FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE2302, 2174 aa 1>>>pF1KE2302 2174 - 2174 aa - 2174 aa Library: human.CCDS.faa 18511270 residues in 32554 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 9.5220+/-0.0011; mu= 5.7835+/- 0.066 mean_var=206.0502+/-41.153, 0's: 0 Z-trim(110.0): 14 B-trim: 0 in 0/51 Lambda= 0.089349 statistics sampled from 11305 (11308) to 11305 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.675), E-opt: 0.2 (0.347), width: 16 Scan time: 5.960 The best scores are: opt bits E(32554) CCDS42366.1 MED13 gene_id:9969|Hs108|chr17 (2174) 14845 1927.9 0 CCDS9177.1 MED13L gene_id:23389|Hs108|chr12 (2210) 4157 550.2 3.7e-155 >>CCDS42366.1 MED13 gene_id:9969|Hs108|chr17 (2174 aa) initn: 14845 init1: 14845 opt: 14845 Z-score: 10345.0 bits: 1927.9 E(32554): 0 Smith-Waterman score: 14845; 100.0% identity (100.0% similar) in 2174 aa overlap (1-2174:1-2174) 10 20 30 40 50 60 pF1KE2 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:::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 VIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRLKDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQ 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1930 1940 1950 1960 1970 1980 pF1KE2 GSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTEN :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 GSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTPQDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTEN 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1990 2000 2010 2020 2030 2040 pF1KE2 LDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKG :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 LDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDIINILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAGKG 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2050 2060 2070 2080 2090 2100 pF1KE2 QSTDRLLSTEPHEEVPNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASL :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 QSTDRLLSTEPHEEVPNILQQPLALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASL 2050 2060 2070 2080 2090 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2160 pF1KE2 HLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHF :::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::::: CCDS42 HLHVPSVQSDELLHSKHSHPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHF 2110 2120 2130 2140 2150 2160 2170 pF1KE2 VVLNQLYNFIMNML :::::::::::::: CCDS42 VVLNQLYNFIMNML 2170 >>CCDS9177.1 MED13L