FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3984, 204 aa 1>>>pF1KE3984 204 - 204 aa - 204 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 5.0583+/-0.000626; mu= 15.1234+/- 0.038 mean_var=73.3949+/-14.871, 0's: 0 Z-trim(112.5): 105 B-trim: 433 in 1/50 Lambda= 0.149707 statistics sampled from 13085 (13211) to 13085 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.777), E-opt: 0.2 (0.406), width: 16 Scan time: 1.940 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS54850.1 ARL15 gene_id:54622|Hs108|chr5 ( 204) 1373 304.9 2.2e-83 CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 ( 175) 337 81.1 4.4e-16 CCDS8088.1 ARL2 gene_id:402|Hs108|chr11 ( 184) 323 78.1 3.7e-15 CCDS8774.1 ARF3 gene_id:377|Hs108|chr12 ( 181) 322 77.9 4.2e-15 CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 ( 181) 315 76.4 1.2e-14 CCDS34745.1 ARF5 gene_id:381|Hs108|chr7 ( 180) 314 76.2 1.4e-14 CCDS7538.1 ARL3 gene_id:403|Hs108|chr10 ( 182) 314 76.2 1.4e-14 CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 ( 192) 310 75.3 2.7e-14 CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 569) 314 76.6 3.3e-14 CCDS3987.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 574) 314 76.6 3.4e-14 CCDS2884.1 ARF4 gene_id:378|Hs108|chr3 ( 180) 299 72.9 1.3e-13 CCDS2925.1 ARL13B gene_id:200894|Hs108|chr3 ( 428) 292 71.7 7.3e-13 CCDS2566.1 ARL8B gene_id:55207|Hs108|chr3 ( 186) 286 70.1 9.5e-13 CCDS1421.1 ARL8A gene_id:127829|Hs108|chr1 ( 186) 282 69.3 1.7e-12 CCDS11463.1 ARL4D gene_id:379|Hs108|chr17 ( 201) 281 69.1 2.1e-12 CCDS3986.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 ( 546) 284 70.1 2.9e-12 CCDS9419.1 ARL11 gene_id:115761|Hs108|chr13 ( 196) 275 67.8 5.1e-12 CCDS5359.1 ARL4A gene_id:10124|Hs108|chr7 ( 200) 273 67.4 7e-12 CCDS44958.1 ARL1 gene_id:400|Hs108|chr12 ( 181) 267 66.0 1.6e-11 CCDS2512.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 192) 262 65.0 3.5e-11 CCDS63169.1 ARL4C gene_id:10123|Hs108|chr2 ( 201) 262 65.0 3.7e-11 CCDS2928.1 ARL6 gene_id:84100|Hs108|chr3 ( 186) 256 63.7 8.5e-11 >>CCDS54850.1 ARL15 gene_id:54622|Hs108|chr5 (204 aa) initn: 1373 init1: 1373 opt: 1373 Z-score: 1610.6 bits: 304.9 E(32554): 2.2e-83 Smith-Waterman score: 1373; 100.0% identity (100.0% similar) in 204 aa overlap (1-204:1-204) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSDLRITEAFLYMDYLCFRALCCKGPPPARPEYDLVCIGLTGSGKTSLLSKLCSESPDNV :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 MSDLRITEAFLYMDYLCFRALCCKGPPPARPEYDLVCIGLTGSGKTSLLSKLCSESPDNV 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VSTTGFSIKAVPFQNAILNVKELGGADNIRKYWSRYYQGSQGVIFVLDSASSEDDLEAAR :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 VSTTGFSIKAVPFQNAILNVKELGGADNIRKYWSRYYQGSQGVIFVLDSASSEDDLEAAR 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 NELHSALQHPQLCTLPFLILANHQDKPAARSVQEIKKYFELEPLARGKRWILQPCSLDDM :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS54 NELHSALQHPQLCTLPFLILANHQDKPAARSVQEIKKYFELEPLARGKRWILQPCSLDDM 130 140 150 160 170 180 190 200 pF1KE3 DALKDSFSQLINLLEEKDHEAVRM :::::::::::::::::::::::: CCDS54 DALKDSFSQLINLLEEKDHEAVRM 190 200 >>CCDS9695.1 ARF6 gene_id:382|Hs108|chr14 (175 aa) initn: 290 init1: 221 opt: 337 Z-score: 402.2 bits: 81.1 E(32554): 4.4e-16 Smith-Waterman score: 337; 35.2% identity (69.2% similar) in 159 aa overlap (32-190:13-169) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 SDLRITEAFLYMDYLCFRALCCKGPPPARPEYDLVCIGLTGSGKTSLLSKLCSESPDNVV :. .. .:: ..:::..: :: . ... 