Result of FASTA (ccds) for
pFN21AE4434
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE4434, 452 aa
1>>>pF1KE4434 452 - 452 aa - 452 aa
Library: human.CCDS.faa
18511270 residues in 32554 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.5076+/-0.000996; mu= 16.5455+/- 0.060
mean_var=63.1875+/-12.426, 0's: 0 Z-trim(103.5): 20 B-trim: 0 in 0/50
Lambda= 0.161346
statistics sampled from 7435 (7446) to 7435 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.604), E-opt: 0.2 (0.229), width: 16
Scan time: 2.800
The best scores are: opt bits E(32554)
CCDS9092.1 PAH gene_id:5053|Hs108|chr12 ( 452) 3019 711.7 3.9e-205
CCDS31859.1 TPH2 gene_id:121278|Hs108|chr12 ( 490) 1675 398.8 6.3e-111
CCDS7829.1 TPH1 gene_id:7166|Hs108|chr11 ( 444) 1617 385.3 6.7e-107
CCDS7730.1 TH gene_id:7054|Hs108|chr11 ( 497) 1507 359.7 3.8e-99
CCDS31338.1 TH gene_id:7054|Hs108|chr11 ( 524) 1507 359.7 4e-99
CCDS7731.1 TH gene_id:7054|Hs108|chr11 ( 528) 1507 359.7 4e-99
>>CCDS9092.1 PAH gene_id:5053|Hs108|chr12 (452 aa)
initn: 3019 init1: 3019 opt: 3019 Z-score: 3796.3 bits: 711.7 E(32554): 3.9e-205
Smith-Waterman score: 3019; 99.8% identity (99.8% similar) in 452 aa overlap (1-452:1-452)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDV
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CCDS90 MSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDV
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE4 NLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLDKRSLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRDKKKDTVPW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 NLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLDKRSLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRDKKKDTVPW
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE4 FPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYM
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 FPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYM
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE4 EEGKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCTGF
:: :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 EEEKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCTGF
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE4 RLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRSFA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 RLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRSFA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE4 QFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCLSE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 QFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCLSE
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE4 KPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYTQR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 KPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYTQR
370 380 390 400 410 420
430 440 450
pF1KE4 IEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK
::::::::::::::::::::::::::::::::
CCDS90 IEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK
430 440 450
>>CCDS31859.1 TPH2 gene_id:121278|Hs108|chr12 (490 aa)
initn: 1637 init1: 1488 opt: 1675 Z-score: 2104.9 bits: 398.8 E(32554): 6.3e-111
Smith-Waterman score: 1675; 54.1% identity (81.3% similar) in 455 aa overlap (1-451:31-484)
10 20 30
pF1KE4 MSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCN
.....:..:. :.. .: :.. : .. .
CCDS31 MQPAMMMFSSKYWARRGFSLDSAVPEEHQLLGSSTLNKPNSGKN-DDKGNKGSSKREAAT
10 20 30 40 50
40 50 60 70 80
pF1KE4 QNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDVNLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLD--KRSL
..: ...::::.:::.:.:.::::.:. ::..::::: :: ...: :.:. . : .
CCDS31 ESGKTAVVFSLKNEVGGLVKALRLFQEKRVNMVHIESRKSRRRSSEVEIFVDCECGKTEF
60 70 80 90 100 110
90 100 110 120 130 140
pF1KE4 PALTNIIKILRHDIGATVHE--LSRDKKKDTVPWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADH
: ...:. . . : ..... . :::::: :.:::. ....: ::.::::::
CCDS31 NELIQLLKFQTTIVTLNPPENIWTEEEELEDVPWFPRKISELDKCSHRVLMYGSELDADH
120 130 140 150 160 170
150 160 170 180 190 200
pF1KE4 PGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVEYMEEGKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEY
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CCDS31 PGFKDNVYRQRRKYFVDVAMGYKYGQPIPRVEYTEEETKTWGVVFRELSKLYPTHACREY
180 190 200 210 220 230
210 220 230 240 250 260
pF1KE4 NHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCTGFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCT
. :::: ::::..:::.:::::::.::. .:: .::::: :: ::::.:::.::::::
CCDS31 LKNFPLLTKYCGYREDNVPQLEDVSMFLKERSGFTVRPVAGYLSPRDFLAGLAYRVFHCT
240 250 260 270 280 290
270 280 290 300 310 320
pF1KE4 QYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRSFAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYW
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CCDS31 QYIRHGSDPLYTPEPDTCHELLGHVPLLADPKFAQFSQEIGLASLGASDEDVQKLATCYF
300 310 320 330 340 350
330 340 350 360 370 380
pF1KE4 FTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCLSEKPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLY
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CCDS31 FTIEFGLCKQEGQLRAYGAGLLSSIGELKHALSDKACVKAFDPKTTCLQECLITTFQEAY
360 370 380 390 400 410
390 400 410 420 430 440
pF1KE4 YVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYTQRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCS
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CCDS31 FVSESFEEAKEKMRDFAKSITRPFSVYFNPYTQSIEILKDTRSIENVVQDLRSDLNTVCD
420 430 440 450 460 470
450
pF1KE4 ALQKIK
::.:.
