Result of FASTA (omim) for
pFN21AE2305
FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011
Please cite:
W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448
Query: pF1KE2305, 3312 aa
1>>>pF1KE2305 3312 - 3312 aa - 3312 aa
Library: /omim/omim.rfq.tfa
60827320 residues in 85289 sequences
Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.3371+/-0.000502; mu= 4.6758+/- 0.031
mean_var=382.6189+/-78.392, 0's: 0 Z-trim(118.8): 851 B-trim: 172 in 1/56
Lambda= 0.065568
statistics sampled from 31207 (32157) to 31207 sequences
Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized]
Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2
ktup: 2, E-join: 1 (0.672), E-opt: 0.2 (0.377), width: 16
Scan time: 29.790
The best scores are: opt bits E(85289)
NP_001398 (OMIM: 604264) cadherin EGF LAG seven-pa (3312) 22557 2151.0 0
XP_005270637 (OMIM: 604265) PREDICTED: cadherin EG (2921) 8647 835.2 0
NP_001399 (OMIM: 604265) cadherin EGF LAG seven-pa (2923) 8647 835.2 0
NP_055061 (OMIM: 604523) cadherin EGF LAG seven-pa (3014) 8625 833.1 0
XP_006724446 (OMIM: 604523) PREDICTED: cadherin EG (3019) 8625 833.1 0
XP_011528855 (OMIM: 604523) PREDICTED: cadherin EG (2160) 6401 622.6 2.4e-176
XP_011528856 (OMIM: 604523) PREDICTED: cadherin EG (1850) 5719 558.0 5.6e-157
XP_011528857 (OMIM: 604523) PREDICTED: cadherin EG (1818) 5634 549.9 1.5e-154
NP_001278214 (OMIM: 612411,615546,616006) protocad (4982) 1288 139.3 1.7e-30
NP_001278232 (OMIM: 612411,615546,616006) protocad (4983) 1288 139.3 1.7e-30
XP_011530538 (OMIM: 612411,615546,616006) PREDICTE (4983) 1288 139.3 1.7e-30
NP_078858 (OMIM: 612411,615546,616006) protocadher (4981) 1287 139.2 1.8e-30
XP_011538353 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (2306) 1216 132.1 1.1e-28
XP_011538351 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (2330) 1216 132.1 1.1e-28
XP_011538350 (OMIM: 601067,601386,605516) PREDICTE (2388) 1216 132.1 1.1e-28
NP_001165401 (OMIM: 601067,601386,605516) cadherin (1381) 1157 126.3 3.7e-27
XP_016872675 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3502) 1073 118.8 1.7e-24
XP_016872676 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3502) 1073 118.8 1.7e-24
XP_016872674 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (3540) 1073 118.8 1.7e-24
XP_016884911 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1025) 1017 112.9 3e-23
XP_011529218 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1054) 1017 112.9 3e-23
XP_011529217 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1054) 1017 112.9 3e-23
NP_001161833 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-lin (1065) 1017 112.9 3e-23
XP_016884910 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1076) 1017 112.9 3.1e-23
XP_016885572 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher ( 956) 1014 112.6 3.4e-23
XP_016884908 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1308) 1017 113.0 3.5e-23
NP_001161834 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-lin (1310) 1017 113.0 3.5e-23
NP_001161835 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-lin (1329) 1017 113.0 3.5e-23
NP_116751 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-linked (1337) 1017 113.0 3.5e-23
