FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE5834, 459 aa 1>>>pF1KE5834 459 - 459 aa - 459 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 7.9823+/-0.00102; mu= 7.7477+/- 0.061 mean_var=258.2366+/-56.101, 0's: 0 Z-trim(112.8): 126 B-trim: 816 in 1/50 Lambda= 0.079811 statistics sampled from 13348 (13485) to 13348 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.737), E-opt: 0.2 (0.414), width: 16 Scan time: 3.400 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 459) 3221 384.1 1.6e-106 CCDS14796.1 RBMY1A1 gene_id:5940|Hs108|chrY ( 496) 2331 281.7 1.2e-75 CCDS35480.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY ( 496) 2322 280.7 2.4e-75 CCDS35479.1 RBMY1B gene_id:378948|Hs108|chrY ( 496) 2322 280.7 2.4e-75 CCDS35481.1 RBMY1E gene_id:378950|Hs108|chrY ( 496) 2321 280.6 2.6e-75 CCDS35484.1 RBMY1J gene_id:378951|Hs108|chrY ( 496) 2309 279.2 6.8e-75 CCDS35483.1 RBMY1F gene_id:159163|Hs108|chrY ( 496) 2309 279.2 6.8e-75 CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX ( 391) 1201 151.5 1.5e-36 CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 ( 390) 1182 149.3 6.7e-36 CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 ( 392) 902 117.0 3.4e-26 CCDS55478.1 RBMXL3 gene_id:139804|Hs108|chrX (1067) 612 84.2 7.3e-16 >>CCDS83521.1 RBMY1D gene_id:378949|Hs108|chrY (459 aa) initn: 3221 init1: 3221 opt: 3221 Z-score: 2026.0 bits: 384.1 E(32554): 1.6e-106 Smith-Waterman score: 3221; 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91.6% identity (91.9% similar) in 491 aa overlap (1-454:1-491) 10 20 30 40 50 60 pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDRTSKSRGFAFITFENPAD 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE5 AKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGTR :::::::::: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: :::: CCDS35 AKNAAKDMNGTSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSSGGTR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE5 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 GWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMGS 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 pF1KE5 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 QGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYAY 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 pF1KE5 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSSR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::.:::: CCDS35 RDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNHRSSR 250 260 270 280 290 300 310 320 330 pF1KE5 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGY------------------------------ :::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 ETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYRNHPSSRETRDYAPPHRDYAYRDYGHSSWD 310 320 330 340 350 360 340 350 360 370 380 pF1KE5 -------SYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA ::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS35 EHSSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA 370 380 390 400 410 420 390 400 410 420 430 440 pF1KE5 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASI :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: ::::::::: CCDS35 YSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCDREHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREAYGSSSYVASI 430 440 450 460 470 480 450 pF1KE5 VDGGESRSEKGDSSRY ::::::::::: CCDS35 VDGGESRSEKGDSSRY 490 >>CCDS14661.1 RBMX gene_id:27316|Hs108|chrX (391 aa) initn: 1123 init1: 393 opt: 1201 Z-score: 769.8 bits: 151.5 E(32554): 1.5e-36 Smith-Waterman score: 1333; 51.9% identity (68.1% similar) in 464 aa overlap (1-459:1-391) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA :::::.:::::::::: ::::: :.:::::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.:: CCDS14 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALEAVFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT :::.::.::::::: ::::::::: ::::.:: :: :: :.:.: .::..::. ::: CCDS14 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFESG-RRGPPPPPRSRGPPRGLRGGRGGSGGT 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG :: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::::::.::::. .::.: :: CCDS14 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPPPKRSAPSGPVRSSSGMG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA ...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.: CCDS14 GRAPVSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST---------------------- 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS .: .::: : :::.::::::: : ..::::::: :: CCDS14 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR :. :: ::::: .::::. ::.:.: ::.::::. . 