::::: :::::::::..:.::....: :: :.: CCDS73 ESMDTDKDDPHGRLEYTEHQGRIKNAREAHSQIEKRRRDKMNSFIDELASLVPTCNAMSR 50 60 70 80 90 100 100 110 120 130 140 150 pF1KB7 KLDKLTVLRMAVQHLRSLKGLTNSYVGSNYRPSFLQDNELRHLILKTAEGFLFVVGCERG ::::::::::::::...:.: :: :. .::.:.::.:.::.::::..:.::::::::.:: CCDS73 KLDKLTVLRMAVQHMKTLRGATNPYTEANYKPTFLSDDELKHLILRAADGFLFVVGCDRG 110 120 130 140 150 160 160 170 180 190 200 210 pF1KB7 KILFVSKSVSKILNYDQASLTGQSLFDFLHPKDVAKVKEQLSSFDISPREKLIDAKTGLQ ::::::.:: :::::.: .: ::::::.:::::.::::::::: : .:::.:::::::: CCDS73 KILFVSESVFKILNYSQNDLIGQSLFDYLHPKDIAKVKEQLSSSDTAPRERLIDAKTGLP 170 180 190 200 210 220 220 230 240 250 260 270 pF1KB7 VHSNLHAGRTRVYSGSRRSFFCRIKSCKISVKEEHGCLPN--SKKKEHRK-FYTIHCTGY :.... : .:. ::.:::::::.: . ::: : .:. :::: :: : ::: ::: CCDS73 VKTDITPGPSRLCSGARRSFFCRMKCNRPSVKVEDKDFPSTCSKKKADRKSFCTIHSTGY 230 240 250 260 270 280 280 290 300 310 320 330 pF1KB7 LRSWPPNIVGMEEERNSKKDNSNFTCLVAIGRLQPYIVPQN-SGEINVKPTEFITRFAVN :.::::. .:..:. . ... :..::::::::. ..::: .::: :: :...: :.. 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CCDS73 TPPPDASSPGGKKILNGGTPDIPSS-GLLSGQAQENPGYPYSDSSSILGENPHIGIDMID 530 540 550 560 570 580 560 570 580 pF1KB7 D--------NDDTAMAAFMNYLEAEGGLGDPGDFSDIQWTL . ::..:::..:. :::..::: : ::::. : : CCDS73 NDQGSSSPSNDEAAMAVIMSLLEADAGLGGPVDFSDLPWPL 590 600 610 620 >>CCDS65641.1 ARNT gene_id:405|Hs108|chr1 (775 aa) initn: 1029 init1: 548 opt: 916 Z-score: 1005.7 bits: 196.5 E(32554): 1.1e-49 Smith-Waterman score: 1004; 42.3% identity (70.6% similar) in 385 aa overlap (60-430:81-457) 30 40 50 60 70 80 pF1KB7 SPGTRPTAMGSFSSHMTEFPRKRKGSDSDPSQEAHSQTEKRRRDKMNNLIEELSAMIPQC ..: ::. :.:::.::. : ::: :.: : CCDS65 LRCDDDQMSNDKERFARSDDEQSSADKERLARENHSEIERRRRNKMTAYITELSDMVPTC 60 70 80 90 100 110 90 100 110 120 130 140 pF1KB7 NPMARKLDKLTVLRMAVQHLRSLKGLTNSYVGSNYRPSFLQDNELRHLILKTAEGFLFVV . .::: ::::.:::::.:..::.: :. . ..:.:::: :.::.::::..:.::::.: CCDS65 SALARKPDKLTILRMAVSHMKSLRGTGNTSTDGSYKPSFLTDQELKHLILEAADGFLFIV 120 130 140 150 160 170 150 160 170 180 190 200 pF1KB7 GCERGKILFVSKSVSKILNYDQASLTGQSLFDFLHPKDVAKVKEQLSSFDISPREKLIDA .:: :....:: ::. .:: :. :..:.: .:: :: :..::::. . . ...: CCDS65 SCETGRVVYVSDSVTPVLNQPQSEWFGSTLYDQVHPDDVDKLREQLSTSENALTGRILDL 180 190 200 210 220 230 210 220 230 240 250 pF1KB7 KTGLQVHSNLHAGRTRVYSGSRRSFFCRIKSC------KISVKE----EHGCLPN--SKK ::: :... . . :. ::::::.::.. : .::.. .. : . : : CCDS65 KTGT-VKKEGQQSSMRMCMGSRRSFICRMR-CGSSSVDPVSVNRLSFVRNRCRNGLGSVK 240 250 260 270 280 260 270 280 290 300 310 pF1KB7 KEHRKFYTIHCTGYLRSWPPNIVGMEEERNSKKDNSNFTCLVAIGRLQPYIVPQNSGEIN . .: ..:::::...::: : ..:: : ::::::::: :. . : CCDS65 DGEPHFVVVHCTGYIKAWPPADDDPEAGQGSK-----F-CLVAIGRLQVTSSPNCTDMSN 290 300 310 320 330 340 320 330 340 350 360 370 pF1KB7 V-KPTEFITRFAVNGKFVYVDQRATAILGYLPQELLGTSCYEYFHQDDHNNLTDKHKAVL : .:::::.: ..: :..::.: .: .:: :::::: . :. : .:.. : :. . :. 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