XP_016884909 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1339) 1017 113.0 3.5e-23
NP_001161832 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-lin (1339) 1017 113.0 3.5e-23
XP_016884905 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1345) 1017 113.0 3.6e-23
NP_116750 (OMIM: 300246) protocadherin-11 X-linked (1347) 1017 113.0 3.6e-23
XP_011529216 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1347) 1017 113.0 3.6e-23
XP_011529215 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1358) 1017 113.0 3.6e-23
XP_016884907 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1366) 1017 113.0 3.6e-23
XP_011529214 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1368) 1017 113.1 3.6e-23
XP_016884906 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1376) 1017 113.1 3.6e-23
XP_011529213 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1376) 1017 113.1 3.6e-23
XP_011529212 (OMIM: 300246) PREDICTED: protocadher (1376) 1017 113.1 3.6e-23
XP_016885571 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher (1037) 1014 112.6 3.6e-23
NP_001265548 (OMIM: 400022) protocadherin-11 Y-lin (1037) 1014 112.6 3.6e-23
NP_116753 (OMIM: 400022) protocadherin-11 Y-linked (1037) 1014 112.6 3.6e-23
NP_116754 (OMIM: 400022) protocadherin-11 Y-linked (1048) 1014 112.6 3.7e-23
XP_016885569 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher (1329) 1014 112.8 4.3e-23
XP_016885568 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher (1329) 1014 112.8 4.3e-23
XP_016885570 (OMIM: 400022) PREDICTED: protocadher (1329) 1014 112.8 4.3e-23
NP_116755 (OMIM: 400022) protocadherin-11 Y-linked (1340) 1014 112.8 4.3e-23
XP_011530539 (OMIM: 612411,615546,616006) PREDICTE (3240) 1003 112.1 1.6e-22
XP_016872673 (OMIM: 612483) PREDICTED: protocadher (4395) 964 108.6 2.6e-21
>>NP_001398 (OMIM: 604264) cadherin EGF LAG seven-pass G (3312 aa)
initn: 22557 init1: 22557 opt: 22557 Z-score: 11544.2 bits: 2151.0 E(85289): 0
Smith-Waterman score: 22557; 100.0% identity (100.0% similar) in 3312 aa overlap (1-3312:1-3312)
10 20 30 40 50 60
pF1KE2 MMARRPPWRGLGGRSTPILLLLLLSLFPLSQEELGGGGHQGWDPGLAATTGPRAHIGGGA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 MMARRPPWRGLGGRSTPILLLLLLSLFPLSQEELGGGGHQGWDPGLAATTGPRAHIGGGA
10 20 30 40 50 60
70 80 90 100 110 120
pF1KE2 LALCPESSGVREDGGPGLGVREPIFVGLRGRRQSARNSRGPPEQPNEELGIEHGVQPLGS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LALCPESSGVREDGGPGLGVREPIFVGLRGRRQSARNSRGPPEQPNEELGIEHGVQPLGS
70 80 90 100 110 120
130 140 150 160 170 180
pF1KE2 RERETGQGPGSVLYWRPEVSSCGRTGPLQRGSLSPGALSSGVPGSGNSSPLPSDFLIRHH
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RERETGQGPGSVLYWRPEVSSCGRTGPLQRGSLSPGALSSGVPGSGNSSPLPSDFLIRHH
130 140 150 160 170 180
190 200 210 220 230 240
pF1KE2 GPKPVSSQRNAGTGSRKRVGTARCCGELWATGSKGQGERATTSGAERTAPRRNCLPGASG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GPKPVSSQRNAGTGSRKRVGTARCCGELWATGSKGQGERATTSGAERTAPRRNCLPGASG
190 200 210 220 230 240
250 260 270 280 290 300
pF1KE2 SGPELDSAPRTARTAPASGSAPRESRTAPEPAPKRMRSRGLFRCRFLPQRPGPRPPGLPA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SGPELDSAPRTARTAPASGSAPRESRTAPEPAPKRMRSRGLFRCRFLPQRPGPRPPGLPA
