FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KB9896, 1177 aa 1>>>pF1KB9896 1177 - 1177 aa - 1177 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 14.9226+/-0.000518; mu= -22.3024+/- 0.032 mean_var=704.8394+/-148.142, 0's: 0 Z-trim(122.6): 17 B-trim: 0 in 0/59 Lambda= 0.048309 statistics sampled from 41104 (41124) to 41104 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.767), E-opt: 0.2 (0.482), width: 16 Scan time: 19.710 The best scores are: opt bits E(85289) NP_001005291 (OMIM: 184756) sterol regulatory elem (1177) 7856 564.0 1.9e-159 NP_001308025 (OMIM: 184756) sterol regulatory elem (1123) 7493 538.7 7.7e-152 NP_004167 (OMIM: 184756) sterol regulatory element (1147) 7454 536.0 5.2e-151 XP_005256829 (OMIM: 184756) PREDICTED: sterol regu (1145) 7425 534.0 2.1e-150 XP_016880459 (OMIM: 184756) PREDICTED: sterol regu ( 766) 4581 335.6 7.3e-91 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XP_016 LAEAARTLEKLGDRRLLHDCQQMLMRLGGGTTVTSS 640 650 660 >>NP_004590 (OMIM: 600481) sterol regulatory element-bin (1141 aa) initn: 2497 init1: 455 opt: 2017 Z-score: 784.3 bits: 157.1 E(85289): 6.1e-37 Smith-Waterman score: 2948; 45.7% identity (71.2% similar) in 1151 aa overlap (60-1177:29-1141) 30 40 50 60 70 80 pF1KB9 EGEVGAGRGRANGLDAPRAGADRGAMDCTFEDMLQLINNQDSDFPGLFD-------PPYA ..:::...:: ..:: ::. : . NP_004 MDDSGELGGLETMETLTELGDELTLGDIDEMLQFVSNQVGEFPDLFSEQLCSSFPGSG 10 20 30 40 50 90 100 110 120 130 140 pF1KB9 GSGAGGTDPASPDTSSPGSLSPPPATLSSSLEAF--LSGPQAAPSPLSPPQPAPTPLKMY :::... . .: ..:: : : :. : ..: .. :. .:: :: :. .:. NP_004 GSGSSSGSSGSSSSSSNGRGSSSGAVDPSVQRSFTQVTLPSFSPSAASPQAPT-LQVKVS 60 70 80 90 100 110 150 160 170 180 190 pF1KB9 PSMPAFSPGPGIKEESVPLSILQT-PTPQPLPGALLPQSFPAPAPPQFSSTPVLGYPSPP :. .: ...: ::: : ::: : . : :. . : ::.:: . : NP_004 PTSVPTTP------RATP--ILQPRPQPQPQPQTQLQQQ-TVMITPTFSTTPQTRIIQQP 120 130 140 150 160 200 210 220 230 240 250 pF1KB9 GGFSTGSPPGNTQQPLPGLPLASPPGVPPVSLHTQVQSVVPQQLLTVTAA---PTAAPVT ..... .. :: :.. : ::... :::.: :..:: :: : ::.: NP_004 LIYQNAATSFQVLQP-QVQSLVTSSQVQPVTIQQQVQTVQAQRVLTQTANGTLQTLAPAT 170 180 190 200 210 220 260 270 280 290 300 310 pF1KB9 --TTVTSQIQQVPVLLQPHFIKADSLLLTAMKTDGATVKAAGLSPLVSGTT--VQTGPL- :... :.::::::.::..::.:::.::..::::. : :: .: ... : .::. : NP_004 VQTVAAPQVQQVPVLVQPQIIKTDSLVLTTLKTDGSPVMAAVQNPALTALTTPIQTAALQ 230 240 250 260 270 280 320 330 340 350 360 pF1KB9 -PTLV-SGGTILATVPLVVDAEKLPINRLAAGSKAPASAQSRGEKRTAHNAIEKRYRSSI :::: :.::::.:.:... ::.::... .: : ..::.::.:: ::::::::: NP_004 VPTLVGSSGTILTTMPVMMGQEKVPIKQVPGGVKQ-LEPPKEGERRTTHNIIEKRYRSSI 