FASTA searches a protein or DNA sequence data bank 36.3.4 Apr, 2011 Please cite: W.R. Pearson & D.J. Lipman PNAS (1988) 85:2444-2448 Query: pF1KE3949, 736 aa 1>>>pF1KE3949 736 - 736 aa - 736 aa Library: /omim/omim.rfq.tfa 60827320 residues in 85289 sequences Statistics: Expectation_n fit: rho(ln(x))= 6.9879+/-0.00028; mu= 14.6495+/- 0.018 mean_var=140.6254+/-27.610, 0's: 0 Z-trim(122.6): 12 B-trim: 153 in 1/57 Lambda= 0.108154 statistics sampled from 40951 (40965) to 40951 sequences Algorithm: FASTA (3.7 Nov 2010) [optimized] Parameters: BL50 matrix (15:-5), open/ext: -10/-2 ktup: 2, E-join: 1 (0.783), E-opt: 0.2 (0.48), width: 16 Scan time: 14.420 The best scores are: opt bits E(85289) NP_055077 (OMIM: 610342) prolyl 3-hydroxylase 3 pr ( 736) 5040 797.9 0 NP_060662 (OMIM: 610341,614292) prolyl 3-hydroxyla ( 708) 1709 278.1 8.5e-74 XP_011511257 (OMIM: 610341,614292) PREDICTED: prol ( 527) 1360 223.5 1.7e-57 NP_001127890 (OMIM: 610341,614292) prolyl 3-hydrox ( 527) 1360 223.5 1.7e-57 NP_071751 (OMIM: 610339,610915) prolyl 3-hydroxyla ( 736) 981 164.5 1.4e-39 XP_005271167 (OMIM: 610339,610915) PREDICTED: prol ( 400) 956 160.4 1.3e-38 XP_016857541 (OMIM: 610339,610915) PREDICTED: prol ( 410) 956 160.4 1.3e-38 XP_016857540 (OMIM: 610339,610915) PREDICTED: prol ( 411) 956 160.4 1.3e-38 XP_011540250 (OMIM: 610339,610915) PREDICTED: prol ( 411) 956 160.4 1.3e-38 NP_001139761 (OMIM: 610339,610915) prolyl 3-hydrox ( 697) 938 157.8 1.4e-37 NP_001230175 (OMIM: 610339,610915) prolyl 3-hydrox ( 804) 938 157.8 1.5e-37 NP_006362 (OMIM: 605497,610682) cartilage-associat ( 401) 263 52.3 4.6e-06 >>NP_055077 (OMIM: 610342) prolyl 3-hydroxylase 3 precur (736 aa) initn: 5040 init1: 5040 opt: 5040 Z-score: 4254.6 bits: 797.9 E(85289): 0 Smith-Waterman score: 5040; 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NP_001 ESYNAGVKHYEADDFEMAIRHFEQALREYFVEDTECRTLCEGPQR----FEEYEYLGYKA 40 50 60 70 80 280 290 300 310 320 330 pF1KE3 GLYEAIAGHWIQVLQCRQRCVGETATRPGRSFPVPDFLPNQLRRLHEAHAQVGNLSQAIE ::::::: :..::: :...:: : :::::: :. .::: . :. :. .::. .:.: NP_001 GLYEAIADHYMQVLVCQHECVRELATRPGRLSPIENFLPLHYDYLQFAYYRVGEYVKALE 90 100 110 120 130 140 340 350 360 370 380 390 pF1KE3 NVLSVLLFYPEDEAAKRALNQYQAQLGEP-RPG-LGPREDIQRFILRSLGEKRQLYYAME . . :: .:.:: . .. :.. : . :. . :::. :. : :.. . : : NP_001 CAKAYLLCHPDDEDVLDNVDYYESLLDDSIDPASIEAREDLTMFVKRHKLESELIKSAAE 150 160 170 180 190 200 400 410 420 430 440 pF1KE3 HLGTSFKDPDPWTPAALIPEALREKLREDQEKRP--WDHEPVKPKPLTYWKDV------- :: :. .:. : .: :.:... : . : .. . ... : . NP_001 GLGFSYTEPNYW---------IRYGGRQDENRVPSGVNVEGAEVHGFSMGKKLSPKIDRD 