250 260 270 280 290 300
310 320 330 340 350 360
pF1KE2 RPEARKVTSANRARFRRAANRHPQFPQYNYQTLVPENEAAGTAVLRVVAQDPDAGEAGRL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 RPEARKVTSANRARFRRAANRHPQFPQYNYQTLVPENEAAGTAVLRVVAQDPDAGEAGRL
310 320 330 340 350 360
370 380 390 400 410 420
pF1KE2 VYSLAALMNSRSLELFSIDPQSGLIRTAAALDRESMERHYLRVTAQDHGSPRLSATTMVA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VYSLAALMNSRSLELFSIDPQSGLIRTAAALDRESMERHYLRVTAQDHGSPRLSATTMVA
370 380 390 400 410 420
430 440 450 460 470 480
pF1KE2 VTVADRNDHSPVFEQAQYRETLRENVEEGYPILQLRATDGDAPPNANLRYRFVGPPAARA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VTVADRNDHSPVFEQAQYRETLRENVEEGYPILQLRATDGDAPPNANLRYRFVGPPAARA
430 440 450 460 470 480
490 500 510 520 530 540
pF1KE2 AAAAAFEIDPRSGLISTSGRVDREHMESYELVVEASDQGQEPGPRSATVRVHITVLDEND
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NP_001 AAAAAFEIDPRSGLISTSGRVDREHMESYELVVEASDQGQEPGPRSATVRVHITVLDEND
490 500 510 520 530 540
550 560 570 580 590 600
pF1KE2 NAPQFSEKRYVAQVREDVRPHTVVLRVTATDRDKDANGLVHYNIISGNSRGHFAIDSLTG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 NAPQFSEKRYVAQVREDVRPHTVVLRVTATDRDKDANGLVHYNIISGNSRGHFAIDSLTG
550 560 570 580 590 600
610 620 630 640 650 660
pF1KE2 EIQVVAPLDFEAEREYALRIRAQDAGRPPLSNNTGLASIQVVDINDHIPIFVSTPFQVSV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 EIQVVAPLDFEAEREYALRIRAQDAGRPPLSNNTGLASIQVVDINDHIPIFVSTPFQVSV
610 620 630 640 650 660
670 680 690 700 710 720
pF1KE2 LENAPLGHSVIHIQAVDADHGENARLEYSLTGVAPDTPFVINSATGWVSVSGPLDRESVE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LENAPLGHSVIHIQAVDADHGENARLEYSLTGVAPDTPFVINSATGWVSVSGPLDRESVE
670 680 690 700 710 720
730 740 750 760 770 780
pF1KE2 HYFFGVEARDHGSPPLSASASVTVTVLDVNDNRPEFTMKEYHLRLNEDAAVGTSVVSVTA
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HYFFGVEARDHGSPPLSASASVTVTVLDVNDNRPEFTMKEYHLRLNEDAAVGTSVVSVTA
730 740 750 760 770 780
790 800 810 820 830 840
pF1KE2 VDRDANSAISYQITGGNTRNRFAISTQGGVGLVTLALPLDYKQERYFKLVLTASDRALHD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VDRDANSAISYQITGGNTRNRFAISTQGGVGLVTLALPLDYKQERYFKLVLTASDRALHD
790 800 810 820 830 840
850 860 870 880 890 900
pF1KE2 HCYVHINITDANTHRPVFQSAHYSVSVNEDRPMGSTIVVISASDDDVGENARITYLLEDN
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 HCYVHINITDANTHRPVFQSAHYSVSVNEDRPMGSTIVVISASDDDVGENARITYLLEDN
850 860 870 880 890 900
910 920 930 940 950 960
pF1KE2 LPQFRIDADSGAITLQAPLDYEDQVTYTLAITARDNGIPQKADTTYVEVMVNDVNDNAPQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LPQFRIDADSGAITLQAPLDYEDQVTYTLAITARDNGIPQKADTTYVEVMVNDVNDNAPQ
910 920 930 940 950 960
970 980 990 1000 1010 1020
pF1KE2 FVASHYTGLVSEDAPPFTSVLQISATDRDAHANGRVQYTFQNGEDGDGDFTIEPTSGIVR
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 FVASHYTGLVSEDAPPFTSVLQISATDRDAHANGRVQYTFQNGEDGDGDFTIEPTSGIVR
970 980 990 1000 1010 1020
1030 1040 1050 1060 1070 1080
pF1KE2 TVRRLDREAVSVYELTAYAVDRGVPPLRTPVSIQVMVQDVNDNAPVFPAEEFEVRVKENS
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 TVRRLDREAVSVYELTAYAVDRGVPPLRTPVSIQVMVQDVNDNAPVFPAEEFEVRVKENS
1030 1040 1050 1060 1070 1080
1090 1100 1110 1120 1130 1140
pF1KE2 IVGSVVAQITAVDPDEGPNAHIMYQIVEGNIPELFQMDIFSGELTALIDLDYEARQEYVI