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CCDS87 MGNIFGNLLKSLIGKKEMRILMVGLDAAGKTTILYKLKLGEIVTT 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 VSTTGFSIKAVPFQNAILNVKELGGADNIRKYWSRYYQGSQGVIFVLDSASSEDDLEAAR . : ::....: ..: ..: ..:: :.:: : .:.:..::.:::.:: . : .. :: CCDS87 IPTIGFNVETVEYKNISFTVWDVGGQDKIRPLWRHYFQNTQGLIFVVDSNDRER-VNEAR 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 NELHSALQHPQLCTLPFLILANHQDKPAARSVQEIKKYFELEPLARGKRWILQPCSLDDM .:: : . .: .:..::.:: : : .. :: . :. : : . : .: . CCDS87 EELMRMLAEDELRDAVLLVFANKQDLPNAMNAAEITDKLGLHSL-RHRNWYIQATCATSG 110 120 130 140 150 160 190 200 pF1KE3 DALKDSFSQLINLLEEKDHEAVRM :.: .... : : :..: CCDS87 DGLYEGLDWLANQLKNKK 170 180 >>CCDS1565.1 ARF1 gene_id:375|Hs108|chr1 (181 aa) initn: 213 init1: 213 opt: 315 Z-score: 376.4 bits: 76.4 E(32554): 1.2e-14 Smith-Waterman score: 315; 33.3% identity (65.5% similar) in 168 aa overlap (30-197:15-180) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSDLRITEAFLYMDYLCFRALCCKGPPPARPEYDLVCIGLTGSGKTSLLSKLCSESPDNV . :. .. .:: ..:::..: :: .. 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CCDS75 MGLLSILRKLKSAPDQEVRILLLGLDNAGKTTLLKQLASEDISHIT 10 20 30 40 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 STTGFSIKAVPFQNAILNVKELGGADNIRKYWSRYYQGSQGVIFVLDSASSEDDLEAARN : ::.::.: :. ::: ..:: .:: ::. :..... .:.:.:::. . .: . . CCDS75 PTQGFNIKSVQSQGFKLNVWDIGGQRKIRPYWKNYFENTDILIYVIDSADRKR-FEETGQ 50 60 70 80 90 100 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ELHSALQHPQLCTLPFLILANHQDKPAARSVQEIKKYFELEPLARGKRWILQPCSLDDMD :: :.. .: .: ::.::.:: .: ..:: . ..:. . : . : .: :: . CCDS75 ELAELLEEEKLSCVPVLIFANKQDLLTAAPASEIAEGLNLHTI-RDRVWQIQSCSALTGE 110 120 130 140 150 160 190 200 pF1KE3 ALKDSFSQLINLLEEKDHEAVRM ...:... CCDS75 GVQDGMNWVCKNVNAKKK 170 180 >>CCDS3192.1 ARL14 gene_id:80117|Hs108|chr3 (192 aa) initn: 193 init1: 193 opt: 310 Z-score: 370.2 bits: 75.3 E(32554): 2.7e-14 Smith-Waterman score: 310; 27.1% identity (68.4% similar) in 177 aa overlap (28-203:9-182) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 MSDLRITEAFLYMDYLCFRALCCKGPPPARPEYDLVCIGLTGSGKTSLLSKLCSESPDNV : . ... .:: ..::..:: :: . .. CCDS31 MGSLGSKNPQTKQAQVLLLGLDSAGKSTLLYKLKLAKDITT 10 20 30 40 70 80 90 100 110 pF1KE3 VSTTGFSIKAVPFQ-NAILNVKELGGADNIRKYWSRYYQGSQGVIFVLDSASSEDDLEAA . : ::... . .. : :.: ..:: ...: :. : ....:...:.:: .... :: . CCDS31 IPTIGFNVEMIELERNLSLTVWDVGGQEKMRTVWGCYCENTDGLVYVVDS-TDKQRLEES 50 60 70 80 90 100 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 RNELHSALQHPQLCTLPFLILANHQDKPAARSVQEIKKYFELEPLARGKRWILQPCSLDD . ... :.. .. ..: ..:::.:: :.: ....: ..:... : . : .::: CCDS31 QRQFEHILKNEHIKNVPVVLLANKQDMPGALTAEDITRMFKVKKLCSDRNWYVQPCCALT 110 120 130 140 150 160 180 190 200 pF1KE3 MDALKDSFSQLINLLEEKDHEAVRM ..: ..: .: ... :.: : CCDS31 GEGLAQGFRKLTGFV--KSHMKSRGDTLAFFKQN 170 180 190 >>CCDS43322.1 TRIM23 gene_id:373|Hs108|chr5 (569 aa) initn: 198 init1: 198 opt: 314 Z-score: 368.4 bits: 76.6 E(32554): 3.3e-14 Smith-Waterman score: 314; 35.8% identity (66.9% similar) in 151 aa overlap (25-175:400-546) 10 20 30 40 50 pF1KE3 MSDLRITEAFLYMDYLCFRALCCKGPPPARPEYDLVCIGLTGSGKTSLLSKLCS :: . : .: .:: :.:::..: :: . 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CCDS39 QQQQFTEVADHIQLDASIPVTFTKDNRVHIGP---KMEIRVVTLGLDGAGKTTILFKLKQ 370 380 390 400 410 420 60 70 80 90 100 110 pF1KE3 ESPDNVVSTTGFSIKAVPFQNAILNVKELGGADNIRKYWSRYYQGSQGVIFVLDSASSED . . . : ::....: ..: ... ..:: ..: :..:: ..:.:.::.:: : .: CCDS39 DEFMQPIPTIGFNVETVEYKNLKFTIWDVGGKHKLRPLWKHYYLNTQAVVFVVDS-SHRD 430 440 450 460 470 480 120 130 140 150 160 170 pF1KE3 DLEAARNELHSALQHPQLCTLPFLILANHQDKPAARSVQEIKKYFELEPLARGKRWILQP . :..:: . : . .: .::.::.:: .: ::.:: . . :. : :. : .: CCDS39 RISEAHSELAKLLTEKELRDALLLIFANKQDVAGALSVEEITELLSLHKLCCGRSWYIQG 490 500 510 520 530 540 180 190 200 pF1KE3 CSLDDMDALKDSFSQLINLLEEKDHEAVRM : CCDS39 CDARSGMGLYEGLDWLSRQLVAAGVLDVA 550 560 570 204 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 08:21:17 2016 done: Sun Nov 6 08:21:18 2016 Total Scan time: 1.940 Total Display time: 0.000 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]