210 220 230 240 250 450 460 470 480 490 500 pF1KE3 ------LLLEGVTLTQDSRQLNGSERAVLDGLLTPAECGVLLQLAKDAAGAGARSGYRGR :: :..:.. .:.::::..:..::..:. .: : ..:. .: .::::. NP_001 LREGGPLLYENITFVYNSEQLNGTQRVLLDNVLSEEQCRELHSVASGIMLVG--DGYRGK 260 270 280 290 300 310 510 520 530 540 550 560 pF1KE3 RSPHTPHERFEGLTVLKAAQLARAGTVGSQGAKLLLEVSERVRTLTQAYFSPERPLHLSF :::::.:.::: ::::: . . : : ..:.:. ..::..: ....:: . :..:. NP_001 TSPHTPNEKFEGATVLKALKSGYEGRVPLKSARLFYDISEKARRIVESYFMLNSTLYFSY 320 330 340 350 360 370 570 580 590 600 610 620 pF1KE3 THLVCRSAIEGEQEQRMDLSHPVHADNCVLDPDTGECWREPPAYTYRDYSGLLYLNDDFQ ::.:::.:. :.:..: :::::.:::::.:::...:::.::::::.::::.:::.::::. NP_001 THMVCRTALSGQQDRRNDLSHPIHADNCLLDPEANECWKEPPAYTFRDYSALLYMNDDFE 380 390 400 410 420 430 630 640 650 660 670 680 pF1KE3 GGDLFFTEPNALTVTARVRPRCGRLVAFSSGVENPHGVWAVTRGRRCALALWHTWAPEHR ::...::: .: :::: ..:.:::...:::: :::::: :::.:.:::.::: : : .: NP_001 GGEFIFTEMDAKTVTASIKPKCGRMISFSSGGENPHGVKAVTKGKRCAVALWFTLDPLYR 440 450 460 470 480 490 690 700 710 720 730 pF1KE3 EQEWIEAKELLQ-ESQEEEEEEEEEMPSKDPSPEPPSRRHQRVQDKTGRAPRVREEL : : :.: :.. .::.. ..: .. :: NP_001 ELERIQADEVIAILDQEQQGKHELNINPKDEL 500 510 520 >>NP_071751 (OMIM: 610339,610915) prolyl 3-hydroxylase 1 (736 aa) initn: 1826 init1: 818 opt: 981 Z-score: 831.7 bits: 164.5 E(85289): 1.4e-39 Smith-Waterman score: 1931; 44.5% identity (69.8% similar) in 706 aa overlap (37-714:35-720) 10 20 30 40 50 60 pF1KE3 PLLLLLLLPPPGSPEPPGLTQLSPGAPPQAPDLLYADGLRAYAAGAWAPAVALLREALRS ::::.:.: ::: : : .: ...:::: NP_071 ALKLLTTLLAVVAAASQAEVESEAGWGMVTPDLLFAEGTAAYARGDWPGVVLSMERALRS 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 pF1KE3 QAALGRVRLDCGASCAADPGAALPAVLLGAPEPDSGPGPTQGSWERQL-----LRAALRR .::: .:: : ..:::: .: : .:: .:.:.:.: : . . ::: NP_071 RAALRALRLRCRTQCAAD----FPWEL----DPDWSPSPAQASGAAALRDLSFFGGLLRR 70 80 90 100 110 130 140 150 160 170 180 pF1KE3 ADCLTQCAARRLGPGGAARLRVGSALRDAFRRREPYNYLQRAYYQLKKLDLAAAAAHTFF : :: .: ::: .: : . .. ::.: :::::: ::....::. :.::::::: NP_071 AACLRRC----LGPPAAHSL--SEEMELEFRKRSPYNYLQVAYFKINKLEKAVAAAHTFF 120 130 140 150 160 170 190 200 210 220 230 240 pF1KE3 VANPMHLQMREDMAKYRRMSGVRPQSFRDLETPPHWAAYDTGLELLGRQEAGLALPRLEE :.:: :..:.... :. ::::. .:.:::: :: . :..: .... :.:.:: NP_071 VGNPEHMEMQQNLDYYQTMSGVKEADFKDLETQPHMQEFRLGVRLYSEEQPQEAVPHLEA 180 190 200 210 220 230 250 260 270 280 290 300 pF1KE3 ALQGSLAQMESCRADCEGPEEQQGAEEEEDGAASQGGLYEAIAGHWIQVLQCRQRCVGET ::: .. .: ::: :::: . .: . : .: :..::. :.::::.:.: :: : NP_071 ALQEYFVAYEECRALCEGPYDYDGYNYLEYNA----DLFQAITDHYIQVLNCKQNCVTEL 240 250 260 270 280 310 320 330 340 350 360 pF1KE3 