gene_id:23389|Hs108|chr12 (2210 aa) initn: 5428 init1: 1745 opt: 4157 Z-score: 2899.1 bits: 550.2 E(32554): 3.7e-155 Smith-Waterman score: 7487; 53.4% identity (75.5% similar) in 2272 aa overlap (3-2174:5-2210) 10 20 30 40 50 pF1KE2 MSASFVPNGASLEDCHCNLFCLADLTGIKWKKYVWQGPTS-APILFPVTEEDPILSSF :..: ::::::::: ::: ::.::::::..: . : . .::. ...:::: :: CCDS91 MTAAANWVANGASLEDCHSNLFSLAELTGIKWRRYNFGGHGDCGPIISAPAQDDPILLSF 10 20 30 40 50 60 60 70 80 90 100 110 pF1KE2 SRCLKADVLGVWRRDQRPGRRELWIFWWGEDPSFADLIHHDLSEEEDGVWENGLSYECRT :::.:..: ::::: .: .::::::::..:... .:::.:. :.:.::::::::::: CCDS91 IRCLQANLLCVWRRDVKPDCKELWIFWWGDEPNLVGVIHHELQVVEEGLWENGLSYECRT 70 80 90 100 110 120 120 130 140 150 160 170 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CCDS91 VEIAQHQPIYLINEEHIHMAQSSPAPFQVLVSPYGLNGTLTGQAYKMSDPATRKLIEEWQ 190 200 210 220 230 240 240 250 260 270 280 290 pF1KE2 QFYPISCCLKEMSEEKQED-MDWEDDSLAAVEVLVAGVRMIYPACFVLVPQSDIPTPSPV :::. ::. : :.:: . ..:: .::::.:.::::.::. :::. :.:::.:. : CCDS91 YFYPM--VLKKKEESKEEDELGYDDDFPVAVEVIVGGVRMVYPSAFVLISQNDIPVPQSV 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 pF1KE2 GST--HCSSSCLGVHQVPASTRDPAMSSVTLTPPTSPEEVQTVDPQSVQKWVKFSSVSDG .:. : . . :. .:..::. .. ::::::::.. . ..:. .. .:: CCDS91 ASAGGHIAVGQQGL----GSVKDPSNCGMPLTPPTSPEQAILGESGGMQSAASHLVSQDG 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 pF1KE2 -FNSDSTSHHGGKIPRKLANHVVDRVWQECNMNRAQNKRKYSASSGGLCEEATAAKVASW . . . ...:::: :: ::.: :::.:: .::.:.:: : : :: :.. :.: CCDS91 GMITMHSPKRSGKIPPKLHNHMVHRVWKECILNRTQSKR--SQMSTPTLEEEPASNPATW 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 pF1KE2 DFVEATQRTNCSCLRHKNLKSRNAGQQGQAPSLGQ--------QQQILP-----KHKTNE :::. :::..::: ::: :: : : .. :...: ... :: :::: : CCDS91 DFVDPTQRVSCSCSRHKLLK-RCAVGPNRPPTVSQPGFSAGPSSSSSLPPPASSKHKTAE 420 430 440 450 460 470 470 480 490 500 510 pF1KE2 KQEKSEKPQKRPLTPFHHRVSVSDDVGMDADSASQRLVISAPDSQVRFSNIRTNDVA--- .:::..: ::::: ::::: ::.... :. :. .:.: ... ::... :. : : CCDS91 RQEKGDKLQKRPLIPFHHRPSVAEELCMEQDTPGQKLGLAGIDSSLEVSSSRKYDKQMAV 480 490 500 510 520 530 520 530 540 550 560 pF1KE2 ----KTPQMHGTEMAN-----SPQPPPLSPHPCDVVDEGVTKTPSTPQSQHFYQMPTPDP . ::. . : . :: :: :::.: :.. ::.: . .: CCDS91 PSRNTSKQMNLNPMDSPHSPISPLPPTLSPQPRGQETESLDP-PSVPVNPALYGNGL--E 540 550 560 570 580 570 580 590 600 610 620 pF1KE2 LVPSKPMEDRIDSLSQSFPPQYQEAVEPTVYVGT-AVNLEEDEANIAWKYYKFPKKKDVE : . ..:: ..: .: . :. : ..: : : : .: :. :..: . :.: CCDS91 LQQLSTLDDRTVLVGQRLP-LMAEVSETALYCGIRPSNPESSEK--WWHSYRLPPSDDAE 590 600 610 620 630 640 630 640 650 660 670 680 pF1KE2 