FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2405, 393 aa 1>>>pF1KE2405 393 - 393 aa - 393 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.5605+/-0.00095; mu= 11.3069+/- 0.057 mean_var=109.6564+/-22.458, 0's: 0 Z-trim(107.5): 83 B-trim: 488 in 1/52 Lambda= 0.122478 statistics sampled from 9504 (9587) to 9504 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.666), E-opt: 0.2 (0.294), width: 16 Scan time: 3.000 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS8437.1 CRTAM gene_id:56253|Hs108|chr11 ( 393) 2539 459.5 2.3e-129 CCDS76489.1 CRTAM gene_id:56253|Hs108|chr11 ( 194) 1114 207.6 8.2e-54 CCDS53711.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 414) 320 67.5 2.6e-11 CCDS8373.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 442) 320 67.5 2.7e-11 CCDS73397.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 443) 320 67.5 2.7e-11 CCDS73398.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 453) 320 67.5 2.8e-11 CCDS44251.1 CADM3 gene_id:57863|Hs108|chr1 ( 398) 319 67.3 2.8e-11 CCDS73399.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 ( 471) 320 67.5 2.9e-11 CCDS1182.1 CADM3 gene_id:57863|Hs108|chr1 ( 432) 319 67.3 3e-11 >>CCDS8437.1 CRTAM gene_id:56253|Hs108|chr11 (393 aa) initn: 2539 init1: 2539 opt: 2539 Z-score: 2435.9 bits: 459.5 E(32554): 2.3e-129 Smith-Waterman score: 2539; 100.0% identity (100.0% similar) in 393 aa overlap (1-393:1-393) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLTPSGFTIFL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS84 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLTPSGFTIFL 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE2 NEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKVIVLATPFK :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS84 NEYPALKNSKYQLLHHSANQLSITVPNVTLQDEGVYKCLHYSDSVSTKEVKVIVLATPFK 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 PILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFETDGKKCNTT :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS84 PILEASVIRKQNGEEHVVLMCSTMRSKPPPQITWLLGNSMEVSGGTLHEFETDGKKCNTT 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 STLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNSLSSQDPQQ :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS84 STLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERNSLSSQDPQQ 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE2 PTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLTLVSFLIFI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS84 PTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLTLVSFLIFI 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 pF1KE2 LFIIVQLFIMKLRKAHVIWKKENEVSEHTLESYRSRSNNEETSSEEKNGQSSHPMRCMNY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS84 LFIIVQLFIMKLRKAHVIWKKENEVSEHTLESYRSRSNNEETSSEEKNGQSSHPMRCMNY 310 320 330 340 350 360 370 380 390 pF1KE2 ITKLYSEAKTKRKENVQHSKLEEKHIQVPESIV ::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS84 ITKLYSEAKTKRKENVQHSKLEEKHIQVPESIV 370 380 390 >>CCDS76489.1 CRTAM gene_id:56253|Hs108|chr11 (194 aa) initn: 1137 init1: 1105 opt: 1114 Z-score: 1079.6 bits: 207.6 E(32554): 8.2e-54 Smith-Waterman score: 1114; 96.8% identity (97.3% similar) in 187 aa overlap (208-393:8-194) 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 NTTSTLIIHTYGKNSTVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFED-LVTDEETASDALERNSLSSQ .:: : : :::::::::::::::::::: CCDS76 MWVKLLSIVAEFCFSPFLVTDEETASDALERNSLSSQ 10 20 30 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 DPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLTLVSF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 DPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLLTLVSF 40 50 60 70 80 90 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 LIFILFIIVQLFIMKLRKAHVIWKKENEVSEHTLESYRSRSNNEETSSEEKNGQSSHPMR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 LIFILFIIVQLFIMKLRKAHVIWKKENEVSEHTLESYRSRSNNEETSSEEKNGQSSHPMR 100 110 120 130 140 150 360 370 380 390 pF1KE2 CMNYITKLYSEAKTKRKENVQHSKLEEKHIQVPESIV ::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS76 CMNYITKLYSEAKTKRKENVQHSKLEEKHIQVPESIV 160 170 180 190 >>CCDS53711.1 CADM1 gene_id:23705|Hs108|chr11 (414 aa) initn: 264 init1: 226 opt: 320 Z-score: 316.6 bits: 67.5 E(32554): 2.6e-11 Smith-Waterman score: 320; 30.1% identity (62.8% similar) in 183 aa overlap (23-205:49-229) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MWWRVLSLLAWFPLQEASLTNHTETITVEEGQTLTLKCVTSLRKNSSLQWLT :. .:: ::.. :..: .. .: .: :. 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CCDS11 IPQKPIITGYKSSLREK---DTATLNCQSSGSKPAARLTWRKGDQ-ELHGEPTRIQEDPN 170 180 190 200 210 180 190 200 210 220 230 pF1KE2 GKKCNTTSTLIIHTYGKN--STVDCIIRHRGLQGRKLVAPFRFEDLVTDEETASDALERN :: ...:.. ... .. ... : . :..:.: . :.: : : CCDS11 GKTFTVSSSVTFQVTREDDGASIVCSVNHESLKGADRSTSQRIEVLYTPTAMIRPDPPHP 220 230 240 250 260 270 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 SLSSQDPQQPTSTVSVTEDSSTSEIDKEEKEQTTQDPDLTTEANPQYLGLARKKSGILLL CCDS11 REGQKLLLHCEGRGNPVPQQYLWEKEGSVPPLKMTQESALIFPFLNKSDSGTYGCTATSN 280 290 300 310 320 330 393 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 09:17:35 2016 done: Sun Nov 6 09:17:36 2016 Total Scan time: 3.000 Total Display time: 0.010 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]