ATRPGRSFPVPDFLPNQLRRLHEAHAQVGNLSQAIENVLSVLLFYPEDEAAKRALNQYQA :..:.: : ::::.. :. :. ..:: .::.: . . :::.:.::. .. : : : NP_071 ASHPSREKPFEDFLPSHYNYLQFAYYNIGNYTQAVECAKTYLLFFPNDEVMNQNLAYYAA 290 300 310 320 330 340 370 380 390 400 410 420 pF1KE3 QLGEPRP-GLGPREDIQRFILRSLGEKRQLYYAMEHLGTSFKDPDPWTPAALIPEALREK .::: . ..::::. ... ::: ::. :..:.. .: : ::: ::: .::. :.:: NP_071 MLGEEHTRSIGPRESAKEYRQRSLLEKELLFFAYDVFGIPFVDPDSWTPEEVIPKRLQEK 350 360 370 380 390 400 430 440 450 460 pF1KE3 LREDQEK-------------------RPWDHEPVKPKPLTYWKDVLLLEGVTLTQDSRQL . ..: . .: . . :: :: ::..::..:. : NP_071 QKSERETAVRISQEIGNLMKEIETLVEEKTKESLDVSRLTREGGPLLYEGISLTMNSKLL 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 pF1KE3 NGSERAVLDGLLTPAECGVLLQLAKDAAGAGARSGYRGRRSPHTPHERFEGLTVLKAAQL :::.:.:.::... :: : .:.. :: .: .::::. :::::.:.: :.::.:: .: NP_071 NGSQRVVMDGVISDHECQELQRLTNVAATSG--DGYRGQTSPHTPNEKFYGVTVFKALKL 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 pF1KE3 ARAGTVGSQGAKLLLEVSERVRTLTQAYFSPERPLHLSFTHLVCRSAIEGEQEQRMDLSH .. : : :.:.: .:.:.:: . ..:: . ::..:..:::::.::: : .: : :: NP_071 GQEGKVPLQSAHLYYNVTEKVRRIMESYFRLDTPLYFSYSHLVCRTAIEEVQAERKDDSH 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 pF1KE3 PVHADNCVLDPDTGECWREPPAYTYRDYSGLLYLNDDFQGGDLFFTEPNALTVTARVRPR :::.:::.:. .: : .::::::.::::..:::: ::.::...::: .: ::::.:.:. NP_071 PVHVDNCILNAETLVCVKEPPAYTFRDYSAILYLNGDFDGGNFYFTELDAKTVTAEVQPQ 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 CGRLVAFSSGVENPHGVWAVTRGRRCALALWHTWAPEHREQEWIEAKELLQE--SQEEEE ::: :.::::.:::::: :::::.:::.::: : :.: :.. ..: .:.. : :: . NP_071 CGRAVGFSSGTENPHGVKAVTRGQRCAIALWFTLDPRHSERDRVQADDLVKMLFSPEEMD 650 660 670 680 690 700 700 710 720 730 pF1KE3 -EEEEEMPSKDPSPEPPSRRHQRVQDKTGRAPRVREEL .:. . ... ::: NP_071 LSQEQPLDAQQGPPEPAQESLSGSESKPKDEL 710 720 730 >>XP_005271167 (OMIM: 610339,610915) PREDICTED: prolyl 3 (400 aa) initn: 982 init1: 818 opt: 956 Z-score: 814.2 bits: 160.4 E(85289): 1.3e-38 Smith-Waterman score: 1098; 45.8% identity (71.5% similar) in 382 aa overlap (356-714:5-384) 330 340 350 360 370 380 pF1KE3 HAQVGNLSQAIENVLSVLLFYPEDEAAKRALNQYQAQLGEPRP-GLGPREDIQRFILRSL : : :.::: . ..::::. ... ::: XP_005 MNQNLAYYAAMLGEEHTRSIGPRESAKEYRQRSL 10 20 30 390 400 410 420 pF1KE3 GEKRQLYYAMEHLGTSFKDPDPWTPAALIPEALREKLREDQEK----------------- ::. :..:.. .: : ::: ::: .::. :.:: . ..: XP_005 LEKELLFFAYDVFGIPFVDPDSWTPEEVIPKRLQEKQKSERETAVRISQEIGNLMKEIET 40 50 60 70 80 90 430 440 450 460 470 480 pF1KE3 --RPWDHEPVKPKPLTYWKDVLLLEGVTLTQDSRQLNGSERAVLDGLLTPAECGVLLQLA . .: . . :: :: ::..::..:. ::::.:.:.::... :: : .:. XP_005 LVEEKTKESLDVSRLTREGGPLLYEGISLTMNSKLLNGSQRVVMDGVISDHECQELQRLT 