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 IVGSVVAQITAVDPDEGPNAHIMYQIVEGNIPELFQMDIFSGELTALIDLDYEARQEYVI
1090 1100 1110 1120 1130 1140
1150 1160 1170 1180 1190 1200
pF1KE2 VVQATSAPLVSRATVHVRLVDQNDNSPVLNNFQILFNNYVSNRSDTFPSGIIGRIPAYDP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VVQATSAPLVSRATVHVRLVDQNDNSPVLNNFQILFNNYVSNRSDTFPSGIIGRIPAYDP
1150 1160 1170 1180 1190 1200
1210 1220 1230 1240 1250 1260
pF1KE2 DVSDHLFYSFERGNELQLLVVNQTSGELRLSRKLDNNRPLVASMLVTVTDGLHSVTAQCV
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 DVSDHLFYSFERGNELQLLVVNQTSGELRLSRKLDNNRPLVASMLVTVTDGLHSVTAQCV
1210 1220 1230 1240 1250 1260
1270 1280 1290 1300 1310 1320
pF1KE2 LRVVIITEELLANSLTVRLENMWQERFLSPLLGRFLEGVAAVLATPAEDVFIFNIQNDTD
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LRVVIITEELLANSLTVRLENMWQERFLSPLLGRFLEGVAAVLATPAEDVFIFNIQNDTD
1270 1280 1290 1300 1310 1320
1330 1340 1350 1360 1370 1380
pF1KE2 VGGTVLNVSFSALAPRGAGAGAAGPWFSSEELQEQLYVRRAALAARSLLDVLPFDDNVCL
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VGGTVLNVSFSALAPRGAGAGAAGPWFSSEELQEQLYVRRAALAARSLLDVLPFDDNVCL
1330 1340 1350 1360 1370 1380
1390 1400 1410 1420 1430 1440
pF1KE2 REPCENYMKCVSVLRFDSSAPFLASASTLFRPIQPIAGLRCRCPPGFTGDFCETELDLCY
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 REPCENYMKCVSVLRFDSSAPFLASASTLFRPIQPIAGLRCRCPPGFTGDFCETELDLCY
1390 1400 1410 1420 1430 1440
1450 1460 1470 1480 1490 1500
pF1KE2 SNPCRNGGACARREGGYTCVCRPRFTGEDCELDTEAGRCVPGVCRNGGTCTDAPNGGFRC
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 SNPCRNGGACARREGGYTCVCRPRFTGEDCELDTEAGRCVPGVCRNGGTCTDAPNGGFRC
1450 1460 1470 1480 1490 1500
1510 1520 1530 1540 1550 1560
pF1KE2 QCPAGGAFEGPRCEVAARSFPPSSFVMFRGLRQRFHLTLSLSFATVQQSGLLFYNGRLNE
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 QCPAGGAFEGPRCEVAARSFPPSSFVMFRGLRQRFHLTLSLSFATVQQSGLLFYNGRLNE
1510 1520 1530 1540 1550 1560
1570 1580 1590 1600 1610 1620
pF1KE2 KHDFLALELVAGQVRLTYSTGESNTVVSPTVPGGLSDGQWHTVHLRYYNKPRTDALGGAQ
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 KHDFLALELVAGQVRLTYSTGESNTVVSPTVPGGLSDGQWHTVHLRYYNKPRTDALGGAQ
1570 1580 1590 1600 1610 1620
1630 1640 1650 1660 1670 1680
pF1KE2 GPSKDKVAVLSVDDCDVAVALQFGAEIGNYSCAAAGVQTSSKKSLDLTGPLLLGGVPNLP
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GPSKDKVAVLSVDDCDVAVALQFGAEIGNYSCAAAGVQTSSKKSLDLTGPLLLGGVPNLP
1630 1640 1650 1660 1670 1680
1690 1700 1710 1720 1730 1740
pF1KE2 ENFPVSHKDFIGCMRDLHIDGRRVDMAAFVANNGTMAGCQAKLHFCDSGPCKNSGFCSER
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 ENFPVSHKDFIGCMRDLHIDGRRVDMAAFVANNGTMAGCQAKLHFCDSGPCKNSGFCSER
1690 1700 1710 1720 1730 1740
1750 1760 1770 1780 1790 1800
pF1KE2 WGSFSCDCPVGFGGKDCQLTMAHPHHFRGNGTLSWNFGSDMAVSVPWYLGLAFRTRATQG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 WGSFSCDCPVGFGGKDCQLTMAHPHHFRGNGTLSWNFGSDMAVSVPWYLGLAFRTRATQG
1750 1760 1770 1780 1790 1800
1810 1820 1830 1840 1850 1860
pF1KE2 VLMQVQAGPHSTLLCQLDRGLLSVTVTRGSGRASHLLLDQVTVSDGRWHDLRLELQEEPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 VLMQVQAGPHSTLLCQLDRGLLSVTVTRGSGRASHLLLDQVTVSDGRWHDLRLELQEEPG
1810 1820 1830 1840 1850 1860
1870 1880 1890 1900 1910 1920
pF1KE2 GRRGHHVLMVSLDFSLFQDTMAVGSELQGLKVKQLHVGGLPPGSAEEAPQGLVGCIQGVW