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 pF1KB9 NDKIIELKDLVVGTEAKLNKSAVLRKAIDYIRFLQHSNQKLKQENLSLRTAVHKSKSLKD :::::::::::.::.::..::.:::::::::..::. :.::.:::. :. : .:.: :: NP_004 NDKIIELKDLVMGTDAKMHKSGVLRKAIDYIKYLQQVNHKLRQENMVLKLANQKNKLLKG 350 360 370 380 390 400 430 440 450 460 470 480 pF1KB9 LVSACGSGGNTDVLMEGVKTEVEDTLTPPPSDAGSPFQSSPLSLGSRGSGSGGSGSDSEP . . ...:. .: . .: ..:: ::.:: :: :. :::: NP_004 IDLGSLVDNEVDLKIEDFNQNVL-LMSPPASDSGSQAGFSPYSI------------DSEP 410 420 430 440 450 490 500 510 520 530 540 pF1KB9 DSPVFEDSKAKPEQRPSLHSRGMLDRSRLALCTLVFLCLSCNPLASLLGARGLPSPSDTT ::...:.:.: : . ::.::::. ::.:.::::: :::.::: : :. 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NP_004 KLRLVRWLLKKVFQCRRATPATEAGFEDEAKTSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACS 630 640 650 660 670 680 730 740 750 760 770 780 pF1KB9 ATNLALSALNLAECAGDAVSVATLAEIYVAAALRVKTSLPRALHFLTRFFLSSARQACLA ...:: :.:::::: . . .::.::...::. .:: : ::. .::: :.. : NP_004 DVHMALCAVNLAECAEEKIPPSTLVEIHLTAAMGLKTRCGGKLGFLASYFLSRAQSLCGP 690 700 710 720 730 740 790 800 810 820 830 840 pF1KB9 QSGSVPPAMQWLCHPVGHRFFVDGDWSVLSTPWESLYSLAGNPVDPLAQVTQLFREHLLE . ..:: ...:::::.:..::.. .::: :. :::: ::.::.::: : : ..::: NP_004 EHSAVPDSLRWLCHPLGQKFFMERSWSVKSAAKESLYCAQRNPADPIAQVHQAFCKNLLE 750 760 770 780 790 800 850 860 870 880 890 pF1KB9 RALNCVTQPNPSPGSADGDKE---FSDALGYLQLLNSCSDAAGAPAYSFSISSSMATTTG ::.. ...:. . ..: ..: ::.:: ::.::.: :..:. . .: :: . .. : NP_004 RAIESLVKPQAKKKAGDQEEESCEFSSALEYLKLLHSFVDSVGVMSPPLSRSSVLKSALG 810 820 830 840 850 860 900 910 920 930 940 950 pF1KB9 VDPVAKWWASLTAVVIHWLRRDEEAAERLCPLVEHLPRVLQESERPLPRAALHSFKAARA : . .::.: .:.: ::. :. :.. ::..:..:. .: :: .: .:. .: .: NP_004 PDIICRWWTSAITVAISWLQGDDAAVRSHFTKVERIPKALEVTESPLVKAIFHACRAMHA 870 880 890 900 910 920 960 970 980 990 1000 1010 pF1KB9 LLGCAKAESGPASLTICEKASGYLQDSLATTPASS--SIDKAVQLFLCDLLLVVRTSLWR : .::.. .:. ::.:::.: .:: .. :.: .....:::. ::::: .::.::. NP_004 SLP-GKADGQQSSFCHCERASGHLWSSLNVSGATSDPALNHVVQLLTCDLLLSLRTALWQ 930 940 950 960 970 980 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KB9 QQQPPAPAPAAQGTSSRPQASALELRGFQRDLSSLRRLAQSFRPAMRRVFLHEATARLMA .: : :.:... .::. :: ::::::.::::::.:::::.:.:::::::.:::: NP_004 KQ-----ASASQAVGETYHASGAELAGFQRDLGSLRRLAHSFRPAYRKVFLHEATVRLMA 990 1000 1010 1020 1030 1040 1080 1090 1100 1110 1120 1130 pF1KB9 GASPTRTHQLLDRSLRRRAGPGGKGGAVAELEPRPTRREHAEALLLASCYLPPGFLSAPG :::::::::::..:::::. . : : :.. : .::.: :.::: .:: .:::.:: NP_004 GASPTRTHQLLEHSLRRRTTQSTKHG---EVDAWPGQRERATAILLACRHLPLSFLSSPG 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1140 1150 1160 1170 