100 110 120 130 140 150 490 500 510 520 530 540 pF1KE3 KDAAGAGARSGYRGRRSPHTPHERFEGLTVLKAAQLARAGTVGSQGAKLLLEVSERVRTL . :: .: .::::. :::::.:.: :.::.:: .:.. : : :.:.: .:.:.:: . XP_005 NVAATSG--DGYRGQTSPHTPNEKFYGVTVFKALKLGQEGKVPLQSAHLYYNVTEKVRRI 160 170 180 190 200 210 550 560 570 580 590 600 pF1KE3 TQAYFSPERPLHLSFTHLVCRSAIEGEQEQRMDLSHPVHADNCVLDPDTGECWREPPAYT ..:: . ::..:..:::::.::: : .: : :::::.:::.:. .: : .:::::: XP_005 MESYFRLDTPLYFSYSHLVCRTAIEEVQAERKDDSHPVHVDNCILNAETLVCVKEPPAYT 220 230 240 250 260 270 610 620 630 640 650 660 pF1KE3 YRDYSGLLYLNDDFQGGDLFFTEPNALTVTARVRPRCGRLVAFSSGVENPHGVWAVTRGR .::::..:::: ::.::...::: .: ::::.:.:.::: :.::::.:::::: :::::. 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XP_016 TVTAEVQPQCGRAVGFSSGTENPHGVKAVTRGQRCAIALWFTLDPRHSERDRVQADDLVK 310 320 330 340 350 360 700 710 720 730 pF1KE3 E--SQEEEE-EEEEEMPSKDPSPEPPSRRHQRVQDKTGRAPRVREEL : :: . .:. . ... ::: XP_016 MLFSPEEMDLSQEQPLDAQQGPPEPAQESLSGSESKPKDEL 370 380 390 400 410 >>XP_016857540 (OMIM: 610339,610915) PREDICTED: prolyl 3 (411 aa) initn: 950 init1: 818 opt: 956 Z-score: 814.1 bits: 160.4 E(85289): 1.3e-38 Smith-Waterman score: 1046; 46.5% identity (71.8% similar) in 355 aa overlap (382-714:43-395) 360 370 380 390 400 410 pF1KE3 AKRALNQYQAQLGEPRPGLGPREDIQRFILRSLGEKRQLYYAMEHLGTSFKDPDPWTPAA ::: ::. :..:.. .: : ::: ::: XP_016 SAPVSRAPRERCDPGKYSVSLPWSAKEYRQRSLLEKELLFFAYDVFGIPFVDPDSWTPEE 20 30 40 50 60 70 420 430 440 450 pF1KE3 LIPEALREKLREDQEK-------------------RPWDHEPVKPKPLTYWKDVLLLEGV .::. :.:: . ..: . .: . . :: :: ::. XP_016 VIPKRLQEKQKSERETAVRISQEIGNLMKEIETLVEEKTKESLDVSRLTREGGPLLYEGI 80 90 100 110 120 130 460 470 480 490 500 510 pF1KE3 TLTQDSRQLNGSERAVLDGLLTPAECGVLLQLAKDAAGAGARSGYRGRRSPHTPHERFEG .::..:. ::::.:.:.::... :: : .:.. :: .: .::::. :::::.:.: : XP_016 SLTMNSKLLNGSQRVVMDGVISDHECQELQRLTNVAATSG--DGYRGQTSPHTPNEKFYG 140 150 160 170 180 190 520 530 540 550 560 570 pF1KE3 LTVLKAAQLARAGTVGSQGAKLLLEVSERVRTLTQAYFSPERPLHLSFTHLVCRSAIEGE .::.:: .:.. : : :.:.: .:.:.:: . ..:: . ::..:..:::::.::: XP_016 VTVFKALKLGQEGKVPLQSAHLYYNVTEKVRRIMESYFRLDTPLYFSYSHLVCRTAIEEV 200 210 220 230 240 250 580 590 600 610 620 630 pF1KE3 QEQRMDLSHPVHADNCVLDPDTGECWREPPAYTYRDYSGLLYLNDDFQGGDLFFTEPNAL : .: : :::::.:::.:. .: : .::::::.::::..:::: ::.::...::: .: XP_016 QAERKDDSHPVHVDNCILNAETLVCVKEPPAYTFRDYSAILYLNGDFDGGNFYFTELDAK 260 270 280 290 300 310 640 650 660 670 680 690 pF1KE3 TVTARVRPRCGRLVAFSSGVENPHGVWAVTRGRRCALALWHTWAPEHREQEWIEAKELLQ ::::.:.:.::: :.::::.:::::: :::::.:::.::: : :.: :.. ..: .:.. 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