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 GRRGHHVLMVSLDFSLFQDTMAVGSELQGLKVKQLHVGGLPPGSAEEAPQGLVGCIQGVW
1870 1880 1890 1900 1910 1920
1930 1940 1950 1960 1970 1980
pF1KE2 LGSTPSGSPALLPPSHRVNAEPGCVVTNACASGPCPPHADCRDLWQTFSCTCQPGYYGPG
::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::
NP_001 LGSTPSGSPALLPPSHRVNAEPGCVVTNACASGPCPPHADCRDLWQTFSCTCQPGYYGPG
1930 1940 1950 1960 1970 1980
1990 2000 2010 2020 2030 2040
pF1KE2 CVDACLLNPCQNQGSCRHLPGAPHGYTCDCVGGYFGHHCEHRMDQQCPRGWWGSPTCGPC
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...: .::...: :::::::.:.::::.: : :::::.::::::::.::: .:. ..
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pF1KE2 LVASMLVTVTDGLHSVTAQCVLRVVIITEELLANSLTVRLENMWQERFLSPLLGRFLEGV
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XP_011 WHSVQVQYYNKPNIGHLGLPHGPSGEKMAVVTVDDCDTTMAVRFGKDIGNYSCAAQGTQT
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XP_011 GSKKSLDLTGPLLLGGVPNLPEDFPVHNRQFVGCMRNLSVDGKNVDMAGFIANNGTREGC
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XP_011 AARRNFCDGRRCQNGGTCVNRWNMYLCECPLRFGGKNCEQAMPHPQLFSGESVVSWS-DL
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XP_011 NIIISVPWYLGLMFRTRKEDSVLMEATSGGPTSFRLQILNNYLQFEVSHGPSDVESVMLS
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XP_011 GLRVTDGEWHHLLIELKNVKEDSEMKHLVTMTLDYGMDQNKADIGGMLPGLTVRSVVVGG
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:... : . .::.: :::.: : . : . :.. : . . ::: :. :... :
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. . . : ..: .:... . .: : .. : :.:.: : : . .:.::
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....:: ::: : :: . : ... :.. ..:: ..:: : :. . :.: ::.: :
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.:..:. .: ..:. :: :.. : : ....: . : : :. :..... :.::. :
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. .::....: :.: : .:. . : :..::: ..: :.. .: .:.: ::: ..
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...: :.. :.: ::..: : ...: : .: : . :. ::: : :... : .
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. :.. :: .. : ...: . ... . ..: .::.:. :. : :.
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:.: .:. :: :.:.. : . .... . . :.: : ::::... . : :.. : :
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: : .. ..... :. .: : ..: : : . :. ..::... . :.:::.:: .
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... :: : ... . . : : : .. ::::.:.::::: : : .: . :.
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: ::.:. ..:.: :. :..:.: . .... . :.:. . :: .: ::.. ..
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..:.. : . ...: :.:.. .: . : : : : ..: : :. . . ::
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: :.: .... ::. : . :.:. .: : ... :: : . .: . :.. : .
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:: : : :. :.:: : :. . :. .:: .: : : .:: : :. . .: .:
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. .:.. .: :.:.: .: . .. .::::.. .:.:.. ::: :.: .:. : ..
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NP_001 NANLRYSIVS-----GNGLGWFHISEHSGLVTTGSSGGLDRELASQIVLNISARDQGVHP
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Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]