pF1KB9 QRVGMLAEAARTLEKLGDRRLLHDCQQMLMRLGGGTTVTSS ::. .::::::::::.:::: .:::::...:::::....: NP_004 QRAVLLAEAARTLEKVGDRRSCNDCQQMIVKLGGGTAIAAS 1110 1120 1130 1140 >>XP_006724373 (OMIM: 600481) PREDICTED: sterol regulato (1111 aa) initn: 2393 init1: 455 opt: 2013 Z-score: 782.9 bits: 156.8 E(85289): 7.2e-37 Smith-Waterman score: 2944; 45.8% identity (71.2% similar) in 1149 aa overlap (62-1177:1-1111) 40 50 60 70 80 pF1KB9 EVGAGRGRANGLDAPRAGADRGAMDCTFEDMLQLINNQDSDFPGLFD-------PPYAGS :::...:: ..:: ::. : .:: XP_006 MLQFVSNQVGEFPDLFSEQLCSSFPGSGGS 10 20 30 90 100 110 120 130 140 pF1KB9 GAGGTDPASPDTSSPGSLSPPPATLSSSLEAF--LSGPQAAPSPLSPPQPAPTPLKMYPS :... . .: ..:: : : :. : ..: .. :. .:: :: :. .:. :. XP_006 GSSSGSSGSSSSSSNGRGSSSGAVDPSVQRSFTQVTLPSFSPSAASPQAPT-LQVKVSPT 40 50 60 70 80 150 160 170 180 190 200 pF1KB9 MPAFSPGPGIKEESVPLSILQT-PTPQPLPGALLPQSFPAPAPPQFSSTPVLGYPSPPGG .: ...: ::: : ::: : . : :. . : ::.:: . : XP_006 SVPTTP------RATP--ILQPRPQPQPQPQTQLQQQ-TVMITPTFSTTPQTRIIQQPLI 90 100 110 120 130 140 210 220 230 240 250 pF1KB9 FSTGSPPGNTQQPLPGLPLASPPGVPPVSLHTQVQSVVPQQLLTVTAA---PTAAPVT-- ..... .. :: :.. : ::... :::.: :..:: :: : ::.: XP_006 YQNAATSFQVLQPQVQ-SLVTSSQVQPVTIQQQVQTVQAQRVLTQTANGTLQTLAPATVQ 150 160 170 180 190 260 270 280 290 300 310 pF1KB9 TTVTSQIQQVPVLLQPHFIKADSLLLTAMKTDGATVKAAGLSPLVSGTT--VQTGPL--P :... :.::::::.::..::.:::.::..::::. : :: .: ... : .::. : : XP_006 TVAAPQVQQVPVLVQPQIIKTDSLVLTTLKTDGSPVMAAVQNPALTALTTPIQTAALQVP 200 210 220 230 240 250 320 330 340 350 360 370 pF1KB9 TLV-SGGTILATVPLVVDAEKLPINRLAAGSKAPASAQSRGEKRTAHNAIEKRYRSSIND ::: :.::::.:.:... ::.::... .: : ..::.::.:: ::::::::::: XP_006 TLVGSSGTILTTMPVMMGQEKVPIKQVPGGVKQ-LEPPKEGERRTTHNIIEKRYRSSIND 260 270 280 290 300 310 380 390 400 410 420 430 pF1KB9 KIIELKDLVVGTEAKLNKSAVLRKAIDYIRFLQHSNQKLKQENLSLRTAVHKSKSLKDLV :::::::::.::.::..::.:::::::::..::. :.::.:::. :. : .:.: :: . 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XP_006 PHSGSGRSVLSFESGSG-GWFDWMMPTLLLWLVNGVIVLSVFVKLLVHGEPVIRPHSRSS 490 500 510 520 530 540 610 620 630 640 650 660 pF1KB9 VYFWRHRKQADLDLARGDFAQAAQQLWLALRALGRPLPTSHLDLACSLLWNLIRHLLQRL : :::::::::::::::::: :: .: : .::: ::::.::::::: ::.::. ::.: XP_006 VTFWRHRKQADLDLARGDFAAAAGNLQTCLAVLGRALPTSRLDLACSLSWNVIRYSLQKL 550 560 570 580 590 600 670 680 690 700 710 720 pF1KB9 WVGRWLAGRAGGLQQ-----DCALRVDASASARDAALVYHKLHQLHTMGK-HTGGHLTAT . ::: .. .. . ... .:..:::::::.::.::::: :: .:. . . XP_006 RLVRWLLKKVFQCRRATPATEAGFEDEAKTSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACSDV 610 620 630 640 650 660 730 740 750 760 770 780 pF1KB9 