CCDS31 ALNKMNQYLGI
480 490
>>CCDS7829.1 TPH1 gene_id:7166|Hs108|chr11 (444 aa)
initn: 1613 init1: 1449 opt: 1617 Z-score: 2032.7 bits: 385.3 E(32554): 6.7e-107
Smith-Waterman score: 1617; 56.1% identity (80.3% similar) in 431 aa overlap (26-451:9-438)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 MSTAVLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKEEVGALAKVLRLFEENDV
.:. . : :::::::.:::.: :.:..:.:. :
CCDS78 MIEDNKENKDHSLERGRASLIFSLKNEVGGLIKALKIFQEKHV
10 20 30 40
70 80 90 100 110
pF1KE4 NLTHIESRPSRLKKDEYEFFTHLDKRSLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRD--KKKD--
:: ::::: :. ...:.:.:. : :..:...:. .. .: . :.:
CCDS78 NLLHIESRKSKRRNSEFEIFVDCDINR-EQLNDIFHLLKSHTNVLSVNLPDNFTLKEDGM
50 60 70 80 90 100
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 -TVPWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIP
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CCDS78 ETVPWFPKKISDLDHCANRVLMYGSELDADHPGFKDNVYRKRRKYFADLAMNYKHGDPIP
110 120 130 140 150 160
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 RVEYMEEGKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQ
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CCDS78 KVEFTEEEIKTWGTVFQELNKLYPTHACREYLKNLPLLSKYCGYREDNIPQLEDVSNFLK
170 180 190 200 210 220
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 TCTGFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFS
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CCDS78 ERTGFSIRPVAGYLSPRDFLSGLAFRVFHCTQYVRHSSDPFYTPEPDTCHELLGHVPLLA
230 240 250 260 270 280
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 DRSFAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQ
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CCDS78 EPSFAQFSQEIGLASLGASEEAVQKLATCYFFTVEFGLCKQDGQLRVFGAGLLSSISELK
290 300 310 320 330 340
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 YCLSEKPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYD
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CCDS78 HALSGHAKVKPFDPKITCKQECLITTFQDVYFVSESFEDAKEKMREFTKTIKRPFGVKYN
350 360 370 380 390 400
420 430 440 450
pF1KE4 PYTQRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK
:::. :..: .:... . .. .. .. .:: :.
CCDS78 PYTRSIQILKDTKSITSAMNELQHDLDVVSDALAKVSRKPSI
410 420 430 440
>>CCDS7730.1 TH gene_id:7054|Hs108|chr11 (497 aa)
initn: 1512 init1: 1433 opt: 1507 Z-score: 1893.5 bits: 359.7 E(32554): 3.8e-99
Smith-Waterman score: 1507; 53.0% identity (78.0% similar) in 423 aa overlap (35-451:82-496)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 VLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKE-EVGALAKVLRLFEENDVNLT
..:.:: . . .::......:: ....