FLPPQLPSDKFKDDPVGPFGQESVTSVTELMVQCKKPLKVSDELVQQYQ----IKNQCLS : ::.: ... : ..:: :.. .:..: .: .:. .. : : . :: CCDS91 FRPPELQGERC--DAKMEVNSES-TALQRLLAQPNKRFKIWQDKQPQLQPLHFLDPLPLS 650 660 670 680 690 700 690 700 710 720 730 740 pF1KE2 AIASDAEQEPKIDPYAFVEGDEEFLFP-DKKDRQNSEREAGKKHKVEDG--TSSVTVLSH .:. : . :::.: .:: ...: .:: .:..:... ::.: ::: :..::. .: CCDS91 QQPGDSLGEVN-DPYTFEDGDIKYIFTANKKCKQGTEKDSLKKNKSEDGFGTKDVTTPGH 710 720 730 740 750 760 750 760 770 780 790 pF1KE2 E------EDAMSLFSPSIKQDAPRPTSHARPPSTSLIYDSDLAVSYTDLDNLF-NSDEDE ..:::.:: . : :. . .. .: :.:: .::: : ::::.: :::.:: CCDS91 STPVPDGKNAMSIFSSATKTDVRQDNAAGRAGSSSLTQVTDLAPSLHDLDNIFDNSDDDE 770 780 790 800 810 820 800 810 820 830 840 pF1KE2 L---TPG---SKKSANGSDDKASCKESKTGNLDPLSCISTADLHKMYPTPPSLEQHIMGF : .:. :: : :..:. :..... : ..:::..:.::::::::: .: CCDS91 LGAVSPALRSSKMPAVGTEDRPLGKDGRAAVPYP---PTVADLQRMFPTPPSLEQHP-AF 830 840 850 860 870 850 860 870 880 890 900 pF1KE2 SPMNMNNKEYGSMDTTPGGTVLEGNSSS-IGAQ---FKIEVDEGFCSPKPSEIKDFSYVY ::. :: :. : .:. . ..:. : ...: ::.::..:. :::: ::::::::. CCDS91 SPV-MNYKDGISSETVTALGMMESPMVSMVSTQLTEFKMEVEDGLGSPKPEEIKDFSYVH 880 890 900 910 920 930 910 920 930 940 950 960 pF1KE2 KPENCQILVGCSMFAPLKTLPSQYLPPIKLPEECIYRQSWTVG-KLELLSSGPSMPFIKE : . : .:: ::::::: :::. : :.:.:. :..: ::.. :.: : :. ::.. CCDS91 KVPSFQPFVGSSMFAPLKMLPSHCLLPLKIPDACLFRPSWAIPPKIEQLPMPPAATFIRD 940 950 960 970 980 990 970 980 990 1000 1010 pF1KE2 GD------GSNMDQEYGTAYTPQTHTSFGMPPSSAPPSNSGAGILPSPSTPRF--PTPRT : :: : .: . ::: .: . :.:: ::::::.::::.:::: ::::: CCDS91 GYNNVPSVGSLADPDYLN--TPQMNTPVTLN-SAAPASNSGAGVLPSPATPRFSVPTPRT 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1020 1030 1040 1050 1060 1070 pF1KE2 PRTPRTPRGAGGPASAQGSVKYENSDLYSPASTPSTCRPLNSVEPATVPSIPEAHSLYVN ::::::::: :: ::.::::::...: :::::::: ::::::::::. :::::::::. CCDS91 PRTPRTPRG-GGTASGQGSVKYDSTDQGSPASTPSTTRPLNSVEPATMQPIPEAHSLYVT 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1080 1090 1100 1110 1120 1130 pF1KE2 LILSESVMNLFKDCNFDSCCICVCNMNIKGADVGVYIPDPTQEAQYRCTCGFSAVMNRKF ::::.::::.::: ::::::::.:::::::::::.:::: ..: ::::::::::.::::. 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CCDS91 VPPVSSSASAPGISQISTTSSSGFSGSVGGQNPSTGGISADRTQ-GNIGCGGDTD----- 1590 1600 1610 1620 1630 1600 1610 1620 1630 1640 1650 pF1KE2 GISGESSSLPTQPHPDVSESTMDRDKVGIPTD---GDSHAVTYPPAIVVYIIDPFTYENT :.::: :.: : .::. .:...::::. .:::: .:::.:.:..::::: CCDS91 --PGQSSSQPSQ---DGQESVTERERIGIPTEPDSADSHA--HPPAVVIYMVDPFTYAAE 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1660 1670 1680 1690 1700 1710 