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CCDS14 YGNSRSAPPTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSGRDRVGRQER 290 300 310 320 330 340 420 430 440 450 pF1KE5 RNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDG-GESRSEKGDS-SRY :::. : : ::.. .::: : : : :::..: . ::: CCDS14 GLPPSMERGYPPPRDSYSSSSRGAPRGGGRGGSRSDRGGGRSRY 350 360 370 380 390 >>CCDS716.1 RBMXL1 gene_id:494115|Hs108|chr1 (390 aa) initn: 921 init1: 388 opt: 1182 Z-score: 758.0 bits: 149.3 E(32554): 6.7e-36 Smith-Waterman score: 1268; 50.8% identity (67.5% similar) in 465 aa overlap (1-459:1-390) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA :::::.:::::::::: ::::: :..::::.: : :::::::: :.:::::::.:::.:: CCDS71 MVEADRPGKLFIGGLNTETNEKALETVFGKYGRIVEVLLIKDRETNKSRGFAFVTFESPA 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT :::.::.::::::: ::::::::: ::::. : :. :: :.:.: .. ..::. ::: CCDS71 DAKDAARDMNGKSLDGKAIKVEQATKPSFERG-RHGPPPPPRSRGPPRGFGAGRGGSGGT 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG :: ::. ::.:::::. ...:: ::: .:::::: ::::: ::.::::...::.: :: CCDS71 RGP-PSRGGHMDDGGYSMNFNMSSSRGPLPVKRGPPPRSGGPSPKRSAPSGLVRSSSGMG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 SQGPMSQRRENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDGNHPSCQETRDYAPPSRGYA ...:.:. :..:: :::: . : :. .: : :::.: CCDS71 GRAPLSRGRDSYGGPPRREPLPSRRDVYLSPRDDGYST---------------------- 180 190 200 210 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 YRDNGHSNRDEHSSRGYRNHRSSRETRDYAPPSRGHAYRDYGHSRRDESYSRGYRNRRSS .: .::: : :::.::::::: : ..::::::: :: CCDS71 --------KDSYSSRDYP---SSRDTRDYAPPPRDYTYRDYGHS--------------SS 220 230 240 250 300 310 320 330 340 350 pF1KE5 RETREYAPPSRGHGYRDYGHSRRHESYSRGYSYHDGYGEALGRDHSEHLSGSSYRDALQR :. .: ::::.: :: :::. ::.:.: ::.::::. . CCDS71 RD--DY--PSRGYGDRD------------------GYGR--DRDYSDHPSGGSYRDSYES 260 270 280 360 370 380 390 400 410 pF1KE5 YGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHA-YSNTRDRYGRSWESYSSC-GDFHY-CDREHVCRKD ::.:..:: .::: :::::. . ::..:: :: : .:::: .:.. ::: : :.. CCDS71 YGNSRSAPLTRGPPPSYGGSSRYDDYSSSRDGYGGSRDSYSSSRSDLYSSCDR--VGRQE 290 300 310 320 330 340 420 430 440 450 pF1KE5 QRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDG-GESRSEKGDS-SRY . :::. : :. :.. .::: : : : :::..: . ::: CCDS71 RGLPPSVERGYPSSRDSYSSSSRGAPRGAGPGGSRSDRGGGRSRY 350 360 370 380 390 >>CCDS7777.1 RBMXL2 gene_id:27288|Hs108|chr11 (392 aa) initn: 629 init1: 280 opt: 902 Z-score: 583.7 bits: 117.0 E(32554): 3.4e-26 Smith-Waterman score: 923; 47.3% identity (65.9% similar) in 393 aa overlap (1-381:1-370) 10 20 30 40 50 pF1KE5 MVEADHPGKLFIGGLNRETNEKMLKAVFGKHGPISEVLLIKDR-TSKSRGFAFITFENPA :::::.:::::::::: ::.:: :.: :::.: : ::::.::: :.:::::::.:::.:: CCDS77 MVEADRPGKLFIGGLNLETDEKALEAEFGKYGRIVEVLLMKDRETNKSRGFAFVTFESPA 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE5 DAKNAAKDMNGKSLHGKAIKVEQAKKPSFQSGGRRRPPASSRNRSPSGSLRSARGSRGGT ::: ::.::::::: :::::: :: ::.:.:. : :: ::.: : ::..::. :: CCDS77 DAKAAARDMNGKSLDGKAIKVAQATKPAFESSRRGPPPPRSRGR-PR-FLRGTRGGGGGP 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 pF1KE5 RGWLPSHEGHLDDGGYTPDLKMSYSRGLIPVKRGPSSRSGGPPPKKSAPSAVARSNSWMG : ::. : :::::: :. . ::. .:.:::: : :::::..:::. ::: : : CCDS77 RR-SPSRGGPDDDGGYTADFDLRPSRAPMPMKRGPPPRRVGPPPKRAAPSGPARS-SGGG 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 pF1KE5 SQG-PMSQR-RENYGVPPRRATISSWRNDRMSTRHDGYATNDG-NHPSCQETRDYAPPSR .: .. : :..:. :::: . :. .. : .::.. :: . . .: : .:: CCDS77 MRGRALAVRGRDGYSGPPRREPLPPRRDPYLGPRDEGYSSRDGYSSRDYREPRGFAPSPG 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 pF1KE5 GYAYRDNGHSN-RDEHSSRGY--RNHRSSRETRDYAPP-SRGHAYRDYGHSRRDESYSRG :..:: :::. ::. ::: :. ..:. :::. ::: .: . :::.. CCDS77 EYTHRDYGHSSVRDDCPLRGYSDRDGYGGRD-RDYGDHLSRG------SHREPFESYGE- 240 250 260 270 280 300 310 320 330 340 pF1KE5 YRNRRSSRETREYAPPSRGHG--YRDY-GHSRRHESYSRGY-SYHDGYGEALGRDHSEHL :. .: : ::: : : :..: :.: ..:: : :: ..::.. ....: CCDS77 LRGAAPGRGT----PPSYGGGGRYEEYRGYS--PDAYSGGRDSYSSSYGRSDRYSRGRHR 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 pF1KE5 SGSSYRDALQRYGTSHGAPPARGPRMSYGGSTCHAYSNTRDRYGRSWESYSSCGDFHYCD : : . .: :: : ::. : : CCDS77 VGRPDRG--LSLSMERGCPPQRD---SYSRSGCRVPRGGGRLGGRLERGGGRSRY 350 360 370 380 390 410 420 430 440 450 pF1KE5 REHVCRKDQRNPPSLGRVLPDPREACGSSSYVASIVDGGESRSEKGDSSRY 459 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Tue Nov 8 07:05:48 2016 done: Tue Nov 8 07:05:49 2016 Total Scan time: 3.400 Total Display time: 0.100 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]