CCDS77 AVAAAAAAVPSEPGDPLEAVAFEEKEGKAVLNLLFSPRATKPSALSRAVKVFETFEAKIH
60 70 80 90 100 110
70 80 90 100 110
pF1KE4 HIESRPS---RLKKDEYEFFTHLDKR--SLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRDKKKDTV
:.:.::. : . :.:..:. : .: :: . .. . .:. :. :
CCDS77 HLETRPAQRPRAGGPHLEYFVRLEVRRGDLAALLSGVRQVSEDV--------RSPAGPKV
120 130 140 150 160
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 PWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVE
::::: ..:::. . . .. .:: :::::.: ::: ::: .:.::..::::.::::::
CCDS77 PWFPRKVSELDKCHHLVTKFDPDLDLDHPGFSDQVYRQRRKLIAEIAFQYRHGDPIPRVE
170 180 190 200 210 220
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 YMEEGKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCT
: : :: :. :::.:: :::: :. . : :::.. :..:::::::::::.::. :
CCDS77 YTAEEIATWKEVYTTLKGLYATHACGEHLEAFALLERFSGYREDNIPQLEDVSRFLKERT
230 240 250 260 270 280
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 GFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRS
::.:::::::::.::::..::::::.:::::::.:.::..:::: :::::::::...::.
CCDS77 GFQLRPVAGLLSARDFLASLAFRVFQCTQYIRHASSPMHSPEPDCCHELLGHVPMLADRT
290 300 310 320 330 340
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 FAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCL
::::::.:::::::: :: ::::.:.::::::::::::. .::::::::::.::: .::
CCDS77 FAQFSQDIGLASLGASDEEIEKLSTLYWFTVEFGLCKQNGEVKAYGAGLLSSYGELLHCL
350 360 370 380 390 400
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 SEKPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYT
::.:.. .. : .:.: : .: .:.:.:::.:::.:.:..:. : :::::..::::
CCDS77 SEEPEIRAFDPEAAAVQPYQDQTYQSVYFVSESFSDAKDKLRSYASRIQRPFSVKFDPYT
410 420 430 440 450 460
420 430 440 450
pF1KE4 QRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK
:.:::. : .. .....:. : ::. :
CCDS77 LAIDVLDSPQAVRRSLEGVQDELDTLAHALSAIG
470 480 490
>>CCDS31338.1 TH gene_id:7054|Hs108|chr11 (524 aa)
initn: 1512 init1: 1433 opt: 1507 Z-score: 1893.1 bits: 359.7 E(32554): 4e-99
Smith-Waterman score: 1507; 53.0% identity (78.0% similar) in 423 aa overlap (35-451:109-523)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 VLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKE-EVGALAKVLRLFEENDVNLT
..:.:: . . .::......:: ....
CCDS31 AVAAAAAAVPSEPGDPLEAVAFEEKEGKAVLNLLFSPRATKPSALSRAVKVFETFEAKIH
80 90 100 110 120 130
70 80 90 100 110
pF1KE4 HIESRPS---RLKKDEYEFFTHLDKR--SLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRDKKKDTV
:.:.::. : . :.:..:. : .: :: . .. . .:. :. :
CCDS31 HLETRPAQRPRAGGPHLEYFVRLEVRRGDLAALLSGVRQVSEDV--------RSPAGPKV
140 150 160 170 180 190
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 PWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVE
::::: ..:::. . . .. .:: :::::.: ::: ::: .:.::..::::.::::::
CCDS31 PWFPRKVSELDKCHHLVTKFDPDLDLDHPGFSDQVYRQRRKLIAEIAFQYRHGDPIPRVE
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 YMEEGKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCT
: : :: :. :::.:: :::: :. . : :::.. :..:::::::::::.::. :
CCDS31 YTAEEIATWKEVYTTLKGLYATHACGEHLEAFALLERFSGYREDNIPQLEDVSRFLKERT
260 270 280 290 300 310
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 GFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRS
::.:::::::::.::::..::::::.:::::::.:.::..:::: :::::::::...::.