NLALSALNLAECAGDAVSVATLAEIYVAAALRVKTSLPRALHFLTRFFLSSARQACLAQS ..:: :.:::::: . . .::.::...::. .:: : ::. .::: :.. : . XP_006 HMALCAVNLAECAEEKIPPSTLVEIHLTAAMGLKTRCGGKLGFLASYFLSRAQSLCGPEH 670 680 690 700 710 720 790 800 810 820 830 840 pF1KB9 GSVPPAMQWLCHPVGHRFFVDGDWSVLSTPWESLYSLAGNPVDPLAQVTQLFREHLLERA ..:: ...:::::.:..::.. .::: :. :::: ::.::.::: : : ..::::: XP_006 SAVPDSLRWLCHPLGQKFFMERSWSVKSAAKESLYCAQRNPADPIAQVHQAFCKNLLERA 730 740 750 760 770 780 850 860 870 880 890 900 pF1KB9 LNCVTQPNPSPGSADGDKE---FSDALGYLQLLNSCSDAAGAPAYSFSISSSMATTTGVD .. ...:. . ..: ..: ::.:: ::.::.: :..:. . .: :: . .. : : XP_006 IESLVKPQAKKKAGDQEEESCEFSSALEYLKLLHSFVDSVGVMSPPLSRSSVLKSALGPD 790 800 810 820 830 840 910 920 930 940 950 960 pF1KB9 PVAKWWASLTAVVIHWLRRDEEAAERLCPLVEHLPRVLQESERPLPRAALHSFKAARALL . .::.: .:.: ::. :. :.. ::..:..:. .: :: .: .:. .: .: : XP_006 IICRWWTSAITVAISWLQGDDAAVRSHFTKVERIPKALEVTESPLVKAIFHACRAMHASL 850 860 870 880 890 900 970 980 990 1000 1010 pF1KB9 GCAKAESGPASLTICEKASGYLQDSLATTPASS--SIDKAVQLFLCDLLLVVRTSLWRQQ .::.. .:. ::.:::.: .:: .. :.: .....:::. ::::: .::.::..: XP_006 P-GKADGQQSSFCHCERASGHLWSSLNVSGATSDPALNHVVQLLTCDLLLSLRTALWQKQ 910 920 930 940 950 960 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KB9 QPPAPAPAAQGTSSRPQASALELRGFQRDLSSLRRLAQSFRPAMRRVFLHEATARLMAGA : :.:... .::. :: ::::::.::::::.:::::.:.:::::::.:::::: XP_006 -----ASASQAVGETYHASGAELAGFQRDLGSLRRLAHSFRPAYRKVFLHEATVRLMAGA 970 980 990 1000 1010 1080 1090 1100 1110 1120 1130 pF1KB9 SPTRTHQLLDRSLRRRAGPGGKGGAVAELEPRPTRREHAEALLLASCYLPPGFLSAPGQR :::::::::..:::::. . : : :.. : .::.: :.::: .:: .:::.:::: XP_006 SPTRTHQLLEHSLRRRTTQSTKHG---EVDAWPGQRERATAILLACRHLPLSFLSSPGQR 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1140 1150 1160 1170 pF1KB9 VGMLAEAARTLEKLGDRRLLHDCQQMLMRLGGGTTVTSS . .::::::::::.:::: .:::::...:::::....: XP_006 AVLLAEAARTLEKVGDRRSCNDCQQMIVKLGGGTAIAAS 1080 1090 1100 1110 >>XP_011528649 (OMIM: 600481) PREDICTED: sterol regulato (1016 aa) initn: 1842 init1: 409 opt: 1649 Z-score: 646.3 bits: 131.4 E(85289): 2.9e-29 Smith-Waterman score: 2274; 39.8% identity (63.3% similar) in 1149 aa overlap (60-1177:29-1016) 30 40 50 60 70 80 pF1KB9 EGEVGAGRGRANGLDAPRAGADRGAMDCTFEDMLQLINNQDSDFPGLFD-------PPYA ..:::...:: ..:: ::. : . 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XP_011 RLVRWLLKKVFQCRRATPATEAGFEDEAKTSARDAALAYHRLHQLHITGKLPAGSACSDV 510 520 530 540 550 560 730 740 750 760 770 780 pF1KB9 NLALSALNLAECAGDAVSVATLAEIYVAAALRVKTSLPRALHFLTRFFLSSARQACLAQS ..:: :.:::::: . . .::.::...::. .:: : ::. .::: :.. : . 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