FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2303, 2210 aa 1>>>pF1KE2303 2210 - 2210 aa - 2210 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 10.2274+/-0.00106; mu= 3.7301+/- 0.064 mean_var=260.7362+/-54.176, 0's: 0 Z-trim(111.8): 11 B-trim: 0 in 0/52 Lambda= 0.079428 statistics sampled from 12683 (12689) to 12683 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.698), E-opt: 0.2 (0.39), width: 16 Scan time: 5.110 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS9177.1 MED13L gene_id:23389|Hs108|chr12 (2210) 15155 1751.6 0 CCDS42366.1 MED13 gene_id:9969|Hs108|chr17 (2174) 4157 491.3 2e-137 >>CCDS9177.1 MED13L gene_id:23389|Hs108|chr12 (2210 aa) initn: 15155 init1: 15155 opt: 15155 Z-score: 9391.7 bits: 1751.6 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 15155; 100.0% identity (100.0% similar) in 2210 aa overlap (1-2210:1-2210) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 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.::::::::..:... .:::.:. :.:.::::::::::: CCDS42 SRCLKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRT 60 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE2 LLFKAIHNLLERCLMDKNFVRIGKWFVRPYEKDEKPVNKSEHLSCAFTFFLHGESNVCTS :::::.:::::::::..::::::::::.::::::::.::::::::.:::::::.:::::: CCDS42 LLFKAVHNLLERCLMNRNFVRIGKWFVKPYEKDEKPINKSEHLSCSFTFFLHGDSNVCTS 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE2 VEIAQHQPIYLINEEHIHMAQSSPAPFQVLVSPYGLNGTLTGQAYKMSDPATRKLIEEWQ ::: ::::.::..:::: .::.: .::::.. :.::::::::::.:::: ::.::: ::. CCDS42 VEINQHQPVYLLSEEHITLAQQSNSPFQVILCPFGLNGTLTGQAFKMSDSATKKLIGEWK 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 pF1KE2 YFYPM--VLKKKEESKEEDELGYDDDFPVAVEVIVGGVRMVYPSAFVLISQNDIPVPQSV :::. ::. : :.:: . ..:: .::::.:.::::.::. :::. :.:::.:. : CCDS42 QFYPISCCLKEMSEEKQED-MDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPV 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 ASAGGHIAVGQQGL----GSVKDPSNCGMPLTPPTSPEQAILGESGGMQSAASHLVSQDG .:. : . . :. .:..::. .. ::::::::.. . ..:. .. . : . CCDS42 GST--HCSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVK-FSSVSD 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 GMITMHSPKRSGKIPPKLHNHMVHRVWKECILNRTQSKR--SQMSTPTLEEEPASNPATW :. . . ...:::: :: ::.: :::.:: .::.:.:: : : :: :.. :.: CCDS42 GFNSDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASW 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 pF1KE2 DFVDPTQRVSCSCSRHKLLK-RCAVGPNRPPTVSQPGFSAGPSSSSSLPPPASSKHKTAE :::. :::..::: ::: :: : : .. :...: ... :: :::: : CCDS42 DFVEATQRTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQ--------QQQILP-----KHKTNE 420 430 440 450 460 480 490 500 510 520 530 pF1KE2 RQEKGDKLQKRPLIPFHHRPSVAEELCMEQDTPGQKLGLAGIDSSLEVSSSRKYDKQMAV .:::..: ::::: ::::: ::.... :. :. .:.: ... ::... :. : : CCDS42 KQEKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDDVGMDADSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVA--- 470 480 490 500 510 540 550 560 570 580 pF1KE2 PSRNTSKQMNLNPMDSPHSPISPLPPTLSPQPRGQETESLDP-PSVPVNPALYGNGLE-- . ::. . : . :: :: :::.: :.. ::.: . .: CCDS42 ----KTPQMHGTEMAN-----SPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHFYQMPTPDP 520 530 540 550 560 590 600 610 620 630 640 pF1KE2 LQQLSTLDDRTVLVGQRLP-LMAEVSETALYCGIRPSNPESSEK--WWHSYRLPPSDDAE : . ..:: ..: .: . :. : ..: : : : .: :. :..: . :.: CCDS42 LVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYVGT-AVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVE 570 580 590 600 610 620 650 660 670 680 690 700 pF1KE2 FRPPELQGERC--DAKMEVNSES-TALQRLLAQPNKRFKIWQDKQPQLQPLHFLDPLPLS : ::.: ... : ..:: :.. .:..: .: .:. .. : : . :: CCDS42 FLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDELVQQYQ----IKNQCLS 630 640 650 660 670 680 710 720 730 740 750 760 pF1KE2 QQPGDSLGEVN-DPYTFEDGDIKYIFTANKKCKQGTEKDSLKKNKSEDGFGTKDVTTPGH .:. : . :::.: .:: ...: .:: .:..:... ::.: ::: :..::. .: CCDS42 AIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFP-DKKDRQNSEREAGKKHKVEDG--TSSVTVLSH 690 700 710 720 730 740 770 780 790 800 810 820 pF1KE2 STPVPDGKNAMSIFSSATKTDVRQDNAAGRAGSSSLTQVTDLAPSLHDLDNIFDNSDDDE ..:::.:: . : :. . .. .: :.:: .::: : ::::.: :::.:: CCDS42 E------EDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSYTDLDNLF-NSDEDE 750 760 770 780 790 830 840 850 860 870 pF1KE2 LGAVSPALRSSKMPAVGTEDRPLGKDGRAAVPYP---PTVADLQRMFPTPPSLEQHP-AF : .: .:: : :..:. :..... : ..:::..:.::::::::: .: CCDS42 L---TP---GSKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLEQHIMGF 800 810 820 830 840 880 890 900 910 920 930 pF1KE2 SPV-MNYKDGISSETVTALGMMESPMVSMVSTQLTEFKMEVEDGLGSPKPEEIKDFSYVH ::. :: :. : .:. . ..:. :. . .::.::..:. :::: ::::::::. CCDS42 SPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSSIGA----QFKIEVDEGFCSPKPSEIKDFSYVY 850 860 870 880 890 900 940 950 960 970 980 990 pF1KE2 KVPSFQPFVGSSMFAPLKMLPSHCLLPLKIPDACLFRPSWAIPPKIEQLPMPPAATFIRD : . : .:: ::::::: :::. : :.:.:. :..: ::.. :.: : :. ::.. CCDS42 KPENCQILVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVG-KLELLSSGPSMPFIKE 910 920 930 940 950 960 1000 1010 1020 1030 1040 1050 pF1KE2 GYNNVPSVGSLADPDYLN--TPQMNTPVTLN-SAAPASNSGAGVLPSPATPRFSVPTPRT : :: : .: . ::: .: . :.:: ::::::.::::.:::: ::::: CCDS42 GD------GSNMDQEYGTAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRF--PTPRT 970 980 990 1000 1010 1060 1070 1080 1090 1100 1110 pF1KE2 PRTPRTPRG-GGTASGQGSVKYDSTDQGSPASTPSTTRPLNSVEPATMQPIPEAHSLYVT ::::::::: :: ::.::::::...: :::::::: ::::::::::. :::::::::. CCDS42 PRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVN 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1120 1130 1140 1150 1160 1170 pF1KE2 LILSDSVMNIFKDRNFDSCCICACNMNIKGADVGLYIPDSSNEDQYRCTCGFSAIMNRKL ::::.::::.::: ::::::::.:::::::::::.:::: ..: ::::::::::.::::. CCDS42 LILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKF 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1180 1190 1200 1210 1220 1230 pF1KE2 GYNSGLFLEDELDIFGKNSDIGQAAERRLMMCQSTFLPQVEGTKKPQEP-PISLLLLLQN : ::::::::::::.:.:.: :. ::.:. ..: .:.: : .: .:.::::. CCDS42 GNNSGLFLEDELDIIGRNTDCGKEAEKRFEALRATSAEHVNGGLKESEKLSDDLILLLQD 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1240 1250 1260 1270 1280 1290 pF1KE2 QHTQPFASLNFLDYISSNNRQTLPCVSWSYDRVQADNNDYWTECFNALEQGRQYVDNPTG : :. :. .. : .. .: . . :.... : ..:. :::.:::..:: .: CCDS42 QCTNLFSPFGAAD------QDPFPKSGVISNWVRVEERDCCNDCYLALEHGRQFMDNMSG 1200 1210 1220 1230 1240 1300 1310 1320 1330 1340 1350 pF1KE2 GKVDEALVRSATVHSWPHSNVLDISMLSSQDVVRMLLSLQPFLQDAIQKKRTGRTWENIQ ::::::::.:. .: : . : :.:: :::..:::::::: :::::::::: : : CCDS42 GKVDEALVKSSCLHPWSKRN--DVSMQCSQDILRMLLSLQPVLQDAIQKKRTVRPW---- 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1360 1370 1380 1390 1400 1410 pF1KE2 HVQGPLTWQQFHKMAGRGTYGSEESPEPLPIPTLLVGYDKDFLTISPFSLPFWERLLLDP :::::::::::::::::.::..::::::::::.:.::: :.:..:::.::.::::.:.: CCDS42 GVQGPLTWQQFHKMAGRGSYGTDESPEPLPIPTFLLGYDYDYLVLSPFALPYWERLMLEP 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1420 1430 1440 1450 1460 1470 pF1KE2 YGGHRDVAYIVVCPENEALLEGAKTFFRDLSAVYEMCRLGQHKPICKVLRDGIMRVGKTV ::..::.::.:.::::::::.:::.:::::.:.:: ::::::.:. ..: :::::::.:. CCDS42 YGSQRDIAYVVLCPENEALLNGAKSFFRDLTAIYESCRLGQHRPVSRLLTDGIMRVGSTA 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1480 1490 1500 1510 1520 1530 pF1KE2 AQKLTDELVSEWFNQPWSGEENDNHSRLKLYAQVCRHHLAPYLATLQLDSSLLIPPKYQT ..::...::.:::.: .:. :. :.:::::::::. :.::::.: :::::: :. . CCDS42 SKKLSEKLVAEWFSQAADGN-NEAFSKLKLYAQVCRYDLGPYLASLPLDSSLLSQPNLVA 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1540 1550 1560 1570 1580 pF1KE2 PPAAAQGQATP------GNAGPLAPNGSAAPPAGSAFNPTSNS--SSTNPAASSSASGSS : ..:. :: :::. .:... : :.:... ::. :.. .:.:. . .: CCDS42 P--TSQSLITPPQMTNTGNAN--TPSATLASAASSTMTVTSGVAISTSVATANSTLTTAS 1490 1500 1510 1520 1530 1590 1600 1610 1620 1630 pF1KE2 VPPVSSSASAPGISQISTTSSSGFSGSVGGQNPSTGGISADRTQ-GNIGCGGDTDP---- . ::: :.:. . : : ::.... .. . .:. .: :..: : .:. CCDS42 TSSSSSSNLNSGVSSNKLPSFPPF-GSMNSNAAGSMSTQANTVQSGQLG-GQQTSALQTA 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1640 1650 1660 1670 1680 1690 pF1KE2 ---GQSSSQPSQ---DGQESVTERERIGIPTEPDSADSHA--HPPAVVIYMVDPFTYAAE :.::: :.: : .::. .:...::::. .:::: .:::.:.:..::::: CCDS42 GISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRDKVGIPTD---GDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENT 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1700 1710 1720 1730 1740 pF1KE2 EDST-SGNFWLLSLMRCYTEMLDNLPEHMRNSFILQIVPCQYMLQTMKDE-QVFYIQYLK ..:: :.. : :.:.::. ::...:: :.... .::.::::.:: .: : . .: :.:: CCDS42 DESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLK 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1750 1760 1770 1780 1790 1800 pF1KE2 SMAFSVYCQCRRPLPTQIHIKSLTGFGPAASIEMTLKNPERPSPIQLYSPPFILAPIKDK :.:::.. ::::::::. ..:.::::::. ..: .:..:.:: :.::.:::::::.::: CCDS42 SLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALRSPDRPECIRLYAPPFILAPVKDK 1720 1730 1740 1750 1760 1770 1810 1820 1830 1840 1850 1860 pF1KE2 QTELGETFGEASQKYNVLFVGYCLSHDQRWLLASCTDLHGELLETCVVNIALPNRSRRSK :::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::.:::::::..:: .:::.::.: CCDS42 QTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKK 1780 1790 1800 1810 1820 1830 1870 1880 1890 1900 1910 1920 pF1KE2 VSARKIGLQKLWEWCIGIVQMTSLPWRVVIGRLGRLGHGELKDWSILLGECSLQTISKKL ::::.:::::::::.:.:::.:::::::::::::.::::::::: ::.. .::..::.: CCDS42 SSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRL 1840 1850 1860 1870 1880 1890 1930 1940 1950 1960 1970 1980 pF1KE2 KDVCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVVMPDAVTMGSVFGRSTALNMQSSQLNTP ::.:::::::::::::::::::::::::::::.:::.:. ::::::::.::::.:::::: CCDS42 KDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTP 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1990 2000 2010 2020 2030 2040 pF1KE2 QDASCTHILVFPTSSTIQVAPANYPNED---GFSPNNDD-----MFVDLPFPDDMDNDIG ::.:::::::::::...::: :.: .:. .:.:::: .: : ::.: :: CCDS42 QDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDI- 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2050 2060 2070 2080 2090 pF1KE2 ILMTGNLHSSPNSSPVPSPGS--PSGIGVGSHFQHSRSQGERLLSREAPEELK---QQPL . : .::..::: :::: : : .:. : . .:::: : ::. :::: CCDS42 ---INILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKG-QST----DRLLSTEPHEEVPNILQQPL 2020 2030 2040 2050 2060 2100 2110 2120 2130 2140 2150 pF1KE2 ALGYFVSTAKAENLPQWFWSSCPQAQNQCPLFLKASLHHHISVAQTDELLPARNSQRVPH ::::::::::: ::.::::.::::: ::::::::::: :. .:.:::: ...: : CCDS42 ALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLHVPSVQSDELLHSKHS----H 2070 2080 2090 2100 2110 2160 2170 2180 2190 2200 2210 pF1KE2 PLDSKTTSDVLRFVLEQYNALSWLTCNPATQDRTSCLPVHFVVLTQLYNAIMNIL ::::. ::::::::::::::::::::.:::::: ::::.:::::.:::: :::.: CCDS42 PLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHFVVLNQLYNFIMNML 2120 2130 2140 2150 2160 2170 2210 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 19:52:01 2016 done: Sun Nov 6 19:52:02 2016 Total Scan time: 5.110 Total Display time: 0.360 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]