CCDS31 GFQLRPVAGLLSARDFLASLAFRVFQCTQYIRHASSPMHSPEPDCCHELLGHVPMLADRT
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 FAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCL
::::::.:::::::: :: ::::.:.::::::::::::. .::::::::::.::: .::
CCDS31 FAQFSQDIGLASLGASDEEIEKLSTLYWFTVEFGLCKQNGEVKAYGAGLLSSYGELLHCL
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 SEKPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYT
::.:.. .. : .:.: : .: .:.:.:::.:::.:.:..:. : :::::..::::
CCDS31 SEEPEIRAFDPEAAAVQPYQDQTYQSVYFVSESFSDAKDKLRSYASRIQRPFSVKFDPYT
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450
pF1KE4 QRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK
:.:::. : .. .....:. : ::. :
CCDS31 LAIDVLDSPQAVRRSLEGVQDELDTLAHALSAIG
500 510 520
>>CCDS7731.1 TH gene_id:7054|Hs108|chr11 (528 aa)
initn: 1512 init1: 1433 opt: 1507 Z-score: 1893.1 bits: 359.7 E(32554): 4e-99
Smith-Waterman score: 1507; 53.0% identity (78.0% similar) in 423 aa overlap (35-451:113-527)
10 20 30 40 50 60
pF1KE4 VLENPGLGRKLSDFGQETSYIEDNCNQNGAISLIFSLKE-EVGALAKVLRLFEENDVNLT
..:.:: . . .::......:: ....
CCDS77 AVAAAAAAVPSEPGDPLEAVAFEEKEGKAVLNLLFSPRATKPSALSRAVKVFETFEAKIH
90 100 110 120 130 140
70 80 90 100 110
pF1KE4 HIESRPS---RLKKDEYEFFTHLDKR--SLPALTNIIKILRHDIGATVHELSRDKKKDTV
:.:.::. : . :.:..:. : .: :: . .. . .:. :. :
CCDS77 HLETRPAQRPRAGGPHLEYFVRLEVRRGDLAALLSGVRQVSEDV--------RSPAGPKV
150 160 170 180 190
120 130 140 150 160 170
pF1KE4 PWFPRTIQELDRFANQILSYGAELDADHPGFKDPVYRARRKQFADIAYNYRHGQPIPRVE
::::: ..:::. . . .. .:: :::::.: ::: ::: .:.::..::::.::::::
CCDS77 PWFPRKVSELDKCHHLVTKFDPDLDLDHPGFSDQVYRQRRKLIAEIAFQYRHGDPIPRVE
200 210 220 230 240 250
180 190 200 210 220 230
pF1KE4 YMEEGKKTWGTVFKTLKSLYKTHACYEYNHIFPLLEKYCGFHEDNIPQLEDVSQFLQTCT
: : :: :. :::.:: :::: :. . : :::.. :..:::::::::::.::. :
CCDS77 YTAEEIATWKEVYTTLKGLYATHACGEHLEAFALLERFSGYREDNIPQLEDVSRFLKERT
260 270 280 290 300 310
240 250 260 270 280 290
pF1KE4 GFRLRPVAGLLSSRDFLGGLAFRVFHCTQYIRHGSKPMYTPEPDICHELLGHVPLFSDRS
::.:::::::::.::::..::::::.:::::::.:.::..:::: :::::::::...::.
CCDS77 GFQLRPVAGLLSARDFLASLAFRVFQCTQYIRHASSPMHSPEPDCCHELLGHVPMLADRT
320 330 340 350 360 370
300 310 320 330 340 350
pF1KE4 FAQFSQEIGLASLGAPDEYIEKLATIYWFTVEFGLCKQGDSIKAYGAGLLSSFGELQYCL
::::::.:::::::: :: ::::.:.::::::::::::. .::::::::::.::: .::
CCDS77 FAQFSQDIGLASLGASDEEIEKLSTLYWFTVEFGLCKQNGEVKAYGAGLLSSYGELLHCL
380 390 400 410 420 430
360 370 380 390 400 410
pF1KE4 SEKPKLLPLELEKTAIQNYTVTEFQPLYYVAESFNDAKEKVRNFAATIPRPFSVRYDPYT
::.:.. .. : .:.: : .: .:.:.:::.:::.:.:..:. : :::::..::::
CCDS77 SEEPEIRAFDPEAAAVQPYQDQTYQSVYFVSESFSDAKDKLRSYASRIQRPFSVKFDPYT
440 450 460 470 480 490
420 430 440 450
pF1KE4 QRIEVLDNTQQLKILADSINSEIGILCSALQKIK
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CCDS77 LAIDVLDSPQAVRRSLEGVQDELDTLAHALSAIG
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