pF1KE2 DESTNSSSVWTLGLLRCFLEMVQTLPPHIKSTVSVQIIPCQYLLQPVKHEDREIYPQHLK ..:: :.. : :.:.::. ::...:: :.... .::.::::.:: .: : . .: :.:: CCDS91 EDST-SGNFWLLSLMRCYTEMLDNLPEHMRNSFILQIVPCQYMLQTMKDE-QVFYIQYLK 1700 1710 1720 1730 1740 1720 1730 1740 1750 1760 1770 pF1KE2 SLAFSAFTQCRRPLPTSTNVKTLTGFGPGLAMETALRSPDRPECIRLYAPPFILAPVKDK :.:::.. ::::::::. ..:.::::::. ..: .:..:.:: :.::.:::::::.::: CCDS91 SMAFSVYCQCRRPLPTQIHIKSLTGFGPAASIEMTLKNPERPSPIQLYSPPFILAPIKDK 1750 1760 1770 1780 1790 1800 1780 1790 1800 1810 1820 1830 pF1KE2 QTELGETFGEAGQKYNVLFVGYCLSHDQRWILASCTDLYGELLETCIINIDVPNRARRKK :::::::::::.::::::::::::::::::.:::::::.:::::::..:: .:::.::.: CCDS91 QTELGETFGEASQKYNVLFVGYCLSHDQRWLLASCTDLHGELLETCVVNIALPNRSRRSK 1810 1820 1830 1840 1850 1860 1840 1850 1860 1870 1880 1890 pF1KE2 SSARKFGLQKLWEWCLGLVQMSSLPWRVVIGRLGRIGHGELKDWSCLLSRRNLQSLSKRL ::::.:::::::::.:.:::.:::::::::::::.::::::::: ::.. .::..::.: CCDS91 VSARKIGLQKLWEWCIGIVQMTSLPWRVVIGRLGRLGHGELKDWSILLGECSLQTISKKL 1870 1880 1890 1900 1910 1920 1900 1910 1920 1930 1940 1950 pF1KE2 KDMCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVIMPDSVSTGSVFGRSTTLNMQTSQLNTP ::.:::::::::::::::::::::::::::::.:::.:. ::::::::.::::.:::::: CCDS91 KDVCRMCGISAADSPSILSACLVAMEPQGSFVVMPDAVTMGSVFGRSTALNMQSSQLNTP 1930 1940 1950 1960 1970 1980 1960 1970 1980 1990 2000 2010 pF1KE2 QDTSCTHILVFPTSASVQVASATYTTENLDLAFNPNNDGADGMGIFDLLDTGDDLDPDI- ::.:::::::::::...::: :.: .:. .:.:::: .: : ::.: :: CCDS91 QDASCTHILVFPTSSTIQVAPANYPNED---GFSPNND-----DMFVDLPFPDDMDNDIG 1990 2000 2010 2020 2030 2040 2020 2030 2040 2050 2060 pF1KE2 ---INILPASPTGSPVHSPGSHYPHGGDAG------KGQSTDRLLSTEPHEEVPNILQQP . : .::..::: :::: : : .: ..:. .:::: : ::. ::: CCDS91 ILMTGNLHSSPNSSPVPSPGS--PSGIGVGSHFQHSRSQG-ERLLSREAPEELK---QQP 2050 2060 2070 2080 2090 2070 2080 2090 2100 2110 pF1KE2 LALGYFVSTAKAGPLPDWFWSACPQAQYQCPLFLKASLHLHVPSVQSDELLHSKHS---- :::::::::::: ::.::::.::::: ::::::::::: :. .:.:::: ...: CCDS91 LALGYFVSTAKAENLPQWFWSSCPQAQNQCPLFLKASLHHHISVAQTDELLPARNSQRVP 2100 2110 2120 2130 2140 2150 2120 2130 2140 2150 2160 2170 pF1KE2 HPLDSNQTSDVLRFVLEQYNALSWLTCDPATQDRRSCLPIHFVVLNQLYNFIMNML :::::. ::::::::::::::::::::.:::::: ::::.:::::.:::: :::.: CCDS91 HPLDSKTTSDVLRFVLEQYNALSWLTCNPATQDRTSCLPVHFVVLTQLYNAIMNIL 2160 2170 2180 2190 2200 2210 2174 residues in 1 query sequences 18511270 residues in 32554 library sequences Tcomplib [36.3.4 Apr, 2011] (8 proc) start: Sun Nov 6 19:53:12 2016 done: Sun Nov 6 19:53:13 2016 Total Scan time: 5.960 Total Display time: 0.190 Function used was FASTA [36.3.4 Apr, 2011]